北伐軍攻佔長沙，奮戰武漢，吳佩孚苦撐待援，孫傳芳卻按兵不動，坐觀成敗。他以五省聯軍總司令的身份，指揮江蘇、浙江、福建、安徽、江西五省，他的錦囊妙計是等待革命軍和吳佩孚軍兩敗俱傷，他則以逸待勞，以靜制動。
國民革命軍北伐本是兩路進軍，一路出湖南入湖北；一路經江西入江蘇和浙江。當革命軍揚威兩湖時，孫傳芳乃以大軍增援江西，企圖分路向湘、鄂邊境進侵，並將江西總司令鄧如琢所部分為六路：第一路唐福山、張鳳歧兩部集中萍鄉、宜春進犯株州、醴陵；第二路蔣鎮臣部集中永新、蓮花進犯榮陵、攸縣；第三路謝文炳、陳修爵兩路，謝部集中萬載，陳部集中寧岡；第四路劉寶題集中宜春、撫州一帶為總預備隊；第五路楊如軒、楊池生部集中新城、大-，進犯南雄；第六路賴世璜部偕同閩軍進犯東江。
15年8月孫傳芳頒發援贛計劃，以皖軍第三混成旅王普部為第一軍，以蘇軍鄭俊彥部為第二軍，謝鴻勳部為第三軍，浙軍周鳳歧部為第四軍，皖軍劉鳳圖部為第五軍，並以浙江總司令盧香亭為援贛軍總司令。9月1日孫聯帥抵贛親自指揮軍事。
江西的賴世璜部在孫中山第一次北伐時，曾隨同由粵入贛，本為革命部隊。國民政府這次出師北伐時，乃派熊式輝赴江西策反賴世璜，宣達三民主義。熊式輝是江西安義人，保定軍官學校畢業，曾在日本陸軍大學畢業，是一位謀略家，他銜命赴贛，只身前往，15年7月底行抵筠門嶺，備受歡迎，他以扼要、簡明和有力的辭句說服當地駐軍參加革命，為三民主義而奮鬥。8月初熊續往瑞金會晤賴世璜，賴在熊的剴切說服後，欣然願意投效革命軍，改編為國民革命軍第一軍獨立第一師，仍由賴為師長，熊式輝為師部黨代表。賴投效革命，接受國民革命軍番號沒有公開，因為這時候孫傳芳已命令福建督理周蔭人以重兵集結汀州、龍巖、上杭、永定、和平等地，賴氏如有異動，將腹背受敵，同時由於賴在表面上仍接受孫傳芳和江西督理鄧如琢的指揮，因此孫方的作戰計劃大體可以獲知，賴以此轉報駐軍汕頭的何應欽。
當北伐軍向湘、鄂進攻時，為了保障其右側背的安全，以及為了將來的進展容易，所以令國民革命軍第三軍軍長朱培德兼右翼指揮，迨賴世璜正式宣佈起義後，即被委為第十四軍軍長，熊式輝亦升任軍部的黨代表。
8月22日孫傳芳的援軍先頭部隊已在九江登陸，向贛西推進，所以革命軍為了制敵機先，決定乘孫傳芳的援軍未集中完畢前，主動地採取攻勢。
9月3日革命軍在李濟琛指揮下進攻贛州，由於賴世璜起義，近水樓台，遂於9月6日佔領贛州，楊如軒、楊池生兩部狼狽逃竄。右翼軍在朱培德指揮下亦於6日佔領萍鄉，10日佔領宜春城，18日攻克高安。
革命軍第六軍程潛部於9月10日攻克高安，即向南昌前進，19日午後程潛親率十九師襲占南昌，由於輕敵冒險，其他各軍事前未有協同，孤軍深入，孫傳芳軍自南潯路及樟樹兩方面積極增援反攻，程潛軍力單薄，眾寡懸殊，被迫退出南昌。
北伐軍認為江西南昌的會戰關係北伐全局，所以蔣中正由湘、鄂前線折回長沙，轉道入贛，親自督師。15年9月19日，他進抵萍鄉，26日進駐新喻。由於孫傳芳的援贛大軍雲集九江，似有西出鄂境擾襲革命軍側背的企圖，北伐軍乃抽調第七軍李宗仁部集中大冶、陽新準備進攻九紅。
