唐紹儀是民國首屆內閣總理，這時北京的民國政府，一半是承繼前清的舊政府；另一半是自南京移來的臨時政府，所以一切零亂無章。其各機關情況大致是：
外交部新人較少，僅加了四個人。陸軍部參謀處容納新軍人最多，湖北一省就來了300多人。財政部僅設籌備處，一律用的舊人，要待南方人來後才分司。內務部一直閉鎖，不過內務部自前清末年一直掌握在趙秉鈞手中，而內務部實際所管，只有內外城巡警，巡察有巡警廳，人員均照常，所以一切無變化。教育部新舊雜用，分司辦事，最有規模，成立才一個多月，就合升法律、政治、財政三校為法政學堂，調換大學校（清的北京大學堂）校長，以嚴復為校長兼文科學長，王世-為法科學長，洪鑄為工科學長。司法部總長王寵惠曾出通告，謂南北一視同仁，無分彼此，其派出的接收人員，南四北五，同時訂立規章，薦任由總長自行征辟，委任一律考試，但報考者僅九人，因舊日觀念，司法系冷衙門也。最熱鬧的是交通部，因施肇基一到任便裁了500多人，而只留40人，被裁的人吵鬧得很厲害。旋肇基本是辦洋務的，洋文甚佳，曾隨清醇親王到過德國，後人外務部任丞參，專管中俄交涉。唐紹儀組閣時本內定施為財政次長，後因唐兼交通，乃舉施自代。施發表外務部同事曾述-為秘書長，對曾極為信任。一切公事俱送秘書長批，次長反而無所事事。施到任第一日，即革去門房及茶房多人，隨即把大堂油漆一新。出席參議院宣佈政綱時，先命路、電、郵、航四司各擬說帖，攜帶前往報告，其報告中述及參議員發電報須由議長蓋印，言至此便向議長行一禮，議場為之嘩然。農林部因系新設，故無短長。工商部是采新舊並用。海軍部總長劉冠雄本是海軍舊人，資格很高，與袁世凱極有交誼。南京臨時政府時期曾邀劉，劉說我是贊成革命的，不過將來若北伐，則將和袁項城兵戎相見，我於私誼，勢所不忍，於是聘劉為海軍顧問。南京之海軍部有七十二賢和83萬人馬，後者是指掌權的83位煙台海軍畢業生。劉任總長後一方面大量淘汰北京舊人，一方面將南京部員未畢業者，勒令繼續學業，南京人員大嘩，以海軍協會名義函劉，罵他用人不當，若不改轍，將以手槍炸彈對付。劉甚窘，乃改為留職人員一律考試，其中有海軍大學出身的，資格較劉更老，認為考試定去留跡近侮辱，這樣鬧來鬧去，使海軍部亦無法辦公。
唐紹儀在南京接收臨時政府時，曾發過一批委任狀，同時還面允安置的也很多，待唐北返後，一切事與願違，自己也是風前燭瓦上霜，於是閉門謝客，連面都不敢見南來客了。
可憐許多北上攀龍的人們，只落得敝車羸馬，蕭條萬狀。
在唐內閣時，國務院的主要人物有五位，即：唐紹儀總理，內務趙秉鈞，財政熊希齡，教育蔡元培，農林宋教仁。國務會議是每逢二、五、八召開，會議中多數是商量借款事，其次則是討論各部章程。因政府還在草創期間，各部總長亦無官邸，蔡元培、宋教仁、劉冠雄、王正廷都是在住在國務院內，好些秘書亦住院中，因此開會甚為方便。趙秉鈞不大參加開會，前面已說過，他認為他這個部是直接聽命於總統的，不過他不出席國務會議，向袁世凱說的理由是：國務會議中，關係內務部的事甚少，而目前維持秩序事大，所以不赴會。
這時，國務院中已設有記者招待所，規定中外記者於每天下午2時至4時可以前往採訪，由國務院秘書長魏宸組負責接待。魏有外交才，長於應付，能避重就輕，雄辯滔滔。
