每當大學士申時行走到文華殿附近，他就自然而然的感到一種沉重的負擔。這是一種道德觀念的負擔。
文華殿坐落紫禁城東部，皇帝在此就讀。1574年，萬曆髦齡10歲的時候，他就能揮筆寫作徑尺大字。寫下了「責難陳善」四個字當場賜給申先生，意思是希望他的老師能規勸他的過失，提出有益的建議。這四個字的含義是這樣深透，書法的筆力也很勁拔，申時行接受這樣的賞賜不能不感到極大的榮幸。13年之後，申時行所深感不安的乃是他所盡的心力，並沒有達到預期的效果。一個「萬曆之治」的燦爛理想，也許至今已成泡影。
申時行不是皇帝五個蒙師之一，但他所擔任的功課最多，任課時間也至久。現在身為首輔，他仍然擔負著規劃皇帝就讀和經筵的責任。因之皇帝總是稱他為『優生」而不稱為「卿』，而且很少有哪一個月忘記了對申先生欽賜禮物。這些禮物有時沒有什麼經濟價值，而純係出於關懷，諸如鯉魚二尾，批把一籃，折扇一把，更蒲數支之類；但有些禮物則含有金錢報酬的意義，例如白銀數十兩，綵緞若干匹。不論屬於哪一類，這都足以視為至高的榮譽，史官也必鄭重其事，載於史冊。
得任為皇帝的老師是一種難得的際通，也是「位極人臣」的一個重要階梯。固然並不是既為老師就可以獲得最高的職位，但最高的職位卻經常在老師中選任。在皇帝經筵上值講，必然是因為在政治、學術、道德諸方面有出類拔萃的表現。值講者即使還不是卓有成就的實行者，至少也是眾所推服、徹底瞭解國事的思想家。
根據傳統習慣，皇帝為皇太子時即應就讀，受傅於翰林院諸學士，稱為東宮出閣講學。登極之後，除繼續就讀而外，他還要出席另一種形式的講學，即所謂經筵。經筵於春秋兩季氣候溫和之時舉行，每月三次。每次經筵，所有六部尚書、左右都御史、內閣大學士和有爵位的朝臣勳戚都要一體參加，還有給事中，御史多人也在聽講的行列中出現。
經筵舉行的時間一般在早朝之後，皇帝在大漢將軍20人的保衛下首先駕到。在這文質彬彬的場合中，大漢將軍也免除甲胃而穿上袍服，但仍攜帶金瓜等等必不可少的武器。皇帝在文華殿面南坐定，傳諭百官進入，行禮如儀。至此，鴻腫寺官員將書案一張擺在御座之前，專供聖鑒；另一張擺設在數步之外，為講官所用。參加聽講的官員魚貫而入，分列書案左右。
經筵和其他所有的儀式一樣，必有其目視耳聽的對稱均衡。先一日用楷書恭繕的講義此時已經陳列於案幾之上。在贊禮官呼唱之下，兩員身穿紅袍的講官和兩員身穿藍袍的展書官出列。他們都是翰林院中的優秀人員。講官面對皇帝，展書官在書案兩側東西對立。接著是講官叩頭，叩頭畢，左邊的展書官膝行接近書案，打開御用書本講義，用鋼尺壓平。此時左邊的講書官也已經超前，站在中央的位置上，開始演講。講完後，書本蓋覆如前，講官及展書官退列原位，以便右邊的同僚履行任務。左邊講官所講授的是「四書」，右邊講官所講授的則為歷史。此種節目，歷時大半天只有講官可以口講指劃，其他全部人員都要凝神靜聽，即在皇帝亦不能例外。如果當今天子偶然失去了莊重的儀態，把一條腿放在另一條腿之上，講官就會停止講授而朗誦：「為太君者，可不敬哉？」這樣的責難不斷重複，決無寬貸，一直到這個為人君者突然發現自己的不當而加以改正，恢復端坐的形態為止。
這種繁文縟節乃是當日國家中一種重要制度。經筵的著眼點在發揮經傳的精義，指出歷史的鑒戒，但仍然經常歸結到現實，以期古為今用。稱職的講官務必完成這一任務，如果只據章句敷衍塞責或以佞辭逢迎恭維，無疑均屬失職，過去好幾個講官就曾因此而被罷免。
