大明崇禎四年，明朝歷史上動盪的一年開始了！
在這一年的六月，原本被官降一級，戴罪立功的江南巡撫朱斌，因為在任上的出色表現，被重新官復原職，其實這是人人都知道，早晚會發生的事情。
江南軍機營在這一年成立，軍機營大統制，正是朝廷的通緝要犯黃溪。朱斌根本就不在乎這個，只不過黃溪卻無法在公眾場合露面，他成了一個影子，朱斌用來監視江南各地情報的影子！
朱斌用了一個月的時間，和海鹽的陶家進行了艱苦的談判，陶家放在浙江各地的情報系統，必須全部放棄，無條件地轉到他的軍機營中。而做為回報，他將會給陶家更大的經商權利。
寧波孫家的下場，做為陶家主事的陶樂閔，已經清楚地看在了眼裡。他開始漸漸明白了一個道理，與朱斌合作的，就是他的朋友，而不肯合作的，那麼朱斌毫不猶豫地會將其剷除。
好在這位巡撫大人即將成為自己的女婿，一個女婿半個兒，把自己辛苦多年組建的情報體系交給朱斌，在心理上也不是什麼太難接受的事情。況且，自己的兒子、孫子都在朱斌手下為官，並且深得重用。
在經過深思熟慮之後，陶樂閔終於答應了朱斌的要求…….
這事的瞭解讓朱斌放下了心頭的大患，將一個隨時可能讓自己寢食難安地組織，轉化到自己地手下。加上又有黃溪這麼一個錦衣衛中的資深特務來管理。無疑是一個愜意的事。
而朱斌對江南經濟結果做地調整，也正在有條不紊的進行著。尤其是對江南運河的疏通，已經開始著手進行。朱斌有這個信心，在三到五年之內，江南的經濟將會順著自己的設想一步步地走下去……
可就朱斌一帆風順的時候，大明王朝這座大廈，卻遇到了一場足以將其整個摧毀地危機！
崇禎三年年底，大明兵部尚書。大學士孫承宗提出任封疆大臣，精擇八部大帥，分別戰守；薊鎮備守，遼鎮備戰；合薊遼戰守，防禦插漢，收復城池等建議，崇禎帝全部應允。
四年初，遼東巡撫丘禾嘉。請求挾遵永大捷之威，繼而收復廣寧、義州、右屯三城。孫承宗經過考慮之後，命丘禾嘉先據右屯，修築大凌河城。以錦州、大凌河、右屯就形成犄角之勢。可以相互依托。再向東北依次推進，收復較遠的廣寧城。
而具體築城的任務。則落落到了祖大壽的身上。錦州總兵官祖大壽、副將何可剛率兵四千，駐守其地。另有班軍一萬餘人，負責修建大凌城。
當明軍重新修築大凌城的消息傳到皇太極耳朵中後，皇太極勃然大怒，憤然道：「坐視漢人開疆拓土修建城廓，繕治甲兵，使得完備，我等豈能安處耶？」
崇禎四年八月初四日，皇太極以大明「進兵遼東、破壞和議」為借口，親起滿漢大軍兩萬餘人，紅夷大炮四十門，在大凌河城下集結。
鑒於大凌河城防守堅固，為減少傷亡，皇太極下令對該城進行圍困，沿城四周修建柵欄，並挖出一條寬五尺、深七尺的壕溝，以切斷城內外的聯繫。同時他派兵扼守住通往錦州的要道，阻擊錦州方向出動地援兵，其後又陸續增兵到了五萬。
兵法云「十者圍之」，皇太極以五萬大軍，加上四道壕溝一道牆，足可抵十萬之眾，祖大壽的一萬多人馬想突圍已絕對不可能！
面對後金的包圍，祖大壽幾次派兵出擊，企圖撕開缺口，打通城內外通道，殺出一條血路，但都沒有成功。皇太極隨即下令用火炮轟擊城外的台堡。在猛烈地轟擊之下，大凌河城外圍的台堡一一落入敵手，包圍圈不斷壓縮。
當大凌河被圍地消息傳來後，督師孫承宗、巡撫丘禾嘉立即組織援軍，急赴前線增援，
以解大凌河之圍。孫承宗、丘禾嘉親自率軍，與新升任的總兵官吳襄、宋偉合兵，約四萬之眾，由山海關向錦州進發。
當援軍前鋒近萬名兵馬趕到松山附近時，被阿濟格率領的千餘名滿蒙騎兵攔截擊敗，退回錦州城內。九月初，另一支大隊援兵趕到錦州城外，在小凌河對岸紮營時，皇太極親率精兵偷襲大營，打得明軍措手不及。
九月二十四日，援軍主力，包括百餘名戰將和四萬步騎，由監軍、太僕寺少卿張春率領，渡過小凌河。三天以後的清晨，當這支兵馬乘夜色推進到離大凌河只有十五里的長山時，才被敵兵的前哨發覺。皇太極迅速集合滿、蒙、漢軍兩萬人迎敵。當時明軍的數量是後金軍的一倍。
當後金軍趕到陣前，見張春已將大
