違抗松井總司令官的命令而全軍入城
十二月一日，松井司令官接到大本營下達的關於進攻南京的命令，於是向所屬部隊發出追擊令，同時訓令說：
敵軍中如有喪失抗戰意志者，對他們採取最寬容慈悲的態度，而對一
般官民，要經常努力宣擾和愛護他們，皇軍一過，要使所有官民景仰皇軍
的威德，愉快地歸順於我（《南京屠殺事件與松井石根日記》，載《日本
週報》，第三九八號）。
日本軍還根據松井大將的意見，組成了參謀部。松井的意見是：「南京是中國的首都。進攻南京是世界性的事件，因此要慎重研究，進一步提高日本的聲望，增強中國民眾的信賴。」十二月八日，在向上海派遣軍和第十軍傳達的命令中有這樣兩條內容：
（三）中國軍隊投降時，只由從各師團選拔出來的兩、三個大隊和憲
兵隊開進城內警備地圖上所標明的負責警備的地區。
（四）中國不接受投降勸告時，從十二月十日下午開始進攻。在此情
況下，開進城內的部隊，其行動按前面所述同樣安排，要特別嚴肅軍紀、
風紀，迅速恢復城內治安。
同時傳達的《關於進攻南京和入城的注意事項》中，還訓示（《遠速》，二一四號。載洞富雄編：日中戰爭史資料8《南京事件》1，第二○二頁）說：
（一）皇軍在外國首都入城，是有史以來的大事，鑒於這是值得永垂
青史的事跡和引起世界各國注目的重大事件，應堂堂正正地、以可成將來
之楷模的意圖進城，絕對不容許各部隊隨便闖入城內、與友軍相衝突和發
生不法行為。
（二）應特別嚴肅部隊的軍紀和風紀，使中國軍民景仰和歸順在皇軍
的威風之下，絕對不能發生諸如毀壞聲譽的行為。
（四）入城的部隊應由師團長特別選拔，使他們預先瞭解注意事項，
特別是徹底掌握城內屬外國權益的地區，絕對不犯錯誤，必要時應放步哨。
（五）凡有掠奪行為或因不慎而失火者，應嚴加處罰。
應讓許多憲兵和輔助憲兵與軍隊同時入城，防止發生不法行為。
（華中方面軍參謀中山寧人宣誓口述〔辯證一三四五〕，部分從略）
接著，松井大將於十二月十日勸告守備南京的唐生智將軍，要他不戰而退，說：「日本軍對進行抵抗的人是殘酷無情的，但對非戰鬥人員和對日本不懷敵意的中國軍隊是親切而寬大的。」日本軍接近南京時，又從飛機上散發傳單，宣佈「日本軍極力保護善良的市民，努力使他們能夠愉快地工作，和平地生活」。
在佔領南京時，松井大將命令只許各師團選拔兩、三個模範部隊的大隊和憲兵隊入城，由他們對城內負責警備的池區進行警備，其餘部隊留在城外。然而可以想像，部隊在補給不良的情況下，經過連續不斷地艱苦戰鬥，當他們要大舉入城時，自然會出現混亂狀態，發生不幸事件。可是，他們反對松井的命令，幾乎全軍入城，結果終於在南京城內引起了大規模的掠奪和殘虐事件（華中方面軍副參謀武籐章訊問記錄〔辯證二六七九〕 ，載《遠速》，四十四、三一三號，前引書1，第八十二頁）。
十七日舉行入城式後，松井大將聽到了許多日本軍所犯的殘虐事件，於是立即向上海派遣軍和第十軍司令官發出命令，要他們除保留警備南京所需的兵力外，其餘迅速撤出城外，並嚴肅處理破壞軍紀、風紀的行為。
