荷蘭總督府建築在熱蘭遮城中心，規制到也不大，也只抵的上內地一個小縣的縣衙門大小，只是純粹的西方式建築讓周圍戒備巡邏的台北士兵們覺得稀奇的緊，此時天已大亮，守在總督府的張鼐見張偉帶著人遠遠過來，便喝斥那些看熱鬧的兵士道：「混帳，還不快些打掃，把這些屍體抬走，血跡用水沖洗乾淨！」
張偉自城頭而下，一路上便可看出昨夜巷戰的慘烈，一路上橫七豎八，儘是那荷蘭士兵與平民的屍體，鮮血流遍整個街道，看著這些金髮碧眼的白人身著十七世紀時的裝束，死在了離家鄉萬里的中國，張偉心中卻突然想起自已那個時代的荷蘭「三劍客」，心中暗道：「三劍客，叫起來好聽，可惜，你們總歸是和鐵與火無關的民族啊。」
待行到總督府前，見張鼐站在總督府前的台階上，正帶著一群校尉、果尉迎候自已，張偉笑道：「咱們何必弄這些虛禮，你們打了一夜，還在這兒站什麼班？都快回屋裡，自個兒尋地方坐著，沒的把自個弄的跟門神似的。」
說罷打量這座西方哥特式建築，見正門外四處是火槍鐵丸擊中的小彈洞，轉頭問周全斌道：「此處便是荷人拒守的最後堡壘吧？」
「正是。待總督府被咱們攻下來，整個城內的抵抗便小了很多。」
說完又恨道：「咱們的士兵，也是於此處死傷最大，他們依托堅固的總督府建築，在房內向外打槍，還是咱們的飛騎硬頂著傷亡方衝了進去，所以才會死傷那麼許多。進去之後，裡面的人縱是舉槍投降，也被各人砍了個乾淨。」
張偉聽到此處，到也沒有什麼話說，他原本是用「不殺降者」來約束諸衛，但戰爭打到這種激烈的程度，約束著兵士不砍荷蘭人，難不成砍自已人麼？所謂不殺降，只是用來誘惑那些意志不堅，在降或戰之間徘徊的敵人罷了。
當下由張偉領頭，先進了這總督府內，至四處打量了一番，卻也沒有什麼豪華出眾之處，只是那揆一住處稍微裝潢一下罷了。張偉略翻了一下，卻也沒有發現什麼女人的用具和衣褲，料想那揆一沒有帶夫人來台。見校尉以上已然都至總督府報道，張偉便令人將總督府內會議室重新打掃部置，便在那會議室召開會議。
那林興珠見室中皆是自已的上司，自已貿然隨張偉進來，一時卻也不好出去，便推說身上有傷，只是侍立在張偉身後，張偉肚裡暗笑，卻也不去說穿他，見各人都已坐定，便笑道：「各位，昨晚可是辛苦了大家。除了林都尉外，可有都尉以上受傷的？」
張鼐與張瑞周全斌三人齊聲道：「除林都尉外，其餘只是陣亡了三個果尉，別無將官死傷。」
說罷諸人都笑看林興珠，張偉見他有些窘迫，忙道：「林都尉昨晚率五百壯士，在敵軍槍口下挖洞，炸開城牆，昨夜首功，便是林都尉！」
說罷又令各衛參軍報上詳細死傷數字，核對人名，又令將死者抬上港口船隻，即刻運回台北，令人通報何斌，好生撫恤。
諸將弄了半天的死傷名冊，這些士兵大多是眾人帶了數年的手下，多半看了名字便可以想起相貌，想到前幾日還活蹦亂跳的大活人，今日已成黃泉陌路之鬼，各人都是眼眶通紅，幾欲落淚。
張偉亦是心疼之極，算來自大員、海上炮戰、登陸台南之後，已有數百人死，過千人傷，雖說來自已並無指揮失敗之處，那鄭成功攻台登陸台南，頭一日便有六七百兵死於炮擊，敵守我攻，死傷自是難免。只是心中雖明白此節，卻仍是難以抑制悲痛，當下將手一撐，站將起來，對諸將道：「那揆一和被俘的荷人都押在何處？」
