12月25日唐繼堯、蔡鍔等乃通電全國，反對帝制，宣佈雲南獨立。唐、蔡、李並在各界大會上發表演說，宣佈獨立的意義，會後高呼口號，有「誓與民國同生死，誓與四萬萬同胞共生死，擁護共和，反對帝制，中華民國萬歲。」
唐繼堯、蔡鍔、李烈鈞12月25日通電全文如下：
「各省將軍、巡按使、護軍使、都統、鎮守使、師長、旅長、團長、各道尹、各知事、各學會、各商會、各學校、各報館公鑒：天禍中國，元首謀逆，蔑棄《約法》，背食誓言，拂逆輿情，自為帝制，率召外侮，警告迭來，干涉之形既成，保護之局將定。堯等忝列司存，與國休戚，不忍艱難締造之邦，從此瀹胥。更懼繩繼神明之胄，夷為皂圉。連日致電袁逆，勸戢野心，更要求懲治罪魁，以謝天下。所有原電近經通告，想承鑒察。何圖彼昏，曾不悔過，狡拒忠告，益煽逆謀。大總統者民國之總統也，凡百官守，皆民國之官守也。既為背逆民國之罪人，當然喪失元首之資格。堯等身受國恩，義不從賊。今已嚴拒偽命，奠定滇黔諸地方，為國嬰守。並檄四方，聲罪致討，露布之文，別電塵鑒。更有數言涕泣以陳麾下者：鬩牆之禍，在家庭為大變，革命之舉，在國家為不祥。堯等夙愛平和，豈有樂於茲役。徒以袁逆，內罔吾民，多欺列國，有茲干涉，既瀕危亡。非自今永除帝制，確保共和，則內安外攘，兩窮於術。堯等今與軍民守此信仰，捨命不渝，所望凡食民國之祿，事民國之事者，鹹激發天良，申茲大義。若猶觀望，或持異同，則事勢所趨，亦略可豫測。堯等志同填海，力等戴山，力征經營，固非始願，所在以一敵八，抑亦智者不為。麾下若忍於旁觀，堯等亦何能相強。然量麾下之力，亦未必能摧此土之堅，即原麾下之心又豈必欲奪匹夫之志，苟長此相持，遷延歲月，則鷸蚌之利，真歸於漁人。而萁豆之煎，空悲於車樂。言念及此，痛哭何雲。而堯等則與民國共死生，麾下則猶為獨夫作鷹犬，坐此執持，至於亡國，科其罪責，必有所歸矣。今若同申義憤，相應鼓桴，所擁護者為固有之民國，匕鬯不驚；所驅除者為叛國之一夫，天人同慶。造福作孽，在一念之微；保國覆宗，待舉足之輕重。敢布腹心，惟麾下實利圖之。唐繼堯、蔡鍔、李烈鈞、任可澄、劉顯世、戴戡及軍政全體同叩。有。印。」
27日中午，唐繼堯親至雲南省議會宣佈獨立。於是雲南起義，擁護共和的偉大聖戰正式揭幕。
雲南宣佈獨立後，即成立軍政府，當時討論組織都督府時，大家決定仿照辛亥革命時的武昌軍政府形式，推舉一位都督，又推舉一位總司令，那時候黎元洪是都督，黃興是總司令。而雲南護國軍政府蔡、唐二公則互相推讓，最後由於蔡鍔的堅持，終於推舉唐繼堯為都督。
雲南都督府成立後，唐繼堯聘請前巡按使任可澄，前山東提學使陳榮昌為參贊。前國會議員趙藩、袁嘉-及張耀曾等為參議。派由雲龍為秘書廳長。派張子貞為參謀廳長。派庾恩腸為軍政廳長。派陳廷策為民政廳長。派丁光冠為司法廳長。派陳鈞為財政廳長兼鹽運使。同時提出四項主張：
（一）與全國國民戮力擁護共和國體，使帝制永不發生於中國；
（二）劃定中央地方權限，俾各省民力能有自由之發展；
（三）建設名實相符的立憲政體，以適應世界潮流；
（四）以誠意鞏固邦交，增進國際團體之致格。
同時申誓四點：
（一）同人職責惟在討袁，天助吾民，幸克有濟，舉凡建設之事當讓賢能以明初志，個人權利思想悉予-除；
（二）地無分南北，省無論甲乙，同此領土，同是國民，惟當量材程功，通力合作，決不參以地域觀念，自啟分裂；
（三）倒袁救國心理大同，但能助我張目，便當引為同志，所有從前黨派意見，當然融消，絕無偏倚；
（四）五大民族同此共和，袁氏得罪民國，以成五族公敵，萬眾一心更無何等種族界限。
自12月25日雲南獨立的消息到了北京後，袁的忿怒到了極點，他亦瞭解雲南地理環境特殊，自己稱帝后眾叛親離，這次用兵一定不似二次革命時那麼容易對付。但他又必需用強硬手段對付，因此於12月29日下令褫免唐繼堯、任可澄、蔡鍔的官爵，原令如下：
