就在馮華一行回到營口，開始全面實施「渡海援台」作戰計劃之時，分別由廣島和旅順出發，準備以武力登台的兩支日本軍隊在琉球島中城灣成功會師。其中，由新任台灣總督樺山資紀率領的總督府直屬部隊，計有官兵6800人，戰馬1900匹。包括臼炮中隊、要塞炮中隊、後備步兵第四聯隊、臨時台灣鐵道隊等；由陸軍中將北白川宮能久親王率領的近衛師團，計有官兵14600人，戰馬3500匹。包括步兵第一旅團、第二旅團、騎兵大隊、炮兵聯隊、工兵大隊等。
6月25日，經過充分準備，樺山資紀命令北白川宮能久親王統轄的近衛師團第一旅團和海軍少將東鄉平八郎指揮的海軍艦隊分兩路進兵台灣，近衛師團第二旅團則作為預備隊暫時留在琉球。26日，二十九艘日本軍艦、運輸船駛抵台灣北部海面，分泊於基隆口外的澳底、金包裡、沿八里坌、大姑坎直至滬尾一線的海面上。台灣人民捍衛祖國統一，保衛國家神聖領土的戰鬥即將打響。
台灣民主國總統府（即原台北巡撫衙門）的大廳內，新任的民主國大總統唐景崧（字維卿，廣西灌陽人）煩躁地來回跺著步：大批日艦已經抵達了台北附近海面，如今凡是能夠登陸的地點，都停泊著滿載士兵的日本船隻。倭寇究竟會從哪裡登陸？自己又該何去何從呢？
當初唐景崧之所以答應就任「民主國總統」，固然是為台灣紳民的愛國熱情所感，可更多的還是迫於無奈。在當地士紳屢屢敦促、群情異常激憤的情況下，如果他執意離台，極有可能會激起民變。當然，唐景崧也抱著一絲幻想，如果能贏得列強的承認、，說不定真的能把倭寇拒之於台灣島外，那他就可以「遵奉正朔，遙作屏藩」，當一個真正的「台灣民主國大總統」了。可惜事與願違，不但列強無一理會，而且朝廷更是對他極為不滿，已經多次來電斥責。好在「台灣民主國」自成立伊始，他就已經預留退步，不但定年號為「永清」，仿照清朝黃地青龍旗的樣式，設計了與之呼應的藍底黃虎旗，以示台灣永屬神州之意，而且對外稱總統，對國內行文卻仍用開缺本銜及台灣巡撫關防。另外，為了給自己內渡預做伏筆，他還讓在台的文武官員自行選擇去留。不過，這一做法雖然讓他自己沒有了後顧之憂，可卻讓本就防禦力量薄弱的台北佈防更是雪上加霜、漏洞百出。
自6月20日起，先是福建水師提督楊岐珍和台灣鎮總兵萬國本率所部移師內渡；然後素有虎將之稱的湖北鄖陽鎮總兵綦高會，因受唐景崧排擠亦負氣拔營而去；接著被推舉為「民主國國會議長」的台灣紳士、原太僕寺卿林維源也不肯就任而內渡。截至26日，台灣省3府3廳1直隸州11縣共計18名官員中，已有13名內渡而走。在日本即將登陸的緊要關頭，如此多的在台主要官員紛紛內渡，不但一下造成了許多行政權力的空白，削弱了台灣的軍事力量，而且極大地影響了台灣軍民的抗戰士氣。
就在唐景崧還為自己莫測的前途彷徨不已，心中矛盾重重地亂成一團之際，總統府親軍管帶黃義德匆匆走進了議事廳：「大人，按照您的吩咐，副總統丘逢甲、軍務大臣的李秉瑞、內務大臣、督辦全台營務處主事俞明震、提督張兆連、余得勝等諸位大人都已經到了。」
