在長崎外港的海戰進行了半個小時後，伊東大將也改變了他的策略，並不是說一開始的在長崎外港大部分的岸防炮射程之外進行防守，而是把第一艦隊的大部分戰艦都躲進了長崎岸防炮的保護之內，所以，在這段時間裡，雙方的戰況竟然還是很激烈，但是，上方受到的損失卻是相當的。
北洋艦隊的第二分艦隊的一艘二級戰列艦在海戰開始後的十多分鐘，幾乎就是日本第一艦隊的「扶桑號」被圍攻的同時，也遭到了厄運。這艘二級戰列艦「靖海號」是一艘帝國剛成立的時候，從德國訂購的二級戰列艦，排水量只有八千噸，主炮的口徑也只有兩百六十毫米。為了能夠讓主炮發揮威力，靖海號脫離了北洋艦隊主體戰列艦編隊左側。
這可以說是一個絕對致命的錯誤，但是，這個錯誤卻並沒有得到糾正，相反，作為臨時司令的鄧世昌看到這種情況後，反而默認了靖海號的行動，因為，如果靖海號一直呆在無畏級戰列艦，一級戰列艦的陣列當中，他的主炮威力就沒有辦法發揮出來。所以，不單靖海號脫離了主題戰列艦編隊，另外的還有兩艘的裝甲巡洋艦也陪同脫離編隊，組成了一個臨時的獨立小編隊。
而這艘第一分艦隊，第二分艦隊中唯一存在一艘二級戰列艦和那兩艘裝甲巡洋艦就遭到了日本第一艦隊的重點照顧。
下午三點零五分，靖海號在日本第一艦隊的重點照顧下，短短的數分鐘之內就被擊中的十多發的炮彈。其實，在這個時代中，只要不是超口徑的主炮直接命中要害部位，就算是被擊中了，也還可以繼續戰鬥。但是。靖海號地命運注定了是悲慘了，因為這個時候，它已經被日本第一艦隊的「金剛號」一級戰列艦的主炮齊射擊中兩發炮彈。這兩發炮彈中，其中一發直接把靖海號地艦橋上層建築摧毀的一點不剩。而當失去了戰艦指揮官的指揮後，剩下的靖海號官兵完全是靠著平時的戰鬥素質來戰鬥。
下午三點十一分，又一發日本一級戰列艦的兩百八十毫米地主炮炮彈擊中了靖海號後面裝甲薄弱部位，直接在靖海號的後部裝甲撕裂開了一個直徑數米的大口子，但是。這並沒有結束，這顆炮彈在穿過了船體表面裝甲厚，一頭扎進船體內部，巨大的爆發直接把靖海好後面部分的內部設備完全摧毀，不但失去了動力，而且，引發的連環彈藥殉爆當中，靖海號庫存的大量彈藥被引爆，最直接的接過就是，靖海號的船體被炸出一的大洞。巨量地海水湧進，靖海號八千多噸的龐然大物只是在海面上支撐了不到五分鐘就開始下沉。而同時，扶桑號也已經沉沒。而這段時間裡，日本第一艦隊又有一艘二級戰艦被大連號的超大口徑主炮擊中，然後開始沉沒。
當海戰進行到下午三點四十分的時候，鄧世昌下達命令。開始撤退。而這個撤退也並不是沒有任何理由的，因為，依靠第一分艦隊，第二分艦隊目前的實力，完全沒有可能在眾多地長崎外港的岸防要塞炮的威脅下消滅日本第一艦隊。何況，現在的日本第一艦隊的實力並不比集中了第一分艦隊，第二分艦隊的北洋艦隊差上多少。
而更加重要的是。現在地鄧世昌的任務不是拼著把艦隊火拚去和日本第一艦隊硬幹，而是在打了一段時間後，就要後撤，因為，在後面的長崎外港不遠的地方，福江島，還有著埋伏著的北洋第三分艦隊。
除去以上的原因為。也是因為。現在的北洋第一分艦隊，第二分艦隊已經遭受到了很大地損失。在一個多小時地海戰對轟當中，除了兩艘的無畏艦佔據了絕對地優勢外，其他的一級戰列艦和其他的巡洋艦，驅逐艦都沒有很明顯的優勢可言。所以，一場大戰下來，第一分艦隊的三艘一級戰列艦當中，已經有兩艘重傷，而另外一艘也是受損，那兩艘重傷的一級戰列艦當中，一艘已經是完全的失去了戰鬥力，因為，他們的主炮基本都已經被摧毀，只剩下動力系統而已。而其他的巡洋艦也是損失慘重，共有五艘的巡洋艦被擊沉，兩艘重傷，而其他的多多少少都有損傷。