袁、唐的親密關係，前面已有交代，他們自朝鮮共事訂交起，廿餘年互相呼應，如手使臂，但自唐任北方代表赴南方談和起，兩人便常傳出不和的消息，甚至可從往來電報上獲得證明。迨唐返北京後，兩人所表現的，又是魚水之歡，極為融洽。袁世凱首次至參議院發表的咨文，大家認為是一篇「教書」，這文稿據說是梁士詒的大作，其中甚多由唐改竄。袁的原稿最後一段是：「本總統與唐總理廿年深交，生死一意，望諸君竭力輔助。」這顯示袁強調和唐的親密關係，不過這文件至發表時則已經唐改為：「此次特任國務總理唐君與各部總長，皆一時濟變之才，世凱正資倚任，共支大局，願國民深信之，贊助之。」唐認為後者大方，不言私交而強調公誼。由此可見兩人還是很合拍。而後來的齟齬，正是作者前章所報道的，是北洋系人在袁面前挑撥所致。唐在內閣中和蔡元培、宋教仁很接近，有事都和他們商量，這一來當然更激起北洋系的怒氣了。唐內閣中，實際最重要的一個人是財政總長熊希齡，他主持財政，國家一無收入，和六國銀團借款，先和唐紹儀有了意見，後則和同鄉黃興大打筆墨官司。唐辭職後，熊的組閣呼聲最高，因為他不是袁系，但也不是同盟會。唐閣另一重要人物趙秉鈞是袁的死黨，前面已經介紹過，他為人外圓內工心計，有一套籠絡人的方法，故深得部下擁戴。自清朝開辦警務，他就參與，故形成一支力量，地盤最固。他控制步軍和巡警，與馮國璋控制禁衛軍同為袁兩大支柱。他公開表示不和唐合作，唐對之莫可如何。
唐在內閣中和蔡元培、宋教仁接近是事實，不過這亦有其背景。唐自主持和議起，即願見中國共和統一實現，其私心深願孫中山能和袁世凱徹底合作，他自信既和袁有多年共事之雅，又和孫同鄉，自任國務總理後，深願形成責任內閣以化除袁和各方面的衝突。可是這方面完全不為袁系的人所諒解，且認為唐加入了同盟會，有出賣袁系的嫌疑，因此內閣中袁系的趙秉鈞、段祺瑞等都歧視唐。熊希齡亦非同盟會，且為袁所垂青，自亦不理唐，唐乃不得不和蔡、宋相接近。到了借款問題發生後，唐、熊益成水火，袁更利用參議院中共和黨及統一共和黨聯合攻擊唐，所以不待直督問題，袁唐已非分手不可了。
唐組閣時，原是以混合各黨派的內閣相號召，結果鬧得如此紛歧，於是大家認為混合多黨派的內閣不是好辦法，應該組織政黨內閣，如英國式。
6月21日，同盟會、共和黨、統一共和黨三黨黨員乃舉行聯合會，以交換唐去後對新閣組織的意見。同盟會堅持要求組織一個政黨內閣，共和黨則主張超黨派的超然內閣，統一共和黨贊成超然內閣卻反對共和黨所提「國務總理必舉總統信任者」。這個聯合會意見完全不能一致。
同盟會乃推派代表晉謁袁世凱，申述對新閣意見，建議組織政黨內閣，絕不參加混合內閣，袁答覆說：
「日前（唐）總理出京後，余派梁秘書長、段總長、梁孟亭君前後赴津挽留速來。日前唐遞請假呈，現在假期尚未滿，如唐仍肯回任，自無問題發生，如必要辭職則總理改派自不容緩。諸君所說超然內閣及政黨內閣余均不能贊成。余意現吾國情形兩種內閣均不適用，第一人才缺乏，如今專取共和黨、同盟會或超然無黨之人組織內閣，無論何方面均不能得許多人才。故余之意見非連合數黨及無黨之人共同組織，斷不能成一美滿之內閣，諸君以為組織內閣系從政黨上著眼，余則純從人才上著眼，如宋遁初（教仁）天姿才調逸越儕輩；蔡鶴卿（元培）學問道德一時敬服；王亮疇（寵惠）法學專家當世寡儔；劉子英（冠雄）於海軍學有專門，才具亦可佩服。余薦舉此數人為國務員並非以其為某黨之關係，乃以為當世人材而薦舉之也。我國現今黨派雖多，而於一黨之中求其人才與國務員地位相當者一時恐難求全。故余不注意黨派，而專注重人材，其人為余深服者，無論甲黨、乙黨或並無黨，但熱心國事，余必引為輔助。
