卻說趙公明奉師命下山自去將顓頊收入門下，悉心教導。此時倉頡經過十數年辛勞，走遍名山大川，並在高明高覺二人的幫助下認識了數不清的奇珍異獸，仰觀天文、俯察地理，觀滄海橫流，識四季變化，明白了天地萬物造化的規律。終於造出數以千計，並成體系的文字。倉頡將這些文字整理起來，又創出語法句式，使之簡明實用。很快便廣傳天下，為世人接受。至此，倉頡造字之功終成。
秦華得高明高覺二人傳訊，知倉頡功成。急忙下山將倉頡帶回流波山，果然天降異像，鬼神夜哭。整個四大部州黑雲壓城，陰霧瀰漫，一片肅殺景象。流波山外圍更是驚濤駭浪，山川震動。九重陰雲層層疊疊壓將下來，遮天蔽日。
秦華在第一時間便全力運轉起流波山護山大陣。又將三品蓮台取出交於倉頡，令其安坐。一邊傳訊教中交好的師兄弟前來相助；一邊回轉洞府，將落寶金錢和剛剛孕育成形的聚寶盆取出。戒備地看著外面的陰雲。
其實秦華自己也吃不準到底會發生什麼事。外面的陰雲雖然聲勢駭人，但卻不像是秦華熟知的任何一種天劫。然而秦華卻不敢大意，萬一有什麼事，到時後悔可就晚了。
卻見天邊十數道流光閃過，金靈聖母、龜靈聖母帶著以秦完為首的金鱉島十天君趕到了。秦華連忙打開大陣將他們迎進島內。金靈聖母建秦華等人憂心忡忡，忙說道：「師弟不必擔心！我等接到傳訊，不敢怠慢，已將此事稟知了掌教師尊。老師叫我轉告師弟，這天象乃是人間有變，人情通達於天。引起天地感應所致，並非劫數。安心等候些時日便好！只是倉頡以後便不要隨便下山了，只在流波山中潛修便好，以免引起變數。」
秦華聽了此言，放下心來。一邊熱情地招呼各位同門，一邊仍然密切注意著外面情形。陰雲壓頂三月有餘，直將流波山遮蔽的日月無光。三月過後，陰雲果然漸漸消散，露出蔚藍的一片天空來。金靈聖母等人也告辭而去。秦華這才放下心思，遂緊閉山門，與幾個弟子一起潛修不提。
卻說黃帝年事日高，而修行日速。乃傳位於其孫顓頊，自采首山銅，於荊山鑄九鼎，分鎮治下九州氣運。鼎成，功德圓滿。玉虛宮原始天尊遂命坐下第十二弟子黃龍下界將黃帝接上仙界，成就五帝果位。
黃龍真人領命而去，來到荊山，對黃帝說道：「奉玉虛聖人法旨，因你功德圓滿，成就五帝功果，特接你去仙界。」黃帝大喜，翻身上了黃龍之背。餘下平常修煉闡教道法的大臣共七十餘人，也一併接上天去。其餘小臣，紛紛欲上黃龍之身。黃龍真人哪裡肯依，搖頭擺尾將之推離開去。爭執間拽斷許多龍髯，落地化為龍鬚草，黃帝慣常所用寶弓也一併落地。那黃龍見斷了龍髯，心中惱怒。顧不得其它，挺身飛騰入高空，眨眼消失不見。（黃帝在道教中的神位為第三神階左位）
黃帝一生功業頗豐，有黃帝內經、黃帝陰符經、九鼎神丹經、龍首經等許多珍貴經書傳世。可謂千秋功業，萬古流芳。
黃帝之孫顓頊，二十歲得黃帝傳位為人皇。彼時趙公明既為帝師，截教萬仙一時再度下山，聲勢日隆。顓頊在位時，加強各部族間的融合，在截教強大的支持下強令禁絕從洪荒時代、人巫融合之後便一直流傳下來的巫教，將許多小部落信奉的神明一概抹去，大力宣揚道門的正統性。顓頊在位78年，死時98歲，子孫眾多，得道脫體飛昇，並非肉身成聖。
顓頊得道之日，將帝位傳於堂侄高辛氏姬嚳。那帝嚳生於窮桑，少小聰明好學，十二三歲便有盛名，十五而佐顓頊，封有辛地方，三十而得帝位，遷都毫邑，享壽百歲。帝師為人教玄都大法師所化的赤松子大仙，在位之時，人才濟濟，天下大治。
此後堯舜二帝相繼而起，興禪讓，行德政，天下敬服。堯嚴肅恭謹，光照四方，上下分明，能團結族人，使邦族之間團結如一家，和睦相處。且為人簡樸，吃粗米飯，喝野菜湯，自然便得到了百姓的愛戴。興禪讓，很好地解決了權力交替之時可能出現的動亂和不滿。
舜娶堯二女為妻，受各部族推薦而為帝。增設官吏，知人善任，治下政通人和。設置諫言之鼓，讓天下百姓盡其言；立誹謗之木，讓天下百姓攻擊他的過錯。治天下五十餘年，卻終於在他為帝期間發生了一件危及天下百姓生死存亡的大事件，滔天的洪水暴發了。
卻說三教各做了一次帝師，堯舜之時，卻沒有再從道門修士中選出帝師來。只是三教修士常往來四大部州，在人族中傳道授徒，宣揚道法。巫教既滅，道門正統地位無可撼動，香火日盛一日。
至巫妖大戰之後，洪荒數百萬妖族全部避居北俱蘆洲。一時高手俱失，許多強大的法門神通不是隨著大戰消失，便是被帶到了隱居之地。導致三大部州妖族一蹶不振。數萬年來，北俱蘆洲之外新生的小妖都只能修到妖王境界。所有的妖族也都認為妖王便是妖修的最高境界了。
這些妖族盤踞深山，劃分地盤。因巫族與人族融合，秉持了巫妖血仇的新生妖族們便不斷騷擾人族部落。人族在巫師們的帶領下，也不斷剿滅妖族。雙方仇怨越積越大，普通人族對妖怪漸漸形成了恐懼和厭惡的心理，可說聞妖色變。
當然，也有妖族仗著變化之術混跡人間，普通人族也辨認不出。以其神通法術，一概認為神仙，享受了一些人間香火。
卻說前時巫族支持的蚩尤爭帝失敗身死，後刑天、風伯、雨師等人相繼被道門打壓。及至顓頊之時，強廢巫教，巫師地位一落千丈，終於引起巫族所有大神者的不滿。
祖巫殿剩餘大巫以血祭的方式將此事告知囚禁在無涯山的祖巫共工。共工大怒，遂發洪水於天下，以警世人。共工本意不過懲戒一番，聊以示威耳。奈何其本身神通廣大，散落人間各個幽暗角落的妖族又不斷興風作浪，普通巫師也趁機推波助瀾，發洩心頭怨氣。竟使得這場洪水聲勢越發浩大，越演越烈，漸漸不可收拾。
道門三教本來見祖巫發怒，心下也確實有愧。起先便也聽之任之，任由洪水氾濫。但見大水經久不息，百姓流離失所，苦不堪言，終於也忍不住了。三教聖人同時發旨，命弟子下山相助人皇治理洪水。又遣相繼警告共工，令其安分守己，莫要再造罪孽。共工不過一時憤怒，聽了聖人言語，自然收手。
然而洪水滔天之勢已成。源頭雖斷，洪水一時卻仍然無法消退。一時間，三教各顯神通，巫妖並逞手段。三界再次熱鬧起來。