在正面闡述聖賢之道的時候，講官可用極委婉的言辭，在不妨礙尊嚴的條件下對皇帝作必要的規勸。皇帝在經筵上可以提出問題，甚至說明他不同的觀點，但是資問或指斥講官，則屬於失利。即講官準備不充分，講辭前言不對後語，皇帝感到不快，也不能當場流露，而只能在事後間接提出。執行任務時講官所受的優禮乃是長期歷史的產物；即在正德皇帝，那位大有離經叛道意味的人君，也沒有廢止這種優禮。這位不平常的皇帝，他對講宮接二連三地影射批評自己，另有報復的妙法，即「一腳踢到樓上」——這些盡忠的講官經常被陞遷；其所任新職，則十九又在邊區遠省。
申時行現在不是講官，而是經筵負責人，執掌全盤的計劃。他的辦公地點是文淵閣，坐落在午門之內。在辦公時間內，皇帝和他的首輔相去不過1000米。但是這1000米，也是全世界距離最長的1000米。這種距離不在於官寢和文淵閣之間有重重疊疊的門牆和上上下下的台階，而在於除了早朝和講讀外，皇帝已極少接見大學士。他們之間的交往差不多全部出於紙頭書面。偶而皇帝也派宦官口傳聖旨；直接宣召大學士面兩國事，但在申時行任首輔期內，已屬絕無僅有，平均一年不過一次。至於皇帝親臨文淵閣，在本朝歷史上則已經是160年前的事情了。
文淵閣的正廳供奉孔子像。兩側有官捨四間，另有閣樓，乃是保存書籍檔案的地方。閣前不遠有東西兩排平房，是為書記人員抄繕文件的辦公室。以這些房屋作為我們龐大帝國的神經中樞，似乎過於樸素；但是和國初相比，則已有了長足的發展。當年草創伊始，文淵閣真的是一間亭閣，為皇帝職掌御前文墨各官等候召見時歇足之處。以後擴充官舍，增加圖籍，又輔之以吏員，才規模大備，可是它的性質仍非片言隻語所能概述。它既像皇帝與文官集團間的聯絡處，也像各部院以上的辦公廳；有時又像皇帝的顧問室，或是調解糾紛的超級機構。總而言之，它所做的事，就是以抽像的原則，施用於實際問題，或者說把實際問題抽像化。例如經過皇帝批准，人事有所任免，文淵閣公佈其原因，總是用道德的名義去掩飾實際的利害。因為本朝法令缺乏對具體問題評斷是非的準則，即令有時對爭執加以裁處，也只能引用經典中抽像道德的名目作為依據。
在文淵閣辦公的首輔申時行的內心深處，不可能對經筵產生與眾不同的興趣。講書的時間既長，典禮也過於呆板。參加這種儀式，他要在天色未明之前起床，熬過一段悠長枯燥的時間，等到經史講完，書案依次撤去，參加的人員魚貫下殿，在丹城上向御座叩頭如儀，然後才能盼來這經筵之「筵」。此即在左順門暖房內所設的酒食。這酒食為光祿寺所備，各官按照品級職務就座；其中的講官、展書宮及抄寫講義的人員，則又就座於同階官員之上。
身為首席大學士，經筵監督者，申時行有責任使全部程序和諧地演出。要是皇帝出現倦容，或是講官失言以至其他官員失利，他都要引咎自責。有時候他自己也不能理解，為什麼他一個人要繼續堅持經筵必須不斷舉行？難道他不像其他人一樣憎恨這令人折骨傷筋的節目？按理說，他對經筵的反感，不可能在旁人之下。因為他就任今上講官之前，早就擔任過先是隆慶的講官。在文華殿前的花崗石上，他匍匐了這麼多次，以至熟悉了每一石塊的特點。經筵的令人厭倦之處，他比別人有更多的體會。然而首輸申先生忠於職守，仍然在兢兢業業地維護這個傳統節目。在對待早朝的問題上，他也持同樣的態度，堅持不應斷輟。導朝本是苦事，而在寒風凜冽的嚴冬為尤甚。前一年冬天，申時行就聽到過官員在導朝時互相訕笑，說是某人的白臉已凍成大紅，另一人的紅臉又變為漆黑。申閣老深知他在這種情形下，堅持早朝的不斷舉行，必將使自己成為朝廷上不受歡迎的人物。
