景平元年九月二十日，福建總兵鄭芝龍擁唐王朱聿鍵為帝，改年號為隆武。並在同一天，督水師戰艦三百餘艘，向台灣之鍾建部發起攻擊！
這消息頓時讓群臣打亂。本以為隨著李定國的潰敗，中原大局已定，誰想到忽然又出了個什麼隆武帝出來，難道這大明江山，又要重新亂了嗎？
「不要亂，有武英王在，你們還怕什麼？」
隨著景平帝稚嫩的，但卻充滿了無比信心的聲音響起，朱斌微微一笑：「多謝陛下信任，臣早料到鄭芝龍海盜出身，與朝廷心懷二心，因此早有準備，我大明水師戰場三百八十條由海上出發，刻日可以到達。又有大軍三萬，經陸路出發，向福建鄭芝龍發起反擊！」
見武英王鎮定自若，早有準備，一眾大臣的心這時才放了下來。不過也有不少人心裡嘀咕，怎麼鄭芝龍總兵當得好好的，卻突然弄了這麼個事出來？那武英王又好像早就算計到了，莫非這一切都是朱由斌設計下的？
他們這次猜得倒是一點不錯，鄭芝龍之亂正是朱由斌一手安排的。
自景平帝登基，江南軍屢戰屢捷，中原鼎定，但很多地方勢力卻依舊在觀望之中，看著朝廷新政，看著朝廷會對地方上採取什麼樣的措施。尤其是那些有軍隊的地方軍閥，雖明裡服從效忠朝廷，但卻依仗武力，頗有些割據地方。暗裡抗拒朝廷各項命令。
尤其是長久盤踞福建的鄭家，早把福建視為了自己的王國。當朱斌出兵蜀地平定張獻忠地時候，曾要求福建出兵出糧相助。但鄭芝龍卻僅發老弱殘兵一千一應付。這讓早就想解決鄭家的武英王朱斌。終於下定了消滅地方軍閥的決心！
自在鄭芝龍地協助下，奪取台灣、澳門等地地鍾建，便囤駐於兩地，密切監視著鄭家的動靜。而黃溪又大量向福建安插情報人員，收買鄭家部下。終於在京師淪陷之後，讓鄭芝龍有了擁戴一個皇帝，以控制朝廷的想法……
而他的目標，卻很快放到了流亡到福建的唐王朱聿鍵地身上……
朱聿鍵，明太祖朱元璋第二十三子唐王朱檉的八世孫，於崇禎五年襲封唐王。李自成禍亂中原的時候，他向朝廷要求借兵三千前去參與鎮壓，朝廷怕藩王趁機叛亂奪位而予拒絕。
於是，他便自行在南陽招兵數千，親自統領著尋找賊軍作戰。被打得大敗。朝廷因他違反國法，降罪而廢為庶人，囚居於鳳陽。
福王在南京稱帝后，將他釋放，但又怕他爭壓帝位，命他遷居廣西平樂府，但不久。朱聿鍵便流亡於福建。
送上門的朱聿鍵，讓鄭芝龍大喜過望。此時他擁有福建和巴達維亞兩地。三年的發展，加上不斷收攏各地大明的敗軍，讓他已擁戰船七百餘條，軍隊八萬餘人，隱隱然成了繼江南軍之後大明的第二大軍事集團。已經有了和朱斌叫板的資格。
尤其是在收復台灣和澳門的戰鬥中。江南軍之伐罪軍雖然展示了新式的戰船，強大地武裝。但其步兵卻並沒有拿出全部本事，也讓鄭芝龍產生了一份幻覺，認為江南軍的力量不過如此，已經完全有實力和其較量……
在這樣的心態驅使下，以及一旦成功所帶來的巨大誘惑中，再加上部下的竭力慫恿，鄭芝龍不顧反對的聲音，和大明的安危，終於下定了另立新皇地居
他一方面積極備軍，準備突擊台灣和澳門兩地，吃掉朱斌安插在自己身邊的釘子。一邊勾連荷蘭人和佛郎機人，許諾以種種好處，要求他們地配合。
