至於那個阿亞德，警方也根據薩拉馬提供的線索，找到了他。原來他是一名有巴勒斯坦血統的科威特人，不過，他目前已經向星條旗效忠，歸化為美國公民了。他與薩拉馬不一樣，來美後取得了化學工程學位，現供職於某信號公司。警方認為他的專業知識已經足以製造一枚炸彈了。他和薩拉馬關係極佳，兩人認識已有一年，且共同擁有一個帳號。在薩拉馬租車後，他也開著一輛紅色的汽車與其同行。
3月10日，聯邦調查局直奔阿亞德的寓所，從被窩中請出了阿亞德，並對他的寓所進行了搜查，結果在他的個人電腦裡發現了一封信，信中他對第一次行動表示不滿，並準備再次行動，炸毀世界貿易中心大樓。他在信中說：「很不幸，這次我們的計算不精確，不過我們可以保證，下一次行動將非常精確。除非我們的行動成功，否則世界貿易中心將始終是我們在美國的目標。」信未還附有「解放軍第五連」的簽名。
聯邦調查局將此信與《紐約時報》接到的信件相比，發現兩者有相似之處，再對《紐約時報》那封信的信封和信紙進行化驗檢查，結果發現，這封信就是阿亞德所寫。
真兇終於露面了！
聯邦調查局還發現，阿亞德和薩拉馬製造炸彈需要的錢，都是由一個外國組織資助的，幾個月來，至少有8000美元從歐洲匯到阿亞德和薩拉馬的帳戶裡，使用這筆經費的，除了薩拉馬和阿亞德外，還有4個人，結果就引出了穆罕默德·阿布哈里馬。
與薩拉馬和阿亞德等人相比，阿布哈里馬的記錄可是不太好。在紐約他以開出租汽車為生，闖紅燈對他來說是家常便飯，在記程器上做手腳也是常有的事。為此，他的駕駛執照被沒收過十多次。
他絲毫不隱瞞自己極端的宗教熱情，並積極投入了當地穆斯林組織為「兄弟的阿富汗穆斯林」進行的募捐活動，並親自到巴基斯坦與阿富汗交界處的一個軍事基地接受軍事訓練，成績絕對優秀。
在那裡他結識了拉赫曼教長，教長的兩個兒子也在那裡受訓。後來，他還跑到阿富汗去，與阿富汗的伊斯蘭同胞一起從事反蘇鬥爭。他的一位同事至今記得阿布哈里馬「是一個優秀的指揮員，曾在阿富汗各地打過仗」。
回到紐約後，阿布哈里馬經常身穿舊軍裝，腳登軍靴，四處耀武揚威。不久，他又成了拉赫曼的私人保鏢兼司機。
因此，聯邦調查局一發現阿布哈里馬與爆炸案有牽連，立即就認定，阿布哈里馬可能就是那個在幕後出謀劃策的人。
爆炸案發生後的3月6日，他攜妻將子回埃及探親，而後又到麥回朝聖。但是，這一點難不了聯邦調查局。求助信立即發到埃及，請求埃及警方協助，逮捕這個重大嫌疑犯。由於阿布哈里馬本來就是一個令埃及警方頭疼的人物，因此，埃及警方傾力合作。
3月24日，埃及警方在阿布哈里馬的老家將其拿獲，然後交由聯邦調查局特工人員帶回美國審訊。
阿布哈里馬外強中乾，色厲內在。警方沒有費很大的勁，就讓他張開了嘴。
他交代說，還是在阿富汗參加聖成的時候，他和他的一些同黨就醞釀了這麼一個驚天動地的計劃。這個計劃得到了參加聖戰的阿拉伯退伍軍人的贊同，事先也徵求了澤西市的拉赫曼教長的意見。
當時約定，從事爆炸活動的人可得到「伊斯蘭團體」的資助。這個組織以真主的名義從伊朗商人。流亡歐洲的反政府人士那裡募捐，也可以從支持伊斯蘭復興事業的沙特阿拉伯和埃及的穆斯林兄弟會那裡得到援助。
審訊表明，來自國外的伊斯蘭復興勢力策劃了這次爆炸。聯邦調查局認為，起碼還有兩個人應該列入偵查範圍，一名是27歲的比萊·阿凱西，他慫恿和支持爆炸；另一名是蘭吉·優素福，有人看到過他與薩拉馬一起出現在倉庫裡，而且阿亞德的身邊有一張他的信用卡。但這兩人被拘捕後，只有阿凱西承認與爆炸有關，優素福拒不認罪。
現在，除了那位伊斯蘭教長拉赫曼以外，所有與爆炸案有關的人物均已亮相，並落入法網。
接下來就是對兇犯進行審判。
為了籌劃這次審判，美國司法部花了一個月的時間，從5000名應徵者中組織起12名陪審員。
根據美國的司法制度，陪審員負責給罪犯量刑，而法官必須根據陪審員的意見判決，因此，陪審員的意見至關重要。但是，陪審員未必就是學富五車的法學博士，他可能對法律一無所知，這就是美國法律的奇特之處。
司法部當然不願意讓罪犯逍遙法外，但也不願意讓人指責美國司法審判有這樣那樣的歧視。因此，選擇陪審人員，可著實費了一番周折。最後的結果是，陪審團由12人組成，8名男子，4名女子，這樣，不會有性別歧視之嫌。這12名陪審員中白人和有色人種各佔一半。這樣，又可以有效地避開種族歧視的嫌疑。
為了保證主控官和陪審員的人身安全，警方這次採取了特別嚴密的保護措施。從9月起，兩名主控官就和他們的家人一起移居到一處秘密地點，據說有人對他們進行了威脅。負責審理此案的曼哈頓地區法院制定了嚴密的安全保衛措施；法院內有雙層的金屬測儀和Ｘ光儀器設備外，外有層層警衛；12名陪審員和6名候補陪審員都隱去了姓名，僅以號碼識別。