公歷1587年，時為萬曆十五年，申時行52歲，他已感到未老先衰。幾年之前，他即已鬢髮蒼蒼，現在身為首轉，位被人臣，又有張居正前車之鑒，為什麼他對一切還要那麼認真而不聽其自然呢？
這又是說來話長。
本朝治理天下，禮儀所起巨大的作用，已略如前述。皇帝以一人而君臨天下，具有最高的權威，實因天意之所歸。天意必須通過億萬臣民的信念而體現出來。皇帝和他的大臣，經常以莊嚴美觀的形式舉行各式各樣的禮儀，又為鞏固這種信念不可或缺。無數次的磕頭加強了皇帝神聖不可侵犯的意義；而他親自主持各種禮儀，更表明他也同樣受上天的節制，即受傳統的道德所節制。儒家經典的教條愈簡單平淡，就愈要加強學習，接二連三地聽來講去，借此加強我們理智的主宰。越是地凍天寒，酷暑蒸人，我們的早朝也更可以收到鍛煉身心之效。就是皇帝的親耕，看來有很明顯的象徵成份，但象徵不一定就是虛偽。如果所有參加典禮的人都相信這種象徵，而決心以行動促其成為現實，這又是何等壯大的力量！一月三次的經筵，其目的更直截了當，它表現了皇帝和大臣們堅決地在經典和史籍中尋覓最有效的方法，以達到大同之治。
正是對上述意義有了深切的理解，申時行更不能無愧於中。因為他所盡的心力，並未達到預期的效果，這有事實為證：1586年的新秋，23歲的皇帝降下諭旨，說他早晨起床後突然感覺頭暈腦脹，需要停止早朝和出席經筵、日講；而且所謂停止，又無時日的限制。12個月以後，這頭暈腦脹，又奇妙地重複出現。更令人感到不安的是皇帝剛剛說完精力不支，宦官卻傳出了萬歲爺在紫禁城內騎馬馳騁的消息；接著又有人說他試馬傷額，不想讓廷臣看見，消息傳開，禮部的一位官員就奏上一本，規勸皇帝保重玉體，並注意他身為天子的職責。不想一波方息，皇帝又來一套不能臨朝的諭旨，據他自己說，其原因乃是心中火氣過旺，服用涼藥，涼藥壓火抵於足部，發生奇癢，因之搔破皮膚，行走不便。然而與此同時，宮內卻又傳出皇上飲酒過多，夜間遊樂過度，與妃嬪交往過切如此等等的消息。
這自然會使申時行感到傷心。他曾寫信給朋友訴苦，說他處於無可奈何的境地。他還寫詩責備自己的無能：「王師未奏康居捷，農扈誰佔大有年？袁職自慚無寸補，誰應投老賦歸田！」意思說軍隊沒有打勝仗，農民沒有享豐年之福，可見他自己位居高官，對國事毫無貢獻，自應退休，返里歸鄉。然則申時行並不真是一個容易灰心的人。在發完牢騷之後，他仍然抖擻精神，繼續執行他首輔的職責，攤開賽本，用楷書端端正正地寫上，請求陛下以社稷為重，保養玉體，但是經筵決不可長期停止，太相洪武皇帝，經筵講到叩歲仍然堅持不息。他同時又和朋友通信，指出局勢很難，「上下否足，中外腰攜，自古國家未有如此而能長治久安者」。
申時行是一個富有現實感的人，他懂得為臣之道。如果皇帝說他的問題在腳癢，首席大學士就一定要相信這問題在腳癢。更應該欣幸的是皇帝陛下竟用了這麼多的語句細訴他的困難，這就不失為可喜的現象。所以看來皇帝的病源不深，早朝和經筵不致耽擱太久。好在新的講官和展書官都已派定，只要皇帝能夠出席，經筵可以立即繼續舉行。而且他還考慮，如果皇帝覺得早起困難，則不妨把早朝和經筵的時間稍稍推遲。這些問題都屬於可以通融之列。
