13年9月15日，奉軍向朝陽方面進迫，9月下旬山海關方面有空戰，前線發生接觸。
北京方面獲悉奉軍入關，軍情緊急，即電召直系巨頭吳佩孚趕速率部入京。
吳佩孚自11年7月由北京遄返洛陽後，即專意練兵，獨樹一格，不願和曹錕左右同流合污。他在洛陽修建繼光樓以款接天下士，並在樓上親題一聯：
得志當為天下雨；
論交須有古人風。
其時天下名士奔走於洛陽道上，張謇、章炳麟、康有為都是門下客。12年4月22日（陰曆三月初七）吳佩孚五十壽辰，各方顯要到洛陽慶賀的，達七八百人，康有為手撰著名的壽聯是：
牧野鷹揚，百歲功名才半紀；
洛陽虎視，八方風雨會中州。
這時是吳一身鼎盛之際，當曹錕賄選前，曹之嬖倖李彥青副官長曾來洛陽，向吳遊說。吳平素最鄙視李，見李時即斥責說：「老帥需要你照料，你來此何為？趕快回去，已替你安排好了車輛，快回去吧。」
曹錕就任總統後，吳和曹的左右感情日惡，決心在洛陽埋首練兵，先後設幼軍兵團、學兵團、講武堂軍官講習所、鐵甲車隊，並擴大鞏縣兵工廠，經常調訓所部官兵。
這時，吳的直屬軍隊共為五師一混成旅，自兼第三師師長駐洛陽，第八師師長王汝勤駐宜昌，第廿師師長閻治堂駐潼關，第十四師師長靳雲鶚駐信陽，第二十四師師長楊清臣駐開封，陝軍第一師師長胡景翼駐順德，第二十六師師長田維勤駐河南。此外還有若干獨立團合計兵力10餘萬人，飛機30餘架，尚有由溫樹德指揮的渤海艦隊，轄兩艘巡洋艦海圻、海琛，兩艘驅逐艦肇和、豫章，三艘炮艦永翔、同安、楚豫，總噸數1．3萬餘噸。
吳佩孚待部屬以嚴著稱，吳五旬壽誕時，曾禁止部屬入洛陽，並在各報刊有「謝入洛賓客啟」。吳的部下很怕這位秀才大帥，所以對祝壽又想來，又不敢來。河南督軍張福來地近咫尺，又和吳有金蘭之好，自覺萬無不來之理，當吳見到張，立即厲聲說：「你來幹嗎？」張畢恭畢敬地回答說：「為大帥祝壽。」吳說：「怎麼？你沒有見到我的電報？有功夫拜壽，何不去約束一下你的兄弟，你的兄弟比趙前督的兄弟好不了多少。」這時在吳座上還有河南各界代表，張福來不覺愧汗如雨。吳又提出逐四凶、除八怪。這所謂的四凶八怪，都是張手下的紅人，包括張的兄弟及督署參謀長、秘書長、軍需處長等。
張福來受了這一場呵責，丟人可丟大了，回到開封後，一肚子怨氣都出在那些人身上，把他們一律革職，並電報呈稱：
「以後用人行政，事事稟命而行。」
河南督軍本是「河南王」，可是自從吳佩孚駐節洛陽後，河南王變成了矮屋下的小媳婦，趙倜任督軍時畏吳如虎，馮玉祥任督軍時也深感榻側有虎為患，張福來是吳的直屬部下，吳對張更不客氣，親而不尊，常對人說：「子衡（張福來字）為人老實，我不能不好好監督他。」
吳素以關羽自況，在當時自然受到中外注視，想不到這位「關夫子」竟惹起外國小姐眷戀。有一位德國小姐露娜從北京到洛陽，抱著崇拜英雄心理，由她的親戚德國外交官寫了一封信，不遠千里而來見吳。吳正襟危坐接見了她，這位露娜小姐返北京後竟寄來一封求婚的信，一開頭就很乾脆地說：「吳將軍：我愛你，你也愛嗎？」這封信讓翻譯的人員大傷腦筋，不敢譯給大帥，乃請示郭秘書長（其時郭還未死），郭笑著說：「翻譯總要的，你們無權扣留大帥的情書。」譯員只好硬著頭皮呈了上去，見吳並未發怒，且面帶笑容，才放下了心。不過吳並沒有回信，露娜小姐不死心，一連來了好幾封信，回德國後仍還不斷來信。糾纏了兩年之久。
