隨著形勢的變化，袁世凱終於開始起兵，並發出兩道通令（民國2年7月），第一道是致各省宣佈意旨電：
「余以衰病餘生，伏處已久，稍有田園之樂，自問已無事可為。此次出山，實緣事機危迫，不忍見人民陷於牛馬奴隸之域，故冒萬險，膺茲艱巨。受事以來，始終以尊重人道主義，及適合世界大勢為主旨，苟可和平維持，決不輕事破裂，並非兵力有所不足，實緣民困已極，不堪再受戰禍，一年以來彌縫遷就之苦衷，當為國民所共諒。現在財政、外交觸處荊棘，國家運命旦夕可危，凡有血氣之倫，自應以同舟共濟之心，為披髮纓冠之計，決不肯再言破壞，自取覆亡，乃若有之，則亦二三不逞之徒，生性好亂，必不能得多數國民之同情，本大總統若再曲予優容，便與此輩同為亡國禍首，非惟辜負眾望，實亦矛盾初衷，惟有犧牲一身，保全大局，竭我棉力，殄此麼魔。諸君各膺疆寄，必有同心，願共勉之。」
第二道是為了「贛亂」的通令：
「共和民國，以人民為主體，而人民代表，以國會為機關，政治不善，國會有監督之責，政府不良，國會有彈劾之例。大總統由國會選舉，與君主時代子孫帝王萬世之業，迥不相同。今國會早開，人民代表，咸集都下，憲法未定，約法尚存，非經國會，無自發生監督之權，更無擅自立法之理，豈少數人所能自由起滅，又豈能以少數人權利之爭。掩盡天下人民代表之耳目。此次派兵赴潯，迭經本大總統及副總統一再宣佈，本末瞭然，何得信口雌黃，借為煽亂營私之具。今閱歐陽武通電，竟指**為袁軍，全無國家觀念。純乎部落思想。又稱蹂躪淫戮，廬墓為墟等情，九江為中外雜居之地，萬目睽睽，視察之使，絡繹於途，何至無所聞見。陳廷訓之告急，黎兼督之派兵，各行其職，堂堂正正。何謂陰謀？孤軍救援，何謂三道進兵。即歐陽武蒸日通電，亦云李烈鈞到湖口，武開兩團往攻等語，安有叛徒進踞要塞，而中央政府該管都督撤兵藉寇之理？豈陳廷訓、劉世均近在九江之電不足為憑，而獨以歐陽武遠在南昌之電為足信？豈贛省三千萬之生命財產，獨非中華民國之人民？李純所率之兩團。獨非江西兼督之防軍？歐陽武以護軍使不足，而自為都督，並稱經省會公舉。約法具在，無此明條，似此謬妄，欺三尺童子不足，而欺天下人民，誰其信之！且與本大總統除亂安民之宗旨，與迭次之命令。全不相符，捏詞誣蔑，稱兵犯順，視政府如仇敵，視國會若土苴，推翻共和，破壞民國，全國公敵，萬世罪人。獨我無辜之良民，則奔走流離。不知所屆。本大總統心實痛之。本大總統年逾五十。衰病侵尋。以四百兆人民之付託，茹苦年餘。無非欲使黎民子孫免為牛馬奴隸。此種破壞舉動，本大總統在任一日。即當犧牲一切救國救民。現在正式選舉，瞬將舉行，雖甚不肖，斷不致以兵力爭擅權利，況艱辛困苦，尤無權利之可言。副總統兼圻重任，經本大總統委託討逆，責有攸歸，或乃視為鄂贛之爭，尤非事實，仍應責成該兼督速平內亂，拯民水火，各省都督等，同心匡助，毋視中華民國為一人一家之事，毋視人民代表為可有可無之人，我五大族之生靈，或不至斷送於亂徒之手。查歐陽武前日電文，詞意誠懇，與此電判若兩人，難保非金壬挾持，假借名義。俟派員查明再行核辦。此令」。
隨後又發佈如下的命令：
「湖口、徐州等處暴徒倡亂，政府為整肅紀綱，維持國本起見，不得不以兵力戡定，迭經先後佈告。本大總統躬承國民付託之重，值此變出非常，蕩平內亂，責無旁貸，耿耿此心，當為我國民所共諒，各友邦所悉知。惟恐傳聞之異詞，或以方針之未定，國民以姑息養奸所責備，外商以身命財產為隱憂，若不明白宣告，使我全國人民咸知順逆從違之所在，各外商共悉鎮亂靖暴之有方，其何以靖人心而昭大信？為此通令，條舉三端：一、該暴徒勾煽叛兵，僭竊土地，擅行宣佈獨立，破壞民國之統一，擾害地方之治安，此等行為，實為亂黨，政府不得不依照國家法律以兵警戒。