申時行之被任為首輔，似為一串意料之外的機緣所促成。
1582年張居正逝世之後，繼任者為張四維。但是不出一年，第二位張閣老的父親也不幸去世。當時自然不能再來一次「奪情」，張四維只能離職丁憂。在此離職期間，申時行代理首軌但是張四維本人在居喪將要滿朝的時候又突然患病，而且一病不起。以前較申時行資深望重的大學士馬自強和呂調陽也已病死，這樣，命運就把資格最淺的大學士申時行推到了最前面。
1587年，申時行官居首輔已4年。他自稱未老先衰，其實精力正旺。他的父母去世多年，所以沒有丁憂的顧慮。他為人溫和謙讓，沒有幾位前任那種趾高氣揚的姿態。王世貞所作《內閣首輔傳》稱他「蘊藉不立崖異」，就是說他胸中富有積蓄，但是不近懸崖，不樹異幟。這一評價在恭維之中寓有輕視的意味。而申時行的溫和謙讓，卻也始終投有能使他能在政治風浪之中置身事外。他以後被捲入爭端，進退維谷，直到提出解呈11次之多，才能奉准退休。
申時行由張居正的推薦而入閣，表面看來，這一點對他關礙不深，因為1582年前後，在中樞出任要職的幾乎全部為張居正的私人。申時行和張四維不同，他以才幹取得張居正的信任，而不是以謅媚見用。在張居正死後，他承認張居正的過錯，但並不借此誇大前任的過失，作為自己執政的資本。其間差異既為同僚所深知，也為皇帝所瞭解。
申時行和其他絕大多數的大學士一樣，出身於政府中執掌教育和文墨的部門。1562年，他在299名殿試及第的進土中名列第一，即得中狀元，並按例授翰林院修撰。此後他在翰林院任職達15年，官至待讀，並升轉兵部及利部侍郎，在職僅7個月，即被命為大學士。他和張居正、高拱一樣，未曾就任北京以外的官職。
難道一個人熟讀經史，文筆華美，就具備了在御前為皇帝作顧問的條件？難道學術上造詣深厚，就能成為大政治家？25年前，翰林院修撰徐時行（當時他尚未姓申，仍襲用外祖徐姓）也曾對這些問題發生疑惑。但是今天的大學士申時行對此早已渙然冰釋，理解了其中的精微奧妙。因為我們的帝國在體制上實施中央集權，其精神上的支柱為道德，管理的方法則依靠文陵。
多年的翰林生活更使申時行對這些問題的理解逐漸加深。翰林院的官員替皇帝撰寫浩敕，浩敕的接受者總是孝子賢孫，同時也是眼光遠大的父母或是能夠周濟鄰里領導地方的正人君子。執掌文墨與教育的官員也向皇帝反覆說明，為人君的職責是在使人民在豐年得以溫飽，凶年不致填於溝壑。他們也要闡明三代以來的王道至今依然適用，即一個良好的政府務必選賢任能，同時在社會上提倡誠信與和諧。總而言之，道德至高無上，它不僅可以指導行政，而且可以代替行政。至於具體的技術問題，例如一個蠻夷酋長當撫當剿的得失，使黃河水道南移或北遷的利弊，邊區條馬交易折換率的調整，等等，自然也很重要，但這是屬於各地總督巡撫的範圍，他們理應提出建議。按本朝傳統，所有的建議仍當奏請皇帝批准。然則用人適當，各地總督巡撫都是眾望所歸，他們的建議，也必為上策佳計，所有奏請，必然會得到批准。所以歸根結底，技術問題仍與道德問題不可分離。
