影龍一直就想將軍、政兩個系統分開，但前面一陣子邊關還在打仗，所以他暫且將這個想法擱下了，現在他已經決定裁撤京營，編練新軍，而且現在朝廷這個所謂的五軍都督府也差不多名存實亡了，大半官員被魏忠賢裹挾南逃，五軍都督府好些官員都是被魏忠賢和客巴巴的親戚擔著職務，還都有爵位，現在他們都隨魏忠賢南逃，正好給了他這個機會，越想越覺得可行，挑這個時機一舉廢除五軍都督府，設立一個統一的軍事指揮機構，就是軍機閣，想到這裡，朱影龍立刻宣佈擺駕文淵閣，召集六部閣卿商議這件大事，同時命人將京營的代提督陸皓天也喚了過去。
皇上突然召集六部閣卿商議大事，這讓大臣們都嚇了一跳，還以為發生了重大之事呢，還不急急忙忙的往文淵閣趕來。
「朕突然召大家來，是為了一件很重要的事情，關係到我大明朝長治久安，國祚永長的大事，」朱影龍看自己要求前來的人一個不少的都到了，命人關上會議室的大門，很鄭重的開口道。
孫承宗就在這文淵閣辦公，朱影龍事先已與他有了溝通，況孫承宗一直主將廢除文人掌兵的弊規，設立軍機閣的正好將這一弊端完全解決，從此文不掌兵，武不干政，至於廢除五軍都督府，更重要的一點，是朱影龍這個皇帝要把軍權全部抓到他的手裡來，等朱影龍開場白說完。孫承宗開口道：「皇上決定設立軍機閣，廢除五大都督府，全國兵事將由軍機閣全權處置，兵部從此將直接由軍機閣節制。」
這個決定一經宣佈，會議室中原本還因為匆忙趕過來氣喘吁吁地聲音頓時就聽不見了，那是一陣短暫的寂靜無聲，各人的腦袋中都在飛快的運轉著，他們有的在想皇帝此舉僅僅是自己抓兵權呢？還是有其他什麼目的？還有的像黃尊素等人則表現的非常平靜。似乎一經料到皇上會怎麼做。只不過一開始地驚訝是吃驚皇帝動作比他們心中預計地要快了些。
「微臣敢問皇上。軍機閣與內閣是誰領導誰呢？」刑部尚書楊鶴站起來問道。
「軍機閣是獨立地，內閣無權過問軍機閣的軍務，同樣軍機閣呀無權過問內閣政務。」朱影龍道。
「微臣請問皇上，軍機閣大臣都由哪些人組成？」禮部尚書黃尊素問道。
「軍機閣不設首輔大學士，直接對朕負責，暫設軍機副相一名，要員若干。這個具體待定。」朱影龍想了一下，回答道，「軍機閣成了之後，各部凡是涉及軍事方面的包括一系列官員和事務全部移交軍機閣，像工部的各種兵器，鎧甲、軍服的製造等等。」
這下所有的官員都明白了，這軍機閣是要獨立成一個系統了，以後的六部恐怕要改成五部了。這不僅僅是一場改革了。而是大明朝文武徹底地要分家了，所帶來的影響根本無法估量，聽著皇帝的這些話之後。在場許多人官員，包括孫承宗等嫡系官員臉上都露出凝重之色，弄不好，這是要天地變色的，他也沒有深深的想過皇上設立軍機閣的真正的用意，原來居然是徹底的實行軍政分開，文官只有管理政務地權力，而軍權卻牢牢地被皇上抓在手裡，國家以後等於皇帝想怎麼幹就怎麼幹了，這豈是文官士大夫階層所能容忍的嗎？他們拚命的想削弱皇權，到頭來皇權還是被鞏固到了皇帝手裡，他們豈有不反對之理？
「皇上，萬萬不可，萬萬不可呀！」老臣韓爌出言反對道，在座地大臣中就屬他的資格最老，也就他敢說出這樣的話來，孫慎行固然一直跟朱影龍唱反調，但他那是真心為國，不是為自己手中的權，而韓爌這些老臣，屬於東林一脈的，這些人的政治意圖，就是以他們的想法來改造這個大明朝，如果把權力都集中到了皇帝手裡，那他們豈不真的成了提線的木偶，任由皇帝擺佈嗎？