當時，華中方面軍參謀中山寧人說，十二月十九日只要第十六師團留下來警備南京，其他均後撤至揚子江北岸和上海方面（前引宣誓口述，載《遠速》，二一四號， 前引書1，第二○三頁）。上海派遣軍參謀長飯沼守也說：「同一天，除第十六師團外，要他們全部遠遠撤至東部地區」；宣誓口述〔辯證二六二六〕，載《遠速》，三○九號， 前引書1，第二五二頁）。誠然，十二月十九日那天，第十軍為了撤至杭州灣作戰，返回到蕪湖方面。但上海派遣軍的主力從南京城內撤出來，時間上好像稍遲一些，因為也存在宿舍和飲水問題（前引武籐章的宣誓口述）。
十二月二十一日，全軍的部署作了調整，讓各師團撤出南京。日本軍並在這一天任命第十六師團長中島今朝吾中將為南京地區警備司令官。南京地區的警備分為東西兩部，西部地區的警備司令官由中島中將所屬第三十旅團長佐佐木到一少將擔任。據佐佐木自己說，西部的警備區範圍包括城內。關於城內的警備問題，由上海派遣軍司令官直接管轄（《一個軍人的自傳》，增訂版，第三三四頁）。這樣，第十六師團長於十二月二十一日奉命擔任南京地區的警備司令官。就新的部署而言，該師團實際上是在十二月二十三日以後負責南京城內外警備的（第十六師團參謀長中澤三夫宣誓口述〔辯證二六六七〕 ，載《遠速》，三○九號，前引書1，第二四四頁）。也可以認為，除第十六師團外，上海派遣軍的部隊是在此前後這段時間撤出南京城內的。
令人可怕的南京地區警備司令官
就任南京地區警備司令官的第十六師團長中島今朝吾中將，不但沒有緩和過去的方針，似乎反而更加嚴厲地執行過去的方針。他說，要一個不漏地找出隱藏在城內的散兵，並加以處置。他對士兵們在普通老百姓中所犯下的暴行，好像不太關心。
昭和十三年元旦，松井總司令官會見了來自東京的陸軍省人事局局長阿南，當時阿南指責說：「第十六師團長中島今朝吾在戰鬥中的指導是違背人道的。」這一點，前面已有介紹（第二十一至二十二頁）。阿南局長也曾會見了中島師團長，當時，對中島中將的信口開河有種種流傳，說什麼「『中國人不論多少，統統殺掉』，神氣十足」啦，「日本兵放火燒中國人的房子，『是為了取暖』，態度沉著，使對方吃驚」啦，等等。據說，中島中將對松井大將的提醒，也泰然處之，說：「強姦在戰爭中是不得已的」（參照本書第二三二頁）。這是說，他對殺人、強姦、放火行為毫不在意。南京市民把「南京警備司令官」當作瘟神來迎接。
中島中將是個知識分子，出身於陸軍大學，曾留學法國，但似乎具有
不少虐待狂的傾向，性格反常。據說，中島中將在勝屯於南京期間，曾住
在蔣介石的舊官邸，那時，他偷盜了蔣介石的財產帶往內地，後來在就任
滿洲的第四軍司令官時被發覺，於是他被編入了預備役。
最近，從有關中島今朝吾的那則出乎意料的報道（載《朝日新聞》一
九七一年十二月六日號）中獲知這一事實，即他在開戰後第二年六月就曾
向大本營提出意見書，主張與中國講和。當時，中國軍隊企圖阻止日本軍
進擊，曾在鄭州附近的黃河決堤，中島中將用毛筆在日本紙（一般習字用
紙，長二十四厘米，寬三十四厘米——譯者）上寫了十三張意見書，開頭
這樣說：
「中國轉引黃河之水，形成一種新的自然困境。把華東分讓給日本。
此固以人為，然其原因，實可視為在於天意也。此際我國立即收兵，朝向
建設皇道之國家奮勇邁進」（從照片上辨認）。遺憾的是無法繼續看下去，
誠然，這是一種和平論調，但似乎不是撤兵論，而是分割中國論。中國方
面也無意接受這種觀點，大本營對此意見可能也只是擱置了事。
