比塔的被攻佔，使聯軍順利得到了登陸點。但是，的爭鬥，才剛剛開始，更加殘酷的戰鬥還在等待著他們！
崇禎十四年六月十二日，東印度公司駐巴達維亞總裁莫特拉爾，集中兩千五百名士兵，在阿古坦一帶擺開陣勢，企圖與聯軍決戰，穩住巴達維亞的局勢。
最先向荷蘭軍隊發起衝擊的，依然是比摩亞和可斯切菲指揮的僱傭兵，在魏重義之強大火炮的掩護下，戰局一度非常順利。但是，隨著僱傭兵進一步地深入，當地複雜的地形，使得火炮的威力被大幅度削減。
憑藉著地形上的優勢，和訓練有素的東印度公司的士兵，僱傭兵的傷亡急劇增加。在這樣的狀況之下，鄭森這位總兵之子，開始請求參戰。
鍾建同意了他的請求，一千名福建官兵，在鄭森的指揮下向荷蘭人腹地發起攻擊，但同樣的卻被堵截在了阿古坦防線自外。而鄭森畢竟年輕了一些，在推進不順的狀況下，鮮血過多地湧上了他的頭頂，鄭森不顧一切的命令士兵發起了強攻……
而這一來，卻正中了莫特拉爾的下襟，密密麻麻衝上去的明軍官兵，讓荷蘭人能舒舒服服地瞄準射擊，然後看著一個接著一個大明的官兵，倒在自己的槍口之下……
在付出了近兩百人的傷亡之後，鄭森不得不退了下來。看著一臉懊喪地這位年輕人。鍾建派出了精銳的伐罪軍士兵。他以五百人發起正面強攻，以牽制荷蘭士兵的火力，又親自帶著五百人饒到了阿古坦的左翼。
正當正面交戰最酣的時候，鍾建指揮的五百士兵神兵天降，一下打亂了荷蘭人地部署。就在莫特拉爾手忙腳亂準備把這股敵人消滅的時候，兩千名伐罪軍士兵。在同一時刻發起了潮水一般地攻擊……
莫特拉爾被迫放棄了阿古坦，向巴達維亞城方向撤退。
很難說阿古坦之戰誰勝誰負，雙方的傷亡比例大致相等，聯軍佔領了阿古坦，但七天的阿古坦戰鬥，卻讓莫特拉爾卻達到了遲滯敵人攻擊的目的，為自己贏得了最寶貴的時間，因為。巴達維亞的雨季到來了……
巴達維亞土壤肥沃，一到雨季地上就變得泥濘不堪，炮隊等重武器極難順利通過，行軍也最大程度地受到了影響。而且，在聯軍登陸作戰之前，莫特拉爾已經收買了大量地當地人，依仗巴達維亞到處都有的山絡、叢林，用弓箭這些武器，給予了前進中的聯軍士兵以殺傷，使得聯軍每前進一步都要付出不小的代價……
鍾建果斷命令部隊停止前進。全軍退回到阿古坦一線，以待雨季過後再重新組織攻勢。又以艦隊巡視海面，租借荷蘭人的援軍，為阿古坦運送補給。
有些伐罪軍的將士心中大是不解，雖然答應了幫助鄭芝龍奪取巴達維亞，但現在的情況。卻完全有了推托的理由，何必要呆在這裡，大可等將來再次進攻。
可面對部下的疑問，鍾建卻都笑而不答……
六月到七月中旬，聯軍和荷蘭人似乎達成了某種默契，誰都沒有向對方進攻，除了零星的當地地襲擊之外，雙方處在了一種微妙的平衡之中。
而在此期間。海面上卻戰鬥不斷。荷蘭人的艦隊為了打破海面上的封鎖，幾次發起了攻擊，但都被聯軍水師打了回去。最激烈的一次戰鬥發生在七月十日，二十餘艘向巴達維亞增增援來的艦隊。匯合巴達維亞艦隊，向聯軍發起了最兇猛地衝擊。
戰鬥到最激烈的時候，左翼的鄭家的艦隊幾乎被擊潰，所幸李德親自帶人增援上去，這才穩住了左翼的戰局，到了夜幕將要降臨的時候，終於將荷蘭人重新打退了回去……
