瀋陽的皇宮中努爾哈赤經歷了一番思想鬥爭終於答應了我的請求：
「那麼就依先生所說，暫時先試試看，規模不要太大，就一百個人左右麼，先生還有什麼要求儘管提出來，可以商量，此事讓皇太極和你一些辦吧！」看來他還不是十分信任我，讓他兒子來監督我，這樣正好，皇太極算是和我關係不錯，而且歷史中對於漢人的態度他是屬於溫和派的，他也十分重用漢人，趁這個機會正好影響他，拉攏他做自己堅強的後盾。
「全憑大汗安排。」我內心中盤算著下一步該如何走。
「那先生這個太醫院的院判是否可以就職了。」皇太極笑道。
「當然，當然。」我連忙答應道，這拿把做樣了好久，把人家抻的差不多了，是時候表態了。一切商定妥當，我又重新給努爾哈赤檢查傷口，膿腫已經消散了，新的組織正在生長，但或許是年齡的原因吧努爾哈赤康復的速度很緩慢，所以不能疏忽大意，囑咐了一旁的阿巴亥幾句，我起身告辭，和努爾哈赤的這番談話耽誤了他很多時間，既然目的達到那麼還是讓他休息吧。我知道從我將努爾哈赤救活開始，歷史就已經改變了，但是究竟向那個方向發展我也不知道。我的心中一樣充滿迷茫，再往下或許歷史就不再是我熟悉的歷史了。
這些天來在我居所裡絡繹不絕來來往往的進出很多人。雖然我還沒有到太醫院就職，這是因為我本人還沒有充分的準備，對於即將進行的太醫院即醫療體系的改革，我現在的準備看來還是很不充分的，為了能更好的實行我的改革我將自己的計劃更改了一遍又一遍，力求完善，畢竟這是一次大刀闊斧的改革，還有很多即將觸動的層面是我所不知道的。我的威望和名聲僅僅是來自於軍旅和這次救了努爾哈赤的命，足不足以震懾朝野還不得而知。所以我首先和皇太極商量，畢竟他是四大貝勒之一，手中掌握著八旗兵馬的一旗，隨後我招來包括上次給努爾哈赤會診看病的包括趙學敏在內的許多御醫一起商討，那些曾經和我討教過的郎中們也風聞而動，難免就要這樣絡繹不絕了。
其實我的計劃歸納起來就是重視科學，提高醫生的身份地位，擴大救治範圍和培養先進人才。由於明弘治年間(1488∼1505)銅活字已正式流行於江蘇一帶，萬曆間(1573∼1620)又出現了套板印刷。明代出版業的繁榮，為醫學著作出版和醫學知識普及創造了方便條件，再加上明代醫學發展的也很快，大量的文人湧入醫學領域，所以醫學知識的普及已經不成問題了，但這些人並不是真正的醫生，只能說是一種愛好和業餘行為。明代沿襲元制，將戶口分為民、軍、醫、儒、灶、僧、道、匠等，規定各戶必鬚子襲父業。一入醫戶，子孫就必須世代業醫。明代醫戶，大多社會地位低下，衣食不得溫飽，與樂工、廚師、班匠等同，常有逃戶現象，或於造冊時賄賂官員改籍，統治者對此曾累加禁止。規定醫生只有成為殘廢或年逾七十不堪應役時，才許放免。女真社會由於剛剛轉型雖然醫生的待遇雖然不錯但是社會地位也不高，所以說關鍵在於提高醫生的社會地位，我的這個倡議得到了幾乎是所有醫生的，對於他們來說這是一件好事，有些漢族文人仍然不願意為女真效力，但是對於救死扶傷這樣的好事是不會拒絕和反對的。那些女真人對於提高醫生的地位多多少少的有些意見，但是也都不重要，這事情努爾哈赤已經贊同，再加上誰都不願意得罪醫生，道理很簡單誰能保證每個頭疼腦熱的呢，再說女真人征戰沙場受傷是再尋常不過的事情了，就更沒必要和醫生過不去的了，所以這些改革的阻力並不大，唯獨是讓女人也學醫做護士這件事遭到了很多漢人醫生的反對，我就把這件事暫緩，這時需要他們，犯不著為這事情和他們鬧翻臉，等等也好，不影響大局。
於是眾人商定下，便有了初步的規劃。
