現今世界的軍事實力分佈基本上已經出現微妙的平衡，各種和平條約將武器擴張遏制在控制之內。大範圍的和平已經來到了這個世界，儘管局部的小規模衝突從來沒有間斷過。
這是個和平的世界，這是個經濟繁榮的世界，這是個科技發展速度比過去的十個世紀更快的世界。
和平對於野心家來說卻是無法呼吸的空氣，這種平衡的打破對他們來說是必須的。科技在發展，新武器的研究也從來也沒有停止過。
然而，武器的發展卻遠沒有想像中的簡單，由於武器的最終目的是破壞，所以武器的形式也就很大程度上被這個目標限定。而傳統的武器形式大都已經被和平條約所限定，即使是在傳統武器上發展起來的破壞力更強的武器也難逃條約的限制。
於是生化研究就成為新武器研發的主要課題，而這一課題的主要瓶頸在於生物的潛能畢竟有限，即使發揮到最大也比之傳統武器相差甚遠。
這個問題直到1981年11月23日才因為一個突發事件而出現了轉機。
世界性的航運集團——葛爾登財團的一艘貨輪在百慕大海域沉沒，因為船上滿載托運的黃金，加上可以使用先進的衛星定位準確地定位貨輪沉沒地點，該財團組織了極大規模的打撈行動。
在打撈的過程裡，一個沉沒海底的城市被發現了，從城市的建築風格、各種留存的日常器具來判斷，種種跡象把這個城市的名字指向了一個只在書上流傳的的名字——神居住的土地——亞特蘭帝斯。
更讓發掘者驚奇的是，他們真的在這個城市裡發現了神跡！
城市的中心是一座金字塔形狀的神殿，比之其它的建築放大了十多倍。當潛水的科研人員進入時，發現了二十一具足有十餘米高的骷髏安靜地坐在各自的位置上。震驚之後的人們在骷髏的額上發現了圓珠型的液態物質，每個骷髏頭上的液珠顏色各不相同，更讓人無法理解的是這裡是數百米深的水下，流動的海水竟然無法把液珠帶離骷髏的額前。
原以為將液珠取下將是一個艱巨異常的工程，沒想到只是輕輕一撥，液珠便滾入了科研人員早就準備好的器皿中。就在科研人員為之驚詫不解的時候，取下液珠的骷髏化為煙塵，被海水不知捲到何處去了。
在組織這次打撈行動的葛爾登財團和某些有心國家的一手壓制下，這段發掘的經歷被從人類的歷史裡巧妙地擦去。而他們對從海底帶回的液珠的研究更是從來不曾停止。
2000年1月，對液珠的研究取得了重大的突破。某位研究人員無意中發現，這種液珠與人體的活性細胞結合，在不改變人類基因序列的同時，在人類的基因圖譜後面添加了未知的幾行基因碼，雖然作用未明，但是無疑為研究找到了大致的方向。而以後的研究中，對這種液珠的稱呼也沿襲了這位研究人員在上交的報告中對它的稱呼——神淚。
葛爾登財團從希望從研究中獲得利益的五個國家那裡得到了大量的資金，秘密成立了縮寫為「IG**」的地下組織，招攬了無數人才，對此展開了全面的研究，並且很快地完成了名稱為「兵器「的新武器。
兵器是用神淚加長基因序列的人形武器，它和最新科技結合在一起，產生了人們無法想像的威力。
人類通過攝入食物在體內積攢能量，兵器也可以，只不過它所積蓄的能量級數和普通的人類相比根本不在一個水平線上。一個兵器可以輕而易舉地在體內儲存一顆最大當量的原子彈爆炸時釋放出的能量，並且在需要的時候可以控制地釋放出來。但是這些能量必須通過專用的輸入途徑輸入它們的能量核心，否則只會對它們的身體起到破壞作用。
即使如此，兵器那強大的威力和絕對的隱蔽性仍然讓這些國家的軍方興奮不已，但是同時也開始為對兵器的控制費盡心機。從第一具兵器出產，到最後一具兵器完成，二十一滴液珠全部被使用，卻只有IV號、VII號和XIII號可以被控制使用，其它的兵器只能被封閉在儲存槽裡，等待著控制工作的完成。
然而，即使只有三具，兵器還是在大部分人類茫然不知的情況下悄悄登上了人類歷史的舞台，並且沒有人會想到，人類未來的歷史會因為它們發生那樣翻天覆地的變化……