張瑞回道：「都押在城西。已派了飛騎看守。」
張偉怒道：「咱們這便去，處置了這幫混帳！」
眾將也正是火大之時，聽張偉如此一說，各人頓時便站起身來，待張偉出門，一群人便也殺氣騰騰跟隨他身後，向城西看守俘虜之處而去。
待行到城西，只見那男女老幼近三千荷人被押在一處空地上，各人都是神情萎靡，疲憊不堪，見一群人過來，顯是這中**隊的高級將領，各人不知道將會如何發落自已，又是擔心，又是害怕，那膽小的便開始發起抖來。
揆一在城頭暈了半天，待醒來後攙扶他的士兵早已溜的蹤影不見，待他暈頭漲腦起身，身邊卻早便圍了一圈台北士兵，見他衣著華麗，立時便有一果尉便十幾人將他看的嚴嚴實實，待天亮尋了翻譯來問，方知這個暈倒在地的胖子原來就是這台北總督。
此時他卻沒有得到什麼特殊待遇，與那幾百名被俘的荷蘭士兵垂頭喪氣的坐在一處，待張偉行到他身前，身邊的看守士兵便喝令他抬頭，他雖聽不懂，卻見一幫軍官模樣的人都擁在張偉身邊，自然也知道眼前的人便是此次中**隊的首領，茫然抬頭，向張偉說道：「閣下要怎麼處置我們？身為一個紳士，絕不會虐待他的戰俘。」
張偉聽得他如此說，不覺仰首大笑，半響才惡狠狠的回他道：「總督先生，我好意派人來勸降，你很沒有風度的將我的使者驅趕出城，自那時起，你們便失去了投降及受到友好待遇的機會，現下，我向你宣佈，除了貴國平民外，所有的士兵，包括您，總督大人，都得接受我的嚴懲，我要讓你們的東印度公司明白，和我做對，得到的下場將會非常淒慘！」
說到此處，張偉轉身向張瑞道：「張瑞，你速帶人立樹桿，掛絞索，這些紅毛
鬼處決犯人皆是用絞刑，咱們今日，便也用他們的刑法，將這位總督大人絞死！」
說罷便轉身上城，只待張瑞出城門將絞台弄好，便向揆一冷笑道：「總督先生，請上路罷！」
揆一一見張瑞命士兵扛來一根旗桿，又見人在桿頭上綁上繩子，打上死結，心中早已明白要處死的便是自已，待翻譯將張偉的話譯了給他，立時便把他嚇了個半死，抖抖索索的想要站起，以便不失他總督及優異白人血統的身份，誰料那兩腿卻怎麼也不聽指揮，只顧抖了半響，用手死命撐了半日，卻如何也爬不起來。張偉見狀冷冷一笑，便揮手命兵士幫他站起，一直拉到那絞索面前，直到繩結套在揆一脖子上那揆一卻突然說道：「先生，請饒我一命，我願意去命令大員島上的普羅岷西亞城投降！」
張偉及身後諸將聽那翻譯將揆一的話譯了出來，不禁面面相歔，此人膽小無恥當真是常人難及，若是依了他，心中憤恨難平，若是不依，打那大員島卻又得多費周章，張偉在心中忖度一番，始終覺得此事利大於弊，便向張瑞令道：「此人這般怕死，卻也能省了我們許多事。你立時帶人押他去大員，帶他到普羅岷西亞城外招降，若是成了，令劉國軒將島上所有人等押來台南，若是不成，便在城外將揆一斃了，回來報我。」
說罷，便由張瑞押著揆一去大員招降不提，張鼐見張偉目視眼前的這些士兵與荷人平民，便湊上前去，說道：「大人，那揆一有些用處，不殺便是了。這些士兵和老百姓可沒半點用，昨夜打死了咱們那麼多兄弟，乾脆將這些人盡數殺了，好給兄弟們報仇。」
