除了各百人隊的旗幟之外，先鋒部隊將設有五色軍旗，一般只允許舉一面旗。五色旗的主要作用為：行軍途中遇到樹林，就把青色的軍旗高舉；遇到沼澤，就把黑色的軍旗高舉；遇到其他軍隊，就把白旗高舉；遇到山勢險要的方，就把黃旗高舉；遇到煙火，就把紅旗高舉。一旦走過，就要把相應的軍旗收起來。
如果道路只可以行軍一列，就舉一面旗幟；如果可以行軍兩列，就舉兩面旗幟；可行軍三列，就舉三面旗幟；可行軍四列，就舉四面旗幟；拔營行軍的時候，就舉五面旗幟，後面的部隊依次傳遞。
而如果前面的哨兵發現敵人，形勢危急，就揮動紅旗；形勢不是很危急，就揮動黃旗；敵人人數眾多，就揮動青旗；人數不多，就揮動白旗；前方無路可行，就揮動黑旗。前面的士兵揮動軍旗，後面的就要跟著依次揮動。如果敵人沒有來進攻，就停止搖動軍旗。絕對不允許遇見敵人，揮動軍旗之後，不論敵人是否進攻就一窩蜂后撤，否則軍法嚴懲。同樣如何胡亂豎立和揮舞軍旗，同樣要軍法嚴懲。
統一了號令，那麼接下來就是軍法，王千軍現在根本就沒有一個成文的軍紀，不過王千軍也是幸運的，因為手下人各自出身的不同，都互相監視著不敢亂來，所以擾民的事情發生得極少，而王千軍也一再要求不許屠殺俘虜，看著無數的敵人自動扔掉了手中的兵器，乖乖在那裡投降，嘗到甜頭的手下人也漸漸習慣了不屠殺俘虜，可王千軍知道，如此自覺的事情並不會維持太久，一定要有完善正規的軍紀才可以。
「在沒有我的命令和主帥的命令隨意砍伐百姓樹木，糟蹋百姓田產，燒燬百姓房屋，偷盜財物者，初歸還百姓財物，賠償百姓損失之外，還要根據情節大小進行懲罰，最少十軍棍，最高則為一百軍棍！」
「在沒有我的命令和主帥的命令之下，殺戮百姓，姦淫婦女，殺戮俘虜和侮俘虜的婦女者，殺無赦！軍隊中嚴禁出現割取陣亡將士之首級，妄殺無辜百姓冒充敵人首級之事，違者殺無赦！」
這是王千軍規定的軍紀的前一小部分，所有人聽了之後在內心都感覺有些奇怪，不過很多人想一想也就明白了，真到了某些時候，王千軍也會下達洗劫和屠殺的命令，到時候只要遵守命令就行了，在這個亂世，他們這些人還真沒有見過什麼對百姓秋毫無犯，仁義無比的軍隊，有的時候官兵比土匪還要可怕！
「軍隊前進後退子有旗幟金鼓來指揮，沒有命令不許私自開口說話，特別是在夜間行軍，必須保持隊伍的整齊，嚴禁開口和插隊，違反者將嚴加懲處。」
「戰鬥之中，敵人如拋撒金銀財寶、布帛兵器，所有士兵不許揀拿和搶奪，因為那是敵人在引誘我軍士兵爭奪錢財，好趁機逃跑或者反攻。今後如果在戰爭中遇到敵人拋撒財物，有人膽敢違令貪圖錢財，而導致戰敗，或者使敵人得以逃脫，凡是搶奪財物的士兵，不管是帶頭的還是跟隨的，全部都要斬首！」
「凡是臨陣退縮者，執法隊可就格殺逃兵，允許隊長割後退士兵的耳朵，百戶割後退隊長的耳朵，千戶割後退百戶的耳朵。收兵回營之後，凡是沒有耳朵者，都要進行審查和清點，弄清情況後將違反軍紀者斬首。如果有人縱容屬下，眼見有人退縮而不肯割人耳朵，那麼就要連坐並罰，但退縮之人不予追究。」
「如果伏擊敵人，遇到敵人的時候沒有及時衝殺的，或者過早衝殺的，領兵的百戶就要依照軍紀斬首，士兵則要扣其口糧，並要捆綁起來鞭打。如果大隊人馬看到奇兵和伏兵已經開始衝殺，而不立即響應的，同例。每一隊士兵，如果一個士兵奮勇衝殺，而其他人不去相救至使其陣亡，那麼全隊都要予以斬首！」
「凡是衝鋒在前的人，一隊被圍困，而二隊不去營救；一百人隊被圍困，而同一千人隊其他各百人隊不去營救，至十被圍困者陣亡，依照軍紀斬殺隊長、百戶、千戶。凡是陣亡一人而本隊沒有斬殺一個敵人，那麼每一個士兵都要扣罰一個月的口糧，並由全隊來支付陣亡者家屬的撫恤！」
等等…
當王千軍念完所有的軍紀之後，所有人都認為王千軍瘋了，這比官兵的軍紀還要嚴格，連坐之法到了極至，一個不小心一個士兵違反了軍法，那麼整隊的士兵，甚至整個百人隊的人都要被牽連，連同千戶都有危險。很多人都開口希望王千軍將軍紀中的一些條例給改一改，甚至連柳玉蓉都開口了，可王千軍就是一意孤行，最後軍紀就這樣被定了下來。