吳的正室李夫人，在湘軍援鄂時去世，吳一直沒有續娶之念，如夫人張佩蘭亦未扶正。自從鬧出德國小姐求婚的風潮後，張夫人便吵著要扶正，為了這樁事，吳還到山東蓬萊把吳家李家的族長請來洛陽開了一次聯席會議，這些老頭子都不贊成，搞得很不愉快。最後張夫人終於扶正。
13年1月28日，北京內閣總理孫寶琦移樽就教，親來洛陽訪吳，吳執弟子禮甚恭。
當吳極盛時代，在直系內部樹敵也是很多的，不只是曹錕左右，就是直系大將也和吳貌合神離。曹錕賄選前後，反直的國內派系曾組織三角同盟，前面已提到就是孫、段、張。而在直系內部亦有小三角聯盟反吳佩孚，觀察家如此說：「直系以外有三角聯盟，直系以內亦有小三角聯盟，小三角聯盟是以同盟罷工為逼曹去吳之手段。」
吳志在以武力統一中國，為了軍事行動，必須先求戰時指揮之統一，乃制定以師為單位，凡巡閱使、督軍之兼任師長者應解除師長一職。民國初年軍閥們不管官做到多大，絕對不放棄兵權，當時師是最大的軍隊編制，大軍閥們總是身兼師長。吳佩孚、齊燮元都是師長而兼巡閱使，其他多是師長而兼督軍。軍閥們心理很矛盾，一方面拚命往上爬，一方面又死守住師長位子不讓，大家都知道，沒有兵的話，巡閱使也好，督軍也好，都是空的，爬得愈高，會跌得愈重。
吳佩孚想統一軍權，就想削藩。他自己首先倡導，呈請辭去第三師師長兼職；曹錕卻不答應，曹說：「第三師是北洋正統，非老弟莫屬。」吳對曹仍極恭順，曹這麼說，吳也就不再堅辭；卻將直隸督軍王承斌所兼的第二十三師、河南督軍張福來之第二十四師、湖北督軍蕭耀南之第二十五師師長一律開去。還想開去齊燮元的第六師師長，王懷慶的第十三師師長、鄭士琦的第五師師長，這就招來了直系諸將的極大反對，鄭士琦表示寧願降階，辭去山東督軍而不放棄第五師師長。
13年5月，王承斌因師長被奪（吳派王維城繼任），而請辭直督，當時與王呼應的，有馮玉祥和齊燮元，這就是直系內部的小三角聯盟，他們的箭頭是指向吳佩孚。
王承斌去見曹錕時，當面提出辭職，曹問王為了什麼？王不好明講是因為師長被奪，只說情緒不好，曹很坦率地說：
「要不幹，在家一齊不幹。」
馮玉祥反吳，是因為河南督軍被撤職，當時吳要查辦馮，馮托了張紹曾和張廷鍔二人向曹錕去求情，曹打電報給吳說要調馮到北京當面查詢；吳礙於曹的面子，才讓馮去北京，馮到了北京，曹遂發表馮為陸軍檢閱使，吳只好同意，馮因此得以繼續保持他的軍權和軍隊。
齊燮元一方面是因為吳要他讓出師長職務，另一方面吳對於江浙的爭端，並不熱烈支持齊，所以參加反吳聯盟。
第二次奉直戰爭，在未開戰前，直系已是四分五裂了。
13年9月15日張作霖率奉軍入關後，在北京的曹錕便連打十萬火急、百萬火急、限即刻到的電報召吳佩孚入京。在洛陽的吳佩孚深知直系諸將離心離德，舊將不可用，而新兵又未練成，自己派到關外的「第五縱隊」羽毛尚未豐滿，後勤沒有準備，面臨的戰爭，完全沒有把握，內心頗感痛苦。可是曹錕的電報，加上大敵當前，他不能置之不理，於是乃於9月17日乘專車入京。
