就在同一天，又從巴基斯坦傳來消息，巴基斯坦外交部和另一位政府官員證實，製造東非250多人喪生的美國使館爆炸案的嫌疑犯已經在巴基斯坦被逮捕。巴基斯坦外交部發言人說，8月7日晚些時候，巴基斯坦情報部門在卡拉奇機場逮捕了一名剛剛從肯尼亞首都內羅畢飛抵巴基斯坦的男子。這名男子持有也門護照，上面所描述的相貌與真人相差很遠。護照上形容其「滿臉鬍鬚，體形健碩」，但護照的持有者卻是面龐刮得乾乾淨淨的瘦小男子。
經審問，這名男子名叫穆罕默德·薩迪克·歐登，現年31歲。他最終承認自己協助設計製造了炸毀美國駐肯尼亞和坦桑尼亞大使館的汽車炸彈。歐登供認說，他是一個由7人組成的伊斯蘭激進團體的成員。其他參與這兩起爆炸案的人都已經秘密飛抵巴基斯坦並安全越過邊境潛入阿富汗，他本人原計劃也是逃往阿富汗，他們原計劃在那裡與本·拉登會合。
他還供認說，這次的美國使館爆炸案經過了多年的策劃，僅他本人就在肯尼亞潛伏了3年，他們的活動經費由本·拉登供給。
在非洲兩起大爆炸案發生之前，他們接到嚴厲的密令：互相協助，盡快從肯尼亞撤離，到卡拉奇靜候消息。他還承認，他曾在菲律賓和約旦多次執行本·拉登的指令。
目前，美國聯邦調查局的情報人員正密切注視著本·拉登的行蹤。有情報稱，8月7日爆炸案發生後，本·拉登在阿富汗的恐怖組織隱藏在深山老林裡的訓練營地立即疏散一空。對此，美國反恐怖專家卡茨曼稱，目前認定本·拉登是此次美國駐東非兩國使館爆炸案的真兇仍為時過早，因為本·拉登本人迄今沒有發表聲明對這一案件負責；同時也不符合他的「將美國人驅逐出伊斯蘭土地」的宗旨，因為爆炸並不是發生在的伊斯蘭國家。加之還沒有關於本·拉登是此次爆炸案件的真兇的直接證據，因此無法對其採取任何行動。
另一方面，美國方面卻緊鑼密鼓。8月17日及此後的幾天內，美國駐巴基斯坦外交人員家屬和非緊急外交人員約70人，以及在巴的美國公民約6700人奉命緊急撤離巴基斯坦，設在伊斯蘭堡、卡拉奇和拉合爾的3個「美國中心」都已經關閉。
顯而易見，美國人此番大舉撤離巴基斯坦，意味著美國是在為對本·拉登動武作準備。
因為，美國對本·拉登下手後，在巴基斯坦的美國機構和美國公民無疑將成為本·拉登及其同夥採取報復行動的最近目標。巴基斯坦國內形勢驟然緊張。8月18日，美國國務卿奧爾布賴特要求阿富汗塔利班當局引渡本·拉登，並以此作為對其承認的條件。塔利班最高領導人烏馬爾曾拒絕過有關本·拉登捲入美國使館爆炸案的指控，他要美國拿出證據來。阿富汗和蘇丹境內傳來了飛機的轟鳴聲和炸彈的爆炸聲。美國總統克林頓發佈命令，美國空軍和海軍艦隊向阿富汗和蘇丹的兩個涉嫌與恐怖主義活動有關聯的目標發射了70餘枚導彈，空襲引起了大火，並有人員傷亡。克林頓聲言，此次行動是對製造美國使館爆炸案的恐怖活動的回擊。
在駐肯尼亞和坦桑尼亞大使館爆炸現場，數百名美國特工人員仍在加緊搜尋調查；肯尼亞和坦桑尼亞兩國共拘留了19人，其中有的已被釋放，但仍扣押著7人。
