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神農證道後，經過數百年發展，人族已經歷好幾代的權利交替，廣成子以仙人之名收了軒轅為徒，為了方便教導軒轅，便在有熊部落住下。
時間過的飛快，軒轅也慢慢長大，在此時間之內，軒轅便一直跟隨著廣成子學習，修煉。在軒轅十五歲之時，他也開始幫助其父親少典氏處理一些部族中之事。後來廣成子得知後，就要求軒轅白天幫助少典氏治理部落，到了晚上後再來跟自己學道。
於是，軒轅自此以後，白天便處理族中的事務，晚上再去廣成子處學習。軒轅將一切打理得井井有條，使得有熊部落蒸蒸日上。後來少典氏見到如此後，以自己年老，精力體力不足的借口，將族長之位讓與了軒轅。
有熊部落在軒轅的帶領下漸漸地發展壯大起來，附近部族聞他是仙人之徒，更是大賢之人，於是紛紛舉族投入了軒轅的麾下，有熊部落迅速的發展壯大了起來，有熊族也因此成為了一個強大部族，軒轅之名開始在人族中傳開了。
當時的人族田地無邊無際，耕作無數。但因經常不能劃分好乃是誰的土地，常起爭端。軒轅在一番苦思後，遂在神農的基礎上大力發展農耕，同時以步丈畝，以防止爭端的發生，接著將部落裡的土地重新分配，協調勞作，如此有熊部落的糧食大大地增產。在糧食充足的情況下，軒轅又根據所學開始大力訓練軍隊，治軍嚴格，軍隊的實力頓時大大的提高了。
雖然五行島與闡教有些矛盾，但人族因為沒有人皇的情況下，生產力大大降低，無形的影響了人族的發展，人族聖地身為人族的先驅，雖然自身實力高強，保得一方人族平安，可人族畢竟以凡人居多，不可能用仙法治理，現在的聖殿是保守有餘進取不足。
「軒轅雖然乃闡教弟子，但其人有大才，可當人皇之位」一位早期的長老道。
「你難道忘記闡教當初是如何陷害聖父了嗎？」燧人氏氣憤的罵道。
眾長老雖然對人族之事多有爭執，但對聖父的尊敬是發自內心，但眼下隨著人族越來越多，人族的產物鏈已經到了崩潰的連緣，如果還找不到解決的辦法，人族就可能要步巫妖的後塵，因為缺少資源而自相殘殺，燧人氏也知道這種情況，但作為聖父的記名弟子，燧人氏時刻在人族與袁明之間徘徊。
皇天也是猶豫不決，「師傅，人族之事如何解決，請示下」，皇天不得不將此事由師傅定奪。
「軒轅為人皇乃天道所定，然凡事都有一線生機，作為三皇之一的『泰皇』，伴隨著無邊的殺戮，去吧！」軒轅作為曾經的老祖宗有褒有貶，以千萬人族的屍骨證道，袁明雖不喜但其統一人族，結束原始社會建立封建制度，對人族有序發展有大利。
皇天回來後下詔令公孫軒轅來人族聖殿，公孫軒轅收到詔書之後，在廣成子的陪同下一路駕雲朝著南海方向而來，一日之後方才到達。
皇天到門衛的稟報，親自出得聖殿迎接軒轅。只見軒轅身高九尺，雙眉如劍，一雙眼睛炯炯有神，燦若星辰，站在那裡自有一股王者之氣散發而出，期間隱含著淡淡的霸氣。皇天一見，心中歎息：好一個英姿颯爽的人兒！
軒轅見皇天親自來迎，心中一驚，忙跪倒拜道：「有熊族族長公孫軒轅拜見人祖！」廣成子也向神農稽首行禮道：「貧道廣成子見過人皇！」
神農笑呵呵地扶起軒轅，對他道：「軒轅不必多禮！吾聞軒轅乃是人族有德之人，今日終於一見，果然是人中之龍啊！」
軒轅謙虛地說道：「人祖過獎了！軒轅不敢當。」
皇天請兩人進了議事大殿，各自就座之後方對軒轅道：「人族聖殿自管理人族以來，雖戰戰兢兢不敢有絲毫差池，惟恐弱了我人族，但我聖殿畢竟乃人族最終的守護力量，需要有強硬的力量才能護得人族平安，聖殿現對人族事務有心無力，軒轅，你乃德才兼備之人，聖殿欲將共主之位傳與你。」
軒轅聞言忙站起身來道：「軒轅何德何能，豈敢成為共主？」
皇天搖搖頭道：「軒轅，你不必妄自菲薄，你之能吾知，望你以我人族大業為重，莫要推辭！」
軒轅聞言點頭嚴肅地說道：「既是如此。軒轅定不負共主之望！」
軒轅繼位人皇乃聖殿發佈，雖大多部落族長不願，但木已成舟，只能無奈接受，軒轅建高台祭拜天，來到三尊聖像前，跪倒在地，高聲道：「公孫軒轅今日接掌大位，必不辜負教主聖母的期望！天祐我人族！」
下方眾人聞言也高聲說道：「天祐我人族！天祐我人族！天祐我人族！」
