12月1日南京光復，楊洪森所屬皖軍並未入城，而是駐紮於南京城外，事實證明了他的決定是多麼正確的。
南京光復後不久，革命軍內部變開始了爭權奪利，南京亂相漸生，市面上搶劫、暗殺如同家常便飯。而這種混亂局面的起因原自於鎮江軍林述慶與徐紹楨不和。
聯軍進佔南京後，原新軍第9鎮主要兵力都落入鎮江軍都督林述慶的手裡，林述慶實力雄厚，頗有不可一世之概，不願受徐紹楨控制，他率部入城後，擅自住於兩江總督署花園大洋房內，不許其他部隊駐紮。其更是改換旗號，自改稱江寧都督。
徐紹楨率聯軍總司令部到兩江總督署，鎮江軍不准他們入署，徐紹楨只得將總司令部帶往諮議局屯駐。
林、徐不和在這一時期逐漸公開話。
林述慶夜郎自大與楊洪森全然沒有關係，他來南京目的主為是為了撈好處；其二是來露露臉，提高一下知名度。
王天培部在南京光復後數日，楊洪森便命令其為蕪湖軍政使返回安徽，至於他自己則繼續留在南京幹著齷齪的買賣。
柏文蔚從楊洪森的手中搞到了大量的武器裝備和糧餉，其中步槍1000餘枝，馬克沁10門，山炮8門，子彈30萬發。
楊洪森不只是對柏文蔚豪爽，對蘇軍、浙軍、滬軍都是有求必應，這為楊洪森在短時間內贏得了極好的口碑。
就在其右手大把散出的時候，左手則在大把的吃進。
楊洪森本人不參與打劫，但是他卻大肆收購贓物，唆使別人去搶劫。
另外，楊洪森還看中了南京軍械所，比起現在楊洪森控制的安慶軍械所檔次高不了多少，而且所還被林述慶所控制著，這就變相的導致了楊洪森與林述慶的矛盾。
林述慶原來不過是徐紹楨的部下的管帶，論其資望及功勳，與徐紹楨實相差甚遠。在林述慶將徐紹楨逼下野後，鎮江軍內部出現分裂，有人揚言要舉兵打他。蘇、浙兩省也因此事與林述慶關係交惡。
楊洪森利用眾人對林述慶的不滿，突然對其發難，皖軍的發難在事前沒有任何徵兆。
皖軍一部首先對駐紮在南京軍械所兩營鎮江軍發動襲擊，整個戰鬥只持續了不到15分鐘，守軍大部投降。
接著皖軍開進城內進攻兩江總督署的那棟花園式大洋房，蘇軍、浙軍、滬軍等各路人馬等到消息神經緊繃，一探之下才知原來皖軍楊洪森是在打林述慶，便命令各都回營繼續睡覺了。
「報告都督，皖軍楊洪森正在捕殺我鎮軍。」林述慶一聽冷汗直冒。
那越來越近的槍炮聲，容不得林述慶多想，大罵，「這該車的楊三郎，老子什麼時候招惹他了。」
他沒有招搖楊洪森，只不過他手上的東西讓楊洪森眼紅了。
「鎮軍兄弟們，林述慶背叛革命，背叛三民主義，背叛孫先生，企圖搞分裂另立山頭，不要和他錯下去了。」
……
「各位鎮軍的同志們，林述慶反黨、反人民的罪行，昭然若揭，你們為了他的野心，與人民為敵這樣值得嗎？」
……
楊洪森手下的政工幹部手持大喇叭重複著手中的稿子。
聽的那些友軍汗顏，他們沒有想到林述慶行為不僅僅是個人野心的問題，而是已經上升到了反人類的階段了。
「怎麼還沒有把林述慶的部隊解決掉？」楊洪森不滿的說道。
「報告總指揮，目前我們還在對他們進行說服教育。」
楊洪森臉一黑，「傳令對反革命軍隊予以堅決、徹底的消滅。」
林述慶被楊洪森這一悶棍打的羞憤異常。蘇、浙等部見楊洪森打林述慶高興還來不及，怎麼會去幫他，均坐壁而觀。