秦郁彥對記者說：「佔領南京後，難以自拔的戰爭仍然在擴大，所以
要那些人物考慮在昭和十三年六月這個時候停止戰爭，即表明整個日本陸
軍對妥善處理戰爭的問題如何為難的情況。」
如前所述，中島中將是整個南京地區的警備司令官，而奉命擔任包括南京城內的西部地區的警備司令官一職的，則是中島中將的屬下佐佐木到一少將，凡有關城內的警備事宜，佐佐木少將直屬上海派遣軍司令官領導。不過，即使在形式上直屬上海派遣軍司令官領導，但實際指揮佐佐木少將在南京負責城內警備任務的，則是他的上司中島中將。
對散兵和南京市民來說，這個佐佐木少將也是個令人可怕的瘟神，不亞於中島中將。佐佐木原先是個對國民黨寄予深切同情的親華派軍人，但不久，面對中國革命的迅速高漲，就轉變為反對國民黨的強硬派。這段期間的經過情況，他在其《進攻南京紀實》中說：「站在南京城頭上，我為能確認自己是首屈一指的人物而深感激動。那是因為昭和四年夏天的情景歷歷在目。實際上，我在二十歲即自明治四十四年以來，我夢寐以求的目標是解決滿洲問題，為此、一直暗暗向國民黨表示友好，但由於他們採取容共政策，尤其是蔣介石所執行的親英美的政策，與日本斷絕關係，從此，這個夢想破滅了。在排日、侮日的高潮中，我深感不快，覺得皇軍的前途渺茫，於是就憤然離開這裡。（現在看來）這決不是出於私憤。背信棄義的人，必受天罰。後來，這已成為我堅定不移的信念」（《一個軍人的自傳》，增訂版，第二五五至二五六頁）。如果佐佐木對新生的中國抱有這種看法，那末他在佔領南京時，身為警備司令官，其態度之嚴厲是可想而知的。
佐佐木少將說過，從十二月二十一日到翌年一月二十二日，他身為南京西部地區警備司令官，在此期間，十二月二十二日被任命為城內清洗委員會委員長；二十六日又被任命為宣撫工作委員會委員長；二十四日開始進行查問工作，到翌年一月五日停止這一查問工作為止，在十三天時間裡查出了散兵兩千人左右，收容在舊外交部裡；其餘在安全地區牧師那裡的傷兵，也被當作俘虜收容起來；日本軍並對繼續在南京近郊有「不法行為」的數千名散兵陸續進行逮捕，在下關作了處置（前引書，第二五九至二六○頁）。他還說：「城內的清洗工作在於查出混在當地居民中的散兵，粉碎危險分子的陰謀，與此同時，整飭我軍的軍紀和風紀，安定民心，迅速恢復秩序和安寧。【我通過嚴厲的管制和監察、警衛，在二十天內基本上達到了預期的目的。】」（【】內為筆者所加著重號。前引書，第二六○頁）
這樣，佐佐木少將自誇，他通過「嚴厲的管制和監察、警衛」，在奉命擔任警備司令官後的二十天時間內，成功地查出了散兵，並整飭了軍紀和風紀。的確，也許在最初兩星期內結束了掃蕩「便衣兵」的任務。可是，在整飭日本軍的軍紀和風紀方面，卻未能取得什麼效果。為了整飭，我們不知道佐佐木少將作過什麼樣的努力，但在佔領南京後不久的十天中，接著在他就任警備司令官的所有三十天左右肘間內，合起來共約四十天時間，日本軍沉浸在「歡慶南京勝利的宴會」之中。一月二十二日，警備司令官這個職務由第十一師團的天谷少將接替，其實不能不認為，這是在追究佐佐木的責任。
至關重要的南京警備司令官所統率的部隊，其軍紀何等鬆懈，可以從上海派遣軍參謀長飯沼守少將的宣誓口述（辯證二六二六）中略知一二。他說：
爾後，軍紀要求嚴格已極，諸如第十六師團已對法務部的處置提出了
