第二天，林清華就率領著五百精兵護送太子坐船南下，這五百精兵是太子親自從高傑軍中跳選的，林清華的部隊則由陳唯一率領，穿明軍服裝從路陸南下。和林清華與太子一起的除了萍兒、圓圓之外，還有四名文官和高傑的一員副將。
十日之後，林清華與陳唯一會合於長江北岸的瓜洲，林清華令陳唯一率部留守此地，自己則率五百精兵便裝護送太子進入南京。
一進南京，隨行文官便將太子領進了潞王府。這潞王本來也有可能登基稱帝的，他在大臣們中的名聲遠比福王好，朝中文臣多他登基，但由於他只是皇帝的侄子，而福王是萬曆皇帝的嫡孫，又有手握重兵的馬士英，因此他便在皇位的競爭中敗下陣來，心中甚是不服，如今太子已到，雖然自己更沒希望稱帝，但若太子登基，扳倒福王，則自己必然大富大貴，前途不可限量，因此十分高興的在府內秘密接納了太子。林清華率一百精兵入府保護太子，其它四百精兵則在附近的旅店住下隨時聽命。
接下來的兩天，潞王府內的文臣武將、大小官員四處串聯，不斷得將忠於太子和潞王的大臣拉攏過來。到了第三天的晚上，一場策劃政變的秘密會議便在潞王府召開了。
在大門緊閉的潞王府議事廳裡，氣氛緊張而凝重，幾十名身著便服的文臣武將正向坐在太師椅上的朱慈琅表示忠心。
「臣姜曰廣誓死效忠太子。」
「臣黃道周能活著見到太子，實在是托了先皇的福，臣肝腦塗地以報太子。」
「臣侯方域願為太子前驅，掃平逆賊，平定天下。」
「臣」
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站在太子身邊的林清華望著這些人，耳中聽著這些如雷灌耳的名字，心潮澎湃，久久不能平息。這些人可都是歷史上的鼎鼎大名的人物啊，他們大多是東林黨和復社的代表人物，都是忠於明朝的人，有的人在明亡以後自殺殉國，有的則至死都不肯致仕。
太子待眾臣說完，朗聲說道：「眾位愛卿忠心可鑒，事成之後定有重賞，還望諸位今後戮力以撲，齊心協力，與孤王一道中興大明社稷。林參將，你將明天的行事計劃說給大家聽聽。」
林清華忙說：「臣遵旨。」說完便從懷裡掏出一封信來。
「這是今天中午湖廣總兵左良玉左大人差人送來的奏章。左大人在奏章中歷數馬士英禍國殃民的罪狀，同時對偽福王篡位謀逆痛加批駁。奏章的詳細內容我就不念了，明日早朝時就勞煩右都御史張慎言張大人在朝堂之上大聲念出來，諸位便可乘機群起攻之。待時機成熟時，派一人到宮門旁吹響此銅哨，聽到哨響，我便率領五百死士衝入宮內，將那逆賊一舉拿下，則大事可成。」
張慎言接過奏章和銅哨，領頭跪下說道：「臣定不負太子重托，太子只管坐鎮王府，靜候臣等佳音。」
太子說道：「眾位愛卿快快平身。前幾日，江北四鎮也給孤王送來效忠書，表示與孤王齊心協力剷除國賊，有如此忠心的大臣，何愁大事不成？諸位快回去準備吧。」
待眾人走後，太子對著林清華說道：「林愛卿，你認為此事可成嗎？」
林清華道：「太子放心，臣拿腦袋擔保，此事一定成功。」其實能否成功，林清華心中也沒底，不過他也做好了一但失敗便逃之夭夭的準備。還在瓜洲時，林清華便吩咐陳唯一準備船支與糧草，隨時準備開溜。
七月的南京已經入夏，雖然才是初夏，但已是酷熱難當。「南京真不愧是中國的火爐啊，才七月就這麼熱。」林清華想道。此時的他正坐在離皇宮不遠的一個茶館中，一邊扇著扇子，一邊喝著涼茶。從早朝開始，他和部下已等了兩個時辰了，先後派了幾個人去皇宮附近打探，但皇宮裡一點動靜也沒有。「莫非宮中有變？有人告密？」想到這裡，林清華心中愈發焦慮起來，手中的扇子搖的也更快了。
