燈光降下，電影正式開始了。
937年的南京，噩夢來臨的前奏。作為西門子分部負責人的約翰拉貝和他的妻子DORA生活在中國已經近30年了。不過，他們很快就要離開了，他很難割捨把這個分部移交給他的繼承人WERNERFLIESS。他愛中國，他知道在這裡他是個有號召力的人物，然而回到柏林西門子總部，他只是眾僱員中的一名而已。從這一刻開始，一個真實的拉貝出現在大家的面前。
按照《拉貝日記中》的自述，最後的編劇工作是由東方未明和賈彰柯兩人聯合完成的，在前世劇情主線的基礎之上，東方未明和賈彰柯更加真實地塑造了拉貝的形象。他在中國生活了將近三十年，對這個國家已經充滿了感情，但他又是一個普通的德國人，他也熱愛自己的國家，相信德日之間的聯盟之誼。雖然是隨大流加入了納粹黨，但也一直認為自己國家那位元首是一個偉大的領袖。其實，此時的拉貝甚至還不知道國內的猶太人正遭受他那位偉大領袖的迫害。他寄希望通過自己德國人的身份，以及領袖的幫助，阻止日軍的暴行。當這一切都化為泡影的時候，他仍然堅持著用自己的方法保護著安全區的中國平民，就像他在給希特勒寫的信中說的那樣，「作為一個忠實正直的德國人」，這是他必須要做的。
銀幕上，拉貝慶功歡送舞會上，各路人馬一一登場，但誰都知道戰爭的陰霾已經籠罩在了整個南京城，唯獨拉貝自己還抱著一絲的希望。終於日軍轟炸了南京城，隨後日軍攻佔了上海。匆匆趕回公司的拉貝，下令打開工廠的大門，用那面被他塵封已久的萬字旗救下了來避難的所有人。這是一件多麼令人諷刺的事情，也許時間在往前推個十幾年，很多中國人甚至其他遭受過法西斯侵略的民族都不願相信，從一個法西斯手中拯救自己性命的居然是另一個法西斯。不過看到這裡的時候，現場的觀眾沒有發出一點聲音，因為在這座南京城，半個世紀之前，這一幕曾經真實地出現過，直到現在還被祖輩們口口相傳。
直到現在，呈現在眾人面前的拉貝，給大家的映像竟是有些單純，他始終不願相信日本屠殺中國人的事實，並把日軍飛機撒下的「親和」的宣傳單拿到各國代表的會議上來，若非大家提前知道拉貝是這座城市的恩人，他們還以為拉貝會成為日軍的「走狗」呢？和拉貝相比羅伯特?威爾遜醫生和瓦萊莉?杜普雷更像是一名人道主義戰士，他們始終堅持保護中國的平民，並不惜救助中國的士兵。正是因為拉貝始終表現出的單純與善良，所以當大家看見他接受安全區國際委員會主席一職時，雖然有些不願否認自己的想法是錯的，但是還是承擔起了這個重任，以至於最後他說出「其實這一切都是理所當然的事，從我們方面而言，它與某種英雄品質並無任何關係」時，大家一點也不覺得奇怪。
由於賈彰柯這版《拉貝日記》刪減了一些後仍然長達160分鐘，所以在表現張淨初那個女學生的角色以及原文康那個最後留守南京被俘的中國軍人的角色更加豐滿起來。除了拉貝的視野之外，觀眾們也看到了中國人自己的反抗與堅持、絕望與新生。雖然這種抗爭相較於整座城市的黑暗，只是星火之光，但正如張淨初扮演的那位女學生的弟弟舉槍射殺日本兵一樣，幼小的生命正是中國人的明日之光，他們才是「中國不會亡」的希望，而不是一句空洞的口號！
影接下去呈現給觀眾們的是整個安全區的情況，大家看到的「安全區」其實上完全稱不上真正的安全，很多時候這些外國友人面對凶殘的日本兵也只能是無可奈何，他們隨意闖入安全區姦淫辱掠，殺害俘虜，為了搜查隨意地就可以讓金陵女子大學的女學生脫去自己的睡衣，這便是南京城最黑暗的那段歲月。除此之外，安全區20多萬人的吃飯問題也成了拉貝這些國際委員會成員的大難題，日本軍隊嚴格限制安全區的糧食供應，而杜普蕾女士還要幫助藏匿在女子大學的幾百名中國士兵。安全區和整座南京城一樣都面臨著生死存亡的危機。
拉貝四處奔走，他並不懼怕日本人，連在南極大屠殺的劊子手日本親王香宮鳩彥也敢據理力爭，這便是他作為一個人的覺悟，和當時的日本人形成了鮮明的對比。但他的一切努力在喪心病狂的日本人面前，起到的作用微乎其微，連自己的中國司機也慘死在了日本兵的「百人斬」競賽之下，他見到的只是越來越多的中國人被殺，安全區之外已經成了一座「死城」。
