西方的煉金術，起源於公元一世紀的亞歷山大城。這座以亞歷山大大帝之名命名的城，位於埃及尼羅河入海口，是個繁華的城市，有很多民族雜居在一起。
埃及人的冶金技術很發達（比中國都早哦），這是煉金術產生的基本條件。不過埃及工匠們都很實際，雖然也會偷偷往黃金裡摻點黃銅，以次充好，賺點不義之財，但還沒有直接把黃銅變成黃金的妄想。希臘人在與埃及人的交往中發現了這一點，再加上希臘人的哲學思想中原本就有關於金屬轉變為黃金的理論，於是，煉金術產生了，只是單純的想把普通金屬變為黃金，還真是實際啊。
煉金術的基本思想是亞里士多德的四元素學說（地水火風），各種元素之間可以相互轉換，不完善的金屬（銅、鐵）終究會轉變為完善的金屬（金），煉金術就是要讓這個轉變的過程加速。
順便說一句，這個四元素學說在西方相當有基礎，很多傳說都是用這個學說來解釋世界的組成的，《瑪麗/艾莉》中的物品也是按照這個來分類的。
前面說過，這個亞歷山大城是個多民族雜居的地方，當然不僅僅是埃及人和希臘人在做煉金術士，各個民族的人都拿出他們的神話來為煉金術盡一份力。
結果煉金先得祭天求神，唸咒驅鬼，還要符合神秘的儀式，總之是玄之又玄，一個不注意就會失敗。其實呢，那時候煉金的基本方法就是把普通金屬混合熔煉，得到黑色合金，再加入水銀讓它轉白，再用硫化鈣溶液讓它變黃，再洗乾淨就行了。
這樣煉金術煉出的黃金，當然也並不是真金，大量製造之後，終究會引起市場混亂。這時的亞歷山大城隸屬於羅馬帝國，這個注重軍事的帝國對經濟和知識不怎麼重視。公元四世紀，羅馬皇帝整頓金融市場，煉金術由於製造了大量偽金而被取締了。
不過，有一部分煉金術的書籍被景教的信仰者帶到了中東。
景教是基督教的支派，既肯定神性也肯定人性，所以認為世俗的文化技術是有益的，甚至是上帝故意安排的，可以與神學共存。當時羅馬的國教是正統的基督教，不能容忍這種寬容的思想，對景教十分排斥。
於是景教東遷到波斯。波斯的官方宗教是拜火教，不過對其它宗教也很寬容，景教教徒憑借他們的醫學技術得到波斯貴族的，終於可以安下心來研究，煉金術又有了一點復興的跡象。
結果戰亂發生，阿拉伯人入侵。
八世紀初，阿拉伯人建立了以波斯為中心的大帝國。阿拉伯人本身的文化十分落後，但對於接觸到的先進文化就要全盤吸收，不過要翻譯成阿拉伯文。那時候的阿拉伯帝國統治者，非常重視希臘人哲學著作的翻譯，據說當時做翻譯的報酬是與譯稿等重量的黃金。不過造紙術也是在那個時候傳入阿拉伯的，如果是用紙寫的譯稿可就虧多了，呵呵……
到了九世紀，阿拉伯社會繁榮昌盛，豐衣足食，煉金術也進入了鼎盛時期。
阿拉伯的煉金家中，扎比爾是最出名的。這個人在活著的時候沒有受到重視，在他死後，街道修建時，人們發現了他做實驗的地下室，裡面有大量煉金器具，還有一大塊黃金。於是人們認為他掌握了真正的煉金術，他的著作成了暢銷書，以至於後來有很多煉金術的書籍都假托扎比爾之名。
在八世紀的時候，阿拉伯煉金術中就出現了一個新詞語——丹藥，是指一種點人長生、點鐵成金的物質，顯然是來自中國的煉丹術。在這之前西方的煉金術還只是以煉製黃金為目的。
那時候的中國，正是盛唐時期，西域胡商往來頻繁，煉丹的思想，也被他們傳播到了阿拉伯。與西方不同，中國有足夠多的成仙故事，所以中國煉金術士一開始就是以煉丹成仙為目的的，至於煉藥治病，只是副業而已，如果要煉金發財，那更是俗念，至於煉偽金髮橫財，簡直是天誅地滅，禍及子孫的。
很多宗教都有神仙傳說，但似乎只有道教相信普通人也可以通過修煉長生不老，變成神仙，所以也只有道教才有那句極有氣勢的「我命由我不由天」。
這樣阿拉伯的煉金術中也有了煉藥治病的內容，而且阿拉伯的煉金術士們還大膽猜測丹藥可以點鐵成金，點人成仙，說不定也能點物**。基督教不是說人類是上帝用泥土做的嗎？希臘傳說中也有用神水做的神像可以變活，所以，人造生命也是有可能實現的。
《煉金術士艾莉》中也有人造生命法，比如愛賽爾的人造人，還有艾莉的木雞，好像還有「活生生掃帚」也該屬於這一類。
十一世紀，阿拉伯煉金術度過了鼎盛時期，開始走下坡路。因為這時的阿拉伯帝國開始變得腐敗奢靡，經濟衰退，又有外族入侵，煉金術這種需要花費大量金錢和實踐的研究性工作，是沒辦法在這種動盪的社會中進行的。