聞聽此言，唐景崧不由得精神為之一振，連忙說道：「好，快快請諸位大人進來。」
這些在台北的高級官員，不乏久經征戰的驍將，也明知道倭寇攻台這一天遲早會到來，可一旦敵人「兵臨城下」，每個人心中還是禁不住有些惶恐，整個議事廳內都充滿了一種緊張的氣氛。
掃視了一眼議事廳中的眾人，唐景崧開門見山地說道：「今日請諸位大人前來，主要有一事相商。今日電報局連續收到兩江總督劉坤一與新任旅大經濟特別區辦事大臣馮華的加急電報，讓我們提防倭寇從三貂角的澳底登陸。而且為防萬一，他們還建議務必要做好疏散兵工廠、火藥局和水雷營等重要軍事設施的準備工作。不知諸位大人對此有何看法？」說著，他讓手下把兩份電報轉交給俞明震等人傳閱。
看罷電報，眾人一時間皆默然無語，各有所思。稍停，諸將中最有聲望的銘軍提督、負責防守基隆的張兆連首先開口道：「大人，倭寇此次跨海攻台，乃是勞師遠征，後勤補給不便是其最大的不利之處，因此迅速奪取基隆港或淡水港（即滬尾，1860年依「天津條約」闢為與各國互市之口，建「淡水港」，但為了區別於淡水縣，當時仍多依舊習以「滬尾」稱之）就成了他們的當務之急。而澳底雖然只有曾喜照大人的兩營廣勇駐守，防衛相對比較薄弱，但是此地水深岸陡，荒僻難行，既不利於陸軍登陸，又不便於後勤補給，倭寇在此登陸的可能性應該不大。況且，在天險三貂嶺還駐有徐邦德的一營防軍，我們只要稍事加以提醒，即可無慮。至於馮華所說的疏散兵工廠、火藥局、水雷營之事，卑職以為也甚不妥當。值此人心惶惶之際，還未開戰就謀劃撤退，將會極大的擾亂軍心。」
張兆連久經軍旅，熟悉陣戰，這一番有理有據的分析立刻就引來了好幾個人的紛紛贊同。不過，一向心直口快的俞明震卻不以為然，馬上接口反駁道：「張大人的分析固然有理，然而也有可商榷之處。卑職以為基隆港我軍炮台堅固，港灣險要，兵力雄厚，士氣高昂，倭寇想在此登陸，恐難以如願；淡水港口水淺，巨艦不易靠岸，且我軍戒備森嚴，也不易攻取；而三貂角澳底，水深浪平，地勢開闊，我軍防備相對空虛，倭寇如避實搗虛，到實在是不可不防。再說自楊歧珍率軍內渡後，澳底雖還有曾大人的兩營廣勇，但畢竟成軍時日尚淺，沒有什麼實際作戰的經驗，不可不慮呀！況且馮華在遼東連戰連捷，絕非浪得虛名之輩，劉坤一更是久經征戰，老成持重，他二人既有此擔心，必非無因。」
負責在台北附近巡守，護衛台北的台灣民主國副總統丘逢甲（原名秉淵，字仙根，號倉海，生於台灣苗栗）開始也覺得張兆連的分析有些道理，但俗話說「人的名，樹的影」，馮華的赫赫威名還是讓他心中產生了很大的疑慮。仔細思索了一番，丘逢甲開口說道：「論起行軍佈陣打仗，逢甲不如諸位大人，但劉坤一、馮華卻是此中的行家，他們的意見還是應該予以重視。另外，馮華在電文中說『別把雞蛋放在一個籃子裡』，這話聽起來有些俗，可仔細想一下，卻非常有道理。台灣是一孤懸海外的島嶼，一旦戰爭打起，倭寇封鎖港口，截斷航運，斷絕外援，我們就將坐以待斃。因而，我們的兵工廠、火藥局、水雷營等對戰爭尤為重要，馮華所慮還是有一定的道理。」
