從朱斌率部一路進剿蜀地開始，京師的一切事物，在史可法、岳謹元和黎風等人的悉心治理下，井井有條，但由於闖賊禍亂，大批官員要麼被殉國，要麼因事賊而被罷免，因此各部都出現了大量的官員空缺！
朱斌回到京師後第一件事，便是急調以孔浙揚、張雲樂等人為首要的大量江南官員到京赴任，這批官員被稱為「江南系」。但是朱斌深知，僅靠手頭現有的官員，要實現振興大明經濟、政治、軍事，顯然是不夠的。
其後，禮部尚書張溥提議開科取士。雖然朱斌對這種以八股文為朝廷招納賢才的做法不以為然，但目前的狀況，最重要的是安定人心，而不是進行革命性的變革，因此，朱斌答應了張溥的要求，定於次年二月正式開科。
那位被從蜀地帶回來的盧英，朱斌兌現了自己的諾言，為他調派了大批人手，去製作他那些曾經說過的東西。而盧英的意外發現，卻也同樣使朱斌對「招賢令」產生了極大的信心，很快，新的「招賢令」在大明各地公佈。
在一切緊鑼密鼓進行的時候，朱斌重新將目光放到了對滿清的安排上。做為碩托舉薦，由滿清攝政王多爾袞親自任命的特使何墨，來到京師已經有一段時間了。他的任務，就是請求大明放出被俘的英親王阿濟格，以及漢將智順王尚可喜、續順公沈志祥等人。
何墨一到京師，便廣撒金銀，結交權貴。可惜這大明的朝廷。已經不是過去的大明朝廷了，現在若無武英王點頭，又有誰敢放人？
「這是願意接收我財物。並答應幫忙者地名單，共計三十三人。」武英王府中，何墨將一份名單放到了朱斌面前，平靜地說道：「另外，還有六十餘名官員。不願接受財物，我也一起都記錄在了上面。」
「黎風，按照名單上寫的，私受韃子財物者，全部罷官，不受財物者斌稍稍看了一眼名單，對黎風吩咐道。接著他又把目光轉向了何墨：
「這些年，你辛苦了。」
何墨淡淡地說道：「為我大明朝廷做事，沒甚麼辛苦不辛苦的。」
「咱們在戰場上地勝利。除了靠著將士們的浴血拚殺，還得靠你們這些人啊。」朱斌微微歎息了一聲：「只是，你家人都已去了盛京，千萬要謹慎小心。萬一出了什麼事情……」
何墨從容地一笑：「請武英王不必操心，何墨自接受任務以來，不要說自己的生死，家人的生死也從未放在心上。他們既身為何墨家人。便應該做好了一切準備。」
黎風有些不忍心地搖了搖頭，這些黃溪一手培養出來的人。一個個便如同黃溪本人一般，堅忍、不屈，甚至殘酷。他們漠視自己地生命，也同樣漠視家人的生命。在他們的眼裡，永遠都只有一樣事情的存在。那就是他們身上所肩負的任務。
「好了。這些事情先不說了。」朱斌讓何墨坐了下來：「釋放阿濟格等人的事我會去安排的，順便也把尚可喜和沈志祥放了。嘿嘿。當日這兩人擒拿阿濟格，以求活命，阿濟格對這二人恨之入骨，現在隨阿濟格一同回去，我倒真想看看他們的主子會如何對待他們……」
何墨僵硬地笑了一下：「王爺，目前韃子處形勢比較混亂。本來多爾袞勢大，韃子諸王中雖然有人對其專權心存不滿，但皆因他強大的力量而只能隱忍心中，但現在的情況卻不一樣了。多爾袞屢敗，新得地四鎮又都丟了，因為韃子朝野對他的非議也都多了起來，而這也正是他急著要救回阿濟格的原因，他現在最缺的就是對他忠心不二的幫手。他又加封多羅豫郡王多鐸為和碩德豫親王，以收其為羽翼。此外，由於韃子兵員缺失嚴重，吳三桂等漢將也都開始被他重用。」