周全斌原本便對張偉要處死揆一並不贊同，見揆一臨刑保命，他卻正是舒服口氣，又聽張鼐向張偉如此建議，忙上前道：「大人，殺俘不祥，請您三思。」
張鼐氣道：「全斌，難道死了弟兄你不心疼麼？」
周全斌也怒道：「我怎地不心疼？都是跟我多年的兄弟，我的親兵小武昨日也戰死了，難道我沒有你們心痛麼！只是這些兵士也有家人父母，若是戰死也罷了，現下都丟槍投降，若是殺了，咱們成什麼人了！」
又向張偉道：「更何況，那荷蘭人在南洋頗有實力，咱們若是殺了這麼許多俘虜，他們必定會拚命來襲，這卻又是何苦？」
張偉原本舉旗不定，心中也是不忍殺這麼許多，聽周全斌如此相勸，反倒拿定了主意，向周全斌道：「全斌，我知道你素來心軟，只是這些人拒不投降，打死我眾我優良士兵，我實痛恨！況且，我就不殺，那荷蘭人也絕不會就此罷休，想來還是會派軍艦前來試探，調大兵麼，整個南洋他們也沒有多少步兵，殺了這些人，他們也無可奈何，殺之，反倒能震一震後來之人，莫要不知死活，於我相抗！」
見周全斌仍要相勸，張偉笑道：「我知你實在是不忍心，這樣，我不全殺，這些兵士亦是受人指使罷了，只需依軍服樣式，將所有軍官拖出來斃了，也就是了。」
說罷不待周全斌開口，立時命人在五百多降兵中拖出數十名軍官來，張偉一努嘴，張鼐便命人將軍官押到空地一側牆角，每十人一組槍殺，不消片刻，槍聲響起，第一排的軍官紛紛中彈倒地，鮮血慢慢流將下來，場中荷人又驚又懼，更有不少婦人痛哭起來。待軍官殺盡，那執行的都尉回來履命，張偉命翻譯去訓話道：「殺這些人，是為了給你們荷蘭人一個教訓，若是還敢來台，所有軍人，不論是軍官士兵，一律槍斃！」
待槍殺完畢，張偉令人給這些荷人送上飲水糧食，自帶人回總督府等候張瑞消息。一直到下午時分，卻見張瑞押著揆一返回，張偉聽人進來報了，向眾將笑道：「此事戰事暫且是打完了。」
待張瑞進門，先行了一禮，正要稟報，張偉先笑道：「張瑞，可是那揆一將大員島勸降了？」
張瑞亦笑道：「正是！那揆一到了城下，先是哀求，後來發怒，拿出了總督的身份下了命令，道是不戰而降，他們沒有責任，戰而後敗，不死也要他們的東印度公司追究他們違命之責。那城內的將軍因見咱們已打下台南，想必那普羅岷西亞城也是守不住，見揆一將責任盡數攬了去，便也半推半就，開城投降了。劉統領已留了人在大員駐守，卻命我帶了人將城中俘虜盡數帶到台南來了。」
「甚好！」張偉附掌道：「善哉，不動刀兵而下一城，也算那揆一立了一功，命人在城中尋一處房子，將他好生看押。待日後再做處置。」
說罷又向身邊隨侍的行軍司馬令道：「將咱們的兵士盡數遷到城內來住，命施琅帶著水師進駐台南港口，用帳篷搭起營地，關押荷人戰俘。」
至此台南平定，除了防備荷人自南洋派兵來襲外，整個台灣全島已納入張偉掌控，張偉在台南又待了十數日，將台南立為長安與萬年兩鎮，留施琅水師防水路，留周全斌領神策衛防陸路，兼領民政，留劉國軒領兵守大員，自已帶了傷兵及金吾衛、飛騎，乘船回台北而去。
臨行叮囑施琅，若是荷人軍艦來襲，水師不必出動，只需大員島上岸炮及熱蘭遮城上大炮協助防守，那荷人軍艦抓不到機會，自然會懈怠，待耗上一段時間，再相機出動，一戰將荷軍攆跑，到那時，荷人自然會至台北尋他談判。