翰林學士在執行職務期間，既已接受道德倫理的熏陶，而有條件精研各種檔案，則為增進技術能力的捷徑。在1578年被任為大學士之前，申時行參與修撰嘉靖和隆慶兩朝實錄和《大明會典》這種編撰工作，必須要把歷年所有因革的文件逐月逐日地排比整理並加檢討，正是訓練培養內閣大學士的最好方法。現在的首輔申時行，被同僚一致譽為「老成」。這種概念與實際年齡無關。他52歲，比次輔許國小8歲，也比三輔王錫爵小一歲。他的老成來自長期處理各種人事經驗；這種經驗，使他深知我們這個帝國有一個特點；一項政策能否付諸實施，實施後或成或敗，全靠看它與所有文官的共同習慣是否相安無擾，否則理論上的完美，仍不過是空中樓閣。這一帝國既無崇尚武功的趨向，也沒有改造社會、提高生活程度的宏願，它的宗旨，只是在於使大批人民不為饑荒所窘迫，即在「四書」所謂「黎民不饑不寒」的低標準下以維持長治久安。這種宗旨如何推行？直接與農民合作是不可能的，他們是被統治者，不讀書，不明理，缺乏共同的語言。和各地紳士合作，也不會收到很大的效果，因為他們的分佈地區過廣，局部利害不同，即使用文字為聯繫的工具，其接觸也極為有限。剩下唯一可行的就是與全體文官的合作，如果沒有取得他們的同意，辦任何事情都將此路不通。例如就在這1587年，山東省的三千農民，由於饑荒誕而走險，叢聚為盜；各地白蓮教的信徒也大有增加。局勢令人驚駭。但僅是驚駭於事無補，解決問題的關鍵仍在於全體文官的互相合作，互相信賴，以致於精誠團結，眾志成城。如果不是這樣，則全國1100多個縣，其中萬別千差，又何能由朝廷訓令，使得多個縣個個個做事符合機宜？所以說來說去，施政的要訣，仍不外以抽像的方針為主，以道德為一切事業的根基。朝廷最大的任務是促進文官之間的互相信賴與和諧。此亦即鼓舞土氣，發揮精神上的力量。
在首輔申時行看來，縱使國步艱難，政府的辦、事能否收效，仍可以常識判斷。如果各部院寺的文官幾個月都見不到皇帝一面，他們就很難維持信心，認為皇帝陛下對各種事情仍能充分掌握。此念一開，他們即會懷疑他對是非善惡可能已經置之度外。信念既失，疑竇即生，他們就很難再盡忠竭力。這也就是「四書」劈頭所述的「誠意」至此已經不能維持。這種情況，就是所謂「上下否後，中外腰攜」，如果繼續下去，鋌而走險的農民決不會止於三千，白蓮教徒也一定會越來越多了。
要影響全體文官，申時行必須首先提供自己的誠意。他寧可被目為大和事佬，甚至被批評為犧牲原則的政客，但他堅持他調濟折衷的原則。他確實看透了國家為解決問題而設立文官，但國家的最大問題也就是文官。而奇怪的是，以張居正的精明練達，竟忽視了這樣基本而簡單的事實。
在本朝歷史上除草創時期的洪武永樂兩朝外，文官凌駕於武官之上，已成為絕對趨勢。多數的武官不通文墨，缺乏政治意識，他們屬於純技術人員。即使是高級武官，在決定政策時，也缺乏表示意見的能力，偶或有所陳獻，也絕不會受到文官的重視。
在申時行充當首輔的年代，全國文官的總數約為20000人，其中京官約占1／100。當他們朝會集合時，就出現一片令人眼目昏眩的現象。他們的朝服為紅絲羅絹所制，四品以上為紅色，五品以下為藍色。朝冠系紗制，側帶兩翅；朝靴黑色，靴底邊上塗以白色的膠漆。腰帶並不緊束而是輕鬆地是在腰間，上鑲玉、犀角以及金銀等方塊，所以在陽光之下閃爍不已。
官員們的品級由「文官花樣」表示。此亦即西方人所稱MandarinSquare。文官的花樣總是繡著兩隻鳥，鳥的品格和姿態則因級別的高低而異。如一品官的花樣為仙鶴翱翔於人中；三品官的為孔雀，一隻著地，一隻沖天；至九品官則為鶴鴆二隻，彼此都在草叢中覓食。武官的袍服形色和文官相似，但品級不用烏而用猛獸來表示，依次為獅子、虎豹、熊務等等。監察官員亦你『風憲它』，雖然也是文官，但是花樣卻不標品級而繡以「傾基」。這是傳說中的一種猛獸，能辨善惡。它對好人完全無害，但當壞人接近，它就一躍而前將其撕為碎塊。還有極少數的文武官員，包括宦官在內，可以由是帝特增繡有蟒、飛魚、鬥牛等形象的袍服，其尊貴又在其他花樣之上，這是一種特殊的榮譽。對峙時行於1585年即由萬曆賜予蟒施。
