蚩尤得到無數巫族的投奔，不由越發的囂張起來，不服從黃帝的命令，殘害黎庶，誅殺無辜。又製造兵杖刀載大弩，與黃帝為敵，黃帝遂順民意，徵召各路諸侯兵馬討伐蚩尤。
「刑天，大戰將起爾等巫族為何還不去準備？」黃帝看著一臉為難之色的刑天和九鳳不由問道。
「陛下，蚩尤之巫族和吾等有同澤之情，同族之義，與之對戰於心不忍萬望陛下恕罪！」在刑天等人的帶領下巫族嘩啦啦的跪了一大片。
黃帝看著下面巫族不由的感慨萬千，沒了這股強大的力量局勢將會進入焦灼狀態，可也不敢過分逼迫巫族，免得他們和蚩尤來個裡應外合，只能長歎一聲，「罷了，你們的心情本皇理解，休息去吧，此次大戰，人族足以！」沒了巫族幫助的人族打得格外的辛苦，正如黃帝預示的那樣進入了膠著！
歷經15旬後，也未能打敗蚩尤，只好退兵。倉頡和應龍自愧辭掉了相位和將位，為此，黃帝憂心仲仲，日夜盼望能有賢哲輔佐他，以滅蚩尤。
有一天晚上，他夢見大風吹走了天下的塵垢。接著又夢見一個人手執千鈞之弩驅羊數萬群。醒來後，心覺奇怪。暗想，風，號令而為主；垢，是土解化清，天下難道有姓風名後的人嗎?千鈞之弩，是希望為能致遠，驅羊數萬群，是牧人為善，難道有姓力名牧的人不成?於是便派部下在天下到處訪尋這兩個人。結果在海隅找到了風後，在澤邊找到了力牧。黃帝以風後為相，力牧為將，開始大舉進攻蚩尤。黃帝請來應龍和其它奇怪的猛獸助戰。蚩尤的兵士雖然兇猛，但是遇到黃帝的軍隊，加上這一群猛獸。也抵擋不住，紛紛敗逃。
蚩尤又用妖術製造了一場大霧，使黃帝的兵士迷失了方向。黃帝利用天上北斗星永遠指向北方的現象，造了一輛「指南車」。指引兵士衝出迷霧。
黃帝帶領兵士乘勝追殺，忽然天昏地黑，濃霧迷漫，狂風大作，雷電交加，天上下起暴雨，黃帝的兵士無法繼續追趕。原來蚩尤請來了「風神」和「雨神」來助戰。這風神和雨神便是風伯雨師，此二人施法導致黃帝無法追擊！
黃帝不由大感頭疼。「兵法有雲一鼓作氣，再而衰，三而竭，諸卿可有辦法？」
「陛下勿憂，方丈門下有一女仙名為旱神魃，可令赤地千里！」應龍起身奏道。
黃帝大喜，命人請來旱神魃。不一會，女魃被請到。女魃邁開大步，虎虎生威，穿梭在殺氣密佈而又風高雨急地戰場。
請來天上的「旱神」幫忙，驅散了風雨。一剎那之間。風止雨停，晴空萬里。黃帝見蚩尤確實不好對付，就令應龍噴水。應龍張開巨口。江河般的水流從上至下噴射而出，蚩尤沒有防備，被沖了個人仰馬翻。他也急令風伯雨師掀起狂風暴雨向黃帝陣中打去，只見地面上洪水暴漲，波浪滔天，情況很緊急。這時，女魃上陣了。她施起神施。剎那間從她身上放射出滾滾的熱浪，她走到哪裡。哪裡就風停雨消，烈日當頭。風伯和雨師無計可施，慌忙敗走了。黃帝率軍追上前去，大殺一陣，蚩尤大敗而逃.經過許多次激烈地戰鬥，黃帝先後殺死了蚩尤的八十一個兄弟。蚩尤的頭跟銅鑄的一樣硬，以鐵石為飯，還能在空中飛行，在懸崖峭壁上如走平地，黃帝怎麼也捉不住他。
追到冀州中部時，黃帝靈感突現，命人把夔牛皮鼓使勁連擂九下，這一下，蚩尤頓時魂喪魄散，不能行走，被黃帝捉住了。黃帝命人給蚩尤戴上枷栲，可無論他想盡辦法都無法將蚩尤斬殺，原來蚩尤的大巫之體已經達到巔峰，又豈是人間的凡兵能夠傷的了的？
蚩尤不由猖狂地笑著，黃帝部落的士氣也為之低落，不論是應龍還是倉頡都對此束手無策，黃帝軒轅關鍵時刻想起了自己的老師，不得已駕著雲頭前去方丈，后羿早就料到黃帝會前來，可不欲參與這場戰爭來了個閉門謝客，黃帝軒轅也不死心，跪倒在關門外，這一跪就是七天七夜，就是后羿也被他的誠心感到，長歎一聲，「為了華夏，就是讓擔上那萬千罪孽又如何？」
特命童子將黃帝領了進去，黃帝跪拜完了以後，后羿才開口道：「昔年妖庭二帝為屠戮巫族曾做屠巫劍一把，為師觀其不祥，將其束之高閣，今日便重新煉過，助汝斬殺蚩尤！」
