除了前線部隊和裝備的損失之外。在這個期間季明還要擔負另外的一場戰爭，而這場戰爭這發生在德軍後方。按照蘇聯方面的統計，截至1942年4月，德占區游擊隊總人數已經增加到8萬人，主要編為509個游擊支隊，隸屬於93個游擊兵團中。游擊隊的戰鬥編成，通常為連、排、班。為了統一指揮這些游擊隊，蘇聯最高統帥部大本營此前設立了游擊運動總司令部以及各地區游擊運動司令部。通過無線電，這些司令部得以和80%的游擊隊保持經常聯繫，並不斷以空投等方式向游擊隊提供武器和指揮以及技術人員。
這些接受統一指揮的游擊隊，被視為蘇聯正規軍的輔助力量，其主要任務：諸如破壞德軍的後方交通運輸，偵查德軍的兵力和部署等等，都是以配合正規軍作戰為核心的。此外，蘇聯游擊隊也經常刺殺德國行政人員和職員，阻止德軍在佔領區掠奪人員和物資，甚至有時也會襲擊德軍小股守備隊，攻取一些中小城鎮。游擊隊的活躍程度，受到地域民族屬性的影響：在被佔領的俄羅斯和親俄的白俄羅斯地區（主要是中央集團軍群後方），游擊隊活動尤其頻繁；其他地區，尤其是西烏克蘭和波羅的海沿岸地區，則要遜色一些。在烏克蘭地區，甚至有反蘇和親蘇的兩種游擊隊存在。
其實為了對付蘇聯游擊隊，魯道夫赫斯就意識到了游擊隊的嚴重性，這些屬於牆頭草性質的部隊總是在德軍最薄弱的時候來上一下子。於是他本人早在1942年2月18日就簽署了國防軍統帥部第46號訓令，要求在東方佔領區加強和游擊隊的鬥爭，「集中從國防軍各軍種、黨衛軍和警察中抽調的合適兵力，迅速嚴厲、主動地打擊游擊隊」。
而為了執行這個命令。德國人投入了相當龐大的力量。其中包括正規野戰軍地後方警衛警察部隊；正規軍後備部隊；各種內務警察部隊，和所謂的「當地部隊」。以及德占蘇聯地區的所有其他德國人。
正規野戰軍後方警衛部隊，包括陸軍警衛師，大大小小的警衛和軍事警察憲兵分隊，以及匈牙利軍隊的幾個師。他們主要負責警戒陸軍後方的交通線、基地倉庫、指揮所等等。另外，德軍在後方的後勤和輔助人員，有時甚至還包括空軍機場人員，也經常被用於反游擊戰。德國陸軍總參謀長負責統一指揮正規軍戰區的反游擊行動。截至1942年4月，陸軍作戰地區已經為反游擊戰投入了8萬人。
野戰軍之外，根據魯道夫赫斯的指示。從1942年4月開始，5個後備師（1942年5月前，東線實際部署了4個）和約5萬人地後備陸軍人員，也被送往德占東部地區。這些後備部隊。一方面可以在必要的時候，為前線野戰軍提供補充。而在平時，則負責對付游擊隊。
黨衛軍以及警察頭子萊因哈特海德裡希和阿圖爾奈比所管轄的普通黨衛軍和德國警察，也向東線派出了強大力量。在裡加、明斯克和基輔，德國人分別設置了「東部及俄國北部」、「俄國中部」、「俄國南部（後來改為烏克蘭）」黨衛軍和警察高級領袖，並以德國治安警察所屬的部隊為主幹。這些部隊不屬於軍隊序列，卻身著綠色軍事化制服，配備精良地武器，以團營為編製單位，甚至還擁有裝甲連。標準狀態下。1個警察團擁有3個營（每營約500人），有些還下屬3個炮兵連或1個裝甲連。儼然是一支戰鬥部隊，在反游擊戰中。警察部隊擔負主動進攻清剿的任務，但有時也會被投入前線野戰。根據筆者的初步統計，在東線有第2、6、警察團，以及一些獨立武裝治安警察分隊。但其中第6、8、1警察團，已經在1943年1月被殲滅於東線南部。
除了武裝治安警察外。東線還有大量蓋世太保戰地秘密警察、黨衛軍保安處人員、刑事警察、輔助警察等等。這些警察主要隸屬於帝國保安總局。德國人還利用當地人組成了維持部隊。其人數在1942年初約13萬，通常採用營為單位。威廉魯道夫赫斯最初曾要求大量擴充這種部隊。但除了幾支死硬反蘇部隊外。這些部隊的戰鬥力通常很弱，而且德軍的軍官也認為他們在政治上並不是十分的可靠，甚至還發生了幾個營穿越戰線投降蘇軍的事件。出於不信任情緒，為此魯道夫赫斯在第46訓令的補充指示中，取消了擴充命令。基於同樣考慮，直到1942年春，魯道夫赫斯依然不願意利用賣身投靠的弗拉索夫等蘇聯叛徒從事宣傳以外的工作。他曾私下表示：這些叛徒，要麼是些沒有骨頭地廢物，要麼是些居心叵測的陰謀家。