由於張兆連、俞明震和丘逢甲三人開了個頭，一時間與會眾人議論紛紛，莫衷一是。大家你一言，我一語，各抒己見，爭執不下，於是都把目光投向了唐景崧。
此時，唐景崧心中同樣非常矛盾：他原來也認為日軍會從基隆、滬尾登陸，因而把主力都集結在這一線，忽視了被他們視為荒僻之地的三貂角澳底。可是劉坤一、馮華先後發來電報，再三強調要加強對澳底的防守，再加上俞明震、丘逢甲等人也持有類似的看法，弄得他心底下也開始不踏實起來。然而台北附近就這麼些軍隊，到底該如何安排三貂角澳底的防務呢？想到這兒，他摸著頜下的鬍鬚沉吟起來。
清軍在台灣的部隊，應屬林朝棟所部十營「棟字軍」以及劉永福所部八營「黑旗軍」戰鬥力最強。林朝棟在中法戰爭時守台灣，勇敢善戰，曾大敗法軍；劉永福在越南抗法，更是戰功卓著，名震遐邇。可這兩名戰將卻受到了唐景崧、張兆連等人的猜忌、排斥，分別把他們調到了台中和台南。而戰鬥力較強的張兆連、陳永隆、余致廷、余得勝等部目前分別駐守基隆、滬尾和棰園，駐守台北的除了唐景崧新招募來的未經訓練和陣戰的廣勇、台勇外，就只有丘逢甲所指揮地一部分台灣各地的義勇軍。
看到唐景崧猶豫不決，久久都沒有做出決定，丘逢甲站起身來建議道：「大人，逢甲以為對倭寇可能會在澳底登陸一事，雖然不能完全相信，但有備無患，聊勝於無。澳底，可以派瑞芳義勇軍統領吳國華帶所部兩營台勇火速增援，並派都司陳波率護衛營協同前往，多增添一些防禦力量。另外，由於台北地區的兵力已經有些捉襟見肘，為以防萬一，還應立即將林朝棟所部從台中調回，駐防基隆市西北的獅球嶺天險。至於疏散兵工廠、火藥局等事，儘管目前不宜大張旗鼓，可是先期做一些準備工作還是應該的。」
丘逢甲的這些建議應該說還是極為穩妥恰當的，當下就得到了大部分人的。而唐景崧和張兆連儘管心中不是很滿意，但一來沒有更好的主意，二來大敵當前也知道孰重孰輕，因此並沒有出言反對，事情最終就這麼定了下來。
澳底位於基隆東北25公里的三貂角，由於所處位置偏僻荒蕪，以及道路崎嶇險惡，歷來都是一個少有人問津的地方。然而1895年6月27日，在距離清政府正式交割台灣還有五天的時候，這裡卻一下子成為了全世界為之矚目的地方。
27日上午十時三十分，由旗艦松島丸導航的日軍「姬路」、「佐倉」和「豐橋」三艘運輸船和十餘艘汽艇，載著近衛師團步兵第一旅團長川村景明指揮的第二聯隊步、工兵各一個中隊的登陸部隊駛入了三貂角海面。午後二時四十分，日軍先頭部隊六十人出虎仔山附近的核仔莊砂坡登岸。由於該地只有曾喜照所部的一哨兵丁防守，且士氣渙散，防守鬆懈，遇敵後未放一槍就潰敗了下去。日軍先頭部隊兵不血刃，極為順利地在澳底登陸成功。
