秦漢魏晉南北朝是皇帝制度從初創到逐步完善的時期。在這一時期，皇帝制度的特點主要表現在以下幾個方面
第一，神權被皇權進一步利用。秦統一六國，始皇自稱「賴宗廟之靈」，進而又採用鄒衍」五德之運」的學說，利用天人感應論，「以為周得火德，秦代周，從所不勝，為水德」。自此，五行相剋的學說便成為新王朝取代舊王朝的理論依據，「帝王之興，必俟天命；苟有代謝，非人事也」。漢武帝時，董仲舒發展了儒家的君權神授說，給君權披上了一層神聖而又神秘的外衣。君權與神權的結合，加強了君權不可侵犯的原則。侮君輕君即等於侮神輕神，是理應受到誅滅的。所以，當時一般社會意識，總認為皇帝就是真龍天子，是秉承天命的聖哲，皇帝本人更大力宣揚，凡登上皇帝寶座，便是「奉天承運」，成為皇天上帝授權處理人間政事的最高代表。「王者，父天母地，為天之子也。」「天下乃皇天之天下也。陛下上為皇天子，下為黎庶父母，為天牧養元元」。這些帝王總是有「龍德在田，奇表見異」，他們奪得皇帝寶座又是「斯乃非止人謀，抑亦天之所贊也」等等。這一切說教都是為了論證皇帝權力理應獨尊無二，皇帝理應成為天下的「至尊」，皇帝之上除了有一個虛無飄渺而又人格化的「天」以外，再不容許有敢於超越或干擾其權力的任何事物存在了。
第二，為維護皇帝的尊嚴，禮樂制度被進一步強化利用。秦統一後，一些儒生勸說秦始皇用古禮，「始皇以其難施用，由此黜儒生」，他「焚書坑儒」，禁止民間私學，「若有欲學法令者，以吏為師」。秦始皇的方針是簡化古禮，強調法制，他僅採納了一些簡便易行之禮，並以嚴刑峻法作為主要的統治手段。秦不旋蹱而覆亡，一度出現法滅禮壞的混亂局面。至劉邦稱帝時，「群臣飲爭功，醉或妄呼，拔劍擊柱」，劉邦亦無可奈何。他逐漸意識到禮儀秩序對於鞏固本身統治的重要意義，於是令著名儒生叔孫通率其諸弟子共定朝儀，「采古禮與秦儀雜就之」。經過幾個月的努力，在公元前200年，值長樂宮新建成，諸侯群臣朝賀之際，開始實行朝賀大禮。「先平明，謁者洽禮，以次引人殿門，陳東、西鄉。衛官挾陛及羅立廷中，皆執兵，張旗幟。於是皇帝傳警，輦出房，引諸侯王以下至吏六百石，以次奉賀，莫不振恐肅敬。至禮畢，復置法酒，諸侍坐殿上，皆伏，抑首；以尊卑次起上壽。觴九行，謁者言『罷酒』，御史執法舉不如儀者，輒引去。竟朝置酒，無敢讙嘩失禮者。」在莊嚴肅穆的大禮下，劉邦深有感觸地說「吾乃今日知為皇帝之貴也」。自此以後，統治者大力加強禮的建設，使禮成為維持社會和政治秩序，鞏固等級制度，調整人與人之間的各種社會關係及權利義務的規範和準則，以禮入政、入法，提倡「禮本刑輔」，並不斷加以完善；同時，他們還推行儒家禮治的理論，宣揚「君為臣綱，父為子綱，夫為妻綱」的「三綱」和「仁義禮智信」的「五常」，確立皇帝至高無上的地位和尊卑上下等級關係，使之成為指導立法、司法、行政的基本原則。
第三，皇權是在排除來自各方面的侵擾之後得以鞏固的，它經歷了與各方面政治勢力的較量和鬥爭。首先，宗法血緣關係一度仍被作為維護皇權的主要支柱。秦始皇罷封建設郡縣，削弱宗族勢力，西漢初，卻從反面接受教訓，「懲秦孤立而亡，欲大封同姓以填撫天下」。這種以皇帝的叔伯兄弟子侄封王封侯，以宗法關係維護和中央皇權的方法，一度又得到恢復。但實踐證明，這些劉氏侯王並未以宗法為重，他們一旦裂土封疆，隨著封地經濟政治軍事力量的膨脹，有人便居然覬覦帝位，企圖染指皇位和皇權，甚至興兵作亂，諸王互相火並、告狀的現象，更是相繼發生。這不僅直接威脅到皇權，而且也給社會帶來動亂。因此，皇帝只得再一次以郡縣制代替宗藩制。其次，由皇后妃嬪的兄弟子侄們構成的外戚以及由皇帝左右近幸侍從和宦官組成的集團，也往往乘隙竊據權柄。尤其是在皇帝幼小、昏庸，女主當權時，更易於得逞。他們專橫跋扈，視皇帝為傀儡，專制弄權，直接威脅到皇權的存在，也給社會帶來動亂。當矛盾激化到不可能調和時，皇帝或者是利用其他政治勢力將他們剷除，或者是屈辱俯伏於他們的權威之下。再者，幫助皇帝打天下和治天下的功勳集團，已經上升為統治集團的中堅。其成員身居顯位，掌有實權，往往又是累世公卿，有很大的政治潛在勢力。他們在地方上擁有大量土地財產，形成世族豪強勢力。皇帝不得不依靠他們，同時又必須時刻防備他們對皇權的侵犯。秦漢至魏晉，皇權與勳貴集團既互相依賴又互相戒備，有時激發為誅戮功臣或兵變政變。魏晉南北朝的政權更替，大都是由於這些勳貴世族勢力的顛覆而造成的。
皇帝制度中一切規定和程序都是為了保證皇帝暢行無阻地行使權力。皇帝的意志就是最高的法律。皇帝個人的才智素質，有時能夠決定一代政局是否穩定。因此，研究中國古代的皇帝制度，絕不能離開當時的歷史條件、形勢以及個人的特點。