崇禎十六年七月，日本國內最大的反對派，起義軍總領袖被天主教徒們稱之為「天人」「天使」的天草四郎聯合薩摩島津以及日本國內各起義組織的首領，聯合發佈了「擁護天皇，打到幕府」的昭告。
倒幕組織提出了「還政天皇，仿明制建立政、軍兩院的構想」，廢除諸侯制度，廢除苛捐雜稅等等。
一場聲勢浩大，席捲整個日本的倒幕運動開始了！
由於事先實行了嚴格的保密，德川幕府根本就沒有收到一點消息，等到事情已經不可逆轉之時，各地反對幕府的隊伍如雨後春筍一般湧出之時，本來兵力就捉襟見肘的德川幕府就更加難以為繼。
短短半個月，日本各地烽火爆發，許多小諸侯在措手不及之下被起義軍打的打敗，紛紛向幕府上書求救，幕府軍大半與天草四郎對戰，哪來的兵力去替他們四處救火？
而在這個時候，兩支精銳的大軍悄悄的踏上了征程，一路宋獻策為主帥，趙率教為副帥，從濟州島出發，船艦兩百餘艘，除去海軍艦隊，登陸軍三個遼東精銳師，海軍陸戰隊一個旅，皇家特戰旅一個大隊，騎兵一個團共計四萬餘人，他們的目標是日本天皇所在地——京都。
另外一支艦隊，洪承疇為主帥，南京軍區副司令員熊兆璉為副帥，周文郁為總參謀長，率領船艦三百餘艘，登陸部隊六萬餘人，他們的目標是突襲江戶港！
兩支隊伍的旗號都是打著受日本天皇的邀請進入日本平息叛亂，幫助日本恢復和平，宋獻策這一支是打著保護天皇的旗號，而洪承疇則打的是「推到幕府、恢復天皇統治」的旗號。
八月初四，宋獻策率領大軍在日本福井西北部的若狹灣登陸，次日攻佔舞鶴。三日後大軍兵臨京都，京都的長住兵力只有不足兩萬人，而在幾代幕府將軍地努力下，日本天皇已經變成一個精神象徵，雖然他還是日本的君主，但基本成為傀儡了。除了保衛皇宮的幾千御林軍外，京都的幕府的駐軍根本不會聽天皇的指揮，而大明地軍隊來的不僅太快，而且太猛，根本就不給京都守軍一個反應的機會，大軍就進入了日本政治文化，以及象徵日本精神的中心，神聖之地。
大明的海軍可不比成吉思汗蒙古水師，為了今天這一仗，大明的海軍可是做了幾年的功課。情報收集，水文探測，若狹灣也只是備選登陸地點的其中一個，光是派遣進入京都的日本情報人員就有好幾百，還有不少自己本身就是日本人。
佔領京都後，宋獻策先是下令解除了所有日本被俘軍隊的武器，並且頒布禁止武器私藏地軍令。全城收繳武器，但凡有不交出武器的日本武士，一旦查出，將會處以極刑，為了顯示大明是來幫助日本天皇，回去其統治的誠意，宋獻策保留了那所謂御林軍的武器，不再收繳之列，其它只要是超過一定長度的刀具，都在收繳之列。在這個異域他國，決不能有半點仁慈之心，這會給自己帶來巨大的傷害的，而反抗地武士宋獻策都用雷霆手段給處決了，一時間，偌大的京都城居然找不到一個帶刀的武士！
戰爭爆發的實在是太突然了，日本國內根本就沒有一絲一毫的準備，大明會在這個時候派遣了如此龐大的遠征軍進入日本，而且一進來，就以迅雷不及掩耳之勢佔領了天皇所在地京都。隨著大批的武士被收繳了武器，反抗者遭到殘酷的鎮壓，震驚了日本國內！
佔領京都之後，宋獻策坐鎮，趙率教則率領大軍南下。所到之處。皆望風披靡，關西大部分城鎮皆落入大明之手。而與天草四郎對戰的日本幕府軍隊得知消息後，無心戀戰，正面戰場上被天草四郎的大軍擊敗，形成潰敗之勢。
很快日本本州島關西地區被大明、天草四郎和薩摩島津三方聯軍佔領，而四國則落入大明海軍之手，聯軍頒布特別地土地法令，將大名和他們的家臣、武士的田產分給沒有土地的窮人和百姓，並且減免一半的賦稅，此舉得到了佔領區百姓的擁護，島津家族和天草四郎的軍隊猛長，而大明則也得到了日本百姓的夾道歡迎，很悶聲的發了不少大財！