那荷蘭人和佛郎機人，因為江南軍收復失地的軍事行動，而接連丟掉了台灣、澳門和巴達維亞三個地方，哪裡肯定甘心，正一門心思想要著報仇。但本國和大明太遠，又正在和西班牙爭奪著海上利益，無暇分兵，因此只能把仇恨放在了心裡。
可現在，這樣的機會突然從天上掉了下來，他們雖然與鄭芝龍一樣有仇，但相比於江南軍，和鄭芝龍之間的那點摩擦，無疑要小了許多。
接受到鄭芝龍聯合出兵的請求之後，兩國沒有經過太多地猶豫，答應一起出戰艦兩百餘條，士兵七千多人，與鄭家水師合兵一處，一起參與攻擊台灣澳門兩地地軍事行動！
而他們為此得到的好處，是鄭芝龍將把台灣、澳門、巴達維亞三地交還給他們……
那朱聿鍵倒是堅決不想當什麼皇帝，但在鄭芝龍控制下地他，又哪裡能夠容得到他來做主？喜好讀書，生活檢點的這位唐王，便就這樣被硬拉著當上了「皇帝」。
景平元年九月二十日，在朱聿鍵妄自稱帝的這天，鄭芝龍集鄭家水師戰場三百餘條，荷蘭、佛郎機戰船三百餘條，同時向台灣和澳門兩地發起攻擊。
但從三年前開始，在嚴密監視著鄭芝龍動向的伐罪軍，已用運送軍糧等各種方式，秘密向台灣和澳門兩地增兵，前後達到了一萬餘人，火炮六百餘門，火槍八千多條。而鍾建又在兩地大力募兵，使得可用之兵在景平元年已經到達了兩萬六千人。
在鄭芝龍的大舉進犯開始之後，鍾建和龍淄閣之水師各守其責。龍淄閣所部水師不與鄭芝龍部交鋒，而開始轉而打擊荷蘭、佛郎機戰艦。在擊沉敵十餘艘戰艦，鄭芝龍部增援上來的情況下，主動撤離戰場，開始在外圍尋找時機。
登陸之後的鄭芝龍、荷蘭、佛郎機的聯軍遭受到了意想不到地打擊。伐罪軍強大的，甚至是有些瘋狂的炮火，壓制得聯軍無法喘過氣來。在付出地慘重的死傷之後。好容易推進到炮火的打擊範圍之外，但隨即而來的火槍、弓箭的大家，又讓他們親身體驗到了死亡地恐懼。不得不讓他們再次退了下來……
放下了鍾建送來的戰報，朱斌長長地出了一口氣。一切都在計劃之中，為了使各地軍政大權重新歸於朝廷，自己不惜一切代價，終於把歷史拉回了另一條「正規」！
對於鄭芝龍的叛亂。朝廷在第一時間作出了反應。接到戰報的當日，武英王即簽發「平叛令」。歷數鄭家之罪，號召福建軍民協助王師平叛。
平叛令的下達，意味著朱斌翦除地方豪強的軍事行為，開始邁出了第一步。
三百八十條戰艦迅速啟程，向台灣方面增援過去。朱斌以鍾建為平叛總大將。陸地上，三萬集中起來的精銳之師也迅速向福建方面推進。指揮著這三萬部隊的，朱斌出人意料的委派了在突襲山海關行動中立下過彪炳戰功的孟志軒和李建標二人。
而就在平叛工作有條不紊進行地時候，在京師的一場大規模整肅官員的行動，也幾乎在同一時間展開。
由何墨提供的名單中。接受賄賂的三十三人被迅速抓捕。這些人不乏背景特殊，位高權重者。甚至有些按照輩分都算是朱斌的「長輩」。但朱斌在這一次展示了他的強勢，該抓地，一個都沒有放過。甚至對那些上門求情的，也都展開了迅速地調查。
朱斌以張溥地得意門生顧炎武為刑科給事中，負責審訊這些官員。給事中這是一個品級雖低，但權利極大的職位。顧炎武也想像不到。武英王會放心的把如此重要的職位交給自己這個沒有官場經驗的年輕人。心存感激地他，甫一到任便全身心到投入到了工作之中。