「（前略）蔡鍔等討論國體發生之時，曾糾合在京高級軍官，首先署名，主張君主立憲，嗣經請假出洋就醫，何以潛赴雲南，-張為幻，反覆之尤，當不至此。但唐繼堯、何可澄既有地方之責，無論此項通電，是否受人脅迫，抑或奸人捏造，究屬不能始終維持，咎有應得，開武將軍唐繼堯、巡按使任可澄，均著即行褫職，並奪去本官及爵位勳章，聽候查辦！蔡鍔行跡詭秘，不知遠嫌，應著褫職奪官，並奪去勳位勳章，由該省地方官勒令來京，一併聽候查辦！此令。」
並派第一師師長張子貞代理將軍，第二師師長劉祖武代表巡按使，令他們就近押解蔡、唐等人來京治罪。
5年1月5日袁又有申令各省長官曉諭人民云：
「……予昔養痾洹上，無心問世，不幸全國崩解，環球震動，遂毅然以救國救民為己任，支持四載，困苦備嘗，真不知尊位之有何樂。無如國民仰望甚切，責備甚嚴，同為國民，敢自暇逸？責任所在，盡力以為，不惜一身，只知愛國，皇天后土，實鑒此心。
明知暴亂之眾，狂妄之徒，斷不可以謀國；然果使中有傑出之才，可以治國保民，為人民所信仰，極願聽其為之，予得釋此艱巨之仔肩，詎非幸事；然能安大局，環顧何人，為智愚所共見。人民無罪，未可舉全國之重，任人試驗，實逼處此，無從諉卸。
國民深悉暴民狂徒之心理，終必慘烈相爭，儻有墨、葡之變，必為越、韓之續，故謀改國體，冀可長治久安，文電交馳，情詞迫切，無非出於愛國之真誠。乃有蔡鍔之流，權利熏心，造謠煽亂，非不知人民之狀況，時局之艱危，但思僥倖一逞，儻其大欲，即塗炭生靈，傾覆祖國，亦所不顧。抑知國之不存，權利何有？此等舉動，早為國民所預料，幸而發覺尚早，不難隨時消滅。各省官民，僉謂國體既經全國人民代表開會決定，一致贊成君憲，並同戴一尊，根本大計，豈可朝令夕改，斷無再事討論之餘地，籲請早登大位，速戡反側，同深義憤，萬口一詞。
予以蔣德，既受國民之推戴，將吏之尊視，何敢再事游移，貽禍全國。苟為逆首，惟有執法從事，以謝國民。著各省文武長官剴切出示曉諭人民，分別順逆，各愛身家，勿受煽惑，自貽伊戚。各省長官，皆能力保治安，軍人尤深明大義，均任守衛地方之責，務望各以愛國勤勉，恪盡厥職，用副予視民如傷，諄諄誥誡之至意。此令。」
袁對蔡恨入骨髓，政事堂通令各部署，凡與蔡有關的人一律予以撤職，在各省中和蔡有關的人，也都撤職，在各省機關的雲南籍職員以及是蔡的舊屬都受到迫害。袁又命湖南巡按使沈金鑒查抄蔡鍔湖南原籍的財產。可是，蔡雖然名滿天下，卻窮無恆產，蔡的太夫人和妻子都已聞風躲了起來，只有一個兄弟是辦木廠的，早已和蔡分了家。蔡本人只在楊度所辦的華昌公司有點股份，於是就把這股份沒收。
袁一方面如此大張旗鼓，一方面又想用軟化的手段走迂迴的路線來緩和蔡，他找到蔡的老上司李經羲，因為蔡是李一手提拔和最早賞識的人，袁特別賞賜李貂裘一襲，打算在局勢許可時派李赴雲南宣慰，這簡直是水中撈月的打算。李經羲接受袁的貂裘後，曾有謝恩折：「上賜貂皮外套，光采非常，裁量恰合，舉家驚寵，望闕感惶！」等語。
同時，袁又把已經冷落許久的熊希齡找到北京來，熊於5年1月16日抵京謁袁，袁留他共進午餐。熊是蔡的好朋友，熊任國務總理時，曾保蔡為湖南都督。袁想請熊南下，去雲南說服蔡「悔罪自投」，當可「不究既往」。
此外，還想派雲南人朱家寶、丁槐等為雲南宣慰使，要他們去「誘惑雲南軍官解甲來歸，一律免予治罪。」
熊到北京，表現得很麻木，當他抵京時有記者迎於車站外，問他對於國體問題的意見，他摸著腦袋說：「我來京之前，未有所聞，在路上看見籌安會的宣言，才知道有這回事，我對政情已隔離了許久，一切都不大清楚，因此對國體問題我毫無意見。」記者又問他對於新憲法的態度如何？他說：「我不是律師，又沒有學習法律，對此亦無意見。」這些話否認得離了譜，因為熊忘了在遜清末年間隨同五大臣出洋考察過憲政。那時他還是一位憲政專家呢。
熊是湖南鳳凰人，他組閣時，人稱為鳳凰內閣，所以他這次入京，被稱為「有鳳來儀」，是洪憲朝的祥瑞。然而鳳凰有他打算，5年2月8日，他假口南下疏通，而一去不返。