調查工作進展十分緩慢，因為幾乎所有可能提供可靠消息的目擊證人都已在爆炸中喪生。調查人員唯一能確定的就是，那些靠近大使館的證人在五層高的烏富迪大廈傾蹋後被埋在鋼筋水泥之下。
在內羅畢，調查人員知道的僅僅是爆炸發生在大使館的後門。一位大使館高級官員告訴記者，爆炸中被炸毀的卡車首先開進了大使館的大門。在那裡，大使館的肯尼亞門衛要求它從大使館的後門進去。載有炸彈的卡車在通過了通向大使館地下車庫的一道人工管理的大門後，離大使館的圍牆只有幾米遠。接著，爆炸就發生了。據大使館官員說，至少一名肯尼亞門衛被恐怖分子投擲的手榴彈炸死。另有證人說在爆炸後聽到了槍聲。
但關於爆炸的描述相互矛盾。有的目擊者說，在爆炸前聽到了如悶雷般的小爆炸聲；而另有人說，在爆炸前聽到了槍聲。
炸彈的威力將大使館的窗戶炸出十個街區之外。一些炸彈專家說，炸彈的威力相當於500多磅的TNT。由於良好的防彈設施，大使館的建築受到的損害遠比附近的建築小。這個建築曾經是以色列的大使館，當時是一家以色列公司根據嚴格的安全標準建造的。
調查人員希望能從炸彈炸出缺口的大小和形狀：卡車的類型和現場留下的化學品痕跡中推斷出炸彈的類型，這個推斷是找出製造、運送和引爆炸彈的人的第一步。
調查很快取得了一定進展。特工們在瓦礫中找到了那兩輛爆炸用車的部分殘骸，找到了引爆雷管，發現了炸彈所用的硝酸胺和燃油物質，警方在內羅畢爆炸現場發現硝酸銨和汽油的痕跡。這是化學肥料的基本成分，也是自製炸藥的基本成分。
據分析，在1995年美國俄克拉荷馬城大爆炸案中，兇手使用的炸彈就是用類似原料製成的。當時，這枚由硝酸銨和汽油製成的炸彈炸死了168名俄克拉荷馬城市民。
據全美廣播公司和有線電視新聞網現場記者報道，導致內羅畢美國大使館爆炸的炸彈顯然是自製的，但聯邦調查局未就炸彈性質發表任何評論。
據聯邦調查局調查專案組介紹，最重要的是首先確定炸彈的性質。以色列安全分析家解釋了確定炸彈性質的重要性：如果炸彈是由易於取得的材料做成，如肥料，那麼說明炸彈是在當地組裝的。如果發現更為複雜的材料如RDX或Semex，那麼這次行動則有更嚴密的組織。因為，這種塑膠炸藥不易獲得，只有那些財力雄厚、有組織的恐怖分子才能搞到手。
RDX是一種標準的炸藥成分，常被政府和私人工廠用於製造炸藥。Semex是一種塑料炸藥。這種炸藥在80年代臭名昭著，它是當時國際恐怖主義分子最喜歡使用的一種炸藥。如果發現這次爆炸也使用了這兩種材料的話，說明這次行動牽涉到一個國家，或至少是一個組織嚴密的國際團體。
炸彈的破壞性要求大量的自製炸藥。然而，具有同樣破壞性的標準炸藥也可能從鄰國如蘇丹、埃塞俄比亞或索馬裡走私入境。
有線電視新聞網引用聯邦調查局官員托馬斯·皮卡得的話說，調查還將持續4周，他們將搜集證據，與證人談話並拍下所有可能的線索。200多名美國特工人員已到達爆炸現場協助調查，其中包括聯邦調查局特工、試驗室檢查員、技術人員、攝影師和翻譯。
從兩個使館爆炸現場收集的證據被運回美國，由聯邦調查局的化驗室進行驗證。