日軍登陸後，吉田明中尉立即指揮工兵在鹽寮附近架設簡橋，以方便汽艇停靠，接應大部隊上陸。吉田明原以為此番登陸作戰會遭遇到台軍的頑強抵抗，可沒想到敵人卻是如此不堪一擊，看來自己這次可是撿了個大便宜。然而就在吉田明興高采烈地發出「初戰告捷，登陸成功」的信號時，一陣槍聲卻驟然響起，幾名正在搬運器材、架設便橋的小鬼子紛紛中彈斃命。吉田中尉慌忙指揮鬼子兵就地隱蔽還擊，可是光禿禿的海灘上哪裡有什麼可以藏身的地方。槍彈越發密集，鬼子兵不斷地有人在槍聲中倒下去。眼看著剛剛奪取的灘頭陣地就要丟失，吉田明中尉額頭冒汗，揮起軍刀砍倒一個正在後退的士兵，才把已經動搖了的陣腳穩住。不過，沒有多久他自己就被一顆流彈擊中，一頭栽倒在海灘上見閻王去了。鬼子兵失去了指揮官，又見在陣陣殺聲中，成百上千的台灣士兵正在漫天遍野地衝過來，再也不敢戀戰，慌忙丟下架橋器材，狼狽不堪地跳上汽艇，撤回到停泊在海面上的運輸船。日軍在澳底實施的第一次登陸就此宣告失敗。
原來，吳國華、陳波自接到增援澳底的命令後，未敢多做耽擱，立即帶著部隊日夜兼程趕往三貂角。在越過三貂嶺後沒多久，他們就遇上了從核仔莊潰退下來的廣勇，這才知道倭寇已在核仔莊、鹽寮登陸。知道情況異常緊急，吳國華吩咐陳波速帶護衛營趕往澳底，而自己則指揮兩個營的兵勇殺向核仔莊。以八百之眾對陣日軍的六十人，又打了個出其不意，結果當然可想而知。日軍的先頭部隊不但留下了十七具屍體，而且指揮官吉田明中尉也斃命於沙灘上。
如此輕鬆就取得了保衛台灣第一戰的勝利，讓吳國華和他手底下這些缺乏訓練且沒有多少作戰經驗的台勇們既意外又興奮不已。看著逃竄而去的日軍汽艇，兵勇們一陣歡呼雀躍，然後不待吳國華吩咐，又嘩啦一下子都湧上了海灘，爭先恐後地哄搶起鬼子丟棄的槍支、器材等戰利品。
正指揮著後續部隊準備登陸的日軍步兵第一旅團長川村景明少將聽到核仔莊、鹽寮方向響起了密集的槍聲，就知道先頭部隊遇到了麻煩。他舉起望遠鏡，看到先頭部隊的三艘汽艇正快速的向外海方向逃竄，而鹽寮的海灘上卻湧出了大量的支那軍隊。川村景明心中又驚又怒：按照情報，清軍只在澳底駐有兩營兵勇，這些人又是從哪裡跑出來的，難道我們的登陸計劃已經被支那人發覺了？不行，自己此次可是立了軍令狀的，無論如何都要取得登陸的成功。想到這裡，他立即吩咐「松島丸」等護航軍艦和運輸船上的艦炮一齊對登陸點進行密集轟炸，並命令十三艘汽艇做好第二次登陸的準備。
海面上先是傳來了一陣山呼海嘯般的轟鳴，緊跟著無數的炮彈如冰雹般砸在海灘上。一時間，核仔莊、鹽寮一帶火光閃閃，煙塵騰起，彈片和沙石四處亂飛。這些既沒有思想準備，又沒有經歷過如此恐怖場面的台勇，一下子就被打蒙了，竟沒有一個人想到應該尋找合適的地形臥倒躲避，只是亂哄哄地在海灘上瞎跑亂撞，你擁我擠的亂成了一團。日軍的這一輪炮擊造成了台勇近百人的傷亡，許多剛才還活蹦亂跳的士兵如今卻倒在了血泊裡，再也沒有起來。吳國華也受了輕傷，好在只是擦破了頭上的一點兒皮，並沒有什麼大礙。