駐守在署衙內的林述慶直屬部隊，在內無彈藥，外無援兵的情況下，很快就被殲滅了。逃出南京城的林述慶準備召集部隊與皖軍楊洪森再戰，只可惜第1師柏文蔚斷然拒絕，第2師徐寶山不加理睬。林述慶只好到鎮江與軍政使鄭權商議，鄭權當下沒有表示。
就在林述慶上竄下跳的時候，楊洪森電請徐紹楨出山主持工作，徐紹楨婉言拒絕了楊洪森的電請。
這種情況在楊洪森的意料之中，所以他出面牽頭成立了南京軍事革命委員會，委員會成員來自於蘇軍、浙軍、滬軍、鎮江軍中，對南京城實行民主管理，原鎮江軍第1師師長柏文蔚被蘇軍、滬軍以及楊洪森所屬的皖軍公舉為委員長。
柏文蔚當選致電上海：「江蘇本為一省，寧蘇分治，原屬滿廷弊政，今既改為共和，一省之中應只設一行政總機關，俾民政有所統一。而寧蘇相較，自以駐寧為宜。程德全平昔行政，注重民事。現在金陵光復，擬即請程公移駐寧垣，撫綏保定以慰全省民望。」
黃興、宋教仁、章太炎以及滬軍都督陳其美立即復電：「此間已公推程德全移駐江寧，為江蘇都督，並推柏文蔚為出征臨淮總司令。東南要人，本黨英俊，共表同情。德全即日赴寧，北征尤為重要。」
柏文蔚接電後移駐浦口積極組織北伐事宜，南京的實際控制在了軍事革命委員會五人小組手中。
隨著軍事革命委員會的成立，諮議局被完全架空，南京進入了短暫的武人當政時期，而這段時間內，被楊洪森這五位搞的烏煙瘴氣。
清政府遺留下來的官辦企事業單位，經過委員會五人小組內部運作，被瓜分的一乾二淨。其中原金陵機器製造局被逼關破，後經委員會內部運作，製造局所屬機械設備及人員全部遷往安慶。
官商合辦的工廠，也都在革命的名義下，破產後被肢解。那些私營企業的命運更加悲慘，只要被委員會成員看上，基本上都逃不出五個小組的魔掌。
在不久前這些將領還是熱血革命，兩袖清風，但是此時他們在楊洪森的腐蝕下，個個變的肚肥腸圓，膀大腰粗，現在除了錢、權、女人已經沒有任何東西可以打動他們的了。
本著陸上要刮，水上也要撈的思想，那些起義後停留在下關的軍艦自然也難逃楊洪森的算計。
為了得到這些軍艦楊洪森曾不止一次的到下關，代表委員會對他們這些起義的海軍表示慰問，並且極盡關懷的詢問他們存在的困難，長時間與海軍士兵們談心，請艦長吃喝聯絡感情，這些行動的最終目的就是想把這只艦隊拉到安慶去。
可惜楊洪森的這些小花招只是讓這些人感激，或者對其有好感，但要說到離開下關，去安慶投靠在他的名下，他們還真沒有想過。再者此時北伐準備積極準備，他們也收到北上的作戰命令，楊洪森的籠絡沒有收到效果。不過，他總會有機會、有辦法先搞一、二艘為其所用。
南京光復的消息傳至上海，程德全、湯壽潛、陳其美等人議決以南京為臨時政府所在地，並約獨立各省代表投票選舉黃興為暫定大元帥，黎元洪為暫定副元帥兼任鄂軍都督，並發表通電說：
「現在南京光復，鄂軍務適緊，援鄂之師北伐之師待發，急需統一。今同人公議不如暫定南京為臨時政府所在地，舉黃君興為暫定大元帥，黎君元洪為暫定副元帥兼任鄂軍都督，藉動搖而牽大局，俟赴鄂代表返滬同到南京再行發表，所有編製日內併力準備俾進行無滯，事機緊急，不得不從權議決，務乞鑒原。」
湖北戰事日緊，這給楊洪森藉機調走軍艦的機會。
經委員會五人小組研究決定，楊洪森被任命為援鄂先遣軍總司令，同時協同「楚觀」、「楚同」、「楚泰」、「楚謙」四艦一起入鄂作戰。
12月11月，楊洪森帶領皖軍在南京百姓的歡送中分乘十一兵船，向湖北進發。