與在江南省時一樣。朱斌開始在全國各地推行高薪養廉。時一個正七品知縣，月俸不過七石五斗，折算成銀子三兩多一些，養家餬口是沒有問題，但要外出交際應酬就勉為其難了。讓他們如何能夠做到廉潔？又讓他們如何做到不貪？
而朱斌深知明朝地官員工資過低。也正是造成了大明王朝雖然屢屢肅貪，甚至朱元璋為了懲治貪污而用出了剝人皮這樣的恐怖手段。但貪污地官員們卻依然前赴後繼的原因所在。提高官員收入，讓他們能夠安心工作也成了朝廷的重點。
但是，伴隨高薪養廉政策下的，是對貪污懲治的進一步加大。新的「大明法」，已經在朱斌的親自督促下，即將在景平二年出台！
而一些在大明王朝初期制定，有利民生，但卻因連年戰亂，已經官員腐敗而行同虛設的政策，又被重新啟用，如朱元璋設置的「養濟院」。
大明是沒有叫花子和流浪漢的，每個縣都有養濟院免費收留。入養濟院的條件也很簡單，「查都城內外之老疾孤貧者，籍其年以請」。這也是大明的一大特色！
同時，如遇水災旱災流亡的人，凡有力可耕者，國家給田每人十五畝耕種，並給牛和農具。要是家中死了人，貧民沒錢買地送葬的，也由朝廷給地。老人八十歲以上的，國家賜爵。爵是有收入的，也就是國家養老。
這些相當有利民生的政策，卻因為各種原因而閒置了下來。朱斌掌政後很快便宣佈重新啟動這些政策。
而為了這些政策的順利推行，商稅從六十取一恢復到三十取一，民田稅恢復到三斗。
這些看起來是增加了百姓負擔，但朱斌卻在各洲府安插了專門的機構，監督各級官員不得以任何名目私自徵收。朝廷也不會增加任何額外稅賦。實際上，比起從崇禎年起不斷增加，甚至是加到了崇禎四十三年在內的各種稅收，其實是大大減輕的民眾的負擔。
「王爺這麼做自然是為安穩民心，恢復生產，但底下的官員會不會與朝廷一體同心，可就難說得很了。」黎風看著朱斌制定的一系列政策，說道：「同時，即將頒布的新大明法，觸動到切身利益的官員很多，朝廷也將面臨更加大的壓力……」
「不管壓力多大，也一定都要堅持下去。」朱斌面無表情地說道：「要想革職朝廷弊端，使我大明國富民強，不經歷一場大的動盪無法做到。甚至，不殺一批人，不流一次血都不行。這樣的準備我已經做好了。」
黎風點了點頭：「既然王爺決心已下，那麼屬下也只有無條件的和王爺站在一起。」
「內閣制也要變，只是如何變我還沒有想好。」朱斌淡淡地說道：「既然要面臨陣痛，乾脆就要這次痛苦來得更加強烈一些。痛完之後，將是我大明的一次新生……」
說著，他把話題轉開：「鄭芝龍那一切都部署好了沒有？」
「回王爺。」黎風微笑著道：「鄭芝龍雖然號稱擁兵八萬，戰船無數，實際上除了水師之外，他的那八萬士兵並不可怕，一旦交戰，我軍三萬精銳足矣。唯一讓人擔心的，就是鄭家與西洋人聯合起來的水師。不過屬下已有安排，相信在兩個月之內即可以平叛成功。」
朱斌點了點頭，對於鄭芝龍的叛亂，他並不如何擔心。從一開始的時候，鄭芝龍便在按著自己設置好的道路走下去，這個局他已經整整布了三年。
「讓鍾建放手去幹吧。」朱斌神色專注地道：「派人去告訴鍾建，要趁著這個機會，給那些膽敢犯我大明的紅夷，再來一次徹底的，最慘痛，永遠無法忘記的教訓！」