三貂角一帶的海岸防守確實是台灣北部地區防禦鏈上的一個漏洞，除了在澳底有四門格林炮，鹽寮、核仔莊附近根本就沒有像樣的防守設施。面對著鬼子規模更大的第二次強行登陸，頭上纏著繃帶的吳國華一邊安排人救治傷員，一邊指揮士兵用排子槍向海面上的鬼子汽艇射擊。然而儘管也不時有鬼子被槍彈擊中，卻根本無法阻止汽艇繼續前進。破浪而來的倭寇汽艇越來越近了，吳國華對此卻毫無辦法，只能眼看著倭寇的汽艇靠上海岸，二百多個鬼子嚎叫著從汽艇跳下，向砂坡灘頭再次撲來。
那些入伍不久的台勇究竟是沒有經過真刀真槍的大陣勢，再加上剛才日艦大炮的一頓狂轟濫炸，大多數人仍然是心有餘悸，還沒有從驚恐中恢復過來。面對著鬼子兇猛凌厲的衝鋒，有的人還沒有瞄準目標就胡亂開槍，個別膽小的甚至開始掉轉過頭準備逃跑。吳國華到底是曾經參加過中法戰爭的人，他知道「千里之堤，毀於蟻穴」，只要有一個人開始退縮，就會影響到整個部隊的士氣，自己的防禦陣地就可能在瞬間崩潰。
「站住！」吳國華的大聲呼喝讓兩個轉過身子準備逃跑的士兵停住了腳步：「弟兄們，我們一步也不能後退，大家的身後就是咱們的父老鄉親啊！澳底之戰是我們誓死守衛台灣的第一戰，如今全台灣的人都在看著咱們，我們決不能墮了瑞芳義勇軍的名聲！」
台勇都是在本地招募的，其中不乏有血性的漢子。吳國華的話音剛落，果然就立即有人響應：「吳將軍說得沒有錯，瑞芳的男兒決不做孬種，我們不能讓小鬼子去禍害我們的親人！」也有人大喊著：「殺死小鬼子，給陣亡的弟兄報仇！」
軍隊裡有句俗話，叫做「新兵怕炮，老兵怕槍」。隨著鬼子汽艇的靠近海岸，日艦上的大炮也中止了對台軍鹽寮陣地的射擊，從而大大減輕了恐懼大炮的台勇們心理上的威脅。再加上吳國華一番話語鏗鏘的鼓舞，士兵們又重新恢復了剛才痛擊鬼子工兵時的那種同仇敵愾的氣勢。一陣排子槍射過去，衝在前面的小鬼子被打倒了十好幾個，但後面的鬼子還是一窩蜂似的往前湧，隨著第二輪射擊，又有許多小鬼子命喪黃泉。
人往往就是這樣，剛才心裡還慌慌的，幾槍放過去，眼瞅著敵人倒在自己的槍口下，膽氣不由得就壯了起來。痛殲敵寇的興奮，保衛家園的信念，鼓舞著大家，台勇們打得更歡實了，衝上來的鬼子轉眼間就被放倒了三、四十個。原本勇氣十足的小鬼子，也不是不怕死，再也不敢毫無顧忌的往上衝了，進攻的速度立時慢了下來。川村景明看到進攻再次受阻，只得指揮部下就地臥倒、還擊，雙方就這樣乒乒乓乓的對峙起來。
日軍的傷亡人數在不斷增多，可登陸部隊卻依然寸步難移。看著已經西斜的太陽，川村景明知道樺山總督策劃的偷襲三貂角的計劃算是泡湯了，只得無奈地下達了撤退的命令。核仔莊、鹽寮的陣地，依靠著台勇高昂的士氣和人數上的優勢，總算暫保無虞。
看到倭寇撤退，台勇們再次歡呼起來。不過，吳國華卻沒有忘記剛才的教訓，大聲疾呼：「弟兄們注意隱蔽，小心倭寇軍艦上的大炮！」果然沒有多久，「松島丸」等軍艦上的大炮再次呼嘯起來，好在有吳國華的提醒，日寇的這次炮擊，並沒有造成多少傷亡。儘管這樣，由於台勇的軍事素質及作戰經驗比日本士兵差了許多，許多人連在戰場上保護自己的基本要領都不懂得，因此今天的戰事，他們的損失要遠遠多於對方，一天下來已經有近二百人傷亡。