一聽到多鐸的名字，朱斌的臉色有下就陰沉了下來，他想到了多鐸一手導演地，那慘絕人寰的「揚州十日」。雖然現在歷史已經在自己地努力下發生了改變，但多鐸這樣的人，卻早晚要為他所作過的一切還債！
「吳三桂現在怎樣？」朱斌定了下心情，問道。
何墨未加考慮便道：「吳三桂自到盛京後，多爾袞特許他從漢八旗中精選出了一萬士卒，重整他的關寧軍，現在加上山海關的敗兵，吳三桂重新擁兵兩萬八千餘人，目前正在想方設法追剿登陸地我江南水師！」
朱斌點了點頭，囑咐了何墨幾句，便讓他下去休息。滿清目前地形勢他通過各種渠道知道得清清楚楚。滿清八旗之中，兩紅旗的首領老地老，小的小，目前基本發揮不了什麼作用。
而兩白旗的多爾袞，以及過去豪格的兩黃旗的圖爾格、索尼、圖賴等人，與多爾袞的矛盾，很快便因為清軍的山海關之敗而變得尖銳起來。
正藍旗舉棋不定，多有兩派的人，而在這個時候，鑲藍旗的旗主濟爾哈朗的態度一下變得異常重要起來。要說起這位濟爾哈朗，當初也曾和朱斌在邊上交過手，還被朱斌一把大火燒燬了軍糧，也算是個老對手了。
他從小由努爾哈赤加以撫養，所以他與努爾哈赤的兒子們關係很好，尤其是與皇太極的關係更是非同一般。濟爾哈朗從青年時代起就追隨努爾哈赤南征北討，因軍功受封為和碩貝勒。是努爾哈赤時期共柄國政的八大和碩貝勒之一，也是皇太極時代四大親王之一。
這人在滿清中地位非常高，但卻為人謹慎。當在皇太極暴斃後，為帝位問題兩白旗和兩黃旗發生尖銳對立。劍拔弩張的時候。在繼統的大是大非問題上，濟爾哈朗不願捲入太深。他先是贊同立豪格為帝地意見，繼而看到兩種勢力勢同水火。又轉為調和的立場。
當福臨登基後，濟爾哈朗輔助多爾袞，處理朝政。福臨即位時，濟爾哈朗與多爾袞兩人同為輔政王。但儘管擁有崇高的軍功、威望和地位，濟爾哈朗為人很是低調。他主動要求將自己排在多爾袞前面地名次放到多爾袞之下，並要求諸王大臣商討國事時，只報告多爾袞即可，不必報告自己。
濟爾哈朗辦起事來一向兢兢業業。擔任輔政王后，他在盛京盡心輔佐幼帝，多爾袞則率領大軍兵發山海關。當江南軍水師登陸，濟爾哈朗竭力保著盛京不出問題，只派人急速通知多爾袞回兵救援，卻堅決不肯出戰。
這種不求有功，但求無過的態度。雖然遭到了盛京大批韃子官員的反對，其實卻是個非常正確的做法。在當初朱斌的設計裡，一旦滿清派兵追剿，即可趁著盛京兵力空虛地時候，趁機直搗盛京，但濟爾哈朗保守的做法，卻使這一作戰思路落空。
其後多爾袞領敗兵回援。也許是為了轉移作戰失敗的責任，他卻在朝會時大加指責濟爾哈朗正確的做法。兩人本同為攝政王。多爾袞對待濟爾哈朗卻如同下屬般橫加指責，讓鑲藍旗的滿人憤憤不平，紛紛請求濟爾哈朗發難。
但濟爾哈朗出於清軍新敗，滿清政局急需穩定的考慮，卻拒絕了部下們的要求。他的這一從大局考慮。委曲求全的做法。卻進一步增長了多爾袞的囂張氣焰……
一個人地忍耐總是有限度的，當被逼到走投無路的時候。再老實的人也會奮起反擊，而這也正是朱斌最願意看到的，所以他一直在等，等到濟爾哈朗忍無可忍的一天，那時候，將是朱斌給予滿清致命一擊的絕妙機會……