孫傳芳已由蘇、浙、皖三省大集援軍，編成五個方面軍和一個總預備隊。
以鄧如琢部編成第一方面軍，下轄唐福山、張鳳歧、蔣鎮臣、謝文炳、楊如軒、楊池生、陳修爵、劉寶題等部，擔任樟樹以南至吉安地區之作戰。
以鄭俊彥為基幹，編成第二方面軍，下轄李彥清、彭德銓、李良臣、楊賡和、梁鴻恩等部擔任南潯路南段樂化、南昌地區之作戰。
以盧香亭所部為基幹編成第三方面軍，下轄謝鴻勳、楊震東、劉士林、崔錦-、李俊義等部，擔任南潯中段德安、塗家埠、武寧地區之作戰。
以周蔭人所部編成第四方面軍，在閩粵邊境及贛南方面與北伐軍對峙。
以陳調元所部編成第五方面軍，下轄王普、劉鳳圖、畢化東等部，在贛北瑞昌及鄂東武穴、富池口、石炭窯一帶活動。
以周鳳歧部為總預備隊下轄斯烈、陳光組兩旅，駐守九江、湖口地區策應。
孫傳芳自己則在九江口外的江新輪上坐鎮指揮。
9月24日由熊式輝所率領的十四軍兩個團先克泰和，再克吉安，27日攻佔吉水，其他各軍協同前進，29日魯滌平部進駐峽江。
9月26日李宗仁率夏威、胡宗鐸兩路軍向瑞昌推進，29日向德安進攻，截斷南潯路，30日攻克箬溪。
9月30日蔣中正進駐清江，10月2日攻佔新淦城。同時在南昌方面萬壽宮地區激戰激烈。蔣中正再移駐高安，對南昌方面親臨前線督戰，10月3日攻克德安，並對南昌形成包圍。
孫傳芳下令縮短防線，退守南昌，以重兵扼守牛行車站，構築強固的工事，10月6日起至10日，南昌攻防戰進行慘烈，而德安城和永修城也在孫軍反攻後失陷。
孫傳芳一直駐在九江招商碼頭江新輪上，他本定10月1日返回南京，因為江西戰況緊張，孫的部下均要求孫暫緩啟程，孫本人頗為猶豫，但下令集中兵力死守南昌。
堅守南昌的孫軍是鄧如琢的部下張鳳歧、岳思寅、唐福山等部隊6000人。而謝文炳、陳修爵兩部則在東鄉、廣信；蔣鎮臣、楊如軒、楊池生等部則在進賢，以與南昌守軍互相呼應。由於孫軍主力在南潯路，而革命軍在南昌的圍城戰未能奏功，各軍事先未能密切協商，只是單獨作戰，因此一直不能殲滅孫軍主力，10月16日晨北伐軍在魯滌平指揮下乃從南昌撤圍。
江西督理鄧如琢所部在贛州、樟樹一帶遭擊潰，鄧本人則於樟樹棄守時通電下野，其殘部由蔣鎮臣以前敵總指揮名義收容作戰，但士氣低落，戰鬥力遠非昔比。
革命軍自南昌撤圍後，集中兵力準備先殲滅南潯路的孫軍主力。孫部援贛部隊3．5萬人全部集中南潯路，自牛行至樂化為孫部第二方面軍主力，塗家埠至永修、德安一帶則為孫部第三方面軍主力及第六方面軍一部，馬回嶺至九江一帶則為孫部的總預備隊。孫部第五方面軍則在瑞昌、陽新、武穴、田家鎮方面策應南潯路方面之作戰。在撫州、進賢、東鄉方面的孫軍蔣鎮臣、楊池生、楊如軒、謝文炳、陳修爵等部雖經戰敗，仍保有1．3萬餘人。
孫傳芳現在也開始了惡運，江西的戰況不利，他欲行不能，革命軍在武漢方面已攻佔了武昌城，北伐左翼軍已進逼沙市，福建的周蔭人部則被北伐東路軍阻於永定、鬆口；江蘇的白寶山和浙江的夏超宣佈了獨立，不受孫傳芳節制，現在孫傳芳的處境比吳佩孚也好不到哪裡了。