就在日軍在南京城犯下滔天罪行，拉貝等人苦苦支撐著安全區的時候，各國領事和媒體終於又回到了南京，拉貝也在這個時候被重新調回德國，在國際社會的視線下，以及全國如火如荼的抗日運動中，日本人也逐漸收起了在南京城的爪牙，將更多的注意力集中到了全國各地的抗日戰場之上。南京大屠殺雖然暫時結束了，但更多更殘忍的屠殺還在中國大演，拉貝離開了中國，卻讓越來越多的人認清了日本醜惡的嘴臉，全世界反法西斯戰爭在不久之後徹底地爆發了……
到拉貝離去，大家知道這部電影馬上就要結束了，碼頭上，南京城倖存的男女老少和拉貝依依惜別，可誰都未曾料想到，拉貝這一去等待他的確是一個淒慘的晚年。當電影落幕，最後銀幕上留下一段中英德三國語言的字幕：「南京大屠殺期間，在安全區庇護下得以倖存者遠超過二十萬，儘管如此受害者的數目仍然是驚人的，根據普查所得至少有三十萬遇難者，直至今天，日本政府仍然拒絕承認有南京大屠殺這回事，約翰拉貝返回德國後，以涉嫌勾結中國人的名義被逮捕，他被禁止講述在南京的經歷，他的日記被沒收，六十年後才重見天日。戰後，盟軍起先拒絕為他出示非納粹的證明，在英國方面拘禁並審查他了之後，前蘇聯方面又再度把他丟進監獄，他入獄的消息傳到南京後，南京還是掀起了一個不小的捐款熱潮，人們傾囊相助湊齊了幾千美圓，才將他贖出監獄，恢復了半自由的身份。再然後，在很長一段時間他被人遺忘，一貧如洗，1950年歿於柏林。」看到這段字幕很多人都掉下了眼淚，而電影最後的一個鏡頭也定格在他的墓碑上，上面寫著「一個好人，一個不屈的人，約翰拉貝」。這就是他一個在中國三十年的德國人的真實寫照。
影結束了，兩個多小時內，沒有一個人離場，當燈光重新亮起，所有人都不約而同地站起身來，在靜默了片刻之後，雷鳴般的掌聲響起，這樣的掌聲足足響了3分多鐘才慢慢降下來。東方未明看到這樣的情景也頗為感動，在周遠旁邊耳語了兩句，周遠會意地點點頭，將坐在電影院一個角落中約翰?拉貝的長孫托馬斯?拉貝的妻子邀請了過來。拉貝夫婦再次走上台和所有的觀眾們見面，當主持人向觀眾們介紹拉貝夫人時，她臉上還掛滿了淚水，她用顫抖地聲音說道：「因為電影拍的太真實，儘管我也參與了劇組的拍攝工作，但在中國，在南京這個事情曾經發生的地方再看一次的時候，我已經控制不了情緒。謝謝大家，沒有忘記我的祖父！」觀眾們再次用掌聲回應了拉貝夫婦，他們知道拉貝才是最應該被感謝的人。
拉貝日記》首映結束了，但中國電影圈，關於這座南京之城的討論卻才剛剛開始。因為《拉貝日記》與《南京南京》同時上映，原先關於《南京南京》的暫時被隱藏的評論也終於徹底地爆發了。
暫時不談國內的反響，這部關於德國人的電影，在歐美，尤其是德國本土獲得了當地媒體的廣泛好評。歐洲銷量最大的日報《圖片報》、專為信息精英服務的《焦點》週刊及面向各個年齡段的娛樂週刊《明星畫報》都對《拉貝日記》給予了整版報道，著名的《明鏡週報》則稱「影片首次觸及德國社會禁忌，以前只有好萊塢影片如《辛德勒的名單》才敢正面描繪納粹好人形象。而《拉貝日記》雖然刻畫了一個國家英雄形象，但並沒有過度神化或浪漫化他」。由德國前聯邦總理施密特擔任發行人的《時代報》更以《拉貝日記》為契機出版了一期「德國超級大片」專題。著名德文電影評價《拉貝日記》「是一部令人印象深刻並深感震撼的電影。影片以其優秀的國際創作團隊而吸引了廣大影迷」。《拉貝日記》不僅令德國觀眾看到了一個此前並不瞭解的拉貝形象，也令南京大屠殺這一在西方鮮為人知的二戰歷史出現在公眾視野中。尤其是片中日軍比賽殺人的「百人斬」段落和強闖金陵女校、醫院搜查士兵等場面都讓德國觀眾反響激烈，「以前我只知道奧斯維辛，現在我知道了南京。」德國這個本來就是一個懂得自省的民族，並不是沒有聽說過日本人在亞洲尤其是在中國的罪行，但這一切都離他們太遠，沒有誰會告訴他們另一個民族曾經遭受過地獄般折磨。不過現在終於有一部電影出現了，而其中的主角又恰恰是他們的同胞，而且還曾經身為一名納粹黨員，所以這種直觀的感受和衝擊對他們的影響是巨大的。《拉貝日記》在全球的上映也終於讓更多的人重新認識起日本這樣一個民族，因為這一次《拉貝日記》正式在日本國內被禁映了。