正德急忙命太醫給段飛醫治，不過面對這種內傷一般的太醫又怎麼治得了呢？好在段飛的傷並不致命，只需好好調養幾年就好，段飛向正德請了長假，就在家裡好好休息起來。
其實段飛的傷並沒有看起來那麼厲害，回到京城的時候已經好得差不多了，他之所以裝病是為了避開朝爭的風頭，雖然如今朝中多數都是他的人，但是他給正德的那些建議在朝堂上提出來之後還是引起了軒然大波，朝中官員為了自己各自的目的爭個不休，甚至有人一心段飛要謀朝篡位，雖然那人立刻被正德廷杖打得半死並且趕回原籍永不錄用，但是段飛如今自然還是暫避風頭為好。
新興的資產階級自然是全力支持段飛進行政治改革的主力，另有部分開明的地主官僚對段飛提出來的那些新思想也很感興趣，在正德與段飛一明一暗的推動下，改革緩慢而艱難地進行著。
相對於政治上改革的緩慢，經濟上的改革見效極快，戶籍制的改革和路引的取消對經濟推動很大，短短兩三年大明的商人就多了好幾倍，稅賦更是十倍增長，不論是商人還是手工業者的積極性都高漲起來，大明對新事物的接受能力是超強的，他們改進生產工藝，生產的貨品也十倍百倍地增長，東西多了，價格就便宜下來了，百姓的荷包也鼓了。
大明自己消化不了的商品被商人們通過越來越發達的運輸系統送往東南西北的邊貿城市，賣給韃靼，賣給瓦刺，賣給朵顏三衛和女真人，賣給日本人、荷蘭人、佛郎機人
就在段飛回京後的第三天，又一件令大明舉國歡慶的消息迅速傳開，那就是皇后娘娘終於懷上了龍種的消息，大明江山後繼有人，許多人都鬆了口氣，哪怕皇后娘娘生子還是生女的機會各佔一半，不過正德還年輕，繼續努力耕耘，何愁沒有皇子降臨呢？
在這個消息的刺激之下，正德終於決定納朵顏三衛的公主金珠為妃，這是在段飛再三拒絕正德賜婚的情況下，正德無奈的選擇。
大明一舉拿下了韃靼，瓦刺與朵顏三衛等各部都被徹底震懾住了，他們紛紛向大明表示臣服，若非瓦刺沒有公主，說不定瓦刺也會選擇和親之途的。
能不費一兵一卒收服朵顏三衛，正德只好委屈自己了，雖然如此，在跟瓦刺、朵顏三衛等進行和談的時候，大明依然是無比強硬的，並沒有因為對方恭維了幾句天朝上國就手軟嘴軟，在開放多處永久互市的情況下，瓦刺與朵顏三衛同意了很多看似不起眼的要求，但是對未來大明移民塞外同化這些民族卻有莫大的功效，只不過這需要至少百餘年的時間才能辦到。
就在段飛修養期間，皇后娘娘終於生產，正德得了個龍子，巧得不能再巧的是，衛國公五夫人在同一日也生了個男孩，從此皇后的地位穩如磐石，正德的後宮也終於安定下來。
修往塞外的瀝青路日夜趕工在修著，在錦衣衛的研究所裡，蒸汽機也製造出來了，在衛國公的指點下，大家對這個機器充滿了幻想，另外衛國公還在閒得無聊的情況下指點工匠造出了一輛自行車！雖然這東西簡陋了點，不過在較平整的路上這東西的速度不輸於快馬，快馬多少錢一匹？這東西多少錢一輛？何況馬還要找個馬伕日夜伺候這，草料錢積累下來都不是小數啊，於是蒸汽機還沒大規模應用，倒是小小的自行車開始在大明自上而下地流行起來。
衛國公不理朝政，但是他的名聲卻反而更加響亮，這是因為他沒事幹的時候發明了許多東西，甚至改寫了本水滸後傳，是砍掉了水滸後四十回開始寫的，林沖、盧俊義等梁山伯好漢在投降朝廷之後三兩下解決了方臘，然後組建大宋水師，在接下來的北方遊牧民族南侵之戰中大顯神威，將金國人、西夏人、蒙古人都趕到了大漠的盡頭，然後梁山好漢們駕船出海，在精彩的海上旅途中他們為大宋打下了大大的海疆
這新水滸後傳被有識之士駁得一文不值，但是百姓就是愛看，出了一版又一版，為段飛賺了不少稿費回來，他興致勃勃地招來幾個著名說書先生，口述諸如《一千零一夜》之類的故事，讓這些說書先生將這些故事記錄下來，修飾一下拿去出版，對大明的問話發展起了重大推動作用，更重要的是，《阿里巴巴和四十大盜》、《辛巴達七海遊記》等故事鼓勵了許多年輕人走向大海，富有激情地去爭取他們的幸福