不過軒轅的話中未曾提及聖父袁明，讓在場的各族長有了別樣的想法，也為今後人族統一帶來阻力。
廣成子作為闡教首徒，畢竟也有自己的私心，教導軒轅時少有提及袁明，聖父之名雖時從人族聽說，但廣成子以袁明斷聖母與人族因果，教導神農人皇不尊人教教主號令，把持人族政令，讓人族只知有聖父，所以軒轅對袁明多有誤會，才會有今天之事發生。
自此，人族進入了人皇軒轅時代。
且不說這些，當日巫族大部分族中戰力被眾祖巫帶著衝上了天庭，後大戰過後，九鳳大巫帶領族人出去尋找過族人，卻哪裡還有巫族的影子，眼下祖巫盡喪，自己等人再不敢以巫族自居，無奈只好帶著剩下的族人一起，隱姓埋名，自稱九黎部落，和人族混居起來。
經過了千多年來和人族的融合，九黎部落也發展有了上千萬之眾，因為有了巫族血統，九黎部落民風尚武，個個身強力壯，武藝高強，卻不遵教化，性格極是蠻橫，鬥毆乃是常有之事。因此，天皇伏羲與地皇神農教化萬民，卻是沒有能普及到九黎部落。
巫妖大戰中，大巫蚩尤雖如其他巫族一般死後歸於天地。這蚩尤是巫族的一個異數，因其是后土部落的大巫，得到后土的精血之助，雖然沒有突破祖巫之境，但享得后土化輪迴氣運，死後一點兒真靈飄飄蕩蕩來到地府，投入六道輪迴盤中，生於九黎部落。
一日，蚩尤外出打獵，一路直入深山當中，卻沒有獵到任何動物，卻不是因為他打獵不行，平時蚩尤仗著本領高強，所獵之物在族中最多，今日卻一個獵物也沒有看到，蚩尤大奇，不信邪，便往森林深處行去，誓要打到獵物。
正當行走之時，忽然前面一片開朗，只見一把黑色長刀插於土地當中，那刀殺氣甚烈，方圓百丈之內寸草不生，蚩尤想這林中無鳥獸也必定是這把刀的殺氣所致。
蚩尤正想靠近那刀，那刀忽然一陣黑光環繞於體，刀身一陣鳴動，拔地而起，直往蚩尤砍來，蚩尤不趁防備，慌忙躲過，卻也被刀割破了手臂，鮮血濺於刀上，刀身一陣顫抖，由黑轉成血紅色，飛於蚩尤頭頂轉了三圈後，又直落於蚩尤面前。蚩尤心道好險，好在此刀無意間被認主了，不然，小命今天就交代在這兒了。
蚩尤心念一動，那刀卻是直接飛到了蚩尤手中，蚩尤手一接觸那刀身，頓時感覺到一股冰寒氣息直接由刀上向腦海內傳去，腦袋內轟隆作響，片刻後，蚩尤卻是將自己的前世今生全部記起。
原來這刀正是當初蚩尤手中的虎魄刀，因還殘留有蚩尤的執念，所以一見著巫族中人便殺了過來，卻不想被蚩尤無意間認主了，在虎魄刀的刺激下，蚩尤卻是覺醒了血脈，記起了前塵往事。
記起了往年舊事，蚩尤便找到九鳳，述說了發生在自己身上的經過，九鳳也是大喜，這蚩尤血脈覺醒之後，修為暴漲，成就大巫之體，九鳳以前也和蚩尤相識，此時巫族祖巫盡去，只剩幾名大巫，現在多一名蚩尤，當然高興不已，於是九鳳就將九黎部落交給蚩尤管理，自己居於蚩尤之下。
畢竟蚩尤當年可是祖巫之下有數的大巫之一，法力神通在大巫之中堪稱無敵，便是九鳳自己，也自認不如。
蚩尤想要重振巫族當年風光，卻又無甚好方法，如今人族佔據天地主角，又有各教聖人相護，巫族祖巫皆亡，又不是幾教聖人對手，不能行那莽事，蚩尤苦思之下，終於想出一法。以九黎部落為基，統一人族，借人族氣運重興巫族，此乃人族內事，那些聖人也不好直接出手，這樣在巫族現在所剩不多的幾名大巫相助之下，一舉奪得人皇之位，便能再興巫族。
想到這些，蚩尤召來九鳳，對她說了他的想法，九鳳也是大喜，自是無有不應。蚩尤又召集族內修為較高的九九八十一名巫人，根據十二祖巫的十二天都煞神大陣，將八十一名巫人聯合起來，一起練成了玄陰煉魂大陣。
自己親自手握蚩尤魔刀主持陣眼。蚩尤魔刀即是那虎魄刀，如今在蚩尤手中，自然要改過名來。九九寂滅大陣雖不如十二天都煞神大陣那般毀天滅地，但也是威力巨大，殺氣沖天，足可稱得上是曠世無敵，配合起蚩尤手上的蚩尤魔刀施展開來，怕是一般準聖級別者也只有逃命的份。
軒轅在接替人族共主後，一系列惠民政策下來，人族發展更盛；而九黎部落在蚩尤覺醒後，走上了對外擴張的過程。軒轅想將人族政策向九黎部落普及，自己好成為真正意義上的人族共主；而蚩尤視軒轅人族為巫族發展大敵，巫族要再度稱雄洪荒，則必須將軒轅人族打倒。軒轅部落與九黎部落在接壤之地就不可避免的發生了衝突，後來愈演愈烈，大戰一觸即發。