突然，一陣急促的腳步聲將林清華的思緒打斷，一個派去打探的人跑進了茶館，向著林清華氣喘噓噓的說：哨子響了，在東門。」
林清華霍的一聲站起，掏出手槍，衝出茶館，到了街上大呼一聲：「行動！」
那些化裝成乞丐、行人、樵夫的部下聽到號令，紛紛從腰間和柴垛裡抽出長短兵器，跟著林清華向皇宮東門衝去。一時之間街上雞飛狗跳，行人紛紛躲避，街上的店舖也紛紛關門歇業。
林清華率眾衝到東門，只見東門仍然緊閉，他便吩咐部下將背在身後的八個火藥桶堆在門外，點燃之後隱蔽在牆邊。「轟」的一聲巨響，木門應聲而碎。木門的碎片還未完全落地，林清華便率眾衝進了皇宮。
待眾人衝到武英殿前，只見殿前數百衣甲鮮明的禁衛軍正在列隊，本來他們是奉詔入殿鎮壓的，不料先是被一聲爆炸聲嚇了一跳，接著就看見一群「暴民」揮舞兵器衝進宮來，當下不等列隊完畢便迎了上去。
林清華手一揮，喝道：「殺！」
話音未落，眾人便如餓虎撲食一樣撲向禁衛軍。那群禁衛軍平時養尊處優、錦衣玉食，哪裡是久經沙場的士兵對手，片刻之間便被殺得落荒而逃。
林清華制止了部下的追殺，帶領眾人殺進武英殿。
武英殿中早已亂成一團。群臣本來在天剛濛濛亮時就已入朝，但皇帝因昨晚酒色過度，一直到日上三桿才起床。早朝一開始，張慎言就將左良玉的彈劾奏章當著眾人的面念了出來，念到馬士英禍國殃民時，那馬士英的臉色就變得極為難看，念到福王是假冒的時，馬士英再也忍不住了，口中不停的念道：「狂悖至極！狂悖至極！」還從張慎言手中奪過奏章撕個粉碎，向皇帝奏道：「臣請討伐左良玉。」還未等皇帝發話，群臣便對馬士英痛加斥責，緊接著更有人對福王的身份提出了質疑，要福王或者拿出證據或者退位。其他蒙在鼓裡不知根底的大臣見勢不妙，紛紛閉口不言，明哲保身。馬士英與皇帝看見這個陣勢，心知不妙，趕忙下令禁軍進殿彈壓。但禁軍尚未進殿，眾人先是聽到一聲巨響，跟著傳進耳中的是殿外的喊殺聲，眾人正茫然間，就看見林清華率眾衝進了殿。
林清華命令手下看住群臣，不許任何人出入，抬頭便看見一個身穿龍袍、縮在龍椅上瑟瑟發抖的人，心想：這便是皇帝吧。於是迅速衝了過去，一把揪住那人衣領，將其掀翻在地上，用手槍頂住他的腦門，惡狠狠的問道：「快說，是誰讓你假冒福王篡奪大明江山的？不說實話，我一槍崩了你！」皇帝見人衝進殿時便已嚇的半死，待被林清華掀倒後，更是嚇得屎尿齊流，雖然來人只是用一個奇怪的東西指著自己的頭，但料想也不是什麼好東西，整個人完全嚇呆了，只是張著嘴：「啊半個字也吐不出來。
林清華只好低下頭去，小聲對他說：「別慌，你只需點頭，但不許搖頭，否則我宰了你！」這句話皇帝總算聽懂了，忙點了點頭。
林清華大聲問道：「是馬士英讓你假冒福王的嗎？」皇帝忙點點頭。
群臣見狀，立時群情激憤，先是對馬士英破口大罵，接著便把馬士英圍了起來，你一拳我一腳的打了起來，可憐馬士英戎馬半生，竟被一群文臣活活打死。
林清華趁此機會令手下將皇帝綁了起來，堵上嘴後押回潞王府嚴加看管，並派人去接太子入宮。
不到一盞茶的工夫，太子便被潞王親自護送，用小轎抬入宮中。在清除了馬士英的餘黨並宣佈全城戒嚴後，太子朱慈琅便在眾臣的簇擁下，身穿一件從後宮找到的龍袍，於武英殿正式登基稱帝，改元中興，並大赦天下。