抗議（《遠速》，三○九號，載前引資料集1，第二五二頁）。
從反面來解釋上述說法，將會是什麼樣的情況呢？前參謀長說是「軍紀要求嚴格已極」，那末前面所詳細敘述的那種軍紀敗壞情況，為什麼始終制止不了呢？另外，理應負責整飭軍紀的前上海派遣軍法務官塚本浩次，他作為辯護方面的證人站在遠東國際軍事審判法庭上，針對檢察官的反問作證說，從佔領南京的十二月至翌年一月（第十六師團長中島今朝吾中將就任南京警備司令官期間，是十二月二十一日至翌年一月二十二日）這段時期，負責處理的事件僅十起左右。而且在其宣誓口述中說： 「在記憶中，未曾處置過縱火犯」（《遠速》，二一一號，載前引書1，第一九二頁）。所謂很少通過軍事審判加以處置，意味著憲兵未能對他們順利進行管束。即使對於如此的管束和處罰情況，第十六師團也向法務部提出了不滿的「抗議」。
順便說一下，所謂「自由放任的掠奪和姦淫」，在第十軍的官兵中已成默契，即使在這種情況下（松本重治：《上海時代》，中央公論新書版，下冊，第二四二頁），憲兵隊的活動也只能「僅僅逮捕那些實在不能容忍的現行犯」，對此，據說某部隊長還曾提出詰問：「這次帶來的憲兵是日本軍的憲兵，還是中國軍隊的憲兵？管束得太嚴格了！」（上砂勝七：《憲兵三十一年》，第四四七頁）對於這種抗議，憲兵則說得更妙：「如果缺少點皇軍的樣子，那便是日本憲兵，否則，倒成了中國憲兵了。」
日本軍佔領南京後瘋狂到了極點的六個星期
於是，松井大將在入城後不久，奉命整飭軍紀，不久又改變了軍隊的部署，決定以第十六師團為警備部隊留駐南京。然而軍紀敗壞的情況未能輕而易舉地得到整飭。也許已經看不到在入城式以前發生的那種規模的暴行，但依然不斷發生屠殺、姦淫、掠奪、放火等事件，這在出庭參加遠東國際軍事審判的檢察方面的證人的證詞和他們在那裡提出的許多宣誓口述中，說法都是一樣的。另外，國際委員會的關於日本軍暴行的報告，作為直接的證據，則列舉了清楚的事實。
松井大將入城後，南京城內的事態發展幾乎也沒有得到什麼改善，對此，在第4節《概況》 中已引用了馬吉牧師（？）的信（本書第八十六至八十八頁），駐南京的紐約基督青年國際委員會主席菲奇在宣誓供詞（檢證一九四七）中也作了如下敘述：
十二月十九日這一天，完全處於無政府狀態。軍隊縱火好幾處，火焰
沖天，後來，還發生了多起火災。許多地方美國國旗被撕破。軍隊當局未
能管制軍隊。十二月二十日星期日，野蠻行為和暴行得不到制止，繼續發
生。市中心、最重要的商業區、太平路完全處於火災的包圍之中（《遠速》，
五十八號，載前引資料集1，第一一五頁）。
上面的敘述，根據他當時記下的日記，資料是可靠的，如果說是十九日，那末，當時松井大將還在南京。金陵大學非常時期委員會主席貝茨博士也在法庭上作證說，日本兵放火，從十九日或二十日開始，持續了六個星期（《遠速》，三十六號，載前引書1， 第五十一頁）。南京佔領軍好像由於無視下令整飭軍紀的松井司令官的存在，他們的暴行瘋狂到了極點。
