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伏羲統一東勝神州後，開始治治理起來人族，而伏羲每十年，便組織人，親自前往萬壽山下的聖城朝拜，表示對聖父的尊崇。
孟津東部有一條圖河與黃河相接，龍馬負圖出於此河，伏羲氏依龍馬之圖畫出了乾、兌、離、震、巽、坎、艮、坤為內容的卦圖，後人稱為伏羲八卦圖。
明極收回河圖、洛書，回蓬萊島覆命去了。
伏羲氏仰觀象於天，俯察法於地，用陰陽八卦來解釋天地萬物的演化規律和人倫秩序。伏羲氏取火種、正婚姻、教漁獵，結束了人們茹毛飲血的歷史。龍馬負圖寺遂成為「河圖之源」，伏羲氏則被奉為中華民族的「人根之祖」、「人文之祖」。
在東勝神州的一處山中名為少典部落裡，有一小孩，天生奇特，名為神農氏。
神農一生下來就是個「水晶肚」，幾乎是全透明的，五臟六腑全都能看得見，還能看得見吃進去的東西。
少典部落的族人對此也很奇怪，畢竟這種事情還是很稀奇的。
那時候，人們經常因亂吃東西而生病，甚至喪命。神農為此決心嘗遍百草，能食用的放在身體左邊的袋子裡，介紹給別人吃，用作藥用；不能夠食用的就放在身體的右邊袋子裡，提醒人們注意不可以食用。
但是光有此心不行，神農沒有真個實力，所以神農四處巡山拜師，但卻無一所成。
雲中子這些年來一直關注著神農，神農與伏羲不痛，伏羲有前世，等到伏羲功成之時，就是恢復前世伏羲之日。那時候的大神伏羲，怎麼可能是雲中子的弟子。
但是神農可以，神農沒有那麼多道道，身世清白，所以神農可以做雲中子的正式弟子。
神農這幾年拜師的所作所為，雲中子都一一看在眼裡，終於在神農拜師未果後，雲中子出現在了神農面前。
雲中子，即使是穿著最普通的衣服，但是雲中子的氣質，依然就能讓人一眼看出來，雲中子就是一個得道仙人。
神農那著出現在自己身前的雲中子跟往日裡想要拜師的人一比，發現雲中子才算是真正的有道仙人。急忙上前幾步，來到雲中子面前，作揖道：「神農見過仙長。」
雲中子單手在前，也還了一禮，道：「有禮。」
看到雲中子這麼和藹，神農追問道：「敢問仙長仙鄉何處？」
雲中子微微一笑，道：「貧道乃是明教弟子。」
明教，在人族就是一塊金子招牌，神農又作了一揖，求道：「還請道長收我為徒。」
雲中子問道：「你拜我為師，所為何事啊。」
神農一臉堅毅，道：「願嘗百草，造福蒼生。」
雲中子要的就是神農這種堅定不移的信念，道：「好，我便收你為徒。」
「神農，拜見老師。」神農大喜過望，行過拜師之禮後，恭恭敬敬的站在了雲中子身前。
雲中子又對神農道：「你既然拜我為師，自當知道我的來歷，為師雲中子，乃是明教二代弟子，你還有一師兄，名為伏羲。」
人族之首的伏羲，居然是自己的師兄，而自己的老師竟然還是聖父的親傳弟子，這讓神農怎麼不喜。
於是雲中子留在了少典部落，悉心教導了神農三十載，還用明玄賜下的乾坤鼎為神農煉製了一鼎，名為神農鼎，一鞭，名為赭鞭。之後，雲中子便飄然離去了。
而帝師雲中子的大名，村中之人還是都知道的，所以，當雲中子離開後，神農之父少典，便將族長之位傳給了神農。
而神農得此機會，大展所學，將雲中子所教的知識，一一用在了少典部落中，讓原本落後的少典部落，迅速發展，不過十年，少典部落便成為了遠近聞名的大部落。
一天，一隻週身通紅的鳥兒，銜著一棵五彩九穗谷，飛在天空，掠過神農氏的頭頂時，九穗谷掉在地上，神農氏見了，拾起來埋在了土壤裡，後來竟長成一片。他把谷穗在手裡揉搓後放在嘴裡，感到很好吃。於是他教人確倒樹木，割掉野草，用斧頭、鋤頭、耒耜等生產工具，開墾土地，種起了谷子。
神農氏從這裡得到啟發：谷子可年年種植，源源不斷，若能有更多的草木之實選為人用，多多種植，大家的吃飯問題不就是解決了嗎？那時，五穀和雜草長在一起，草藥和百花開在一起，哪些可以吃，哪些不可以吃，誰也分不清。神農氏就一樣一樣的嘗，一樣一樣的試種，最後從中篩選出的稻、黍、稷、麥、菽五穀，所以後人尊他為「五穀爺」、「農皇爺」。
而神農在少典部落的所作所為，得到雲中子通知的伏羲也一直關注著，看到自己的師弟能有此成就，伏羲也感到由衷的高興。
神農所篩選出來的五穀，實為造福人族之大事，於是伏羲召見了神農，商量推廣之事。
師兄弟兩人，雖然一直未曾見過，但是兩人神交已久，所以兩人談的很盡興，如何推廣五穀之事，也被商量出來了。
做完這一切的神農，在重新回到少典部落後，神農就開始了當年拜師所立的志向，遍嘗百草。
神農帶著神農鼎，赭鞭，離開了少典部落，開始走訪各地，險山惡水。
由於神農天生水晶肚，所以每次吃下的藥草有什麼效果都能看到，能夠準確的判斷出藥草的用途。
赭鞭能辨別藥草是否有毒性，讓神農避免了很多次意外。
歷經百年後，神農再次回到了少典部落，閉關十年，寫出了《神農本草經》一書，記載了神農百年中所嘗過的藥草的用途。
又十年後，伏羲正式傳位與神農，功成身退，成就天皇之位，恢復了前世的記憶。
明玄、老子、女媧、雲中子四人來到伏羲部落，親自為天皇伏羲加封。
伏羲齋戒沐浴後，一步一步走上了天壇，然後敬過天，禮過地。然後道出自己平生所做的事情，表明自己問心無愧。
當伏羲講出自己所做之事後，天上降下一道功德金光，沐浴伏羲全身。而伏羲得功德金光之助，一道紫光閃過之後，伏羲恢復了前世的記憶，但是卻未能成就聖位，也只不過是准聖後期，斬卻善惡兩屍的境界。
而雲中子身為帝師，教導伏羲，也有一道小於伏羲的功德金光柱降下，融入自身。
然後老子正式冊封了神農為人族的地皇，任命神農治理人族。