北伐軍鑒於江西戰局關係北伐前途，而肅清江西的孫軍則在於對南潯路總攻擊，以期一舉擊潰孫軍的主力。10月28日蔣中正在高安行營親自下達總攻擊令，並頒布作戰命令云：
「我軍自出師以來，與賊鏖戰於湘、鄂、贛之間者，三月於茲，吳佩孚軍閥所部已被我殲滅，孫傳芳軍閥之主力亦已被我擊潰，革命力量日益擴大，民眾痛苦逐漸減除，因為先總理呵護之靈，實亦我將士奮鬥之績。風聲所播，慶慰同殷。且我前敵官兵，輾轉應戰，艱苦備嘗，甚至衣被不完，-粥不繼，乃能深明大義，益勵堅貞，奮勇圖功，殺敵致果，此本總司令尤深嘉念者也。邇來國內軍閥冀圖苟延殘喘，遂合力以謀我，復勾結帝國主義者陰相援助，狡焉思逞，日甚一日。孫傳芳尤為軍閥現時重心，黨國前途之障礙。故我軍此次總攻擊，務將孫賊勢力迅速撲滅，使軍閥餘孽不至蔓延，即帝國主義者亦必震懾而不敢發，則時局方可成功。凡我革命軍人，須知我不殺賊，賊必殺我，寧為玉碎，毋為瓦全，能抱最後之犧牲，方能博得最後之勝利，若縱寇長亂，功敗垂成，不獨貽羞天下，死且無葬身之地矣。懍之！勉之！此令。」
10月28日革命軍在江西總攻擊，迄11月6日，在南潯路的孫軍主力全被擊潰。
孫傳芳於11月2日乘艦離九江返吳淞。其部隊已潰不成軍，僅有殘留在南昌牛行車站及瀛上一帶的鄭俊彥部憑工事負隅頑抗，還有蔣鎮臣、唐福山、張鳳歧、岳思寅等殘部固守南昌城和郊區。
11月3日南昌攻城開始，革命軍士氣如虹，前仆後繼，白崇禧率軍將蘇軍及唐福山兩殘部在滁槎附近完全繳械，又在馬口圩附近俘虜李彥清、王良田以下官兵1．5萬餘名及械彈無數。革命軍右縱隊則將南昌城外蔣鎮臣部6000餘人繳械，南昌城內守軍唐福山、張鳳歧、岳思寅部及蘇軍共3000人豎白旗投降。革命軍遂於11月7日佔領南昌城，9日蔣中正進駐南昌，分兵規復瑞昌、九江、湖口、武穴。
革命軍在進攻南昌時是採取孤立包圍，斷絕其外援，同時以主力擊潰南潯路孫軍的主力，最後迫南昌城內守軍投降，比起對武昌戰役的攻堅，損失少而戰果大。
革命軍在江西的空前勝利，對於孫傳芳而言，打擊非常慘重。
福建方面對革命軍一直是很大的威脅，因為由福建進軍粵東，從前陳炯明就是取這一條路，而福建是孫傳芳的勢力，當革命軍在江西和孫傳芳軍大戰時，福建的周蔭人集中主力據守閩粵邊境，對北伐軍構成了很大的威脅。
周蔭人的力量說小不小，也有六七萬人，周以十二師師長兼福建督理。當孫傳芳在江西作戰不利時，即一再責令周蔭人迅速率師進襲粵東，以牽制革命軍。15年9月下旬周部張毅、劉俊、李寶珩、孫雲峰、李鳳翔分向饒平、大埔、峰市、蕉嶺前進，周本人亦由龍巖進駐永定督師。
陳炯明在廣東東江一帶還有餘黨，無日不思再起，周蔭人開始進迫粵東時，亦暗中接濟陳部械彈，令其擾亂革命軍後方。
蔣中正在北伐之初，即決定派第一軍軍長何應欽率三師戍守潮、梅，以防守福建的北軍，並秘密派員入閩連絡周蔭人的部下，同時搜集情報，所以對於福建情況瞭若指掌。