日本最富庶的地方不在關西，也不在九州，更加不在四國，而是在關東，那裡平原眾多，土地肥沃，又是幕府統治地江戶所在地，商貿繁榮，那裡才是日本真正的權力中心。
「宋將軍，京都是我們日本的國都，按照協議，你應該將它交給我們才是！」天草四郎迫不及待的想要將京都控制在自己手中，因為控制了京都，就等於控制了天皇，天皇在手，那自己就是正義的，挾天子以令諸侯嘛！
島津家其實也想，可自己地老家還在大明地軍隊的威脅之下，因此島津家可不敢正面地跟大明對上，就算他們現在實力大漲也不敢。
宋獻策冷眼斜視，道：「京都是本將軍打下來的，你們的天皇陛下也同意了本將軍對京都的控制，並且將京都和皇室安全交給了本將軍，按照我們的協議，誰佔領的地方就暫時歸誰統治，等推翻了幕府之後，再行商議，如果益田先生不想內訌的話，還請迅速組織你的軍隊，我們隨時準備進攻！」
宋獻策是不可能交出京都城的，因為日本在這一次戰爭後將會成為歷史，這裡將是大明的國土，天草四郎要是識時務的話，或許能博一場富貴，要是不上路子，野心太大的話，那只有死路一條了。
另外一邊，洪承疇攻打江戶港出了些麻煩，畢竟鑽到人家肚子裡來了，被發現了，德川家光有了準備。
有了準備的仗就不那麼好大了，好在很少有敵人能從海上突然進攻江戶港。港口的防禦設施連當初的那霸港口還稍嫌不如，就斷德川家光緊急徵召了數萬士兵，其中還包括一萬兩千多的常備衛隊。
德川家光還是蠻有軍事頭腦的，他知道大明來勢洶洶，又都是裝備精良，脆弱的岸防是擋不住大明海軍犀利的火炮地轟炸的。最後只能白白犧牲，所以他乾脆放棄了江戶港的防守，而是收縮兵力，集中對江戶城的防禦。
敵強我弱，兵力懸殊，將敵人放進來打，利用己方的地利、人和的優勢抵消對方裝備地優勢，這無疑是最好的做法了，只可惜他碰到了洪承疇，更加沒有想到的是。大明謀劃日本已經不是一天兩天的事情了，情報組織早已對江戶城進行了長達數年的滲透，利用日本外藩與幕府之間的嫌隙，大明掌握了德川幕府幾乎所有的軍事部署以及官員情報，故而雖然德川家光加強了對江戶城的防禦，但在洪承疇眼裡，這些不過是形同虛設。唯一能給大明軍隊造成威脅的也可能是日本軍隊那種悍不畏死的武士道精神了。
德川幕府統一了日本，卻未能建立中央集權。實際上，它僅僅建立了一種雙方共管體制：一方是以幕府首都江戶為基地地幕府統治，另一方是各領地上自治的大名政權。換言之，是德川統治機構和地方藩國政權的混合政體。這一混合體與幕府政權的雙重基礎相一致。一方面，幕府擁有德川家族的領地，所謂的「天領」，約佔全國土地的四分之一，比任何封建家族擁有地土地都要多得多。「天領」均居於東日本海岸以及中部平原的戰略要衝。這些土地半數由幕府機構直接管理，其餘則分成小塊交給德川家的「旗本」經營。棋本人數在五千人左右。此外，幕府首先要依靠二十家左右與德川家同族的豪族，或稱「宗藩」，他們有資格提出幕府將軍繼承人。其次是人數眾多的較小領主，他們是在德川家康當將軍前已忠誠於他的地方臣屬。這些人構成所謂「譜代」或稱「內藩」大名。
