年前，機器人帝國靠著強大的戰艦數量，把人類推到末路，當時，所有的人都以為，人類最多只有五年，五年後將成為那些鋼鐵機器的奴隸。」欣兒用著低沉的聲音，趴在傑克的肩膀上，一句句，慢慢的說道。同時自己也陷入了回憶中，「我和其他九十九個少女一起參加了名為人類最終計劃——
計劃很成功，百名少女同時成為了戰場上不敗的利器，機器人艦隊全面潰敗，人類一下攻佔回去多個星球。
戰爭勝利了，只有五個少女犧牲，卻摧毀了無數的機器人的艦隊。當時，我們百個生化少女成了人類的英雄。每當我們走到街道上，路人見到，都向我們打招呼，我以為，我就是人類的英雄。可是一個月後，恐怖的事情發生了，一號到第三十號試驗體，全體爆走，具體原因不明，只知道當時她們駐紮的那個星球上的所有的生命在108小時內被三十個最終兵器殺死。軍隊派出百萬戰艦，三十個最終兵器少女在摧毀了部分人類的艦隊後自殺了，自殺原因不明。
總之，從那天開始，我們這些原本就是孤兒的試驗體的生活就變了，任何星球都反對我們駐紮。為此，我們這些人只能被軍隊隱藏在軍事基地的試驗室裡。還好，也許是那些軍隊的高層看中了我們這些恐怖的殺人機器的價值，因此軍隊並沒有進行趕緊殺絕，但是許多姐妹經受不住這個打擊，自殺了，留下的只有不到三十位。」欣兒緩慢的一句句說著。雖然只是敘述個大概，但是傑克卻聽得心跳加速，最終兵器，小百靈留給自己的財富，不完成品被現在的人類研製出來，結果突然有一天，一部份不完成品由於某些問題，導致了人類和那些少女的決裂。
聽完懷裡的欣兒的敘述，傑克只能抱緊她，「放心，你們沒有罪過，相信哥哥我，人類會原諒你們的，會回到從前的。」此時，千心正躺在自己鬆軟的睡床上，粉紅色的臥室，房屋裡充滿了十八歲少女的溫馨。此時千心正躺在自己單人床上，雙手抱著一個大熊貓的布娃娃，看著粉紅的天棚，想著5年前的那場事故。作為知道前後因果的千心一直想淡忘，把那場最終兵器少女暴亂的事件忘記，但是今天傑克提起來，千心她才知道，那場事故除非徹底解決，不然很難從她記憶中忘卻。五年前的那天早上。「父親，你這是去哪？」還是十三歲的千心像個問題娃娃似的，整天提著問題，不過她卻不知道這個問題，是自己父親最後一次回答自己的。
「捕獲東尼維，最終兵器少女的製造者，從她口中得到最終兵器少女的設計書，只要我們天使要塞先得到它，宇宙就是我們的了。」為了從小培養自己女兒當一個合格的指揮家的千富雲不加思索的回答道。「最終兵器少女，就是我這幾天看到的那些記錄片上的少女嗎？她們好厲害啊。」當時還是十三歲的千心拍著說說到。「等父親我拿回來這些最終兵器的設計書，父親我製造好多那些少女陪我可愛的千心玩，好嗎？」天使要塞的總指揮千富雲說到。「爸爸，我想跟你一起去。」千心拉著千富雲的大手搖晃著昂求到。
就這樣，父女二人，帶著三千艘先遣隊趕到卡瓦特星，當時的最高實驗室，製造生化少女的實驗室。父女二人從指揮室下來，在大批的私家兵的簇擁下，來到了實驗室的外圍。此時數個人類軍事基地或要塞的頭頭，都親自或是派手下來到了這個原本普通的實驗室。實驗室中央的實驗椅子上，一個身穿白色工作服的中年少女正平靜的坐在那，她的身後一排30名最終兵器少女正靜悄悄的站在那。「東尼維，快把資料給我們東部聯盟吧，只要給我們，保你後半生過的無憂無慮。」千心身旁一個肥胖子說道，千心知道，這個胖子是一個可以和父親抗衡的勢力的頭頭。
「東尼維，資料交給我天使要塞最好了，我會出資給你繼續做著研究個，聽說你這個最終兵器計劃還沒有完備，相信只要和我們天使要塞合作，有了強大的金錢，一定能克服重重困難，研製成功的。」千心的父親也接著說道，用出資資助研究來打動尼雅，他知道，對於搞研究的人來說，每個人都夢想到一個優越的試驗室搞試驗。接著，還是小女孩的千
