「這是蘇哈托派來的人員與我們達成的秘密協定。」瀋陽將雙方會談紀要遞給吳銘「基本達成了我們的目的這是蘇加諾的特使所承諾的條件制止反華騷亂同意蘇門答臘人自己的選擇但要求我們退出加裡曼丹島的印尼領土。」
「相比較還是蘇哈托比較大方。」吳銘仔細翻看著文件冷笑道：「不僅承諾制止反華暴亂賠償華人損失還同意蘇門答臘和加裡曼丹的問題由那裡的人民自主選擇而我們只要不插手不偏向蘇哈托認為他們有能力控制印尼的局勢並且將與馬來亞友好和平相處。」
「那我們就與蘇哈托合作吧把印尼的華人、華僑接到加裡曼丹島驅逐那裡的印尼居民。」趙笑眉說道：「等到蘇哈托集團掌握了政權要是他不聽話光憑這份秘密協定就可以讓他滾下台。」
「我看可以。」吳銘點頭贊同道：「命令登陸爪哇島的部隊暫時停止行動靜觀其變告訴蘇哈托這份協定必須要他和納蘇蒂安的親筆簽字認可而且印尼華人的遷移要馬上開始。否則我們就動用武力在這個時候英、美的注意力都集中在朝鮮我們的態度就將決定印尼的政權落在誰的手中不多索取好處實在是說不過去。」
195o年9月15日印尼右翼與左翼雖然劍拔弩張但為了不進一步激怒馬來亞軍隊都採取了相應行動制止反華暴亂鎮壓暴亂分子。s華人、華僑開始向沿海城市集中等待馬來亞船隻的到來。雖然馬來亞已經與蘇哈托集團達成了協議但這種秘密協定是不能見光的馬來亞撤出華人、華僑。除了簽訂協議的雙方別人只知道這些華人、華僑是前往南加裡曼丹島暫避災難的進一步的事情便不得而知了。
9月2o日。與馬來亞達成秘密協議的蘇哈托底氣十足宣佈取締印尼共、人民青年團、全印尼中央職工會和印尼婦女運動協會等組織和其他一些左翼團體。隨後指揮軍隊大開殺戒在兩個月內印尼左翼團體受到嚴重摧殘其主要領導人艾地等全部被殺。據不完全統計先後有幾十萬人慘遭殺戮約三十多萬人被逮捕監禁。與此同時軍人集團一方面逼壓蘇加諾總統逐步讓權一方面不斷通過媒體誣蔑中國支持「九卅運動」、干涉印尼內政。陸軍的《戰鬥報》含沙射影地說：「難道九卅運動僅出自翁東地想法。而沒有作為幕後主使者的國內或國外的政治活動家地參與謀劃嗎?難道九卅運動的反革命冒險僅靠他們各自的物質力量而沒有國內或國外廣大階層在物質和精神上的支持和幫助嗎?」
當時中國認為「九卅事件」是印尼國內階級矛盾展的結果。過去「納沙貢」的表面合作掩蓋了革命與反革命的界限此次事件後革命和反革命的力量迅分化雙方的陣線日趨明朗。左派已由合法地、和平的鬥爭被迫轉為地下的、武裝的鬥爭這有利於印尼革命力量的進一步展。但中國出於政治考慮。對事件的公開態度則是盡量客觀電台、報刊暫不報道印尼政局變化。當時中國定的方針是：堅決支持印尼人民地革命鬥爭集中打擊和孤立右派縮小中間派的欺騙作用並促其分化對右派的攻擊給予堅決回擊。
然而印尼的局勢卻急轉直下蘇哈托及軍方集團以武力殘酷鎮壓了左翼集團195o年1o月15日蘇加諾在軍人挾持下組成新內閣並授權蘇哈托代行總統職權。蘇加諾完全陷於無權地位。兩國關係日益惡化。各種來往陸續中斷。
195o年1o月3o日印尼國會通過決議表示印尼政府可「根據情況展就印尼和中國之間的關係採取堅決措施必要時斷絕外交關係」。
11月5日印尼外交部分別照會中國駐印尼使館和外交部宣佈印尼政府決定關閉印尼駐華使館要求中國保證其使館人員安全撤離中國。同時要求中國自195o年11月1o日起關閉駐印尼大使館、駐雅加達總領事館以及駐棉蘭、馬辰和望加錫領事館。上述機構的全體中國人員在最短時間內離開印尼領土。
11月8日中國政府表聲明中國和印尼兩國關係的中斷責任完全在印尼方面由此產生的一切後果。必須完全由印尼現政府承擔。
11月1o日。在印尼華人、華僑轉移順利的情況下馬來亞軍隊開始徐徐後退。解除了對雅加達的威脅但還駐於烏戎庫隆起著威懾作用。第二次馬、印戰爭結束馬來亞軍隊全部佔領了加裡曼丹島並且將印尼華人遷至該島為下一步民眾大選決定加裡曼丹島地歸屬打下了基礎。
這場印尼政亂相比於朝鮮戰場的突然變化明顯沒被國際上所重視雖然英美等國對印尼的右翼勢力掌權表示出了歡迎但是中國的參戰使得他們的注意力完全集中在了朝鮮半島上。
195o年9月15日麥克阿瑟登上旗艦麥金利山號親自督戰在美英兩國三百多艘軍艦和五百多架飛機掩護下美軍第十軍團成功登陸仁川從朝鮮軍隊後方突襲切斷朝鮮半島的蜂腰部一線迅奪回了仁川港和附近島嶼。9月22日撤退到釜山環形防禦圈的聯合國軍乘勢反擊9月27日仁川登陸部隊與釜山部隊水原附近會合一日之後重奪漢城。
美國原先將朝鮮軍隊趕回三八線以北的計劃因戰事進展極其順利而有所改變。麥克阿瑟將軍要求乘勢追擊將共產主義逐出整個朝鮮半島。9月27日美國參謀長聯席會議與總統杜魯門都同意了麥克阿瑟的建議但是總統要求麥克阿瑟只有在中國和蘇聯不會參戰的情況下才可攻擊朝鮮。次日美軍部隊就進逼三八線1o月1日韓國第一批部隊終於進入朝鮮作戰。