人類聯盟和機器人帝國的外太空宇宙中，一個在太空移動著的巨型要塞，超級巨大的黑色，長方體要塞，一眼望不到盡頭的太空堡壘。外層金屬帶著殺氣的黑色，濃重的黑顏色，讓人看到它就有一種沉重的壓抑感，要塞四周金屬壁上，排列著的眾多炮台和戰艦，的彈出裝置，讓人和想要靠近它的生物不敢小瞧。這座巨型軍事要塞，內部擁有著完善的保持內部成員舒適生活的城市建設系統，整個就像是一個漂浮中的星球。這就是三千年前，天龍帝國數一數二的超級勢力，暗黑基地。
三千年來，暗黑基地已經在宇宙中漂流了無數個日日夜夜。今天，它，這個三大帝國曾經的最高成軍事機構，今天將從新的回到三大帝國原本的星空下。早在三千年前，傑克消失在最後一場對新人類的戰役中的時候，身為傑克的妻子，暗—菲利絲可說是對傑克的感情不容置疑。在穩定了新人類戰役帶來的動盪後，暗菲利絲就開始著手，在浩瀚的宇宙中去尋找傑克，當時據倖存下來的人員匯報，不知道是彈射漂流到什麼地方的救生艙去了。可是當時的暗—菲利絲並沒有預料到，一個突然開啟在黑龍帝國外太空，通往外星生物的空間門出現了，面對人類聯盟生死存亡的危急。
暗—菲利絲抵擋不住手下的遊說，只能忍痛放棄暗黑家族主戰戰艦隊對傑克的搜尋行動，只留下幾小搜尋組繼續尋找傑克的蹤跡，其它艦隊隨著暗家SSS級別主艦，一同開往黑龍帝國外太空，外星生物出現的地點，進行抵禦來自外太空的威脅。數年之後，當通往外太空的空間門被小啞研製的科技炸彈摧毀封閉後。暗—菲利絲才有時間和精力，發動整個暗家去尋找自己心愛的丈夫。可是時隔多年，當初載著傑克逃離的救生艙已經不知道在廣闊的外太空，飄蕩到何處，不論是尋找範圍還是難度，等和最初相比，難度係數成幾何倍數增長。每日看著手下絲毫沒有傑克救生艙消息的匯報，每天深夜暗—菲利絲都會獨自一人，靜靜的呆在曾經和傑克一同生活的戰艦休息室內，通過投射裝置，看向外那虛無縹緲的外太空，那時刻都會不停演變的外空景色，黯然淚下。
暗家的部下，看著自己的家主，一天比一天消瘦下去，並且每日裡看到平時精神飽滿的家主，整天六神無主地樣子，把眼淚含在眼裡，把思念得痛苦隱藏在內心的悲哀。暗家的那些部下們，現在已經開始後悔，早知道自己的族長大人，會因為思念傑克變成現在這個失魂落魄的樣子，當初在外星生物進攻人類聯盟的時候，就不該整天在暗菲絲勉強下，遊說出兵解救人類危亡和一些難聽的話語。要是當初暗黑家族的軍隊沒有撤軍，眾多戰艦在傑克當初失蹤的地點進行尋找的話，說不定現在已經找到那個救生艙。可是，已經世隔多年，歷經了外星生物抵抗戰役後，當初傑克搭乘的救生艙早已經發出不了任何的求救信號，並且連能源探測器，除非距離很近的距離，才有可能發現救生艙的地點。
但是這一切，相對於廣闊的外太空來說，來尋找一個數年之前就失去聯繫的救生艙，簡直比大海撈針還要困難。暗黑家族的將領們，不敢去猜想要是傑克失去救生艙的能源維持日常的生活，因為窒息或是飢餓死在宇宙中，成為一具屍體後，自己的族長大人，發現後將會悲痛欲絕的情景。而現在眾多關心著自己族長大人，暗菲利絲的部下們，唯一能為這位敬愛並堅強的少女做的，就是每日去認真地尋找各自負責的領域，抱著一絲幻想，去找到傑克親王。終於，在暗菲利絲第26歲生日那年，定下了一個她已經思考過許久的事情。
暗菲利絲決定在自己生日的當天晚上，利用利用暗黑家族內部強大的科技，把自己冰封在最新建設成功的暗黑要塞的最深處。以此來等待傑克，等待那個放浪不羈的丈夫的歸來。在冰封當日清晨，菲利絲把控制家族軍隊和政治的大權，交還給了自己的伯父，並且辭掉了自己族長的地位。當天晚間，暗菲利絲穿著華麗的盛裝，再最後觀看了一眼和傑克生活時候的全息圖像之後