防禦陣形，大炮鳥銃四面排列。皇太極先令騎兵分擊，右翼直撲張春的大營，但因炮火猛烈，傷亡慘重，未能破陣。皇太極隨即加入右翼，重整隊伍，並令養性的炮兵移至明軍陣地東側，用火炮和火箭猛轟張春大營，明軍傷亡大增，陣腳開始動搖，張春大營開始潰亂。
而就在這關鍵時刻，由吳襄、參將桑噶爾寨統率的另一支援軍開始潰退。
張春在重創之下，仍收拾殘卒，進行抵抗。當時正逢天起大風，張春便下令縱火攻擊養性的炮兵陣地。沒想到大火起後不久，風向逆轉，反而撲向自己的陣地，引起陣腳大亂。皇太極乘機率騎兵衝擊，張春的大營便一敗塗地了。
三路兵馬中的宋偉一營，在力戰之後，也因勢單力孤，只得撤退潰逃。至此，大軍全線崩潰。
只此長山一役，明軍四萬之眾被皇太極的兩萬人馬擊潰，損失慘重。包括張春在內的三十餘位高級將領被俘，多名明軍將領戰死，兵馬損失不計其數。更嚴重的是，明軍再也沒有力量組織任何援救了……
皇太極在擊敗援軍之後，加緊對祖大壽的勸降工作。在此以前，皇太極已在軍事壓力之餘，多次勸說過祖大壽。至此，皇太極再次派人帶著二十三位降清文武官員的招降書，勸說祖大壽投降，卻再次被祖大壽斷然拒絕。
隨著冬季的來臨，大凌河城內的糧食供應越來越成問題，平民百姓首當其衝，餓死者無數。而兵士不久也無糧可食，先是殺馬充飢，後開始有計劃地殺人充飢。這些情況被掌握後，皇太極更加緊了勸降攻勢。祖大壽至此已經走投無路，堅守到底，誓為大明效忠的信心開始動搖……
經過反覆協商，祖大壽決定投降。十月二十八日，反對投降的副將何可剛被推出城門，在後金兵營前示眾以後，被斬首。
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何可剛臨死之前，神色不變，不出一言，含笑而死。其屍體被拖入城門後，飢餓至極的饑民一擁而上，爭奪其肉而食。
斬殺何可剛後，祖大壽派出四名副將、二名游擊出城，代表他與其他三十七位命官，與皇太極和眾貝勒對天盟誓。盟畢，祖大壽正式獻城投降。此時的大凌河城，在被圍八十餘天後，原有的三萬餘軍民，只剩下一萬人左右。
祖大壽正式投降後，受到了皇太極超規格的接見。諸貝勒出營一里迎接，到達御營時，皇太極出幄相迎，並免其跪拜，而行抱見禮。在並行進幄後，皇太極讓祖大壽坐在自己身邊狐帽、貂裘、白馬等物。開宴入席時，祖大壽坐在汗兄代善之下，享受了最高規格的禮遇。
投降後的第二天，祖大壽依照原先的約定，赴錦州進行策反。皇太極對他並不是沒有顧慮，但考慮到如果祖大壽守諾且能策反錦州，確實是一本萬利之事。而且當時祖大壽的子侄也留在後金營中，實際上近似人質，所以皇太極仍決定冒一次險。
然而，祖大壽回到錦州後，並沒有發動策反，他推說人手不夠，時機未到，皇太極這次是看走了眼，祖大壽是詐降
長山、大凌河之敗，使孫承宗不敗的神話破滅。朝廷中的不滿和攻擊，猶如急風驟雨般向孫承宗壓來。而朱斌當初提議的決不贊成修築大凌河，更被當成了他又一次的英明遠見！當然，這一點在崇禎皇帝面前，是沒有任何人膽敢提起的！
而對於皇太極來說最大的收穫，卻並不是擊敗了明軍，或者是試驗了後金自己的火炮。最讓他高興的，是藉著大凌河之戰的機會，解決了一直讓他頭疼的同為四大和碩貝勒的莽古爾泰。
七月十三日這一天，皇太極正站在城西山崗向城中觀望，思考破敵之策。時眾貝勒在側，一個意想不到的事情突然發生了。莽古爾泰上前一步說：「昨天這一戰，我部損失嚴重，我旗護軍有隨阿山出哨的，有附於額駙達爾漢的，是否現在把他們歸還我？」
皇太極本來就在削弱他的權利，當然不肯答應。
生性暴躁，頭腦簡單的莽古爾泰，在和皇太極的爭吵之下，居然將腰間佩刀拔出了五寸，汗王面前拔刀，何等嚴重？這就滿清歷史上著名的「御前露刃」事件。
擊敗張春的援軍後，十月二十三日，眾貝勒召開會議，一致決定免去莽古爾泰大貝勒之職，奪五牛錄，罰銀一萬兩。其後懾於皇太極威嚴，大貝勒代善也於其後主動讓位。
從後金天聰元年即位到天聰五年年末，皇太極終於實現了朝綱獨斷南面獨尊的願望……
皇太極穩固了自己的地位，而曾經強盛一時的大明王朝卻正在向著一個無底的深淵走進……