這時候的西歐社會，經過數百年的黑暗，文化水平遠低於東方，基督教會把內戰的禍水引向他國，發起了十字軍東征。他們被東方燦爛的文化震驚，尤其是當他們發現阿拉伯文化其實是以自己的祖先古希臘文化為基礎的時候，長期以武為榮，忽視學習的西歐人忽然感到對知識的渴求。
於是煉金術又傳入西歐。
十三世紀中葉，幾位意大利醫生根據阿拉伯煉金術士的方法，從葡萄酒中提取出一種「能夠燃燒的水」，其實就是酒精。阿拉伯人雖然能製造，但由於伊斯蘭教是禁酒的，所以對他們來說沒有什麼用處。但是對於西歐人，卻是非常新鮮的東西，由於飲用之後令人有飄飄欲仙的感覺（大概之前的葡萄酒都沒有讓人醉得這麼厲害），人們以為這就是傳說中的「生命之水」，煉金術掀起了熱潮。
西歐沒有「肉身不朽」的神仙說，所以他們對「長生不老」的興趣遠不如對「點鐵成金」的興趣大。西方的煉金術士稱丹藥為「哲人石」（hilosophｅr『sStoｅ）。煉金術士認為金是完美的金屬，其他金屬都是有缺陷的，而聖人的石頭是能夠治療疾病的，當然也能治療有缺陷的金屬，讓它們變成完美的黃金。
當時的皇帝和教會，對煉金術十分，畢竟是個發財的好手段啊。西方煉金術進入鼎盛時期。
《煉金術士瑪麗》中，瑪麗的最好成績，就是做出令英格麗老師大吃一驚的賢者之石，當時我還以為這賢者之石不定有多麼聖賢的作用呢，但是遊戲到此結束了。在《煉金術士艾莉》中，才說明這賢者之石只是點金石而已，而且，那個靠點金石發大財的結局，也並不能算一個好結局。而《哈利#83;波特與魔法石》中的魔法石，也是指這種點金石，同時還具有令人長生不老的功能，對於黑巫師來說，還是這種功能更重要。
可是，這個哲人石到底是什麼物質呢？據說是一種紅色的石頭，大概是其中有汞元素吧，但是它的煉製方法十分神秘，當然不可能流傳於世了。
總之，煉金術們的努力工作，取得了很多成就。他們深入探求物質的組成原理，並且力圖用實驗來驗證。煉金術向科學靠近的傾向，使教會十分不安，畢竟這種思想是會危及到對上帝的信仰。
於是煉金術成了「妖術」，畢竟煉金術也有一條煉偽金的小辮子抓在人家手裡。
十四、十五世紀，是教會統治的黑暗時期。
直到十六世紀文藝復興，宗教的禁錮被打開，科學技術都有新的發展，古老的煉金術幸運地遇到了一位奇人——帕拉塞爾蘇斯。他是個醫生，但是性格狂放，到處都找不到固定的工作。他給了煉金術一個新的定義不只是煉金，只要是煉製純淨的物質或者有益的產品，都是煉金術。這下子，礦工、藥劑師、甚至廚師都可算是煉金術士了。
由於帕拉塞爾蘇斯是個醫生，他認為煉金術的主要工作應該是煉藥，而且，他把煉金術的地水火風四元素理論，改為硫汞鹽三元素，其中硫代表可燃的氣體，汞代表流動的液體，鹽則代表堅固不腐的固體。這個八成是來自中國的煉丹術，在中國煉丹術中，硫和汞歷來被稱為陰陽大藥，是煉丹的基礎。只是帕拉塞爾蘇斯在其中又加入鹽元素，可以更加完美的解釋化學反應。
根據這個理論，人體生病是因為體內的三元素失去平衡，需要用礦物藥品來調和。在這之前，醫學界盛行的是體液平衡理論，藥品以「液體」豐富的動植物為主。帕拉塞爾蘇斯的理論使醫生開始以礦物藥為主，這是醫藥化學的開端。
帕拉塞爾蘇斯學派的醫生們開始嘗試各種從礦物中煉製的新藥，當然也免不了很多失敗，治死不少人，以至於被傳統學派的醫生叫做殺人的醫生兵團、造毒藥的惡魔。
不過帕拉塞爾蘇斯學派的醫生們漸漸掌握了各種礦石藥的藥性，由於他們拋棄了傳統的「萬靈藥」觀點，採用對症下藥的方法，終究還是不斷克服了各種疾病。
十七世紀，他們的稱呼由煉金術士（ａlhｅｍist）變為化學家（hｅｍist），煉金術（ａlhｅｍy）也變成了化學（hｅｍistry）。所以，現代化學中的很多符號，其實都是起源於煉金術的，比如化學方程式中用於表示加熱的那個三角形，就是煉金術中表示火的符號，同樣還有一個向下的三角形，是表示水的。
當然由煉金術到化學的轉變也不是一下子完成的，這期間有無數的學者研究、推測、驗證。總之，終於，神秘莫測的煉金術變成了井井有條的化學。