文官絕大多數由科舉出身。最低級的考試合格者稱為生員。生員應三年一度的鄉武，合格者稱為舉人；舉人參加在北京的會試殿試，合格者稱為進士。舉人得授九品官職；進士得授七品官職。此處尚有鑒生、貢生等名稱，也都可以經過一定的途徑得到官職。總之，科舉制度以各種考試的辦法選拔人才，考來考去，全國的讀書人被網羅而應試的總數當在百萬以上，其中文理通達的即可由此而登仕途。
科舉制度的重要性又在社會風氣中得到反外一個讀書人如果不入仕途，則極少有機會表現他的特長，發揮他的創造能力；也極少有機會帶給一家、一族以榮譽。所以一個人的進學中舉，表面上似乎只是個人的聰明和努力的結果，實則父祖的節衣縮食，寡母的自我犧牲，賢委的茹苦含辛，經常是這些成功的背景。無數的條文和墓碑，可為例證。這些文章多有出自兒子或丈夫的手筆，其中歌頌母親或妻子給他們的贊助扶持，文句悱惻動人，情節也真實可信。皇帝賜給臣下的浩命，也針對這種感情上的需要，恩賜榮典，大多包括妻子以及祖宗三代。此外還有規定：本人可以辭去浩命而轉封他們的妻子和祖宗三代。即使獲得浩命的先輩早離人世，也無礙於授予。舊的墓碑可以取去，而代之以鐫刻著新的榮譽的墓碑；畫師可以根據生者的口述畫出死者的遺容，畫上的袍服，像主可能一生未曾經眼。這樣對祖先表揚，也是對子孫的策勵。這些浩命又可以傳之百世，作為後人楷模。所以辭去自身的思命而轉封於先輩，實為一舉兩得。首輔申時行深深瞭解其內情，他在不久之前就替二輔許國代呈，辭去他本人應得的陞遷，而以相等的榮譽表揚他的亡妻及父母。
基於這些社會背景，文官們自應形成一個具有共同思想的集團。京官為文官中的優秀分子，自然更不必說。他們無例外地從小熟讀「四書」。宋代大儒朱意的註釋，既為官方確定，奉為正宗，則他們也早全盤接受，因之對一切事物的看法，也更為一致。他們都知道施政出於仁民愛物之心亦即同情和憐恤之心。一個有教養的人知道他自己有生活上的需要，又對家人父子具有感情，推己及人，就不能不想到其他人也有這些需要和感情，那麼他也不得不盡力使其他人能獲得他們的需要和發揮他們的情感了。
天下的大道理都可以用常情來度量。即便是最為嚴格的教條，也承認因情理而發生的例外。譬如說一個人對自己的嫂嫂應當敬愛而又經常保持距離，但是當嫂嫂掉進水裡，那就不是再保持距離的時候，而一定要用手拉她。這種原則和例外，亦即古人所說經和權。這些關係，文官們也無疑地瞭如指掌。
因為他們都是讀書明理之人，他們也具有無背於聖賢之道的幽默感。這種愛好幽默的情趣，尤其在他們談論挪揄鴻腫寺禮官時表現無遺。他們所謂『無哭王晚姜辣李苦」，對於這幾位贊禮宮古怪的聲調作了很準確的描寫。雖然有行禮時候，他們個個一本正經，散班之後卻總是有很多令人捧腹的故事在他們中間流傳，譬如說禮官自己忘了轉彎，唱轉而不轉，武臣不等贊禮官唱疏而先行下跪等等。