是用兵定亂，為行使約法上之統治權，民國政府當然有此責任。二、各國商民之通商傳教，載在條約。凡有亂警地方，該地司令官均應照約實力保護，務使各外國人之身命財產，不致因亂事稍受危險。嗣後各該地方之外國人所有身命財產，如因鎮壓變亂而直接受有損失者，民國政府必完全負其責任。三、亂黨到處勾結，如有本國人與之訂立一切契約，而影響可以及於國家或一地方者，無論用何種方法，及何種名義，民國政府絕不承認。以上三端，自本令發佈以後，應由各該地司令官通行佈告。仍著外交總長行文駐京各國公使查照，以副友邦熱誠贊助之雅懷，而示本大總統除暴安良之至意。此令。」
隨後袁世凱制定了針對湘、贛、皖、蘇四省的傭兵方陣重點；而以京漢鐵路和津浦鐵路為交通運輸線；以武漢、徐州為進攻出發地；以海軍策應陸軍作戰；拉攏滇、桂、黔三省軍隊作為牽制力量。為實現這個作戰方針，確定了如下作戰部署：
1、沿京漢路南進的部隊，主要攻擊目標為湘、贛、皖三省。以駐信陽的北洋第六師為主力，河南第一師及混成旅為預備隊，由鄂向贛進攻；以駐皖北的倪嗣沖所部、河南雷震春地護軍一部以及趙倜所部毅軍，進攻皖省；北洋第二師為京漢路方向總預備隊。另以北洋第六師一部和黎天才的湖北第一師一部，分別駐守武昌、漢陽、漢口。黎師另一部及雷震春護軍備補兵一部，自荊州至新溝、蔡甸一帶設置防禦陣地，警戒湘省。
2、沿津浦路南進的部隊，主要攻擊目標為江蘇南京。以駐魯南的北洋第五師、駐兗州的張勳武衛軍為主力，駐天津的北洋第四師、山東混成旅之一部為預備隊，經徐州進攻南京；山東混成旅另一部防守濟南；揚州徐寶山部為牽制部隊。
3、以拱衛軍、北洋第二師一部並奉軍一部，負責防守北京。
4、以駐張家口的何宗蓮第一師為機動部隊，防備粵軍由海路北上，或準備由海路南下攻粵。
5、姜桂題毅軍駐張家口一帶。防禦蒙軍襲擾。
6、調閩軍一部進駐上海。並調駐西陵、南苑、定縣等處地第三師一部隨往。以防不測。
7、第三師及第一師另一部由海路運往南方。登陸地點臨時決定。
此外。對由革命黨人任都督地湖南、廣東。也作了相應部署。對於湖南。一旦譚延響應討袁。即三路出兵進攻：一路由貴州地唐繼堯派駐在鎮遠地部隊直下常德；一路由陸榮廷派廣西地部隊由南向北進攻；一路由黎元洪派部隊由岳州向南進攻。對於廣東。若陳炯明宣佈獨立。則任命副護軍使龍濟光為廣東都督。令其率所部進攻廣州。另派海軍游弋於閩、粵海面。以防止閩粵兩省與南京聯為一體。
在袁世凱陸續派兵南下。戰爭端倪明顯可察地情況下。孫中山再次呼籲革命黨人丟掉幻想。實行武力討袁。他指出：「除從速起兵以武力解決之外。實無其它辦法」。孫中山分別緻電湘督譚延和粵督陳炯明。要求他們立即宣佈獨立。進行討袁。但譚、陳在回電中均藉故推諉。孫無奈。欲親自赴粵發動討袁。當即被人勸阻。孫又提議由陳其美先在上海宣佈獨立。打響討袁第一槍。陳其美、黃興等人堅不同意。認為「據數里之地以抗敵。猶執卵投石」。此時。駐滬海軍前來接洽。願意宣告獨立。孫甚喜。建議海軍由海上進攻津沽。陳其美等人反對海軍先發。認為「須海陸並起」才行。不久。駐滬海軍奉袁世凱命令開赴煙台。孫聞訊後。急欲勸阻。指出：海軍「開赴煙台。恐將生變」。陳、黃則認為「海軍既表同意於先。斷不中變於後」。結果。海軍北上後即被袁控制。
孫中山別無他法。決定派人去策動南京第八師幾個忠於革命地營長。先「冒險一發」。以樹立討袁地旗幟。黃興初則力言不可。認為那樣將使「八師先自相戰鬥」。後見孫中山主意已定。並準備親往南京。只好服從孫地意見。遂定下武力討袁地決心。但黃又認為孫「不善戎伍」。且恐孫「輕身陷陣」。遭到不測。為留孫「以任大事」。便自告奮勇代孫前往南京指揮作戰。