，毅然的走進了超長時間設置的，當時宇宙最高科技的休眠艙，進行沉睡。
並且走入前的暗菲利絲向手下下達了最後一個命令：
「未來不論發生什麼，都與我無關，只有當自己的夫君再次出現之時，才允許解除我的冷凍，把我從沉睡中喚醒。作為暗黑家族的人，我有自己的覺悟，但是能為暗黑家族做的，我都已經奉獻出去了，這其中包括我丈夫傑克的安危和獲救的可能。為了家族，我放棄了尋找傑克的最佳時機，這在我看來，是我今生做的最錯的一件事。我不能再把我的青春奉獻給暗黑家族，那時即使相見傑克，他不會在意我的老邁，我的內心也不允許年老的自己，出現在傑克面前，這會讓我日後的生活在對他的內疚之中。我將在沉睡艙之中，等待著自己的愛人的出現，即使是百年千年，過去了，我對他的愛意都不會有絲毫的改變。
當我甦醒的時刻，我將穿著生日禮服，來迎接自己的丈夫重現在這宇宙世界之中…-」隨著暗菲利絲下達著這條最後的話語的結束，她的父親，連同長輩，朋友，都沒有去勸阻這位為愛飽受思念痛苦折磨的女孩。他們清楚地知道，就是強迫菲利絲留下來，思念得痛苦，早有一天，會折磨得這個堅強的小女孩病倒並死去。生活現在對於菲利絲來說，與其說是無盡的等待，到不如說一種沉重的痛苦，永遠生活在對過去的懷念，和對自己的自責。為此，還不如早日讓菲利絲冰封進行沉睡，即使面對的等待，是一個未知的，一個誰都不清楚是否會有結局的期盼，也算是一種對於菲利絲現在來說最好的解脫。
隨後暗黑家族的權利系統，從新回到老一輩人們的手中，並且菲利絲的大伯父，在接受暗家主控權的時刻，向手下下達了新的命令。暗黑要塞，連同所屬艦隊，人民，開往外太空，去開闢未知的宇宙，進行新的基地的建設。並且連帶著找尋傑克這位有史以來最為傳奇的一代親王的信息。可是，這一決定，就是當時的暗黑家族的所有族人們都沒曾料到，這一走就是三千年。到不是暗黑家族的人們想這麼長時間一直在浩瀚的宇宙中漂流，不回到自己的故鄉。
相反，暗黑要塞所有的居民，連同士兵們，都在離開了人類聯盟第50年的時候，想再次回到自己所熟識的星系，自己的故鄉。即使現在，人類的壽命隨著科技的發展得到了很大程度延長，但是一個人的生命月，可沒有幾個五十年來消耗。可是在暗黑要塞回歸的路途中，不幸的事情發生了，一場超級巨大的宇宙電磁風暴，突然間出現在要塞回歸的航線之上。為了抵禦躲避這場人力難敵的宇宙電磁風暴的襲擊，保存暗家最後的實力，暗黑要塞只能忍痛開啟了還沒有調至好空間點的大型空間跳躍系統。但是即使這樣，暗黑要塞也沒有完全倖免在這次風暴之中，分佈在要塞四周的戰艦，分別被強大的電磁風暴損壞了艦體和通訊，電子設備，而暴毀在宇宙之中。而暗黑要塞，因為倉促的啟動空間跳躍，受到電磁風暴的強力干擾。
使得暗黑要塞雖然空間跳躍成功，但迷失在遙遠的宇宙之中，並且要塞外部嚴重受損。隨後的數百年，當暗黑要塞內部的科技人員，找到了一個適合人類居住的星球，並且修理好了要塞，建設了強大的太空戰艦之後，再次踏上了尋找自己的故鄉，人類聯盟星系的漫長旅程。隨著一個個星系的探尋，宇宙的廣闊程度遠遠超過暗黑族人的預想程度，在見識到各種各樣的種族，憑藉著武力和智謀，戰爭，躲避了眾多的危機之後，尋找故鄉，已經成為從上傳下來，代代相傳的主訓。就這樣，三千年的漫長時間過去了，今日，暗黑家族的主控要塞，終於發現了原本自己祖先們描述過和自己故鄉，十分相近的星系。
為此，在這一消息公佈的同時，要塞中的人們歡呼，跳躍，並且開啟了聯繫裝置，和人類聯盟的後代，一個出現在外太空的大型太空要塞（天使要塞）進行對話。