而到了七月底，卻發生了一件莫名其妙的事情，朝廷居然派來了欽差，說什麼荷蘭人向大明的朝廷提出了抗議，大明地軍隊擅自進攻巴達維亞云云，而朝廷則下旨雲我大明本是天朝上邦，豈可不宣而戰，肆意進犯它國疆土等等。
鍾建看著這份聖旨，哭笑不得，先不說這巴達維亞本來也是荷蘭人搶來的，就說大明朝廷現在是內憂外患，風雨飄搖，可這些當官的和皇上卻還要死死抱著天朝上邦的架子！
江南軍為了大明收復失地，開疆拓土；而大明朝廷地軍隊，卻不光在邊關大敗於滿清，在中原戰場之上，也是節節敗退……
順利攻佔了洛陽的李自成，隨即揮軍東進，進逼開封。
開封是周王朱恭的封地，他雖然沒有福王有錢，但出手要大方得多。他公開懸賞，出城斬殺賊軍一人，賞銀五十兩；城上殺一人，賞銀三十兩，射傷一人或磚石擊傷者，賞十兩。
既然王爺帶頭，其他富人也紛紛捐獻，所以開封城糧餉充足，加之周王本人還親自上城協助防禦，所以守城官兵士氣格外高漲。
李自成先派遣了三百騎兵來到開封西關，冒充官軍，想騙開城門，沒能得逞。李自成大軍隨即趕到，開始猛攻開封城。賊軍先是用雲梯爬城，遭到城頭上火器弓弩磚石沉重殺傷，未能得手。李自成隨即改變戰法，命士兵聞鼓而進，後退者斬，攻到城下後，每人鑿城磚一塊，即可回營休息受賞。
用這種辦法，短短兩天的時間，賊軍已經在開封城牆上掏了六個大洞穴，造成了很大威脅。守軍從城牆向下挖通至洞穴，向裡面灌滾湯、沸汁，甚至往裡面扔點燃的火藥包。另外還製造懸樓，從城頭上外伸出，以消除城腳的火力死角，使在城下穴城地賊軍無處藏身。
雙方攻守了七天。戰鬥打得艱苦異常。
在包圍圈外的明軍副
福，得知開封被圍後，急率五百精兵回防開封，趕到強行衝過賊軍大營突至城下。城中不敢開門，用繩子將他們入城中。
隨後李自成親自到城下觀察地形。被陳永福的部隊發現，陳軍用弓箭近距離狙擊，李自成左眼中箭，幸被親隨冒死救回。
因為主帥受傷，加之河南巡撫李仙風、保定總督楊文岳和左良玉等各路明軍都正在向開封靠攏，賊軍遂於次日撤圍而去。
第一次開封攻守戰結束。
李仙風因洛陽失守，福王遇害，被崇禎下令逮捕。他自知難逃一死，自殺身亡。陳永福因射傷李自成之功，由副將提升為總兵官。
李自成率軍向西轉移，保定總督楊文岳尾追，雙方在嵩縣北面的鳴阜遭遇，激戰了幾天時間，雙方互有勝負，都沒能給對方以致命的打擊。
崇禎嚴令陝西的督師丁啟睿入豫，以加強中原明軍實力。丁啟睿捧著崇禎賜地尚方寶劍，帶著部隊磨磨蹭蹭地進入中原。他見李自成聲威正盛，不敢招惹，就去尾追張獻忠、羅汝才。
他帶著部隊跑到沒有敵人的荊州，還想渡江南下。湖廣巡撫汪承詔向他說：「據可靠消息，大股流寇都在河南，咱這裡沒敵人。您就不不用親自來了。」還把渡口的船隻都藏了起來。
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丁啟睿無奈，只好北返。經過鄧州，當地人關閉城門，不放他進城；過內鄉，地方上怕他的部隊搶劫，關閉了集市，官軍混到這個份上，真正是連賊都不如了……
崇禎聽說丁啟睿捧著他給的尚方寶劍。不去好好剿賊，專找沒敵人的地方瞎轉悠，連份捷報都拿不出手，大怒。把關在獄中的原兵部尚書傅宗龍放出來接替丁啟睿，專職負責剿滅李自成。
