關於氣功有很多未解之迷，氣功大師們眾說紛紜，氣功研究人員各持己見。用自然科學勉強解釋部分氣功現象時自相矛盾，大部分現象則無從解釋。
氣功是在放鬆、入靜後的意念引導下（調神，有的功法只要求放鬆、入靜，不要求意念），通過調整呼吸（調息，有的功法只要求呼吸自然）和一定的姿勢或動作（調身）而使身心得到自我調整的修練方法。調神、調息、調身又稱為氣功三要素。
修練氣功最基本的功效是身心得到調整，強身健體，進而可以防病治病，延年益壽。修練到一定程度時，則可以使修練者的意思境界不斷提高，並獲得特異功能。但有些功法修練不當則有出偏現象，輕者身體不適，重者致病，不可收拾。
氣功何以有這般威力?按照人們通常的說法，氣功可以調動人體的內氣或者說是真氣、元氣、精氣等等，或吸收、利用大自然之「氣」，或者練「精」化「氣」，練「氣」化「神」。氣功門派不同，說法不一，但都要練「氣」。此氣功之「氣」動則血行、神旺、延年祛病，滯則血淤、神衰、生病、縮短壽命。「人之生、氣之聚也，聚則生、散則死。」此氣乃人體生命之本，內連五臟六腑，外絡四肢百骸，無所不致。
氣功之氣是什麼?這個問題一直沒有得到科學的回答。目前人們普遍認為，氣功之氣雖然一般說來常人看不見、摸不著，也不能被直接感覺到，但它是一種客觀存在的物質性的東西。現在有些氣功師發出的外氣，有的常人可以看見，有的可被儀器檢測到，有的可改變其它物質的形態，情形不一。但是，同人體經絡一樣，只認識到氣功之氣是一種客觀存在還遠遠不夠，人們還不清楚它到底是一種什麼物質，它的性質怎樣，它是如何在人體內發生作用的?
修練氣功可以獲得特異功能，特異功能有很多種類和形式。目前，國際上承認的有兩類：一類稱作特異感知，指不用正常的感覺器官進行感知，能感知到正常人感知不到的事物或信息，如耳朵識字、內視、透視、遙視、微視等。內視可看到自身體內的各器官、內氣流轉等；透視能透過人體看到他人體內的器官及病變，有的能看到他人體內的經絡、穴位及內氣運行情況；遙視能看到千里之外的人或事物；微視能看到常人看不到的極細微的東西；另一類稱作特異致動，指不通過任何形式的實際接觸而對環境或物質對像施加物理作用，包括意念移物（又稱意念搬運）、意念改變物質的存在形態，如製作信息水、意斷鋼絲、意念停表等。
此外，還有特異治療功能，即不依靠任何常規的醫療手段，僅憑人體特異能量對病人進行治療；又如隱身功能，具備這種功能的人可以使自身隱形，並能穿牆破壁，進入封閉的房間，這在人體特異功能現象中較為少見，是非常高級的功能。
特異功能現象目前還沒有得到科技界的普遍承認，雖然有一些科學家在不斷地對此進行考察、研究。原因是多方面的，其中如下原因是主要原因：
1．特異功能現象不穩定，難以任意重複，尤其在對特異功能進行嚴格的考察和實驗時，考察、實驗條件越嚴格，特異功能可重複性越低，演示成功的可能性越小。造成這種狀況的原因主要是特異功能是在特異狀態下實現的（這種狀態可稱為特異態或功能態，特異態與正常態的顯著區別在於，特異態時邏輯思維中斷，發功者要進入松靜狀態或以一念代萬念）。特異態受功能者當時的情緒、周圍的環境影響很大。尤其在進行嚴格實驗時，受試者心理緊張、情緒波動等因素會影響受試者進入特異態，或根本進不了特異態，因而影響演示的可重複性。
2．特異功能現象超出了現代自然科學的知識範圍，無法解釋。
很多科學家曾經針對一些特異功能現象提出過一些假說。但這些假說往往只能牽強地解釋這些現象，而不能解釋其它現象，或者就這些現象稍作調整便不能自園其說。
如有的學者認為人體特異功能與電磁輻射有關。很多功能者在發功時能對檢測電磁波的儀器產生影響，使其指針擺動或有所顯示，由此看來似乎電磁輻射理論能夠成立。但是進一步的實驗又否定了這個理論，在進行實驗時若把檢測電磁波的探頭或其它接受部件去掉，檢測儀器的指針仍然擺動或有所顯示。
又如用意念使物體穿越實物屏障，特異功能者可用意念使封在玻璃瓶中的藥片從瓶底掉下來，用高速攝影機記錄這一過程，從高速攝影的照片上可以看到完整的藥片一點一點的穿越玻璃瓶。面對這一現象科學家們提出了物質異態說。認為藥片在穿越瓶子時是處在異態之中，這時藥片中的分子健力減弱了或者不存在了，藥片便可從瓶底掉出。但這卻是用未知解釋未知，因為人們既不知道這種異態為何物，也不知道它的分子健力為什麼消失了，以及照片上的藥片為什麼在這時仍然還是一個完整的形象。
另一些現象更使得現代自然科學一籌莫展，例如特異功能者怎麼能從外面進入完全封閉的房間裡？如何能控制他人的思維及行動？何以神不知鬼不覺地將物體由一處移至另一處？等等※以，蘭州大學物理系的王水在「物理學面臨的危機」一文中說：「正如恩格斯所說：『凡在人類歷史的領域中是現實的，隨著時間的推移，都會成為不合理的，因而按其本性來說已經是不合理的，一開始就包含著不合理性』。如今不管你是否原意相信，物理學畢竟又出現了危機：在中國傳統文化之一的氣功和由來已久的人體特異功能面前，已有的物理學手段和規律都顯得無能為力。」「物理學的危機早已開始，革命迫在眉睫。」「對於從事物理學研究的人，『氣功與特異』是一個方向，但願能有更多的人從事這一探索。」
人體特異功能是人體所出現的，超越五官感知，不可思議的能力。具有這些能力的人士有些是天生的，有些是經過氣功修練到高深境界後所出現的，也有些是大難不死，如生重病或出意外之後出現的。基本上它是一種人類潛在的能力，正式的名稱應該定為「人體潛能」，只不過具有這種能力的人不多，而且很難用目前的科學理論來解釋，從而安上了一個「特異功能」的名號。
以性質來分，特異功能可以劃分為兩種不同的類型：一種是擁有超越五官感知能力的「超感知覺」，也就是外國超心理學所謂的ESP(ExtraSensoryPerception)能力，包括有心電感應、透視力、預知未來以及回知過去的能力。也就是這個人變得很敏感，別人心裡想的事，他可以感覺得到(心電感應)；他可以「看」到遠方發生的事情，或穿透障礙物看到內部的東西(透視力)，他可以預知未來數小時或幾天會發生的事情(預知未來)；也可以在摸到一個人所用過的物品或本人，而說出這個人過去所經歷的事情(回知過去)。另外一種類型的特異功能是人體發放能量操控外界事物能力，包括以意念使物件移動、種子發芽的念力；使物體從封閉的容器穿壁而出的「空間移轉」能力等之。