第一件要做的事是建立官方書院培養新人，這並不難，關內的各種書院曾出不窮，尤其以東林書院出名，不過這些書院大多都是研究程朱理學，孔孟之道，再就是為了科舉而形成的，我們所要成立的這個書院則專門是培養醫學人才的，這在此時的中國可能是可創舉吧。書院暫時定名為杏林書院，我為第一任院長，嘿嘿，這還是眾人一致推舉的呢，可由不得我不幹，就我內心而講，要是不讓我做這個書院的院長，我還真的就是很失望呢，幸好皇太極沒有叫我失望，當他率先舉薦我的時候我高興的真想上去親他一下，但是還是假意的推辭了一番才高高興興的上任。其實我當這個院長可不是為了官癮，我已經是太醫院院判了，官是夠大了，做這個院長我有自己的算盤，只有做了院長我才能在這所杏林書院中推行現代的教育體系，否則一切也就成了空談。明代太醫院分為13科，即大方脈、婦人、傷寒、小方脈、針灸、口齒、咽喉、眼、瘡瘍、接骨、盎鏃、祝由、按摩，同元代13科相比，風科改為傷寒，金瘡分為金鏃和瘡瘍兩科，雜科改為按摩，取消了禁科，較前代更適合臨床需要。而杏林書院則簡化這些科目下設藥學系、臨床系、護理系和研究所。這個系是我提出來的，別人都沒爭執什麼，不過就是個名字，關外不同於關內，這若是在關內那些老學究們還不考教許久。臨床這一概念也是我提出的包括了內科、外科、兒科、婦產科、骨科和五官科分為不同專業，取消了針灸科和祝由科，針灸科併入研究所專門研究，而祝由科這樣的咒禁巫術不要也罷，沒想到這倒引起了一番爭論，原來不論中外，咒禁巫術均是古代醫學的重要組成部分。這主要是因為在近代自然科學產生之前，自然與超自然的界限並不清楚，一旦法術無驗，被否定的僅僅是法術的操作者，而不是法術本身，所以在中國古代，咒禁療法在醫學中始終佔有一席之地。其實咒禁療法的本質是巫術，它不過是人類的一種基本精神活動和時實踐活動。巫術是屬於科學、宗教學、人類學、哲學、神學等領域的現象，它不是理想的人類文化形態，但又是不能忽視的人類社會的一個實際側面，沒辦法也只得搬進研究所。藥學系和護理系的事情比較好解決，我本身是學獸醫藥理的在這方面輕車熟路，至於護理系也好辦，醫務所已經有了很好的經驗，於是整個原來的戰時醫務所全被我請入了杏林書院。
大略的將杏林書院的框架搭了起來，然後任命各系的主管，我把他稱為祭酒，這可是延用中國古代的叫法，所以無人非議，祭酒下面設教授，準備請來各科的佼佼者從教。研究所由我擔綱，這個研究院我可是十分重視的，因為這裡將成為我闡述和詮釋現代醫學的重要場所，疏忽不得。
杏林書院暫時就這樣定了，接下來就是選址建院，需要籌備一段時間。
第二件事就是建立全民的醫藥體系，明洪武十七年(1384)規定，府、州、縣均設專職醫官。府設醫學正科1人，州設典科1人，縣設訓科1人，負責轄區的醫藥衛生。據《順天府志》等載，各縣還設有惠民藥局、養濟院和安樂堂。我仿照明朝的這種制度決定在各府縣設醫藥局，但是簡化明朝繁瑣的設置，醫藥局包含所有和醫學有關的事務，主要負責醫療衛生事業，尤其是疫病監測防治，古代中國造成大面積人口死亡的除了戰爭和天災外，就是瘟疫了，對此我十分重視，但是這時的女真政權在各地根本就不具有這樣的設置，所以各處都是空白，如何派員成了一個大難題，我手中實在是沒有可派之人了，此事只能放緩，等著杏林書院成立，在從關內及各處招募人選，真要辦起來恐怕至少要一年以後了。幸好此事女真所控制的疆域廣泛，但是人口只有一百多萬不是十分集中，暫時不會有大的疫情發生，但是將來就不好說了，心中雖然召集也一時拿不出解決的辦法，只好等著。不過惠民藥局還是可以先在各人口集中的府縣開設的。這個惠民藥局是明代為平民診病賣藥的官方機構，掌管貯備藥物、調製成藥等事務，軍民工匠貧病者均可在惠民藥局求醫問藥。遇疫病流行，惠民藥局有時也免費提供藥物。但是明朝惠民藥局的設置及管理均很不完善，許多藥局有名無實或有醫無藥，或局捨破敗。為了改善這些，我決定採取民辦官助的辦法，就是利用各地現有的藥店作為網點，官方給予一定的補助，讓其暫時充當醫療和疫病監測的職能。權宜之策也只能如此了。除了在各府縣設立醫療機構外，軍隊同樣設置軍醫處，專門負責士兵的日常醫療，在戰時充當急救所和戰地醫院的功能，要求八旗每旗一個。由於暫時至少是一年內不會有大的戰事（這次寧遠大敗，女真有些傷了元氣，無法積蓄足夠力量進行大規模戰役）所以這個軍醫處也可以緩行。