幕府力圖通過聯姻政策把各個大名與德川家族聯繫在一起。此外，大名必須在首都江戶留有寓所，每六個月或一年搬遷一次，當他們回到自己的藩中時，要將家屬留在京城做人質。這個所謂「參覲交代」制度的目的在於長期監視各地諸侯的行蹤，阻止他們在各自地要塞中採取任何妄動。這一體制依賴一個密佈的告密者、監察員系統維繫。該系統便是幕府的情報部門。幕府通過國內護照以及路卡嚴格控制交通要道。政府對海上運輸制定法規，尤其禁止建造超過一定規模的船隻。大名獲准只能保留一個城堡，其武裝扈從的數量由幕府官方名冊規定。藩不必交納租賦，但在幕府出現額外開支時，應按要求交納貢賦。
事實上。其真正權力小於名義上的主權。而且，兩者之間的鴻溝還在與日俱增。德川幕府的締造者德川家康在關原之戰中打敗了與之競爭的西南部軍閥。但並未摧毀之。德川幕府治下的大名有二百五十至三百戶之眾，其中大約九層代表外藩。他們並非德川地舊部，其中不少人還與德川打過仗。外藩被視為幕府傳統的、潛在的敵對勢力，並被嚴格排斥在幕府政權之外。他們擁有面積最大、最富庶的領地：日本十六個最大的藩中至少有十一個是「外藩」。這些藩均位於國家西南或東北部地邊遠地區。「外藩」佔有全日本四成地土地。但是，事實上，他們的財富和實力比幕府地統計資料披露的官方數字要強大得多。而薩摩島津就是其中之一，到倒幕運動之前，薩摩島津已經擁有了將近兩萬多武士，這遠遠的超過了幕府對他的限制！
而在倒幕運動中，許多地方大名投靠的對象也都是薩摩島津，因為薩摩島津才是他們利益的代言人，也許推翻了日本幕府之後，島津家族上台之後，他們會獲得更大的權益，而部分被殺的大名治下的地區多數投靠的是天草四郎，畢竟天草天草四郎有個神話的化身，不少人還懷念小西行長的時代，加上天草四郎身上還籠罩著一層神話色彩，許多日本人都相信他會是領導日本走向輝煌的偉大人物！
內藩和外藩的矛盾都在倒幕運動中激發出來，不服從德川幕府統治的外藩大名們希望能從倒幕運動中更進一步，甚至或許自己會是下一任幕府將軍，就在他們開始行動起來的時候，一個震驚的消息傳來，江戶被大明遠征軍攻破了，德川幕府垮台了！
為攻破江戶城，洪承疇也費了不小的代價，最後幾乎將江戶城給炸平了，傷亡將近一萬多人，才拿下了江戶城，德川家培養的武士果然十分厲害，要有偷襲的忍者這些都是傷亡的主要原因，這一戰下來，江戶城幾乎沒有活下多人，不知道有多少人被埋在瓦礫之下，直到許多年後，人們在清理廢墟重建之時，還能從地下不斷的挖出白骨來！
就在天草四郎還幻想著自己將會成為日本主宰，成為比豐臣秀吉、織田信長更偉大的存在的時候，大明遠征軍已經完成了對日本精神聖地京都以及日本統治政治中心江戶城的佔領！
當日本皇太子紹仁指著宋獻策的鼻子大罵大明背信棄義的時候。
宋獻策非常平靜的道：「我背信棄義又怎麼了，反正歷史都是由勝利者書寫的，在史書裡，將會是你們求著併入我大明，什麼背信棄義的詞都將不會出現！」
日本的精神象徵明正天皇倒了，因為她已經無能為力了，因為她已經成為一個階下囚，接下來的時光將會在那個遙遠的國度裡度過了，雖然那將也會是自己的國度。
天草四郎的軍隊在宋獻策的眼力最多跟日本幕府的武士軍隊差不多，雖然裝備了跟日本幕府差不多的武器，火槍和大炮，但比起精銳的遼東軍來說，那還差上一個檔次，因此天草四郎反抗的話，遲早也會成為歷史的。
隨著德川幕府的倒台，日本國內再沒有一支可與大明抗衡的軍隊，控制了日本天皇之後，洪承疇迅速指揮大軍開始對日本國內反對勢力的征討，只要是反抗者，皆悉數被殘酷鎮壓，此戰過後，除了那些見識的早的，知道抵抗是死路一條的投降派，日本國內幾乎沒有什麼像樣的諸侯勢力了。
次年，薩摩島津宣佈解散軍隊，投降，天草四郎即他的數萬天主教徒拒不投降，全部被斬殺！
至此，日本國亡！