於巡撫是過去朝廷臨時選派的官員，以至於一些比較重城也都派出了巡撫的官職，由於重新劃分了身份，這些人的去留就成了問題，跟內閣緊急磋商了一下，年紀大的超過六十五歲朝廷硬性規定不再擔任任何職務，病重不能處理分內的事務的，勒令其退休，朱影龍第一次將「退休」這個名詞搬出了歷史舞台，朝廷每年都給予發放退休金，雖然這一項開支下來增加了國庫的負擔，但他的好處就是明顯的調動了官員積極性，從原來的一次性的告老銀子變成了年年都給，豈不是讓這些官員老了以後離開官場後生活有依靠嗎，特別是清廉的官員，雖然這些官員在大明的官場是鳳毛麟角，但這項政策確實解決了他的後顧之憂，除了在心裡面大呼皇上聖明之外，就是為朝廷踏踏實實的工作了。
這樣一來，去掉官場之中一些老邁昏聵的官員，使得官員年輕化、朝氣化更加富有活力和創新力，還有新科的進士，除了幾個比較適合做學問的，朱影龍打算經過一些如何為地方父母官的培訓之後全部外放，這些培訓涉及很廣，配合朝廷這第一部一系列新政策的實施，他們需要在京太學中度過他們一生都難忘的三個月，給他們授課的不僅有六部尚書還有許多專業的人才，雖然這些人飽讀詩書，但就如何做好官還是比較陌生的，經過短暫的學習之後，瞭解各人所長之後，吏部就會委派他們與之相應的官職，朱影龍更是不斷的在朝會上強調，要才德兼備最好。在適當的情況下，可以放寬德地標準，畢竟這個世界上才德兼備的人實在是太少了。在這以後，太學逐漸成為國家培訓官員的機構。
隨著劉鴻訓帶著和約順利返京，朱影龍當眾褒獎了一干官員，並且趁這個時機，下詔設立理藩院，負責國家在外交以及屬國上的事宜，通商、糾紛談判都將由理藩院來完成，以劉鴻訓為尚書。劉宗周為侍郎，跟誰劉宗周出使蒙古和參加談判的一些官員全部劃歸到理藩院，同時為了增進雙方的互信，朱影龍特旨理藩院著手準備向各藩屬國派出常駐公使，建立公使館，享有一些特權，不屬於藩屬國的暫且不考慮，這也是一個不能急辦的事情，否則便讓個藩屬國以為大明這個天朝上國意圖干涉他們的內政，由於這個是雙方面的。所以相信問題不大，但需要一定地時間。
做什麼事情都需要錢，在市舶提舉司的基礎上設海關司，負責通海貿易。由於海上海盜猖獗，還有要收復江南半壁江山都需要一支精銳的水師，所以朱影龍在財政吃緊的情況下不得不下詔組建一支水師，正式為大明帝國海軍。並且在山東蓬萊、青島兩地修建大型船塢和造船廠，以荷蘭人的戰船模型打造軍艦以及各種民用海上運輸船隻。
一去永無音訊的湖廣總督王在晉終於有了消息，他居然是從廣西、廣州輾轉到達福建。然後在葉向高的幫助下。乘坐鄭芝龍為朝廷在福建購買的糧食的海船上到達天津。馬不停蹄的返京覆命。
王在晉回京後，朱影龍在養心殿召見了他。一去大半年，不管這王在晉在雲南取得地成果如何，就是憑他對朝廷的這份忠心，走的時候，他還特地為這位被後世史學家批評不懂軍事，瞎指揮的遼東經略兵部尚書餞行，那個時候他額頭上很幾乎看不到太深地皺紋，頭髮也只是稍許白了雙鬢，而現在他看到的是一個滿臉皺紋，被曬的黝黑小老頭，壽的眼窩都塌下去了，幾乎都不敢認了，脫去官帽，一頭花白地頭髮印入朱影龍的眼簾，還好的是，人倒是精神了許多，雙目炯炯有神，他不禁鼻子一酸，有些感動，道：「王愛卿，是朕讓你受苦了！」
「謝皇上眷顧，老臣職責所在，理應如此。」王在晉俯首應聲道。
「來人，那兩把椅子來，朕要與王愛卿面對面地坐著談！」朱影龍朝殿外喝道。
「不，不，皇上，這使不得，使不得呀！」王在晉慌忙跪下道。
「老愛卿不必如此，快平身，朕可是等著你這一路地故事呢，你地奏折朕看了，就是不夠仔細，朕想聽你仔仔細細的將這一路地經過與朕說一說。」朱影龍忙彎腰下去將人扶了起來道。
「謝皇上隆恩。」王在晉感激涕零的坐在朱影龍對面，開始滔滔不絕的將自己一路艱辛，又是怎麼樣和朝廷失去聯繫，怎樣到達雲南，又是怎樣見到國公沐啟元，如何說服沐啟元保持中立，又是怎麼輾轉經過廣西、廣州到達福建，如何得知福建已經被朝廷控制，又是怎樣在福建總督葉向高老大人的幫助下乘坐鄭芝龍的海船回到天津的一路經過說了出來。
原來他們一行數十人從四川經貴州入顛，中途遭到魏忠賢派去的東廠和錦衣衛的伏擊，身受重傷，逃出僅僅五個人，在一苗家寨養傷兩月有餘，在這期間五人當中又有一人傷重死亡，當地大夫極少，醫術不怎麼高名，四人化妝成苗人輾轉來到大理，所幸的是身