是日大明朝會，文武大臣早早趕到，分立兩旁，幼小地景平帝端坐上方，武英王朱由斌特許帶刀上殿，坐在了下首的位置。
朝會上也是追增了一批國難中壯烈殉國地大臣。接著對山海關大戰、追剿闖賊，收復寧遠四城，平定張獻忠之亂，以及南京之變中的有功人員分明嘉獎提升。
收復寧遠四城有功，但卻因「放跑」碩托而受到責罰的黃溪等四鎮總兵，也都被撤消的處分。前江南軍的一眾將領，大部賜將軍號，四鎮總兵，並陶海、龍默寒、魏重義、龍淄閣、李德等人皆晉爵位。
這大大穩固了江南軍各級將領在大明軍隊中地地位。接著，朱斌正式宣佈，自今日起廢除「江南軍」稱呼，統稱明軍。並宣佈一年內募兵一百萬，二十萬朝廷正規軍，八十萬為預備軍地龐大計劃！
這一個有些意外的決策，當時就遭到了一些大臣地反對。武英殿大學士史可法的反對最為激烈：
「臣不贊成武英王的做法。眼下大戰才平，各地凋敝，民不聊生，最緊要的是將朝廷不多的銀子投入到各地的恢復之中，以安民心。按武英王擴軍百萬的想法，即便招募一兵最低費用年餉四兩銀子，這筆費用便需要四百萬兩。先不說這筆銀子若是用到恢復經濟上能起到多巨大的作用，就說朝廷又上哪去籌措這筆銀子？先帝平叛十七年，國庫早就用盡。闖賊入驚，燒殺劫掠，京師民眾苦不堪言。自恢復京師以後，陶海運來了一批銀子以安定民心，但又哪裡夠用？現在國庫僅剩存銀八萬兩了啊，就快連官員的俸祿都發不出了！」
朱斌皺了皺眉頭，不想大明的財政狀況卻惡化到了這個樣子。
這時，一位侍郎也上來說道：「臣贊成史相的意見。眼前邊關穩定，流寇已滅，還要養那麼多的軍隊做什麼？況且所謂的預備軍，臣實在聞所未聞……」
張溥卻是堅定地站在了朱斌這一邊：「邊關雖然穩定，但金虜尚在。臣同意武英王擴軍決議，我等焉可因一時之小安，便把當初的恥辱忘在腦後？」
等眾人紛紛說完，朱斌這才對眾大臣說道：
「第一，我已急命陶海，從江南再次調用兩百萬銀子，以供朝廷使用。第二，恢復大明經濟和地方秩序，不是靠使多少銀子便有用的，稍後幾天我會有詳細的計劃以呈聖上……」
他這話讓眾人無可指責，那江南本來就是武英王的封地，現在卻一再從自己的封地上調用銀子到朝廷，也算當得起「忠義」二字了，這時，又聽朱斌說道：
「還有重要一點，要讓軍隊有戰鬥力，就得讓士兵們無後顧之憂。因此，每位士兵的餉銀不是史大人說的四兩，而是邊關等重鎮的士兵年餉銀二十兩，正規軍年餉十兩，預備軍年餉六兩。有戰事發生，預備軍轉入正規軍，年餉亦是十兩……」
他的話頓時引起了朝廷一片驚訝地議論之聲。這麼龐大的計劃，這麼豐厚的軍餉，得要花上多少銀子？這還僅僅是初期募兵費用，今後每年朝廷都得用這麼多銀子！
朱斌向他們擺了擺手：「此外，各軍兵士家眷，每年也可得到二兩銀子安家費，但凡有戰場陣亡將士，皆可因等級及戰功，得到不同程度的撫恤金！」
「銀子，請問武英王這銀子從什麼地方來？」史可法大聲問道。
朱斌笑了一下，說道：「初期招募士兵費用，皆由江南承擔，缺多少，江南就運多少，其後朝廷所養之軍，若到時大明經濟仍無好轉，也還是由江南全部承擔！」