崑崙界中的NPC門派大致可以分為六類：
正道四大派峨嵋派、青城派、武當派、崑崙派；旁門四大派五台派、華山派、崆峒派、天師派；還有由散仙NPC主持的，如銅椰島、磨球島、金鐘島、天乾山、小春城、妙真觀等。
魔教因教義不同分為：天魔教，如鐵城山石神宮（隱藏門派），血神教（隱藏門派），赤身教；大阿修羅魔教，如火雲嶺、冷魂峪；還有兼修門派，百蠻山、滇西魔教等。
邪道門派：雲南竹山教，北邙山鬼宗，雲南百蠻山赤身洞（五毒教），玄陰教，南疆蠱仙門。佛宗門派：如小寒山、川邊倚天崖龍象庵（分支蘇州上方山鏡波寺）、百花山潮音洞（分支成都辟邪村玉清）、岷山玄女廟（分支衡山白雀洞金姥姥羅紫煙）。
青螺峪大型劇情任務之後，窮神凌渾的雪山派就會正式轉移到青螺峪。
除純NPC的天蓬山靈嶠仙府、東海紫雲宮外，上面這些，是只要玩家滿足一些條件（如正道門派要求功德值為正），都可以申請拜入的門派。一些人數很少的門派、自由NPC也可以收一些玩家為徒，不過入門條件較難，還要做拜師任務。還有最神秘的隱藏門派，論壇上眾說紛紜，不過目前還沒有被發現。