在桂萼提議，正德的推動之下，改革開放終於得以順利施行，不過明裡爭議少了，暗地裡動作卻從來就沒少過。
桂萼再怎麼說也是文官系統出身，他的提議對宦官集團可說是毫無益處，開海通商這麼大的事，張銳、郭震以及一干宦官們整天都去向正德哭訴，段飛偶爾也幫幫腔，將桂萼的提議修改得中正一些，譬如郭震想統海軍造大船大炮剿倭立功，段飛也遂了他的願，只不過改革後的稅制由內閣和司禮監共同管理，大家都不肯給郭震錢，在正德的干預下才勉強答應每年撥給他一百萬兩白銀，這點銀子連重建江南船廠都不夠，郭震只好咬緊牙關，從別的地方剋扣開支，打算大幹一場。
錦衣衛和東廠都得了正德肯，可以自己去想法子撈錢，因為段飛下手快，連皇上、皇太后、皇后都被他拉下水投資到他的商盟基金去了，與蘇友青、殷德祥等大商人又建立了信任關係，因此展迅猛，過年的時候了一筆紅利出去，年初段飛離開京城之前就聽說尋找門路想投資商盟基金的人驟增，都是利益所催。
郭震也想照葫蘆畫瓢，他搞了個百業聯盟，簡稱百聯，因為動作慢了，京城裡有錢有權的主都被段飛挖得差不多了，郭震只好挖空心思攬客，坑蒙拐騙的招數都用上了，用東廠威勢逼人交錢也是常有的事，許多商人已經把錢投到了錦衣衛的商盟，又被逼加入東廠的百聯，一個是自願的，一個是被逼的，一個已經拿了紅利，一個卻像是把錢扔到了水裡，連個咕咚聲都沒有，可想而知大家心中的感受。
不過郭震也搜刮到了不少銀子，足以支撐他初建海軍的開銷，夢想著有船之後開著軍艦去走私，利潤自然豐厚，就不用再靠別人撥錢來過日子了。
這一場改革開放，段飛執掌的錦衣衛竟然都沒得到什麼看得到的好處，大家心中都有些迷惑不解，不過現在錦衣衛日進斗金，大家手裡都得了實惠，見自己的大頭領每天忙著賺錢，以為他志僅在此，也都沒了話說。
事實上段飛在忙著會見商人，部署渠道，擴大研究所規模，增加產品研力度之外，他也在緊鑼密鼓地對錦衣衛進行深化改革，他要把錦衣衛建設成為一個效率更高、如臂使指的更現代化的機構。
錦衣衛的組織結構被重新規劃，重新劃分為七大部門，戰鬥部、安全部、研究部、內情部、外情部、紀律部、禮儀部、後勤部、秘部。
其中戰鬥部由華明為，焦旭焦陽為輔，負責錦衣衛主要作戰力量的訓練和作戰，安全部分內外兩個，其中竺羽負責外安全部，羅輝負責內安全部，安全部的任務多是機密，譬如狙擊、暗殺什麼的，不是很機密的就交給內安全部，必須非常機密的，就交給外安全部。
研究部暫時還是由火者亞三負責，他再獲重用，現在對段飛感激得五體投地，研究部的人現在已經有一定自由，不過為了安全著想，他們出外都必須有內安全部的人跟著，以防萬一，研究部已經大肆擴張，下面分設軍械所、物理所、化學所、數學所、醫學所、五個主要研究所。
內情部有王佐負責，外情部交給江悅，專門負責收集國內外的情報，紀律部由王平負責，專職督查錦衣衛內部的貪污、瀆職等問題，謝志鈞和史羽峰負責後勤部，負責採買、供應各部所需，必要的時候還要負責支援，是一個極為繁瑣也很重要的部門。
