就在李賢被廢的第二天，武則天便下旨立她的第三皇子英王李哲（李顯）為太子。
公眾對於李賢的被廢，疑慮重重。為了掩人口目，武後下令在洛陽公開燒掉太子宮中發現的盔甲，以便讓百姓和官員們看到太子的罪證。
李賢的倒台，使許多有名望的人物受到株連。宰相張大安，被謫流放四川。兩位王子李煒與李明被流放到很遠的西南地區。另外幾位曾是李賢老師的大臣，雖然後來都被赦免並官復原職，但對他們的指控均大大損害了他們的權力。
開耀元年（681年）十一月，武則天又將他遷往距京城2300里之遙的巴州（今四川巴中）。
再兩年多以後，文明元年三月（684年），在庇護李賢的唐高宗駕崩以後，李賢終於被武則天派遣的酷吏左金吾將軍丘神勣逼令自殺。
在巴州，李賢寫下了膾炙人口的《黃台瓜辭》：
種瓜黃台下，
瓜熟子離離。
一搞使瓜好，
再摘使瓜稀，
三摘猶為可，
四摘報蔓歸。
李氏王子的慘劇或許比吟詠過『煮豆燃豆萁』的曹植更讓人扼腕不已。
歷史就是如此，殘忍而現實。