當內羅畢的調查工作已集中於救援工作上時，坦桑尼亞的爆炸現場為調查人員提洪了一些直接的證據。一架安裝在大使館屋頂上的攝像機似乎完好無損，並且正好對準爆炸發生地附近的保安室。
美國官員指出，安全攝像機攝下的內容通常不會保存下來，而只是用於實地觀測，但也有可能攝像機沒有在爆炸中受損而錄下了爆炸的全過程。
有關人員開始時認為，達累斯薩拉姆的炸彈是藏在大使館的一輛運水貨車上的。這輛貨車每天從一口屬於大使館的井裡打水並把飲用淨水提供給大使館工作人員。大使館的人員幾乎都認識貨車的司機，所以他每次進入大使館院內都不需要接受很多盤問。
在爆炸發生前，這輛每天為大使館工作人員運送淨水的貨車正等候在大使館門前，準備進入院內。
然而，有人猜測大門口的本地保安對卡車有些懷疑，在爆炸時保安正在盤問卡車司機，卡車位於爆炸範圍內，卡車的殘餘部分說明它當時正在等待進入大使館。調查人員關心的是炸彈是怎樣安裝在卡車上的。
但後來的調查表明，炸彈只把貨車後部炸出一個3米長的缺口，貨車剩餘的部分則與大使館的圍牆相撞，這說明炸彈並非是安放在貨車上的。如果炸彈是藏在貨車上的話，貨車的底架受到的損壞應該遠比現在的嚴重。
然而到目前為止，調查人員並沒有發現第二輛可以攜帶炸彈的車輛，也沒有任何目擊證人在爆炸當時看到別的車輛停靠在大使館附近。
貨車駕駛員的屍體在爆炸現場被發現。同時，運水貨車駕駛員的副手羅甘提在爆炸中失蹤，他已為大使館工作了13年。美國情報官員稱，到目前為止找不到關於他的任何線索。據《紐約時報》報道，有大使館工作人員稱，在爆炸前看到他在大使館院內。大使館官員認為他在爆炸中身亡，但斷然否認他是一個間諜。
肯尼亞外交部長在新聞發佈會上說，顯然，一輛載有炸彈的卡車進入了美國大使館地下停車庫的前部。他說：「很可能罪犯想進入車庫但未能得逞。至於罪犯是企圖自殺或是有別的動機，就不得而知了。」儘管大使館的停車場由閉路攝像機監控，但調查人員並不清楚攝像機是否被炸毀。
美國情報部門還接觸了一名目擊者。這個目擊者名叫阿夫拉姆·賽格利，是內羅畢一家運輸公司的服務監理。
8月7日上午10時許，賽格利在司機納古爾古開的一輛公共大巴上跟車，像平時一樣檢查公交服務。當大巴駛近內羅畢市區連接海爾塞拉西大街與奧呼魯高速公路的橢圓形轉盤時（美國大使館就在轉盤附近），他發現前面有3輛汽車，其中有一輛黃色的小型客貨兩用車突然高速急轉彎，調頭逆行，朝大巴開來，隨後拐向美國大使館的所在地。
幾分鐘後，他們聽到了不太大的爆炸聲。沒過一會兒，就發生了大爆炸。飛落的重物和衝擊波把大巴毀了，受傷的賽格利被摔出大巴的車門，倖免於難。
賽格利回憶說：「那輛像內羅畢常見的運送麵包的小黃車的駕駛室裡坐著兩個人，第一次爆炸之後，開車的那個人拿著手槍向美國使館的上層開槍射擊。因為那個人面部用圍巾遮掩著，我沒看清槍手的長相，但我清楚地看到那人手臂的膚色較淺，不像當地的非洲人。」
賽格利說：「當時，這輛車停在美國使館圍牆邊上的兩個垃圾箱之間，由於兩次爆炸的間隔時間短暫，可以斷定這兩個人逃不出爆炸圈，這輛小黃車用的是外國機構的牌照。」