數反對的情況下，人心、士氣都不穩，秦良玉也不能只能暫時同意了以守為主的策略。
就在眾將還沒有散去之前，總督朱元身邊的一個親衛匆匆跑來稟告，說總督朱大人怕是迴光返照了，要見秦良玉以及眾將軍最後一面。
秦良玉與眾將俱大驚失色，要知道總督朱元現在是所有人心中的核心骨，一旦他出了什麼事情，絕對對軍心士氣有著極大的衝擊，正是因為這個，全重慶城的名醫都讓秦良玉給請過來了，希望能醫治好朱元，就算醫治不好，至少現在這個時候能吊住他的命，否則局勢就將更加混亂不堪，許多將領必然不服自己統帥，未戰恐怕自己內部就先打起來了，一想到這裡，秦良玉陡然升起一絲無力回天的感覺。
秦良玉第一個走進朱元的病房，身後跟著杜文煥以及一眾將領也都陸續走了進來，每個人臉上都顯得非常的沉重。
總督朱元已經讓人給扶著坐了起來，臉色異常的潮紅，整個人看上去似乎精神了許多，一望便知是迴光返照的徵兆。
朱元沒有隨蜀王反叛，這已經讓秦良玉心中那塊巨大的石頭落地了，不管是做巡撫還是總督，朱元對他們這對孤兒寡母的都甚為照顧，而且在四川地面上，朱元也算的上是一個好官，尤其在大是大非上不隨波逐流，軍事指揮上也很有才華，所以秦良玉內心裡是極不願意看到這樣一個人老來失節，成為千古罵名。
「朱老大人？」秦良玉上前輕輕的喚了一聲。
朱元聞得聲音，緩緩的睜開了眼睛，先前的渾濁不見了。又恢復了已往的清澈，嘴角微微一笑，看到一屋子的人，緩緩道：「秦將軍，你們都來了？」
「大帥，文煥對不起您！」杜文煥從秦良玉身後走了出來，雙膝落地，跪在堅硬地青石磚上，眼圈剎那間就紅了。
緊跟著杜文煥身後頓時跪了一地，個個都垂下了腦袋。房間裡頓時瀰漫這一股悲涼的氣氛，就連秦良玉這個素來堅強的女人都忍不住心中一酸，差點也跟著一起跪下了。
「文煥，你沒有對不起我，這是我咎由自取，罪孽深重呀是我的錯誤估計，蜀王又怎麼得逞，你先起來吧。」朱元在四川十多年，從參政的位置一直升到總督。全憑的是自己的本事，不然他一個文人又能如何受到這麼多將領的尊敬呢。
杜文煥知道朱元的脾氣，向來都是說一不二，抬頭看了朱元那雙不怒自威的眼神。緩緩地站了起來。
「你們也都起來吧，我有話要說！」
片刻，所有將領都站了起來，聆聽朱元的訓示。
「本督知道自己時日不多了。臨走之前有些事情要交代一下，秦將軍。」
「秦良玉在！」
「在朝廷沒有選派新的總督過來之前，本督授命你掌管本督所有印信。可暫行總督所有職權！」朱元沉聲道。雖然他也知道這不合朝廷的法度。但事有從權，眼下他只能這麼做了。朝廷總不會去怪罪一個死人吧？
沒有人敢反對，秦良玉知道這個時候不是你推我就的時候，當即半膝跪下道：「秦良玉謹遵大帥之令！」
「好，有你主持大局，本督也走的安心。」朱元臉上綻放出欣慰的笑容。
「眾將聽令！」朱元突然臉色一變，嚴肅的喝了一聲道。
「標下在！」杜文煥等一眾將官通通再一次跪了下來。
「這是本督臨死前最後一道軍令，就只有四個字，主動出擊！眾將可都聽明白了嗎？」朱元似乎用盡自己最後的力氣大聲道。
「謹遵大帥軍令！」眾將都在心中一顫，異口同聲道。
秦良玉的眼睛濕潤了，她怎麼也想不到朱元最後一道軍令是為了成全自己，這是為自己統領這群將領打下第一道基礎，進而上下一心，取得平叛地勝利。
「大帥去了！」突然杜文煥的一聲悲呼，眾將紛紛從地上爬起來，簇擁上前，看到的是緊閉著雙眼，沒有任何呼吸的朱元，想來是剛才透支了所有生命力，終於油枯燈盡了。
崇禎元年十一月十四日黃昏，四川總督朱元病逝，由石柱總兵秦良玉暫代總督職權，三日後，率大軍四萬出戰蜀王叛軍，半個月後攻下成都，一月之內橫掃四川全境，天下震動，諸王懾服，莫敢異動。
吳黑苗大敗，死傷兩萬五千有餘，元氣大傷，什麼湘西土司領主結盟大會都煙消雲散了，逃回麻陽，收攏殘部地吳黑苗簡直氣的快要發狂，瘋狂在控制區內徵兵，以補充自己在燕子溝一戰巨大的損傷，至於他與麻姑的婚事被無限期地擱置，得了四尊火炮的麻老官實力大增，尤其是州城中麻貴率領的自家四千人馬沒有參與燕子溝一戰，順利地撤回了老城，雖然還是那麼多人馬，對比起來，實力不減反增。
洪承疇也不好過，除了先前詐敗誘敵之策損失五千之外，燕子溝一戰，也損失了將近五千人馬，加起來也有一萬了，這樣地損失還是大軍進入湖廣境內最多地一次，雖然現在佔領了州城，對吳黑苗形成一個巨大的半包圍，但由於兵力不足，很容易再一次被吳黑苗大開缺口，尤其對手手上還有四尊火炮，雖然沒留下多少炮彈，但足夠人家打開缺口了，洪承疇現在最希望地是賀人龍的兩萬人馬趕快過來，好補充兵力的不足。
就在洪承疇一籌莫展之時，一個消息從黃宗羲處傳來，失去聯繫許久的曹虎奇襲了鎮溪所，就出了那裡面被苗人關押的近五百名大明士兵，現在正據守那裡，竿子坪長官司田家集中了盡一萬五千人的兵力圍攻鎮溪所，形勢萬分焦急，曹虎派出了十個人潛會來報信，能活著回來的就只有一個人，這個人還身中毒箭，強忍著最後一口氣把情況說了之後就不甘心的嚥氣了。