而這個時候的羅汝才和張獻忠意見不合，北上中原與李自成會合。李自成軍善攻，羅汝才軍善戰，他地加入，使闖賊頓時如虎添翼。
傅宗龍和保定總督楊文岳會師新蔡，準備在新蔡、項城間與李自成決戰。李自成佯裝退向汝寧，在汝寧、項城之間設伏。傍晚，傅、楊兩總督輕進中伏，各部紛紛潰散逃跑，楊文岳苦撐了大半天，也被部將拖走突圍了。
傅宗龍獨率殘兵六千餘人死守馬家莊，他派人給逃走的總兵賀人龍、副將李國奇送信求援，這倆人明知是傅宗龍的命令，卻偏偏裝傻，說這封信從賊中來，恐怕有假，拒不返回援救。他們想進沈丘城，沈丘縣令跑到城頭說：
「你們不去援救傅督師，如何還敢進城？」兩人只好訕訕地撤往陳州。
李自成見攻不下馬家莊，遂改為掘壕圍困。三天後，官軍糧盡，宰殺戰馬充飢，又過了四五天，馬也沒得吃了。
幾日後的凌晨，傅宗龍被迫突圍，賴親軍拚死衝殺突出重圍，逃往項城。闖賊緊緊追趕，在離項城八里處俘獲了傅宗龍，隨即簇擁著他想混進項城。傅宗龍在城下大喊：「我是傅督師，現已落入敵手，身邊這些都是流寇，城上趕快開炮，千萬別開城門！」
李自成勃然大怒，挖去傅宗龍的雙眼，削掉他的鼻子，扔在路邊。城裡守軍把他背入城中，傅宗龍因傷勢太重，隨即死去……
在江南的朱斌聽到傅宗龍的死訊，很是傷感了一陣。當初和賊人交手時，因意見不合，故爾上本彈劾傅宗龍，這才使傅宗龍丟官下獄，現在想來，一個個故人不是死在清兵之手，就是喪生在賊軍刀下，這讓朱斌頗有些淒涼懷念的感覺……
「李自成氣候已成。」朱斌歎息了一聲，對身邊的黎風說道：「當初若陛下肯用我之計，賊軍被剿滅多時，安有今日之敗？現在就算我江南軍再次剿賊，只怕沒有數年時間，也很難徹底平定流寇之亂了！」
「屬下以為我們眼前有兩條選擇。」黎風上前說道：「其一，不必朝廷允許，出關與金虜決戰，金虜才經過大戰，體力必然疲憊，或者可以勝之。其二，立即趕赴中原戰場，解中原戰場之圍，就如當初在濟南一樣，樹立武英王地赫赫威名！」
誰想到朱斌卻斷然搖了搖頭：「這兩條計謀都不行，江南軍除了巴達維亞那些地方以外，哪裡我們現在都不去！」
見黎風怔在了那，朱斌笑笑解釋道：
「有三個練武的劍客，甲劍客劍術最精，乙劍客次之，丙劍客最弱，三人都是死敵，若是這三人有一天必須決戰，你以為誰會勝之？」
「自然是甲劍客了。」黎風不假思索地說道。
「在我看來笑到最後的是丙劍客。」朱斌微笑著道：「因為決鬥開始的時候，甲一定會率先攻擊乙，以為乙對自己的威脅最大。乙也同樣會把劍指向甲，而丙呢？目標肯定也是劍術最好的甲。一場亂戰下來，只怕甲和乙都死了，而丙卻還站在那裡……」
黎風點了點頭：「王爺地意思我們就是那個丙劍客？」
「不錯。」朱斌慢慢地走動了幾步，說道：「江南軍擁兵十萬，滿清、賊軍，甚至朝廷都視我們為敵人，在這個時候，我們最好的辦法就是把自己藏起來，甚至放在最弱小的位置。我看滿清和賊軍早晚必然會有一場大戰，等雙方都精疲力竭的時候，那時候就是我們出手的機會了……」
「屬下現在明白了。」黎風終於笑了：「所以，王爺現在要不斷派兵向海外開拓疆土，不斷擴充自己的實力，而後，就會找準最恰當的機會，給所有的敵人以致命一擊！」