「韓老愛卿，你倒是給朕說說，為什麼不可嗎？」朱影龍想透了這一點，心中未免不悅，現在這個時候只有把權力集中在他一個人身上，才能帶腐朽的大明朝走出困境，你們要限制和分出君主的權力也不應該是在這個時候！
「啟稟皇上，老臣認為皇上的用意是好的，但……」韓爌不愧是飽學之士，一通話是口若懸河，滔滔不絕，說的在做的幾位大臣都深表贊同，紛紛諫言，朱影龍聽了之後，先是憤怒，後漸漸平復情緒，慢慢的冷靜下來，自己的想法雖然好，但明顯忽略了一點，就是明朝的內閣制，已經大大的削弱了皇帝的權力，封建頑固士大夫的力量不容小視，即便自己把黃尊素等人同化了跟自己一致，但他們畢竟就只有幾十個人，就好比一瓶墨汁灑入大海，很快就被海水將其溶的跟海水一個顏色，再也分辨不出那是墨汁哪個是海水了，看來自己急功近利的毛病又犯了，包子也是一口一口的吃下去的，想一步到位，除非是革命，改革似乎永遠做不到。
「朕剛才思考了許久，認為韓老大人的意見很是中肯，朕決定採納他的建議，軍機閣的設立只是代替了原來的五大都督府的職權，合五為一，同時賦予它在朝廷內外軍機上的決策之權，原本五軍都督府就歸兵部統一管轄，現在朕也這麼做，原內閣首輔大學士兵部尚書孫承宗改任軍機閣軍機副相，他的內閣首輔大學士的職務暫有韓爌韓老大人擔任，你們看如何？」朱影龍不得已只得轉過彎來道。
韓爌等人見皇帝從善如流，內閣首輔大學士的位置也到手了。自然大呼「皇上聖明」，決議就這麼通過了，非信王潛邸嫡系勢力正是抬頭，尤其他們當中多是東林黨人，韓爌地學生李標任吏
郎，戶部侍郎羅喻義，詹事府詹事姚希孟，這些都是爌的東林名人。朝中百分之四五十的官職都被東林黨人把持著。果然不幸被朱影龍言中了。如果救下高攀龍等人，恐怕局勢比現在還要嚴重，最起碼，黃尊素等依附他的東林黨人還不至於站到韓爌他們這些人當中去！
偏偏朱影龍卻不得不依賴這些所謂的進步人士，歷史上的著名鬥士們，雖然最後這軍機閣還是成立了，朱影龍也意識到自己的錯誤。但是他心裡還是窩著一團火，恨得把這些東林黨人也跟那一萬名武閹一樣，一把火燒個光光，來個一了白了，但是理智又告訴他絕對不能意氣用事，唯有忍，忍到將自己的人才培養出來，忍到這幫人都進了棺材。可就算自己能等。別人能讓自己等嗎，皇太極能讓自己等嗎？
孫承宗請軍機閣人員名單，除了他本人。計有，開國公常炎林、原後軍府都督中山王徐達之後徐允禎、英國公張國維（懿安皇后張嫣地叔叔）、遼東經略兵部侍郎袁崇煥、遼東巡撫加左都御史雄霸（寧遠大勝之後新封），以及各省地總督，人數還不少，在京地就兩三位，其餘的都在外地，朱影龍這個名單看都沒看就准了，因為他知道孫承宗一定比他考慮的更加全面，什麼人能進，什麼人不該進，他拿捏的火候比他強多了。
既然直接撕不開這張士大夫勢力之網，還有那幫子自以為是的東林黨人，看來要實行拉攏、分化的辦法了，還要讓官員年輕化，他們更加容易接受新事物，新的思想，所以大學這塊陣地地的爭奪必將掀起一場沒有硝煙的戰爭，千萬不能讓東林黨把這塊至關重要的陣地也搶了過去，那說不得最後自己只有動用武力，以結黨的罪名將這些人清洗了，說實在話，他根本不想怎麼做，因為東林黨人關係盤根錯節，又是師生，又是同年的，要不怎麼說中國人的人情關係實在是太複雜了，中國人有一半的精力都放在處理複雜地人際關係上了，不讓中國早就火箭式地騰飛了，但就是這種複雜的人際關係造就了中國人一副聰明無比的大腦，所以他永遠都能屹立不倒！
