故事是這樣的：
一個從外太空來到地球的人型生命體，打算滅亡人類，意外的是地球的生命之源——生命之泉給予這個稱之為基諾巴的外星生命體致命打擊，因此滅亡人類統治地球的計劃沒有成功。（我只看過這電影，如果說還有什麼前傳什麼的我不知道，反正我在網上《最終幻想》電影就只搜出來這個和美國版的那個。所以有些情節是靠我自己猜測彌補上去的，如果有什麼錯誤還請包涵。）地球上的神羅公司發明了把生命之泉化為能量的方法，因此人類生活得很富有；但也有人認為使用生命之泉會使這個星球減少壽命，於是反對神羅公司開發生命之泉。
神羅公司得到了基諾巴的遺體，將她強大的細胞融合在人類身上從而誕生了神羅戰士，神羅公司使用神羅戰士對那些反對他們的人進行武力鎮壓。
賽菲羅斯是一個很優秀的神羅戰士，但後來他發現他只是神羅公司研究出來的戰爭機器，之後就開始憎恨一切，因為他實力十分強大，神羅公司的人和其他反對者們作出了很大犧牲才埋葬掉賽菲羅斯。
兩年過後，地球的戰爭雖然結束，但整個地球成為廢墟，而且有許多人中了基諾巴細胞病毒，稱之為星痕症侯群。擁有基諾巴遺傳思念體的卡噠吉、牙茲、羅茲三人來到神羅公司所在的城市尋找基諾巴細胞，也就是他們所說的「母親」。
神羅公司的社長露法烏斯邀請以前同樣是神羅戰士的克勞德擔任他的保鏢，但被克勞德所拒絕。去教堂尋找克勞德的蒂法（貌似克勞德前任女友的妹妹，並且暗戀克勞德。）和瑪琳遇上了同樣來找克勞德的牙茲，一番打鬥後牙茲擄走了瑪琳，並且順手帶走了一箱能量球。神羅公司的社長此時也騙過來「拜訪」的卡噠吉。
在城市裡宣揚可以治好星痕症侯群的羅茲帶走了所有患上了星痕症的兒童，瑪琳的好朋友德賽爾也在其中。
克勞德從神羅公司返回教堂時發現昏倒的蒂法，這時他的星痕症也發作，被神羅公司的保鏢雷諾和魯德救回，經過詢問知道了卡噠吉一夥帶走了城市裡所有的星痕症兒童，於是去營救。結果為了顧及兒童加上對手是三人被打得很狼狽，最後被文森特所救，瑪琳也趁這時跑回了克勞德身邊。
第二天卡噠吉一夥準備在神羅紀念碑裡找「母親」，最後在神羅社長手上得到了基諾巴細胞，在逃跑的過程中追來的克勞德打敗了三人，在大斗中生命之泉從地底湧出，將所有人的星痕症治癒，最後卡噠吉與「母親」融合變成了賽菲羅斯，克勞德經過激烈的戰鬥終於消滅賽菲羅斯。