王千軍很自信，他相信所訂立的軍紀並沒有錯，他沒有瘋，一切都是古人的智慧，軍紀中的很多部分都是王千軍在現代的舊貨市場上，無意之中買到的一本兵書上記載著，那就是抗倭名將戚繼光所著的《紀效新書》，也只有如此嚴苛的軍紀才能鍛煉出一支鐵血無敵的軍隊，如果軍法中都是人情，軍紀中條條都講仁義，那麼什麼仗都不用打了，所有人乾脆都回家抱孩子得了。
軍隊號令與軍法軍紀的手抄本馬上就分了下去，縣城內的書局還在忙著排版，很快就會大量印製，然後由縣城內識字能說的書生，還有軍中識字之人一條一條講給所有士兵聽，每個士兵平時無事都要大聲背誦軍隊的號令與軍紀軍法，背熟後再不斷複習。
折騰了這麼多東西，但還沒完，這些不過是號令與軍法軍紀而已，還有更重要的，那就是陣行隊列，與敵交鋒之法，王千軍的手下軍隊只會普通的隊列陣行，進攻的時候除了緊記要投槍外，其他的簡直就是一塌糊塗，所有的士兵都要重新訓練，否則再嚴苛軍法軍紀也沒用，打不贏敵人士兵們照樣逃跑。
王千軍規定，二十人為一小隊，除了隊長之外，挑選年少健壯的四人持盾牌，兩人持長牌，兩人持圓牌；再挑選身材高大強壯的四人持巨大的山斧；其他十一人中，六人持長槍，兩人持鋼刀等短兵刃，最後三人為弓弩手。
進攻之時，士兵們在各小隊的盾牌之後隱蔽身體，緩步前進。手持盾牌的士兵在最前面只管低著頭向前前進；山斧長槍在盾牌的兩旁伸出，身體隱蔽在盾牌的後面，緊跟著盾牌前進，弓弩手在最後。
在與敵交鋒之時，盾牌擋敵之弓弩，防敵之兵器，山斧保護盾牌砍殺前方之敵，長槍配合山斧殺敵，單刀短兵則在長槍與山斧使老與敵人近身上前拚殺，保護使用山斧與長槍的士兵，盾牌手則在保護好身後同伴的前提下，尋找機會用單刀殺敵。各隊弓弩手都要集中聽從百戶的命令進行齊射，壓制和削弱敵人。
此外，盾牌手後背都插有標槍，手持山斧者隨身帶有手斧，在衝擊敵陣或者防禦之時可投槍與擲斧來削弱敵人。
同時王千軍還規定，聽到命令而隊伍不前進就是隊長與持盾者的責任，如果隊長和持盾者被殺害，其他的士兵必須馬上頂替隊長與持盾者的職責，倘若其他士兵因為隊長和持盾者戰死而逃跑，全隊都要斬首。
這就是戚繼光的鴛鴦陣的翻版，同時在作戰過程中，根據不同的情況，鴛鴦陣的一隊人也可以分成兩隊，組成兩儀陣，人分成兩隊後，兵器也隨人分成兩隊。除此之外還可以將兩儀陣再變成三才陣，隊長居中，兩邊配以四山斧兩短兵，左右兩翼各有兩盾牌三長槍。弓弩手依舊在後，如此一來就能將二十人的隊伍在一條直線上展開。
對於王千軍這樣的安排，大部分人都覺得很頭大，也頭暈，特別是村勇與土匪出身的人，都覺得這實在是太麻煩了，打仗哪裡管那麼多，直接衝過去拚殺一陣就行了，只有軍戶出身的江明揚和姜飛騎眼睛一亮，完全貫徹了王千軍的練兵之法，其他人則私底下都完全不上心，盡量應付著。
但很快，當江明揚率領一百人以勉強熟練的鴛鴦陣在對練過程中大破翻天猴與老馬頭所組成的兩百人後，所有人不敢再有一絲的摸魚，全力訓練手下排兵佈陣，王千軍也趁機開始了一場轟轟烈烈的大練兵。
對軍隊的大整頓和大練兵就這樣持續了一個多月的時間，而夏季也過去了一個多月，王千軍得到了比較滿意的成果，那就是絕大部分的士兵都把行軍號令還有軍法軍紀都背了下來，對新陣行隊列也越來越熟悉。但至於能否貫徹執行，那就是要看一個為將為帥者的決心和魄力，同時軍中各百人隊的大比武的最高潮也終於是開始了。
王千軍從來都不會剋扣軍餉，每月的軍餉都是足額發放，還讓每個士兵頓頓都能吃飽飯，頓頓都有肉和菜，不過王千軍手下士兵的軍餉跟官軍正規士兵的軍餉卻是一樣的。但與官兵不同的是，王千軍給予士兵的獎勵和撫恤要比官兵規定的要多得多，同時士兵的家人在賦稅和租子上都有特殊的照顧，就算是在沒有戰事的情況下，各百人隊之中也會進行大練兵，根據在練兵過程中的排名和表現進行獎勵。