金陵女子文理學院的會監陳瑞芳在宣誓口述（檢證一七三六）中，主要談了有關該學院收容婦女和兒童的情況，但這位老婦人就當時連續發生對婦女的暴行事件說：「最嚴重的行為是發生在起初四、五個星期裡……沃特林女士曾幾次前往日本領事那裡，報告軍隊的所作所為，要求保護婦女。使這種情況有所收斂，花了四、五個星期，而到消除危險，則花了幾個月時間」（《遠速》，五十八號，載前引書1， 第一一六頁）。美國監理會派的牧師馬吉也在法庭上說：「十二月二十一日，據田中副領事對我說，當時來的軍團是非常壞的軍團，也有好的軍團要來，因此到十二月二十四日左右，可能事態會有明顯好轉。但即使到了十二月二十四日以及在以後的日子裡，決無跡象表明情況有所改善」（《遠速》，四十八號，載前引書1，第九十一頁），尤其是關於日本軍對普通老百姓繼續施加暴行期間的情況，他作證說：「六個星期後，這些情況逐漸有所減少. 但一些個別人犯的暴行層出不窮。」（《遠速》，四十九號，載前引書1，第九十九頁）
關於這段時間的情況，當時留在南京負責難民救濟工作的貝茨博士也在法庭上說：「在此令人戰慄的期間持續了兩個星期半到三個星期，後來又發展為六個星期到七個星期，情況更為嚴重」，「從二月六、七日左右開始，情況有明顯好轉，從此以後到夏天來臨前，雖發生過重大事件，但規模沒有過去那麼大了」（《遠速》，三十六號， 載前引書1，第五十六至五十七頁）。他又在其口述（檢證二二四一）中說：「據說，為了懲處這些行為，開始採取了什麼相應措施，那是在一九三八年二月初的事。」關於貝茨博士的這一證詞，連印度的帕爾博士（Radhabinod Pal）——他曾在遠東國際軍事審判時堅持了全體被告無罪的少數人意見——也認為，「總而言之，正如本審判員所考察的那樣，即使如數考慮了證據中可能有敘述不對的情況，但日本兵在南京的行動是凶暴的，而且，正如貝茨博士所證實的那樣，暴行極為殘酷，幾乎長達三周，合計持續了六周，其嚴重程度是毫無疑問的。」他毫不懷疑貝茨博士證詞的可靠性（《共同研究-帕爾判決書》，第六七八頁）。
南京紅-字會副會長許傳音博士在他的宣誓口述（檢證一七三四。作為法庭證據而被拒絕）中，就發生事態的最嚴重期間的情況這樣說，南京陷落以後，日本兵舉行的「罪惡的宴會」持續了三個月之久，然後逐漸停下來。然而，正如陳瑞芳女士、馬吉牧師、貝茨博士等人所說的那樣，歡慶南京勝利的宴會瘋狂到了極點時，那是在佔領後六、七個星期，這似乎是事實。
如上所述，貝茨博士認為，從二月六、七日左右開始，情況有所好轉，可是，在美國駐南京大使館秘書艾利森於二月十八日給當時在漢口的美國大使和國務卿拍電報（檢證一九○六，未在法庭上宣讀）時說：
據報告說，這兩、三天南京情況有顯著好轉，感到高興。大部分中國
人從中國人所謂的「安全區」返回市區各地區他們以前居住的地方。關於
反映日本軍人秩序混亂和不法行為的報告，在數量上有實質性的減少。日
本官憲保證，將努力改善居民的目前生活狀況。
對外僑在行動上的限制逐漸放寬，美國的一所設施——南京大學醫院
需要歸還。
最近同意美籍醫生返回南京（《遠速》 五十九號，載前引資料集1，
第一六三頁）。
整飭軍紀、風紀
在佔領後一個半月左右的時間裡，徒有其名的警備兵像野獸一樣，在南京城內為所欲為。警備司令官自不待言，華中方面軍和上海派遣軍司令部無意也無力去取締軍隊的犯罪行為。中央對這種情況看不下去，到一月底，參謀總長發出「關於整飭軍紀的訓示」 （《軍事警察勤務教程》，載續現代史資料4《軍事警察》，第四二八頁），與此同時，特別派遣高級軍官，著手整飭南京佔領軍的軍紀、風紀。