而對面的日本第一分艦隊，由於躲在了岸防炮後面，儘管也有損傷，但是卻並不是很大，其中，一級戰列艦扶桑號沉沒，一艘重傷，二級戰列艦沉末一艘，重傷一艘。而其他的巡洋艦則是因為射程不遠，所以，受到的損失比較大。
而目前，兩軍的戰艦對比是，北洋艦隊無畏艦兩艘，以及戰列艦四艘，其中一艘重傷，一艘失去戰鬥力。巡洋艦還有十艘完好無損，兩艘重傷。
日本第一艦隊就是一級戰列艦還存有三艘，二級戰列艦五艘，巡洋艦十三艘。可以說，單單從表面的戰艦兵力對比的話，日本第一艦隊已經佔據了優勢，但是，他們不明白，那兩艘無畏艦並不是普通的一級戰列艦，儘管日本指揮官伊東大將把這兩艘比普通戰列艦要大上很多的戰列艦堪稱了放大版的一級戰列艦。但是，這並沒有影響到他要勝利的決心。
從眼前看來，伊東大將已經看到了勝利的希望，一個日本海軍崛起的希望，一個日本重新崛起的希望。那就是摧毀眼前的這支中國人北洋艦隊的主力，這樣一來，日本帝國海軍就足以和對面的中國海軍想對抗，何況，南面還有強大英國遠東艦隊呢。
所以，當北洋艦隊撤退的時候，伊東大將在他的旗艦：一級戰列艦，排水量達到一萬兩千噸的「大和號」上，下達了追擊的命令。同時，伊東大將也向東京方向發送了中華帝國進攻長崎海港的電報消息。
下午三點五十分，北洋艦隊第一分艦隊，第二分艦隊開始脫離戰鬥，並轉向駛離長崎外港。與此同時，日本第一艦隊中所有能夠戰鬥的戰艦幾乎傾巢而出，前往追擊北洋艦隊，一時間，如果俯視海面的話，就可以看到，一前一後的量子大編隊的海軍艦隊相距了足足有十海里的距離前後追趕。
而這個時候，兩個艦隊的速度幾乎相差無幾，不管是中華帝國的戰艦，還是日本海軍的戰艦，都是這幾年的時候向西方國家訂購的，除去那無畏艦外，其他的艦艇幾乎技術指標都差不多，並沒有多少差別。
而無畏艦的戰鬥力雖然強悍，但是，也由於過後的裝甲，大量的大口徑主炮，使得他用了世界上最為大的動力驅動，速度上，也只有二十節左右而已，這個速度也是其他的普通一級戰列艦的速度。
下午五點三十分，福江島海域，北洋艦隊第三分艦隊內，北洋艦隊總司令林泰曾海軍上將和北洋艦隊第三分艦隊司令方伯謙中將以及一大幫的北洋艦隊參謀高級將領正聚集在第三分艦隊的旗艦，無畏級「濟南號」上的會議室當中，而除去他們外，還有幾個是帝國統帥部高級參謀。
他們是前來觀戰的統帥部代表，同時，他們還帶來了陳冬生的親筆詔書：「眾位帝國海軍的勇士們，現在正是帝國存亡，能不能夠重新崛起於世界之林的時刻。為了帝國，為了帝國海軍的榮譽，朕命令：務必全殲日本第一艦隊。帝國興亡在此一舉，諸君努力！
當那些參謀們念完了陳冬生的親筆詔書外，全體的海軍將領們都一起立正，林泰曾大聲的喊道：「我等務必用心用力，以報效皇上厚望，以興我帝國希望！」
下午六點二十分，濟南號上的水上飛機返回，並且報告，已經發現我軍第一分艦隊和第二分艦隊，以及後面緊緊追趕的日本第一艦隊。按照預測，他們將在十五分鐘後，出現在人們的視線當中。
「全體備戰！」
「諸君，為了帝國的榮譽，為了海軍的榮譽，為了皇上，戰吧！」林泰曾發完最後一個命令後，就登上了濟南號艦橋，他要看著戰局的變化。
同時，第三分艦隊給第一分艦隊，第二分艦隊發去了第三分艦隊已經進入預定海域的無限電報。而第一分艦隊回復說，將按照預定計劃進行。
下午六點三十四，第一分艦隊，第二分艦隊的戰艦的船桅準時的出現在濟南號望員的望遠鏡中。這個時候，第三分艦隊已經做好的作戰準備。