和一些重要的文書沒有丟掉，這才見到了有王之稱啟元，又遇到魏忠賢派去雲南的使者，由於他們實力太弱，不得不身入虎穴，抱著不成功便成仁的心裡，住進了國公沐啟元的山莊，使得魏忠賢派去的人難以加害他們，同時也把自己的生死交給了沐啟元，萬一沐啟元倒向魏忠賢，那他們幾個的人頭就成了沐啟元歸順魏忠賢的厚禮，幸運的是，沐啟元雖然有些糊塗，但他有一個不糊塗的兒子沐天波，雖然朝廷的條件實在是豐厚，但還是在沐天波的勸說下，沐啟元沒有接受王的封號，並且在沒有弄清楚真實情況之前，雲南願意兩個朝廷之間保持中立。也算的上取得了一個不小地成果，但這個中立的姿態現在對朱影龍影響不大了，原先想以沐啟元在後面牽制魏忠賢，現在福建在手中，除非沐啟元混蛋到與魏忠賢聯手，否則，江南半壁江山魏忠賢勢力能達到的就那幾個，還有四川這個天府之國在手，北方糧荒得到大大的緩解，可以說朱影龍的北京政權已經穩固下來了。
朱影龍下旨重賞了王在晉等人。並且讓王在晉以太傅的職位致仕，在京賜給一座宅院，留北京大學任教，從位列三公之一太傅職位上致仕，這是多麼大的恩典，王在晉喜極而泣，謝恩而去。
王在晉同時給朱影龍帶來了葉向高等福建官員的部分奏折，其中居然還有一份鄭芝龍托他轉給他的親筆信，信中說他願意接受北京朝廷的招安，其原因朱影龍從葉向高給他地奏折中倒是看出一點端倪、
荷蘭人侵佔台灣以後四年。從今年年初，荷蘭殖民主義者派出大批經過訓練的傳教士，到台灣各地去傳教。命傳教士在各地創辦小學，講授荷蘭文和基督教的新舊約全書（即聖經）。不肯入學的兒童。或用發給衣服和學習用品等物質引誘，或用對家長課以罰款的手段強迫。荷蘭傳教士表面上幹的是傳教和辦學校的工作，暗地裡卻從事搜集政治經濟情報的間諜活動。他們常常被召去參加討論統治方針的會議，為殖民統治當局出謀劃策。他們還兼營商業。發放高利貸，收購鹿皮等，實際上他們是荷蘭殖民主義者統治台灣各族人民的一支別動隊。鄭芝龍在台灣北部建有城寨。大量從閩南移民開墾土地。他地勢力現在受到荷蘭殖民者的嚴重挑戰，一山不容二虎。荷蘭人是不容許他的存在，而他也不允許荷蘭人的存在，荷蘭人背後還有一個國家，而他一個海盜出身，根在福建，家人、族人都在福建，所以他也必須找到可以幫助自己對付荷蘭人地強大力量。
荷蘭殖民主義者的另一種掠奪方式是進行壟斷性的貿易。他們用只能做一餐飯的麵粉，或只能做一件衣服地棉布，有時甚至只用一袋煙，就從高山族人民手中換取一麻袋米，一袋糖，或一對鹿角、一張鹿皮。然後將這些不等價交換得來的貨物，運銷中國大陸或日本。再從中國換走生絲、絲綢、茶葉、瓷器、藥材，從日本換走白銀。又把中國的貨物運到印度尼西亞、日本或荷蘭去銷售。然後把從印度尼西亞用低價收購來地香料、胡椒、麻布、木棉、錫、鉛等，轉銷到中國。這樣賤買貴賣，從中牟取暴利。更可惡地是他們還在印度尼西亞等地種植鴉片，運入中國，毒害中國人民。據荷蘭殖民機構東印度公司地賬目顯示，他們每年要從台灣掠奪七八千擔糖，一二十萬張鹿皮，幾萬擔大米和其他許多土特產，他們的商業利潤高達100－300。這種貿易手段使得做海上運營地鄭芝龍損失很大，尤其是荷蘭人逐漸主動與日本政府接觸，使得他在日本國內的政治優勢逐漸喪失，利潤逐漸被荷蘭人侵吞，雖然現在勉強能維持，但難保幾年後會變成什麼樣，所以鄭芝龍想找一個強大的靠山，這個靠山是誰都不要緊，只要能給了他大明官方的身份，得到國家的，為他打江山，這或許就是鄭芝龍現在的心思，如果不出自己所料，南京魏忠賢的案頭上不久或者已經擺放了一封與之內容相仿的信件！
史載鄭芝龍對當時的台灣島興趣不大，不然也不會在歸順明朝之後遷居福建老家了，為何現在他的想法會於歷史上的鄭芝龍大相逕庭呢？這個問題朱影龍自己一時也想不通，但這不會沒有原因的，他相信。
雖然鄭芝龍這些自私自利的想法有些令人不舒服，但這也不能說什麼，至少他還是一個中國人，知道去打擊侵略自己國家的敵人，雖然他的動機不純，可以說不安好心，說不定等拿下台灣，就可能會野心蓬勃，割據一方，但這個時候他既然要打荷蘭人，站在中華民族的高度，接受鄭芝龍的招安是勢在必行的，難就難在決不能讓鄭芝龍成為另外一個毛文龍，為此事，朱影龍想起了一個人，這個人就是新科進士陳子華。
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