至於秘部，它的負責人竟然是剛提拔上來的錦衣百戶羅志成，秘部的功用段飛也沒有介紹，看它的構成和人員，包括保護段飛的錦衣小隊以及十二金剛，似乎是專門負責保護段飛的部門，不過稍微有點頭腦的人都知道這不過是個幌子，秘部真正的力量連羅志成都不知道，因為它的總部在南京某處，由賀盛和岳玉麒、岳玉麟秘密控制著。
錦衣衛再次改革之後展得更加迅猛，大家各司其責，背後有源源不斷的資金支持，錦衣衛的實力在外人難以察覺的情況下迅擴張著，改革開放那種冒殺頭危險的事讓別人去幹吧，錦衣衛有錢有人，這才是最重要的。
隨著春天來臨，百花盛開，法蘭西人李馬賽也已研製成功大量生產香水的工序，玻璃的研也已大獲成功，精製的香水盛裝在精美的玻璃瓶中，先送了一批到皇宮之中，太后、皇后、劉貴妃都成為法蘭西香水的第一批簇擁，這個冠名為百花香的高檔品牌香水頓時成為京中的流行風尚，有錢也未必買得到，因為香水的產量依舊有限。
這個時候，段飛覺得有必要跟李馬賽再聊聊了。
李馬賽和他的兩個黑人隨從再次被招到段飛面前，李馬賽以為他又是來催促增加產量的，見禮之後搶先說道：「尊敬的大人，我們已經竭盡所能，產量已經達到極限了，再想提升產量，香水的質量將難以保障，這是絕對不能允許的，大人若是覺得賺得不夠的話，可以提高售價，據我所知外面的人很多都轉手高價出售獲利的。」
段飛笑道：「我叫你來不是為了催促你提升產量，而是有別的事，李馬賽，你離鄉已有多年了吧？我這裡有一份關於法蘭西的情報，你想不想看一看？」
李馬賽一愣，脫口道：「當然想了，大人，情報在哪裡？」
段飛笑瞇瞇地遞給他一張紙，那是一張用法文印刷的公告，李馬賽接過去一看之下頓時面色煞白，他的雙手都顫抖起來，喃喃地說道：「不可能！不可能的……」
他背後的兩個黑人隨從不識字，他們疑惑地用法文問道：「主人，這是一張通緝令啊，通緝的是什麼人？」
李馬賽顫聲用法文說道：「通緝叛國賊，原法蘭西艦隊總司令，旗艦太陽艦艦長巴洛克，賞金五千枚法蘭西金幣。」
那兩個黑人頓時愣住了，段飛微笑著向他們望去，說道：「怎麼樣？看到家鄉的消息，是不是很激動啊？」
李馬賽臉上悲憤之色一閃而逝，他把通緝令還給段飛，說道：「大人，這不是什麼消息，而是一張通緝令，被通緝的這個人我是認識的，真沒想到他竟然通敵叛國被通緝了，真是讓人悲憤啊。」
段飛微笑道：「是嗎？那可真是太不幸了，你知道嗎？這份告示是前兩天一個來自法蘭西國的使節在拜見了大明皇上之後拿出來的，他們想與我大明結為友邦，請我們替他們通緝叛逆，皇上已經答應了，此人名叫柯爾貝，不知你聽說過麼？既然他是你的老鄉，我打算給你們一個機會，讓你們去見他一面，說不定你們可以坐他的船回法蘭西呢。」
李馬賽苦笑道：「柯爾貝乃是法蘭西財政大臣，他怎麼可能遠航千里來到大明的都？大人不用試探了，沒錯，我就是被通緝的法蘭西前艦隊司令巴拉克，他們是太陽艦的水手，因為當初我救過他們，所以他們一直跟隨著我，大人現在知道我們的身份了，難道你想把我們押送回法蘭西，賺那五千枚粗製濫造的法蘭西金幣嗎？」
段飛笑道：「你總算肯承認了，雖然我早已知道你們不是普通花匠，可是為了查出你們三個的身份，我還真費了不少功夫呢，帝國的艦隊總司令，怎麼會淪為大明的家奴花匠？又被自己的祖國通緝呢？」