段飛擊斃陶天雄之後轉眼就過去了三年，這三年裡段飛時而躲在家裡寫東西，時而帶蘇蓉他們到處遊玩，時而又作為客卿身份去錦衣衛的研究所視察一下指點指點工作，時間過得飛快。
正德二十八年的春天，南方傳來消息說大明海軍成功收復滿刺加，幫助滿刺加復國，並且明軍將常駐在那裡的好消息，佛郎機人的勢力被趕出了東南亞，大明艦隊開始對印度洋和波斯灣虎視眈眈起來。
就在這舉國歡騰的日子裡，段飛突然接到一個外情部從日本輾轉送回來的消息。
接到這個消息後段飛顯得有些興奮，他思索了一陣後有了計劃，立刻命人準備車馬，段飛隨即進宮參見正德。
「皇上請看，這就是錦衣衛外情部從日本想方設法傳回的東西」段飛將一塊黃色的破布遞給正德。
正德疑惑地接過一看，隨即愕然道：「這是」
段飛正色道：「這是日本去年剛即位的大永天皇親筆手書，並且蓋了玉璽的國書，大永天皇希望向大明稱臣，以換取大明派兵消滅日本國內各大名勢力，支持他管理這個國家。」
正德仔細看完日本來的國書，訝道：「難道日本已經內亂到快要滅國的境地了嗎？這個新即位的天皇不會落魄到國書都只能用這麼破爛的布來寫的程度了吧？」
段飛笑道：「皇上，據微臣所得的消息，這位大永天皇的爺爺后土御門天皇駕崩之後國內大亂，天皇遺體拖了許久都沒錢下葬，大永天皇的父親更是十年之後才在各大明湊錢之下舉行了登基儀式，如今大永天皇雖然登基已經快兩年了，但是他同樣沒錢舉行儀式，如今日本國內新主剛立，兩個最大的大名大內氏和細川氏鬥得如火如荼，這個可憐的小天皇根本沒人理，微臣派去日本的人好不容易聯繫上天皇，說說了幾句，大永天皇便忍不住寫下國書，祈求皇上的幫助了。」
正德摸了摸下巴上蓄起的鬍鬚，說道：「段愛卿，如今你說該怎麼辦？」
段飛目光中精光一閃，說道：「皇上，這是一個極好的機會，只要消滅了日本國內的反對力量，扶持大永天皇在位，然後趁機駐軍日本，控制住這個不聽話的小國，大量移民過去，不出數十載，一貫仰慕我大明文化的日本，將徹底被同化，到時候再將日本歸入我大明領土即可。」
正德沉吟起來，段飛見狀又道：「倘若皇上覺得這樣還是太慢，等咱們在那邊正式駐軍之後，就可以名正言順地以天皇的名義清剿那些地方大名的割據勢力，等再也無人能與我駐軍對抗之時，再使點手段，讓天皇在日本祈求併入大明的國書上簽押蓋章，日本便唾手可得了。」
正德微笑著瞥了他一眼，搖了搖頭，段飛說道：「皇上莫非覺得微臣的計劃不妥麼？」
正德笑道：「倘若情報沒有錯，愛卿這兩個計劃都是可行的，不過計劃雖好，倘若任用非人，再好的計劃都白搭，段愛卿覺得朝中有誰可堪重用，能夠派去日本實施這個數十年如一日的計劃呢？」
段飛苦笑道：「皇上，有此能為的大臣只怕很忙，其他人皇上也不放心委以重任，看來只有微臣走這一遭了。」
正德點點頭又搖搖頭，說道：「此事還需從長計議，朕可捨不得愛卿你去那天涯海角、窮山惡水之地」
段飛似笑非笑地說道：「皇上，日本可不是窮山惡水之地，只是那裡的人還比較愚昧，倘若微臣去到那裡，不出十年便可讓日本成為東亞僅次於大明的富庶之地，咱們大明就算要吞併日本，吞併一個富庶的日本總比吞併一個窮得叮噹響的日本強吧？」
正德並沒有立刻做出決定，他召集幾位內閣大臣，讓段飛暫避一旁，然後拿出那件破破爛爛的日本大內天皇的國書給他們瞧。
吏部尚書楊一清越老彌堅，他看完國書之後不動聲色地把國書遞給了身邊的刑部尚書錢如京，錢如京看完之後又將東西傳遞了出去，當東西在大家手裡傳遞了一圈之後，正德說道：「諸位愛卿，這國書是錦衣衛送來的，應該沒有問題，諸位愛卿覺得咱們該如何回應呢？」