南雲本人從艦橋上沿著一根繩子爬下「赤城號」，保全了性命。和弗萊徹不同，他抓住了指揮權不放，儘管他有一位出色的下屬，在「飛龍號」上的山口少將，可以代替他繼續作戰。不知道南雲中將坐在公海上一條小艇裡看著面前有三條航空母艦在早上的陽光裡熊熊燃燒，心裡是什麼滋味，這是日本第一線的航空母艦上的駕駛員和飛機的火葬典禮，是無法補償的一大損失。他事後的行動說明他嚇呆了，因為他竟下令倉促地後撤，有一次竟對山本匯報說有五條美國航空母艦在追他。山本在半夜時分解除了他的職務。原可以打贏這一仗的山口，卻甘心跟「飛龍號」一起沉沒。
除了舉棋不定外，南雲還犯了另一個不可原諒的錯誤。就在那致命的五分鐘以前，他讓整個戰鬥巡邏機群都放棄了高空，蜂擁而下，圍攻魚雷轟炸機。魚雷轟炸機出現在哪裡，俯衝轟炸機就不會太遠了。如果有一半戰鬥機留在高空，這場戰役，並且很可能第二次世界大戰的整個局面就會改觀；然而在最最危急的關頭，高空中卻一無戒備。
斯普魯恩斯的第二個決斷
這場災難的悲慘消息，隔了好多小時緊張的靜寂，才傳到三百英里外山本元帥那裡，在那段時間裡，他有充分理由設想南雲像往常一樣無往而不勝。好像預感到將要出亂子似的，山本好些天來一直胃裡不舒服。這會兒，得悉了惡耗，這位害病的老人倒復原了。
好吧，他似乎得出這樣的結論：日本輸了第一個回合。咄咄逼人的美國海軍條例無疑會促使南雲的征服者朝西追擊。這兒正有個大好機會，來次反伏擊，把尼米茲那力量單薄的艦隊砸個稀巴爛！他的地位是穩固的；許多著名的勝仗都是在戰場上開頭失利之後才取得的。山本就他的主力艦隊來說，在數量上和大炮上都遠遠勝過敵人。可以把另外四條散處各地的輕型航空母艦召集起來。「飛龍號」完好無損。緊急電訊發到帝國艦隊各地，命令它們朝山本的戰列艦靠攏。
從那時起直到六月四日黃昏，在那艘龐大的「大和號」戰列艦的司令員艦橋上，人們的情緒隨著不斷傳來的消息起落。在阿留申群島的那幾條航空母艦的回電使人沮喪。他們三天內來不及來會師。「飛龍號」報告，它的俯衝轟炸機駕駛員們投中了一條敵方的航空母艦，後來又說它的魚雷轟炸機使另一條航空母艦在海裡動彈不得。這使人們興高采烈，可惜是搞錯了。「飛龍號」對「約克敦號」襲擊了兩次——一次用俯衝轟炸機，第二次用魚雷轟炸機作了致命的打擊——因為美國人出色的搶救措施把第一次襲擊時所引起的烈火完全撲滅了。日落時分，「飛龍號」來電，它也被擊中，正在焚燒，於是這點歡樂也給打消了。
山本依舊堅決地朝東進發。他如今的目的是，迫使對方來一場夜戰。但願他能親自碰上那些裝甲薄弱的美國航空母艦才好！他的大炮可以拿它們像渡船般擊沉，把屏護的艦隻打得落花流水，轉敗為勝；跟著他仍然可以拿下中途島。眼前的希望全部寄托在美國人在緊迫的過程中會自己撲在「大和號」的十八英吋的大炮炮口上，撲在其他戰列艦和巡洋艦驚人的火力上，以及日本驅逐艦中隊那破壞力強大的長矛魚雷上。
假如威廉-弗-海爾賽中將在指揮美國軍艦的話，這種事可能會發生。在這種情況下，海爾賽憑他的本性是會帶著股莽撞的好鬥勁兒朝他那受了傷的敵人撲過去的。
可是擔任指揮的是雷蒙德-斯普魯恩斯。斯普魯恩斯朝迎面而來的山本的艦隊直駛，直到碰上「飛龍號」，把它炸毀。他當即回收了飛機，掉轉航向，背離敵人朝東而去。午夜過後，他又掉回頭來，黎明時分，回到適當的位置，能用空中掩護來保衛中途島，打擊可能的登陸行動。
這次調動是中途島戰役獲勝的關鍵；是太平洋戰爭中最精彩的指揮官的決斷，也是海戰史上最精彩的決斷之一。它是智慧的結晶，再簡單也沒有了，卻舉足輕重地關係著世界大局。
當時人們卻不這樣看待它。當戰役尚在進行中，斯普魯恩斯就受到在珍珠港和華盛頓的上級的責備，因為當晚沒緊緊追擊受了重創的敵人。他自己的參謀人員——更確切地說，海爾賽的參謀人員，他們不喜歡或者不瞭解這位非飛行員出身的將軍——被他這決斷弄得很狼狽。後來，參謀們堅持說雷達能發現迎面駛來的水面艦隊，因此這特混艦隊絕對不應該跟敵方脫離接觸。美國的軍事文獻中都堅持這種看法，而雷蒙德-斯普魯恩斯有時候仍然被人稱為過分小心謹慎的軍官。
這種批評是錯誤的。用大大處於劣勢的艦隊打勝了一場決定性的戰役，這位卓越的司令官為了確保勝利，不願在一種新式的電子小玩意兒上冒風險。他不這樣做，反倒把自己的艦隊放在無疑是既安全又危險的地位上。斯普魯恩斯和尼米茲都不知道山本的那些戰列艦在哪裡。斯普魯恩斯少將靠出色的軍事直覺採取行動，才沒落入山本那驚人的圈套。好多個月後，美國情報當局才刺探出有關山本那些軍事行動的真相，這證明了斯普魯恩斯那盲目的第二個決斷是個富有歷史意義的妙著。