這些為數兩千的京官，是否都能具備上述的品德，因而形成一個鞏固的集團呢？如果事情真是這樣，則他們身為文官中的優秀分子，自應感化其他文官，而後者也就應該具有移風易俗的能力，使全國1100多個縣的民風杜絕刁頑而日臻淳厚；本朝刑法中所有駭人聽聞的處罰如凌遲處死，也應當早已廢止了。如果事情真是這樣，這麼多身穿懈秀服飾的文官監視其他百官也就毫無必要，皇帝也無須乎赫然震怒，廷杖百富了。可見理想與事實，常常不能相符。否則申時行在執行職務時一定會大感輕鬆，而以下所敘的事情也不至發生了。
首輔申時行雖然提倡誠意，他對理想與事實的聰節，卻有一番深切的認識。他把人們口頭上公認的理想稱為「陽」，而把人們不能告人的私慾稱為「陰」。調和陰陽是一件複雜的工作，所以他公開表示，他所期望的不外是「不肖者猶知忌憚，而賢者有所依歸」。達到這個低標準，已經需要一番奮鬥，如果把目標定得更高，那就不是實事求是了。
要消除文官中不願公開的私慾是不可能的。因為整個社會都認為做官是一種發財的機會，不少的小說和筆記都寫到，一個人得中進士，立即有人前來出謀劃策，如何買田放債，如何影響訴訟，如何利用權勢作額外收入的資本。二北京的一些放債人，經常借錢給窮困的京官，一俟後者派任地方官，這些債主就隨同任所，除了取回借款之外，還可以本外加利，利又成衣地方官兜攬民政與財政，致富的機會至多。至於官員本身，向這種社會風氣投降的程度則各有不同。大多數人覺得在似合法又似＊法之間取得一部分額外收入，補助官俸的不足，以保持他們土大夫階級的生活水難，與情操無損。另有相當數量的官員，則聲名狼藉，其搜刮自肥的劣跡令人憤慨。再有一部分極端人物，則屬清高自負，一介不苟取於人，這絕對的道德觀念，可以由古怪的南京都御史海瑞作為代表。這三者的差別，也就是文官之間不能和諧的一大原因。
中樞的管理又被官僚習氣所掣肘，這是中央集權很難避免的結果。中央對很多邊遠縣份的實際情形無法直接獲知，只能依賴地方官的報告。這種文書從地方送達中樞就常常需要一個月。執筆者鋪陳請事，動輒使用自古以來最為華麗的辭藻，可是他們卻足不出戶，所引用的統計資料也許已經一百年沒有修訂過。自己中樞的大廈坐落在無數含糊曖昧所疊砌的基礎之上，於是就必須找出自己的行政管理刃、法。
這種辦法，即以「責任」二字為交代。一個地區發生了問題，府縣官自然責無旁貸。例如三千亡命之徒，叢聚為盜，當地地方官必受檢舉。他可以被指責為因循貽誤，缺乏膽識，以致事態不可收拾；有時被檢舉的罪名，也可以完全相反，而被論為浮躁輕率，以致迫使亡命之徒鋌而走險。這樣，凡是發生事故，中樞之是否能作深入的調查研究已無關宏旨，上級總可以歸罪於下級地方官。周密的調查既費周折，而如果受罰者又提出證據為自己辯護，如所出事情，在他到任之前滋生，或者其差錯在於鄰府鄰縣，或者由於上級指示錯誤，則法庭也無法結案。案懸不結，責任不明，必將破壞全部文官機構的規律，失去以後賞罰的標準。
因之我們的政事，注重體制的安定，而不計較對一人一事的絕對公允。犧牲少數人，正是維持大局的辦法。人事考察條例，也就從這裡著眼。按照規定，四品以下的地方官三年任滿應當入京朝覲述職，由皇帝及有關部門核定他們政績的優劣。但是全國有1100多個縣，任何精明強幹的人事官員也無法詳細知道他們的具體成績，而只能在大節目上斟酌一二。如果一個地方官所統轄的地區安靜無事，稅收沒有多大虧欠，該地區的民風就是「淳厚」而並非「刁頑」，這一位地方官必為好官而非「浮躁』域「寸力不及」。京官六年一考核，名為『徐察」，考察也很難根據實際能力和成績，而大抵是視其人事應付能否得宜而有其上下高低。一對京官對這種考核總是戰戰兢兢，因為一旦得到一兩個不良的評語，則一生事業可能立即付諸東流。本朝歷史上最嚴格的數次考察，曾使兩千多文官停職降級。在當政者來說，沒有這樣的辦法，朝廷上就無法去舊迎新；在被考核的文官來說，這樣大批的斥退的確令人寒心，於是他們更要互相照顧，以作為保護安全的必要手段。