「謝老師慈悲！」黃帝見后羿答應幫忙，不由的大喜。
后羿采首山之銅，銅為純陽之物，用來壓制屠巫劍上的凶煞之氣。劍身一面刻日月星辰，一面刻山川草木。劍柄一面書農耕畜養之術，一面書四海一統之策。勇氣、智慧、仁愛……一切歸於兩個字：聖道。
「此劍為你而煉，特賜名軒轅！」后羿大手一揮。兩個古樸的大字出現在劍柄之上。
黃帝軒轅手持寶劍回到部落，祖龍也派下五色神龍化成五色龍馬，五色龍馬嘶叫著，用鐵鎖捆綁住蚩尤地頭部和四肢，可無論龍馬如何嘶鳴都無法將蚩尤扯碎，蚩尤不由哈哈大笑道：「區區五龍之力豈能殺的了我！」
黃帝也不慌張，恭敬的請出聖道軒轅。對著蚩尤的四肢和頭顱各砍一劍，在蚩尤難以置信的眼神中，五馬將蚩尤徹底地撕成五塊，黃帝怕蚩尤再次復活作亂，將他的五肢壓在五極，讓他們終生不能相聚。
黃帝徹底的打敗蚩尤，天道降下無量地功德，后羿也跟著分了幾分，聖道軒轅因為得到功德的洗禮，成為名副其實的人族第一功德至寶。
「該汝出世之日了！」后羿接收到這一絲功德，自然明白黃帝打敗了蚩尤，拿出乾坤尺。命童子前來讓他將此物送於軒轅。
軒轅兵鋒所指，無不投降，一統九州，正為碩大的版圖的統治而犯愁的時候，后羿送來量天尺，頓時讓他如獲至寶，這乾坤尺可大可小，大則如山嶽，小則如戒子。是天地間第一把尺子，用來丈量土地最為不過！在燃燈手中之時沒有開光，所以威力不顯，能和定海珠合成二十四諸天的法寶豈能是凡品？
建立古國體制：劃野分疆，八家為一井，三井為一鄰，三鄰為一朋，三朋為一里，五里為一邑，十邑為都，十都為一師，十師為州，全國共分九州；設官司職，置左右大監，監於萬國，設三公、三少、四輔、四史、六相、九德（官名）共120個官位管理國家。對各級官員提出「六禁重」，「重」是過分地意思，即「聲禁重、色禁重、衣禁重、香禁重、味禁重、室禁重」，要求官員節簡樸素，反對奢靡。提出以德治國，「修德振兵」，以「德」施天下，一道修德，惟仁是行，修德立義，尤其是設立「九德之臣」，教養百姓九行，即孝、慈、文、信、言、恭、忠、勇、義，進行思想道德建設。在使用人才上，訪賢、選賢、任能，因才使用。實行以法治國，設「禮文法度」、「治法而不變」，命力墨擔任法官、后土擔任獄官，對犯罪重者判處流失，罪大罪極者判處斬首等。
黃帝在農業生產方面有許多創造發明，其中主要有實行田畝制。黃帝之前，田無邊際，耕作無數，黃帝以步丈畝，以防爭端，將全國土地重新劃分，劃成「井」字，中間一塊為「公畝」，歸政府所有，四周八塊為「私田」，由八家合種，收穫繳政府，還穿土鑿井。對農田實行耕作制，及時播種百谷，發明杵臼，開闢園、圃，種植果木蔬菜，種桑養蠶，飼養獸禽，進行放牧等。縫織方面，發明機杼，進行紡織，製作衣裳、鞋帽、帳幄、氈、袞衣、裘、華蓋、盔甲、旗、胄。制陶方面，製造碗、碟、釜、甑、盤、盂、灶等。冶煉方面，煉銅，製造銅鼎、刀、錢幣、鉦、銚、銅鏡、鍾、銃。建築方面，建造宮室、鑾殿、庭、明堂、觀、閣、城堡、樓、門、階、蠶室、祠廟、玉房宮等。交通方面，製造舟楫、車、指南車、記裡鼓車。兵械方面，製造刀、槍、弓矢、弩、六纛、旗幟、五方旗、號角、鼙、兵符、雲梯、樓櫓、炮、劍、射御等。日常生活方面，熟食、粥、飯、酒、肉、稱尺、斗、規矩、墨硯、几案、氈、旃、印、珠、燈、床、席、蹴等。
黃帝一生可以說是功績卓著，發明無數，就連后羿這位跟著混功德地老師也跟著一陣陣汗顏。
可后羿那也不好過，幫助人族打敗了巫族，親手將巫族的復興捻殺，不由落下了心魔，愧疚之心日日伴隨著他，要不是道行高深，功德無量恐怕早就被折磨崩潰了。
可繞是如此，后羿也明顯地消瘦了很多，他的修行太過順利，多行偷巧之事，根基不穩，所以心魔來的最是猛烈，每日都盤膝打坐，抱守本心，以求解脫！