心，就聽到身旁的叔叔伯伯們，用一個比一個優越的條件來換取那個傳說中的生化少女的製造程序書。那些人邊說，邊看自己帶來的士兵，並且暗中下達這命令，一幅只要資料出現就搶得樣式。「錯了，我錯了，哈哈哈。
人類是貪婪的，我竟然已經犯了一次錯誤，把不該在這世界上出現的最終兵器帶到人間，就該一同的毀滅。祖師百靈的程序，又豈能給你們這些貪婪的人。本來我以為我會成為人類的希望，但是今天，看到你們的嘴臉，我才知道，我錯了，人類，擁有無盡的貪婪，程序，我死了，那些程序就一同毀滅吧，既然這樣，那我們就一同毀滅吧。」說完東尼維暗中點動了下身後的紅色按鈕。就看她身後的三十個少女，集體變成最終兵器的形態，和以往不同的血紅翅膀從她們身後出現，身體全被從肉體裡出現的機甲覆蓋，無數的激光束的火炮從少女的胳膊上豎起，接著嘴角里機械性的說著，「啟動終極毀滅程序，消滅一切生物。」接著，激光束向人們無情的掃射，而第一個被殺的就是已經沒有活下去的勇氣的東尼維。穿著一身白衣的東尼維第一個被她製造出來的惡魔的激光束齊射而死。
鮮紅的血液擊打在實驗桌前，不過她死前卻是面帶笑容，不知是笑自己還是笑人類未來的命運。「撤離，速度撤離。」在三十個最終兵器少女集體瘋狂後，所有的人類都被混亂的場面震驚了。三十道血紅的光芒，在人群裡穿插，一個個護衛被這些少女無情的殺害。人類帶來的那些小型的能量槍，即使擊中了也只能使得這些少女一頓，能量槍擊中後她們的機甲上一絲傷害都沒有留下。
「速度把我的女兒抱上逃離艦，起飛，回到天使要塞。」
千心的父親立刻囑咐一個手下說道。看著眼前的情況，千富雲知道，如果不跑，現在都點毀滅，對付這些最終兵器，而且現在看來，她們全身被機甲覆蓋，翅膀變為血紅，無一絲人類的的感情，殺傷力絕對恐怖，即使是戰艦也不一定能傷害她們。接著千心被強行抱著離開，從那一晚之後，她才知道，自己的父親不能再抱著自己了。接著，第二天，年僅十三歲的千心，按照自己的爺爺安排，成為天使要塞的總指揮。隨著千心長大，她逐漸瞭解到她被抱走後的情況，所有的人類戰艦，對著已經瘋狂的三十個最終兵器少女進攻，但是擁有靈活多變加上強大火力的機甲少女對著這些人類戰艦來說簡直是單方面屠殺。
這場連續持續了108個小時的屠殺，戰艦，一艘艘被最終兵器摧毀，人類第一次認識到她們不是天使，當天使的羽翼被鮮血染紅，她們將變為從地獄而來的惡魔。太空方面的艦隊，那些企圖控制住最終兵器摧毀這個星球上所有生命體，但是當他們加入後，起到的作用只是遲緩步入鬼門關得腳不。不得已，所有的軍方艦隊，只能撤離，逃離到宇宙外。通過衛星看著這個美麗的星球被三十個少女摧毀，在星球上的人們，由於最終東尼維的程序設定，只有一死，最終兵器的生物掃瞄系統，使得整個星球在108個小時內成為地獄。無數的軍人，在外太空戰艦裡，看著人類，被一個個最終兵器殺害，面無表情，身披血紅色機甲，背後兩個紅色翅膀的最終兵器們。
108小時後，三十個少女從程序中醒來，看到整個星球到處是人類的殘肢斷臂，而已經一片廢墟的星球，三十個少女立刻被眼前的景象驚呆了。回想到剛剛的一百零八個小時的經過，恐怖，三十個少女都不敢相信這是真的，自己的身體都不被自己控制，腦中只有一個思想就是殺死一切生物。恐慌，三十個少女立刻恐慌起來，罪人，十分鐘後，她們被眼前的景象崩潰了，最終集體自殺在星球的上空，三十到紅光墜落到大海裡。那一天後，被剪切的視頻錄像傳到網絡上，各個星球的政府，堅決反對自己星球上有最終兵器少女的駐紮，在他們看來，那些少女，是惡魔的代名詞，要是哪一天她們暴亂，毀滅的就是自己星球。
而這些最終兵器的暴亂原因，只有少部分人知道，並且這些人五年來一直沉默，在外人看來，這些少女的暴亂就是因為當初實驗出現BUG。千心慢慢從回憶中醒來，枕頭已經被淚水弄濕。