諸君深知吾國今日政黨方始萌芽，純粹政黨內閣尚難完全成立，若再越數年，民國基礎鞏固，政黨亦皆發達，人才輩出，彼時余已退老山林，聽諸君組織政黨內閣可也。今余意實不能贊同諸君之說，余主意在得人才，但問其才與不才，不問其黨與不黨。吾國今日國勢危急，舉國共知，而政黨幼稚亦吾人所不能諱，余提此主意亦屬不得已之故。
余嘗與二三國務員談及，余前此退居林下，何等安閒；此次出山冒茲艱險，擔茲重任，實為國民一分子不能不盡之義務。余宗旨在於建設民國，諸君如熱心建設者余皆引為同志，否則余亦不能強人所難。至此次總理及二三國務員或有辭職之意，余以為全非黨派關係，不過因個人意見未能十分浹洽，故如唐決計辭職，則第二次內閣，余以為可一切仍舊，惟總理及一二國務員必不肯留者略為更動可耳。
此外余尚有一言：今人多謂民國成立矣，南北統一矣。自余觀之，半年以來外則各國尚未承認，內則各省秩序尚未恢復，再論眼前，一切制度毫無頭緒，如此之民國，但能謂有其名耳，何得謂之完全成立？譬之建屋，地址雖定，而圖式未成，棟樑未樹，以雲落成，相去尚遠。不寧惟是，數月以來，我國改造共和，一舉一動，系人觀聽，如內部自行紛亂，人將謂我何？故余以為此次內閣在形式上斷不能為全部之更動也。
總之，余奉告諸君當放大眼光從中國全局著眼，斷不可沾沾於一黨關係，亦不能硬以平和時代政黨更迭消長成例適用於今日危急存亡之中國。總須大家破除成見，協力同心，共同建設，為國務員者以熱心任事為主，須有自信力，萬不可輕聽局外褒貶，以為進退；為議員、為國民者當體當局者之苦衷，力與維持，不宜以黨派意見拘束而牽制之，使其無發展之餘地，如是則中華民國庶有完全之日乎？此外尚有為諸君告者：須知組織內閣大非易事，《約法》上定明大總統任免國務員，須得參議員同意，然一經參議院不同意，則名譽喪失，人亦苦輕於嘗試。前次余約梁如浩為交通總長，南京參議院不同意。梁之為人輿論如何，余姑不問，自余觀之，則外交極為熟悉。辦事亦至周密。其後余雖以個人名義請其到京輔助，而梁均不肯，後經餘數次電催，始於日前到京，然對余宣言，萬不能再任國務。當世賢才，然標怵於危局無惜，或又均以梁氏為戒，不任國務；或並北京亦視為畏途。故予深願參議院諸君能知此中為難情形，斷不可使人人短氣也。
《臨時約法》特設總理，大總統不負責任，然以予觀之，不負責任者亦有大小區別。譬之商店，國民如東家，大總統如領東，國務員如掌櫃，商業之計劃佈置，銀錢貨物之經理出入，固掌櫃責任，然苟掌櫃不得其人，馴至商業失敗，瀕於破產，則領東不能不負責，東家亦不能為領東寬。現在國務員當行政之衝要，一國政務罔不賴其籌劃，政務得失自屬國務員之責成。然苟國務員失職，馴至國隨以亡，或雖不亡，而至於不可救藥，則大總統究能不負責任否？國民能不責備大總統否？」
袁的談話顯示他反對政黨內閣，同時這時他已決定由陸徵祥為國務總理了。
6月28日，同盟會舉行職員會討論組織內閣問題。蔡元培提議：同盟會各國務員應全行退職，以示本會主張純粹政黨內閣之意見。劉揆一首表反對，以為本會在北京已屬勢力薄弱，若國務員退出則將來內閣消息亦難聞問，前途殊多滯礙。宋教仁則很堅決，他說：「此次國務院改組，本人向主張純粹政黨內閣；至他黨組織，本會各員退出，本人早已發表，刻即他人不欲退出，本人一人亦決辭職；即本會同志必不贊成，則余即出黨亦可，決不使自己主張之宗旨致相矛盾也。」經熱烈討論後，贊同宋的提議，決定同意陸徵祥出任國務總理，惟同盟會會員加入內閣者即開除黨籍。宋的這個態度，被人誤會，以為他除了當國務總理外，連同盟會的同志參加內閣都反對。