第三件事就是醫生認證，明代設有醫生考選制度。嘉靖六年(1527)禮部尚書佳萼等提出對醫生的考選問題，認為時錄用醫生，限於世醫一途，使天下雖有盧扁、倉公，也無法選用，使太醫院成為庸醫棲身之所，於是主張由單純世醫制擴大為考選制。不是世醫精通醫術者，聽其應試，試高考入籍而復其世業，不通醫術者不被錄用。現任醫官，由禮部考其醫術，以定陞遷降黜。但是我所提出醫生認證要比這個範疇大，並且想要借此確定醫生的社會地位，對於整個關外到底有多少醫生，都是什麼程度，不光是我沒底，就是那些個御醫也不知道，這也成了我上任伊始就要面臨的大問題，一方面民間有很多遊方郎中，這些人的醫術參差不齊，有的就是行騙，坑害了很多人，另一方面由於缺乏人手各府縣的醫藥局無法成立，於是我想到了這樣的辦法，通過考試來錄用和甄別醫生。規定今後凡是在關外行醫的人必須持有官方發給的資格文書，沒有的一律按行騙論處，充為奴隸。而官方太醫院則專門設置考試司，負責行醫資格的審查，凡是通過考試的根據其成績分為醫師、醫士、醫生和醫丁。醫師是考試合格並且成績優良者，准許行醫，並且推薦到各府縣醫藥局或各旗軍醫處掌管醫事，地位和待遇都很高；醫士是成績合格者也允許行醫，可下派到醫藥局或惠民藥局，但是地位和待遇要比醫師底；醫生是指在杏林書院學習並且已經完成各科學業通過書院考試但不具有臨床經驗的學生，這些學生可以下派到府縣進行學習和實踐，獲得一定報酬；最後是醫丁，指的是成績不合格的，或者是剛入杏林書院的學生，這些人必須學習，等待通過考試，才有資格晉級。考試一年四次，由考試司負責組織和評閱。當然了今年的考試要多一些，因為這等於是一次醫生普查。
暫時想到的能做的就是這三件事了，其他的要等到實際實施的時候再看，至於太醫院暫時不想大動，補充一些人手是必要的，但是一旦大動難免會觸及一些人的利益，多日下來，我發現這些御醫雖然地位不高但是和各個大臣貝勒都有著千絲萬縷的關係。對於這個新設的太醫院，各方勢力都在關注，努爾哈赤經此一役再加上大病，精力不比從前，所以各個貝勒們都在私低下培植自己的力量。這一次努爾哈赤大病，我能脫穎而出，都給這些人留下了深刻的印象。
有趣的是阿齊格、多爾袞在不久之後就專程來拜訪我，我不得不佩服阿巴亥等政治嗅覺當真的敏銳，這兄弟倆和皇太極的關係不錯，這和皇太極的人緣分不開。這時的多爾袞還沒到15歲，但是已經生得高大威猛了，幾乎是年輕時努爾哈赤的翻版，難怪努爾哈赤如此寵愛他，這麼小就分給他一旗的兵力。阿齊格也十分英武，這二人的到來雖然讓我詫異，但是一想到他們的母親也就釋然了，或許是感謝吧，阿巴亥的三個兒子這時都還不大，勢力有限，一旦這時努爾哈赤歸天那麼在這場皇位繼承權的爭奪中他們無疑是處在劣勢的，歷史也是這樣證明的，這次我救治了努爾哈赤無疑將這個時間大大退後，這個他們提供了充足的準備時間，何況以現在努爾哈赤對我的重視，正是他們拉攏的對象。
和多爾袞的接觸很短，但是明顯的這個人是繼努爾哈赤後的另一個梟雄，可以說女真最後能入主中原和他有密不可分的關係，對於這個年輕人我格外的注意。他的眼神中透漏著一種孤傲和狡詐，大概是從骨子裡就看不上漢人吧，對我雖是客氣，但是也僅限於此。阿齊格倒是很謙遜，他和我的年紀差不多，為人卻很老成，轉達了阿巴亥對我的感謝後，並明確表示願意我的醫事改革，當聽說說到要在各旗設置軍醫處及其功能時，一旁的多爾袞一下子專注起來，並問了我很多問題，在瞭解軍醫處的職能後，他隨即表示要第一個在他的旗中設立，這讓我不得不佩服他作為一個軍人的天生的直覺和敏銳，無疑多爾袞已經認識到軍醫在將來的戰爭上所起到的不可忽視的作用，這讓我越發的警惕起這個人來。像多爾袞這樣的人一旦不為我所用，那麼將來他一定會成為我最大的威脅，這人不容小視，但是他無疑是一個很好的統帥，假如用好了那麼將來開疆拓土非他不可。此時我心中對未來已經勾畫出一幅藍圖。