年輕地官員中，史可法當推第一，接下來是黃尊素、魏學廉、楊之易、何騰蛟、張傅和張采兄弟，還有就是幾個專工的人才，如宋應星、瞿式等幾人。這些個人才才是自己最貼心的力量，這些人要把他們放到北京大學去給那些舉子秀才們上課恐怕沒有那個能力，他們只能去清華，清華可能起初會困難一些，但慢慢的，朱影龍希望能培養出一些各有專長的人才，到時候利用這些人才，一步一步的改變人們的思想理念，還要確立一種信仰，一種哲學觀念，不然即便是一時在自己的這個皇帝的強勢下佔了上風，到頭來人家憑借這強大深厚的基礎，還是會輸的，中國就是這樣被這些人抬以大義實際圖謀私利的借口葬送了一個又一個永遠成為天朝上國的機會。
有漢以來，儒學變成了封建統治的唯一統治哲學，雖然他也借鑒吸收了其他一些學說的觀點，比如將皇帝神話為天子，君權神授，讓皇帝變的至高無上，即便是王子犯法於庶民同罪，也只是到王子這一層，而皇帝卻高於法律，永遠都得不到制裁，除非被人推翻了，他永遠都是對的，不關是螻蟻百姓，還是王公大臣，他們要維護的就是皇權君威，這就是所謂的愚忠，而那些不愚忠的人，就是心懷不軌，他們維護的是自己的權勢和富貴，甚至也想做皇帝，嘗一嘗君臨天下的滋味，所以朱影龍並不決定摒棄這一點，這種理論固然是不對的，但不適合他現在這個時候把它推翻，在這個前提下，形成一個新的「求實，務真，實踐，真知」哲學理念，然後拋出「實踐是檢驗真理的唯一標準！」將改革派的力量聚集在一起。
同時還有一個非常尖銳的矛盾，那就是「皇權」和「相權」之爭，君強則相弱，相強則君弱，這不僅僅是皇帝跟宰相之間的權力鬥爭，而是代表皇權的皇帝與士大夫階層的兩個政治團體的較量，而朱影龍現在就處於這種對抗之中，禮法，祖制以及各種看不見卻實在的利益，千萬不要把東林黨人看得多清高，看得多偉大，他們也是人，他們一種新型的士大夫階層，他們求變，雖然在一定程度上也是為了國家，但他們的目的還是衝著權力過去的，他們希望拿到權力，以自己的想法來改變國家，而這個是不現實的，因為他們本身就沒有一個統一的綱領，而且相互之間還勾心鬥角，意見不統一，即便是朱影龍沒有變成現在的朱由檢，或者是朱由檢將權力全部交給東林黨人，明朝還是亡國，因為封建的文人有一個最大的毛病，驕傲而且自以為是！憑這這些人的所謂一身傲氣，想阻擋後金的鐵騎，入以卵擊石，因為他們沒有認清國家敗亡的本質不在閹黨之上，而是在他們自己本身，改變大明朝的命運不僅僅是刷新吏治，革除弊端，發展商業，開放海上貿易和禁止閹黨黨禍就能達到目的，這些只能延緩它亡國的時間而已，真正的改革應該是從制度上，改德治為法治，發展科技，強人強體魄，強國強軍，廢除權貴特權，包括皇帝本人的一些權力，雖然在中國這個多民族國家很難實現君主立憲這個國家政體，但朱影龍不需要考慮這些，他只需要考慮到他在位的時候，這個國家將會成為世界上最強大的國家這就夠了，後人自有後人福嘛，再說他有不是神，能達到這個目標他已經很滿足了。
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