市舶司總署籌備開海的同時，海軍整編也在進行。當新的規定頒布下來時，東海的首領們也是幾家歡樂幾家愁。
林碧川歸附李彥直後，心想自己靠了一棵大樹，以後再不用怕被朝廷追著打了。就是遇到其它的海上豪強，如陳思盼、於七等，他也覺得自己的身份比這些人高了一等。和許多的海賊一樣，林碧川一開始只是幻想著能盡量多地拿到好處，並沒打算放棄自己的自由去接受官府的拘束。由於沒有這種心理準備，所以林碧川很快就受到了沉重的心理打擊。
松江府一帶本是他的老家，崇明、小七島都曾是他的巢穴，聽說海軍都督府衙門設在了上海，他想靠著李彥直，以後在這裡就更能橫衝直撞了，沒想到實際的情況卻是：李彥直一到上海就下了嚴命，所有水師兵將到上海後不得允許不許上岸，登陸必須進港，水手要進城入村必須申請同意，進入市集之後不許犯法，不許擾民，不許強買強賣，否則就按軍法處置。
一群自由慣了的人，忽然被這麼嚴厲的命令拘束住，大部分人都不習慣，林碧川也是。可是李彥直如今已是眾望所歸，別人要投靠他都煩惱沒門路呢，林碧川要放縱亂來，又怕李彥直的嚴令，要反出海軍都督府，卻又哪裡捨得？沒辦法，既有所得，必有所失，縱然不自由，也只好忍一忍了。
剛剛洗腳的海賊們覺得受了拘束，心中不樂，機兵們卻覺得這些海賊出身的傢伙缺乏紀律，雖然一時壓住。但若不加以整頓的話，只怕遲早要鬧出問題來。
「是時候整頓整頓他們了，都督。」張岳建議說。
在天津時，李彥直已對水師的力量進行了第一輪的整頓。不過當時並未深入觸及到幾個大首領的利益。從天津到上海的這段時間裡，李彥直已將直系人馬滲入到水師各部去，陸上又已站穩了腳跟，短期之內不用擔心遭到南京方面的直接打擊，因此李彥直也覺得對水師進行再次整編地時機成熟了。
也就在這時，林碧川卻糾集了一批舶主、火長找到了李彥直反映意見，求他給水兵們鬆一鬆綁。不要管得他們那麼嚴厲。李彥直一聽不悅道：「不要管得那麼嚴？什麼意思？你們還想四處去劫掠不成？」
林碧川等訥訥無法應答，李彥直沉聲道：「你們歸附我也有幾個月了，怎麼到現在還犯糊塗？你們現在是兵了，還把自己當賊啊！人家改邪歸正，哪個不得脫三層皮的？你們倒好，順順利利地就由賊變兵，心裡卻還惦記著做賊時的日子。哼，朝廷招撫你們，給你們餉銀，是讓你們保護老百姓的。不是雇你們來騷擾老百姓地，你們當初既有心走正道，心裡就該有這個準備。若不想當兵而要做賊時。盡可學陳思盼、王直他們去。我這邊，容不得三心二意、立志不堅的人。」
如今李都督軍威好重，林碧川等聽得汗水涔涔連下，李彥直又道：「你們今天來說這事，也好，我正有些事情要與你們說。就乘機一併談了吧。」
原來他與張岳商議過後。也給水師定下了三條章程鑒於海軍都督府水師成分駁雜不純地現狀。李彥直決定將所有水師進行一次大整編。將籍貫、所屬全部打散。再選精汰劣。也就是說。要將林碧川、洪迪珍、徐元亮等人地部署全面打亂。然後再從中挑選精銳。重建水師。至於眾首腦則經過海軍都督府考察之後任命為將。
這幾部收招撫地部隊。成員都是老於海戰地水手。將之打亂之後重新整合。所需時間不多。很快就能重整成一支水上精兵。但他們地統領者所受到地衝擊可就大了。
林碧川等嚇了一跳。心中便冒出了一個念頭：「姓李地要過河拆橋！他這樣做分明是要奪我們地兵權！」
李彥直覷見他們地神色。似乎就猜到了他們要說什麼。道：「你們是不是有什麼意見？有地話當面說。不要背後搞鬼。」
但這等話。當面如何說得出來？李彥直見他們不說。就自己開口：「你們是不是覺得我要奪你們地兵權？」
林碧川等心想你都這麼說了。就來個默認。李彥直眼睛從這些人臉上一一掠過。卻冷笑道：「我就算現在是要奪你們地兵權。你們能奈我何？」一句話把這些人說得都無語。是啊。李彥直現在別說要奪他們兵權。就算是要殺了他們。他們只怕也沒還手之力。
正當他們憤憤然之際，李彥直卻又說道：「我現在就是過河拆橋，你們也沒辦法，不過你們放心，我不是那樣的人。只是眼下你們各擁兵船，私味甚濃，作為來歸之兵將，若不接受整編，那麼咱們之間便永遠都有賓主之分，永遠都不是自己人，你們在我的麾下，只怕也會過得不舒坦。但要是接受了整編，以後咱們就是自己人，只要你們有能耐，又能守朝廷的規矩，將來少不了做一員世襲地將領，福蔭子孫這不卻遠勝於眼前的少許自由？所以我提出這件事情，不但是為大局著想，更是為你們考慮。」
他先敲打，然後才和顏悅色地說出這番道理來，便有一半的人都聽進去並信服了，其他地人雖然心懷不滿，覺得李彥直只是說好聽話而已，可就如李彥直所說，事已至此，他們也沒有其它辦法了。