關於這段時間的情況，貝茨博士在遠東國際軍事審判法庭上作證說：「據瞭解，二月五日或六日左右。來了日本軍的高級軍官，把駐屯在南京的部隊軍官，主要是尉級軍官和下士官集中起來，向他們宣佈，為了日本軍的土氣和名譽，必須立即停止這種狀態的發展。但當時未曾聽到採取過什麼有效措施，也未曾聽到對犯有強姦和其他暴行的士兵進行過處罰。 」（《遠速》，三十六號，載前引資料集1，第五十六頁）
如上述貝茨博士在證詞中所說的那樣，從二月六、七日左右開始，情況有所好轉，如果這是事實，那可以認為，這還是當時東京向南京派遣高級軍官去整頓下級軍官和下士官這一事實所取得的直接效果。如果是確實產生這種效果的話. 那末，中央為什麼不及早採取措施呢？對此，至今甚為遺憾。
大本營派遣陸軍高級武官前往南京，慎重宣佈要整飭軍紀，這似乎是外務大臣廣田弘毅同陸軍大臣杉山元大將交涉的結果，因為廣田看到了來自外務省派駐南京機構的報告，也接到了美國駐日大使格魯就日本軍侵犯美國財產而提出的抗議。
根據檢察方面在遠東國際軍事審判時提出的證據（檢證一九○六），格魯在一月三十一日給美國駐南京、北平（北京）、漢口大使館拍發的電報中說：「今天，大使館陸軍武官在陸軍省得到秘密通知，本間大將（旁注原文如此——譯者）作為大本營的代表前往中國，為防止侵犯外國權益的情況發生，已向松井大將下達大本營的訓令。」格魯又在二月四日向國務院拍發的電報中報告說：「今晨九時，向外務大臣遞交了正式通知……大臣作了答覆。最重大的訓令由大本營發出，理應告知在華的各司令官。其主要內容是必須停止這些掠奪行為，並派遣本間少將前往南京進行調查，確保命令的執行。」（在檢證一九○六中，這些電報未在法庭上宣讀。僅一月三十一日的電報收錄在前引書1， 第一六三頁中，二月四日的電報是一九○六一六，第五十六至六十一頁）
貝茨博士認為，日本軍的高級軍官來到南京是在二月五、六日左右，但根據美國駐日大使館的電報，本間少將離開日本似乎是在一月三十一日。松井大將在接受遠東國際軍事審判時，對向他提出的反問所作陳述是，本間陸軍少將受參謀本部的派遣，於一月下旬前往他在上海的司令部，說是東京當局看到了關於在華日本兵暴行的有關報告， 非常擔憂（《遠速》，三二○號，載前引書1，第二八五頁）。當時就任外務省東亞局局長石射豬太郎也在上述審判時的宣誓供詞中說：「記得是在一九三八年一月底左右，陸軍中央特別派人前往當地的軍隊。後來知道派來的是本間少將。從此以後，南京大屠殺才停止下來」（《遠速》，二八五號，載前引書1，第二二○頁）。參謀本部第二部部長本間雅睛少將到達南京時，恐怕是在二月一日。
參謀本部以總長的名義發出了關於整飭軍紀的訓令，又派遣本間少將前往當地。其結果，日本兵的暴行終算停下來了，而南京市民消除了不安情緒看來是在二月中旬。
還有一個問題，即關於強姦事件。證人許傳音在遠東國際軍事審判法庭上作證說，也有這種情況：「這種野蠻行為逐漸減少，那是由於日華雙方都為不再發生類似問題而進行努力的結果。要說作了哪些努力，那首先是設立供日本兵遊樂的場所，即安慰所， 以使讓妓女在那裡賣淫。」（《遠速》，三十五號，載前引書1，第三十五頁）