北京以隆重的禮節歡迎吳，從車站到總統府，五步一哨，十步一崗。直系大將馮玉祥、王承斌、王懷慶等都排隊歡迎，這是黎走曹繼以來，吳到北京的第一次，也是他生平最威武顯赫的一次。
曹錕充滿喜悅，像吞了一顆定心丸，堆著笑臉迎接吳，吳向他行禮，他連聲說：「子玉，辛苦你了；我老了，一切請你作主。」
直系諸將對吳都表示極端的恭順，吳本來顧慮內部不團結的疑雲為之一掃而空，他相信兄弟鬩於牆外御其侮的大道理。
曹錕於吳入京的當天，下令討伐張作霖，特任吳佩孚為討逆軍總司令，王承斌為副司令，以四照堂為總司令部。
9月17日討逆軍吳總司令在四照常就職，並親筆點將，吳和總部政務處長白堅武各據長案一端，代理國務總理顏惠慶（國務總理原為顧維鈞代理，奉軍入關的第二天顧請辭職，曹乃派顏代理）走來時，白堅武竟大模大樣地端坐著，只把頭略點一下，意氣之盛，簡直不把堂堂國務總理放在眼下。
吳佩孚是測量學校出身，微時在吉林從軍有年，洞曉東北的山川形勢及每一軍略要地，他的點將，就是完完全全的作戰計劃：
第一軍總司令兼第一路司令彭壽莘（第十五師師長）
第一路副司令馮玉榮
軍副司令兼第二路司令王維城（第二十三師師長）
第二路副司令葛樹屏
軍副司令兼第三路司令董政國（第九師師長）
第二軍總司令王懷慶（第十三師師長）
軍副司令米振標
前敵總指揮劉富有
副總指揮龔漢治
第三軍總司令馮玉祥（第十一師師長）
第一路司令張之江
第二路司令李鳴鐘
第一軍兵力有三師，在山海關方面與奉軍第三軍張學良對抗，人數約4萬，是主力；第二軍兵力一師兩旅，以熱河為根據，向朝陽方面抵拒奉軍第二軍李景林部之進攻；第三軍兵力一師三旅，由古北口出承德、赤峰，對付吳俊升、許蘭州之軍事行動，人數不下二萬五千，為直軍勁旅。
後援軍總司令為張福來，曹-、胡景翼、張席珍、楊清臣、靳雲鶚、閻治堂、張治功、李治雲、潘鴻鈞、譚慶林分任十路援軍司令，曹士傑、林起鵬、田維勤、馬燦林、吳長植、張金標分任二、四、五、八、九、十路援軍副司令。另派定各省後方籌備總司令：河南李濟臣、李炳之，山東熊炳琦，京兆劉夢庚等。總兵力不下二十萬。
海軍總司令杜錫-，副司令溫樹德，總指揮遲雲鵬。海軍系以杜錫-之長江艦隊和溫樹德之渤海艦隊合組而成，當時上海獨立艦隊因歸降杜錫-而勢力消失，故直軍乃傾其全力向遼東灣活動，以大沽口為根據地，秦皇島為戰區，葫蘆島為前線。並擬利用海軍徵集商船，運輸陸戰隊及他路援軍駐安東、營口，由南滿鐵路進扼瀋陽之背。
至於空軍方面，編成四隊。第一隊駐北戴河，第二隊駐灤縣，第三隊駐朝陽，第四隊駐航空處。合計儲存於南苑、洛陽、保定、清河及停止京戴、京津航空線所得之飛機共有70餘架。航空司令為敖景文。
吳佩孚這次點將，從下午2時直到晚上12時，最後寫到總司令吳佩孚幾個大字，總統府全部電燈突然熄滅，這本是例行的每晚12時正換電，可是不巧在吳點將的最後時刻，點到他自己名字，眼前一片漆黑，令人聯想到這是不祥之兆。