周部向粵東移後，蔣中正認為粵東兵力周眾何寡，實力懸殊，因此迭電何應欽，責令其採取守勢。何應欽認為轄區地廣兵單，若處處設防，勢將處處薄弱，且對周蔭人部隊的弱點非常瞭解，周部多數是北方人，不善於行山路，多以草鞋套布鞋，行動困難，每天行20餘公里，即感疲勞，而閩、粵邊區地形複雜，山地太多，對周部士兵極為不便。周蔭人在福建竭力搜刮，福建人恨之入骨，各部隊之間同床異夢，互不相助，而福建民軍蜂起，可以牽制周的後方，所以何應欽認為革命軍如能集中兵力擊破周蔭人的主力第三軍，福建不難平定。
蔣中正接到何應欽條陳，立即接受何的建議，令何率師入閩，擊破周軍，平定福建。何受令後以大敵當前，而潮、惠一帶又有陳炯明的殘餘，乃以中央軍校潮州分校教育長王繩祖為潮州衛戍司令，並令率全校學生400餘人協同代理潮、梅警備司令何輯五擔任潮汕後防。閩省國民黨人更組織閩省參謀團，推宋淵源為臨時主任，領導各路民軍及聯絡海軍在閩響應。何應欽則由汕頭赴高坡指揮一切，9月30日到三河壩，10月9日到左弼，以第三師奇襲永定，10日下午攻入永定城，俘虜城內周軍和周蔭人司令部人員，周本人率衛隊十餘人在當日下午4時倉皇越城逃逸。同日第十四師肅清蘆壩的周軍。於是何應欽乃率部經峰市迂迴鬆口，11日佔領峰市，12日渡河進攻鬆口，分三面圍攻鬆口，當晚何應飲進駐鬆口圩，這場戰鬥俘獲周部支隊長李寶珩及團、營、連長以下官佐50餘名、士兵4000餘人，繳獲步槍4000餘支，炮十餘門。
周部第二軍李鳳翔部曹萬順、杜起雲兩旅於10月8日在蕉嶺起義，投效革命軍，受編為國民革命軍第十七軍，由曹萬順為軍長兼第一師師長，杜起雲為第二師師長。何應欽並命該軍以一部留駐巖前，主力進駐中都，另一部挺進上杭。
當何軍克復鬆口時，正是革命軍在江西大捷，蔣中正已進駐南昌，自大江南北進軍東南，乃派何應欽為國民革命軍東路總指揮。上杭收復後何軍即向汀洲進擊，10月29日完全佔領汀洲，繳獲步槍500餘枝，機槍三挺，炮五門。10月24日進佔漳州，11月7日進佔南靖，11月20日到達同安，12月7日攻克福州，俘虜萬餘人。周蔭人在閩殘部由其旅長李生春收容，投效革命軍，何應欽令其歸入第十七軍。
周蔭人殘部向浙江溫、台逃竄，企圖與孫傳芳在浙各部聯合，這時浙江的陳儀已通電響應革命軍，但該軍遠在紹興、甬江一帶，兵力分散，前後受敵，乃放棄紹、甬分兩路南下，迎擊周蔭人竄浙之部隊。
16年1月上旬陳儀部與周軍接觸，即跟蹤迫進臨海，何應欽乃派十七軍由閩入浙協同夾擊周軍。
李生春雖在福州投效革命軍，可是自周部竄入浙境，李生春即不聽指揮，何應欽派其入浙作戰，他由福州出發，經古田至建甌，抗命不行，要求補發周蔭人時代的欠餉。3月2日何應欽至延平，即命第二路指揮官馮軼裴率部將李生春繳械，而福建全省遂入革命軍掌握中了。
福建的平定，何應欽的戰略戰術都運用得非常靈活，且對於敵情，瞭解透徹，所以能轉守為攻，先發制人，以弱勝強，大獲全勝。