最後，根據魯道夫赫斯的第46號訓令，在蘇聯佔領區地所有德國非軍事人員，包括帝國青年義務勞動隊，鐵路職工，農林人員等等，也要配備精良武器，加入清剿行動。這位新的帝國元首特別規定，「在受游擊隊威脅的地區，不允許有消極或被動參加同游擊隊鬥爭的德國人」。根據蘇聯方面的統計，到1942年初，那些用於對付蘇聯游擊隊地德軍輔助人員，總數約50萬人。這個數字並沒有得到更可靠來源地證實。但根據魯道夫赫斯的指示，大量德國非軍事人員也必須參與清剿。
為此德國正規軍後方部隊和後備部隊、德國警察和形形色色地僕從輔助人員，組成了龐大的東線佔領力量。依據所在地區的不同（而非完全的隸屬關係），這些佔領部隊，有的聽命於德國軍隊，有的聽命於德國後方佔領機構，並不斷發動清剿。但這樣的清剿的效果並不好。那些蘇聯游擊隊非但沒有被消滅，反而有愈演愈烈之勢。地處白俄羅斯和俄羅斯一部分地區的中央集團軍群後方，由於當地居民的民族屬性更有利於游擊隊的活動，導致該集團軍群面臨的形勢尤其嚴峻，其後方地域司令部1943年5月9日就報告稱，僅靠現有的59個警衛或者警察營，根本無法保證漫長的交通線免遭游擊隊的侵襲。德軍為新的莫斯科戰役所進行的後勤準備，因此受到了直接影響。
為了徹底消除蘇聯游擊隊的威脅，給即將到來的東線春季會戰創造一個穩固的後方，德國人決定利用前線平靜的有利時機，將一些野戰部隊暫時撤下來，加強反游擊戰的力量。這樣，連同原有的警衛師在內，德國正規軍用來對付游擊隊的兵力增加到了25個師。
5月中旬，中央集團軍群大規模反游擊行動拉開了序幕，清剿的重點是布良斯克西南部。德軍第2裝甲集團軍第47裝甲軍、第55軍，第3裝甲集團軍和第4集團軍，實施了代號「吉普賽男爵」、「魔彈射手」、「五月雷暴」和「友鄰支援1、2、3」的行動。投入的部隊，除了2個警衛師，大量後方警衛警察部隊外，還包括從匈牙利步兵第102師，德國步兵第6、7、292、102、707師，第4、5、18裝甲師、第10摩托化師等眾多野戰兵團抽調來的兵員，其中包括坦克分隊。在布良斯克地區，投入兵力約4萬人，在明斯克地區，投入3萬人。連同其他地區投入的兵力，中央集團軍群動員的人員可能在10萬左右，並且得到飛機火炮，坦克和自行火炮的配合。
對這次大規模的東線反游擊行動，無論是蘇聯政府還是德國的媒體都一致選擇了沉默。但是，德軍在5月25日宣佈的戰果為擊斃23152名游擊隊員，俘虜5269人。但行動本身的結果並不理想。一支在中央集團軍群下轄的參與圍剿的匈牙利軍隊在戰後總結中承認，動用大兵團清剿游擊隊的效果不明顯。我們在戰鬥中付出了戰死800人的很大的代價仍然沒有完全的清除那裡的俄國反抗力量。清剿行動在5月下旬到來的時候戛然而止。而就在這個月，德國的統計卻顯示，蘇聯游擊隊襲擊鐵路設施仍然高達292次，摧毀或破壞機車109輛，可見清剿效果的微弱。而根據蘇方統計，在4-5月，游擊隊一共炸毀德軍列車1700列。
實際上，軸心國的聯軍在這一系列的進剿過程中不但沒有徹底的撲滅活躍在那裡的游擊隊。他們的某些過火的行動反而更加激起了當地一些俄羅斯民眾的反抗力量（德國憲兵對付游擊隊的方法主要是採取並村的方法，並且如果這個地方出現了游擊隊，整個村子都會遭到株連。而其他部隊，特別是那些輔助的偽軍部隊這採取了殘忍的種族滅絕的政策）所以就目前的情況來看，德國對於越來越熱鬧的游擊戰根本無解。