李彥直辨顏察色，知他們中間仍有少部分人不滿，便說道：「我看你們中間，怕還有人不服卻不敢言語吧？放心，我李三也不是無情無義的人，若你們實在不願接受整編，那麼我還有兩條路給你們走。」
便有城府不深的舶主趕緊問：「哪兩條？」卻有謹慎的偷瞥了那舶主一眼心想：「那當然是死路啦，你這出頭鳥要糟糕了。」
不料李彥直的回答卻沒那麼糟糕：「你們要想既像海賊一般自由野蠻，又像當兵一樣光明正大。那是不可能的。但你們若實在受不了水師章程地拘束，我還有兩個選擇給你們：第一，是轉為海上武裝商隊，轉為武裝商隊以後。考慮到你們以往的功勞，船引、貨引我會從優配給，但你們就要自負盈虧，國家不會再養你們。眼下東海不太平，我許你們保有一定的武裝，相應地，若有戰事時。要聽候海軍都督府的有償調遣。」
林碧川心道：「這個不錯。」就問：「什麼叫有償調遣？本書轉載ㄧбｋ文學網ｗαр．1６κ．сΝ」
李彥直笑了笑，說：「海軍都督府調你們做事，不就耽誤了你們的生意了嘛？所以會給你們發些補償，這就叫有償調遣。」
眾將聽了連連點頭，都覺得這樣做很公平，跟著又問還有一條路是什麼。
「還有一條路嘛，就是繼續做強盜去。」
眾將聽了面面相覷，都勉強擠出笑容說：「都督開玩笑了。」
「我不是開玩笑。」李彥直道：「咱們現在是拉開天窗說亮話我知道你們中間有些人賊性難改，當兵受不了拘束，做生意又不在行。勉強留下你們當兵或者讓你們去經商，那都是禍患。但咱們賓主一場，我也希望能好頭好尾。所以你們若真當不了兵經不了商，我許你們成立私掠艦隊，卻不准在近海為禍百姓，否則我逮著一個殺一個，但你們要是給我遠遠跑到日本、南洋去，只要那些地方尚未奉我大明號令。那我也就管不著了。」
有一個獐頭鼠目的火長問：「那麼，假如我們去南洋搶了東西，還能回上海來嗎？」
李彥直笑道：「可以啊，你們若搶到了錢財，回上海來風流快活也行，不過回到老家就要好好守規矩了，要不然地話，仍然法辦。」這章程定下以後，他便揮手讓眾將回去好好考慮：「都給我回去想清楚。若要當兵。就要有能守紀律的決心。否則地話，就當海商或私掠者去。你們怎麼選擇我不管，但選定以後就再不許輕易更改了。去吧。」
他這麼一說，就相當於通報了全軍，哪用半日？徐元亮、洪迪珍便也都知道了，各自來問李彥直：「都督，對我們是否也要這樣處理？」他們與李彥直更加親密，所以敢來問這話。
李彥直卻道：「我處事向來一視同仁。」徐、洪便回去商議，徐元亮道：「我做生意普普通通，反正在都督手下聽命也不是第一次了，就留在水師當個將軍吧。」
洪迪珍卻顧念著自己地家產，他身家不小，又善於生息，再則想自己和李彥直是同鄉，這些年來在各種場合又總擁護著他，做了商人以後李彥直應該還會眷顧自己，就決定還做個商人去。林碧川也選了做個商人。
自他們三人以下，其他的火長、舶主、水手也各有選擇，最後還是有一大半地人決定留在海軍都督府衙門當兵吃長糧，剩下的大部分都重新做了武裝私商，並無人決定去做那沒譜地私掠艦隊。
兩日之間，海軍都督府衙門的兵員數量大減，不計後勤，只剩下兩萬二千餘人，然而兵員精簡之後，部隊的精神面貌反見提升。而且人員裁剪以後，後勤也大見輕鬆從天津出發到現在，海軍都督府都是靠著積蓄過日子，至今尚未盈利呢。
洪迪珍轉為商人以後心想：「眼下上海貨物大聚，買家卻都未到，王直、破山都在大員，不如我就買了貨物，趁機前往日本，一定能大賺一筆。」他本身便有積蓄，這次去北京也得到了不少好處，便到市集上大肆購買生絲李彥直自己也沒料到，上海市舶司徵收到的第一筆較大的關稅，竟是從洪迪珍手中拿到。
做生意，就怕沒發過市，發過市以後，有一就有二，有二就有三。洪迪珍開了個頭以後，許多大小海商紛紛效仿，又有一批揚州的鹽商看看行情好，竟動用了手上龐大的閒散資金，居中搶購貨物，意在囤積居奇。有人買，有人賣，貨如輪轉，錢如水流，越轉越流，市面就越景氣。
大員海峽雖未打通，浙東尚未平定，佛郎機商人和回回商人尚未到來，上海的生意卻已經進入了一個小陽春。
這段時間來浙東海面前來投靠的海賊海商不計其數，海軍都督府的官吏也都只是羈縻著未給回復，這時也按照這三套章程來進行選汰，將其中能守紀律地悍勇之輩選入軍中。至於那些沒能選上的，李彥直便將他們編為私掠縱隊，共編為五隊，準備擇日南下，先平浙東，再取雞籠。
上海兵船尚未動，大海賊鄧文俊就先來投降，李彥直嫌他賊性太重，不肯收他為水師，鄧文俊也不太願意受軍法拘束，情願作私掠艦隊為前鋒南下，只是求李彥直給他糧餉。李彥直便撥給了他一月之糧，算是買他所屬的二十三座島嶼，又囑咐他過大員海峽時不許侵擾兩岸百姓，「若你過了呂宋之後仍然老實，那我就送一份滿剌加以西、巴拉望以南地海圖給你，再發你一個特赦令，許你的船隊到任何港口停靠買糧。」