各式各樣的社會關係也使他們結成小集團。出生於一省一縣，是為『鄉誼」。同一年考中舉人或進土，是為「年誼」；同年的舉人或進士就像學校裡的同班一樣，在原則上有彼此關照的義務，他們的考官則不消說是終身的恩師。婚姻關係，包括男女雙方的遠親近屬，是為「姻誼」。這多種的「誼」堤形成文官派系的一個主要原因。各派系的主要人物亦即後台老闆就有提拔新進的義務；私人的困難，可以協助解決，錯誤也可以掩飾。被提拔的和被幫助的當然會對後台老闆效忠賣力，終身不渝。
申時行既然身居首輔，他不能不感到這種局勢的危險。文官名義上任職於各部院寺，各有其官方的組織，但是背後又有他們私人派系。他有一次在給朋友的信內提到這個問題，深深感歎這種公私「陰陽」的區別。可是他有什麼辦法？他自己還不是依靠張居正的栽培才有今天的地位？申時行不是理想家，他深知人類的弱點不能完全避免。張居正一案已成過去，他現在的任務是要竭誠幫助年輕的皇帝治理國家大事，當務之急是增加文官之間的互相信賴。與其暴露各人的陰，毋寧提倡他們的陽。正因為如此，他被報多人目為放棄理想以妥協為前提的政客。然而還有人比他更為務實，認為所有倫理道德全是空中樓閣，最多也不過是一種理想和一種裝飾。對這種看法，申時行也不能同意。理想與裝飾究竟不同於虛偽，一個人仍能以此作為起點去推行他的誠意。
即算本朝推行倫理道德以作為治國的標準，收效不如理想，可是也別無更好的辦法。假如沒有這些觀念和原則，我們政府靠什麼而存在？如果放棄「四書」上說的真心誠意，仁民愛物，嫂溺則手援，如何能使2000名京官對事情有一致的看法？又如何能使18000名地方官和衷共濟，或者無端受罰而仍然歌頌「皇恩浩蕩」了我們還有什麼更好的標準去教育全國約1肋萬的讀書人，還有什麼更好的標準去表彰他們的祖先、寡母、賢妻？個人的私心會隨時隨地變遷，只有倫理道德永恆不變。古代的聖賢寫作「四書」的時候如此，朱是註解「四書」的時候如此，今日仍然如此。正因為如此，它才可以在經筵上被講解者發揮，也可以在墓誌上被鐫刻，以為後人的典範。
這種倫理教育所收到的效果，可以用前面提到的鄒元標為例。鄒元標在1577年得中進士，時年26歲。當時他還沒有任何官職，然而根據聖賢的教導，他竟上書指出張居正的不肯丁憂的可恥可惡。這一封奏章使他在午門外受到廷杖，進士的頭銜革去，降為士兵，流放於貴州的窮鄉僻壤。一去5年，直到1583年冤案昭雪，他才被召回北京，任命為給事中，職司監察，穿上了繡有懈劣的飽服。到任不久，他又上書直接批評萬曆不能清心寡慾。皇帝用硃筆在奏章上批「知道了」三個字，給他面子，免予追究文句的唐突。然而鄒元標不識抬舉，過不多久，他二次上書，奏章上的用語更無忌諱，竟說萬曆扯謊，有過不改，而且引用「欲人匆聞，英若勿為」的諺語，揭穿皇帝的裝腔作勢，說他沒有人君風度。這就不能不使萬曆勃然震怒，準備把這個不知感恩的諫宮再次廷杖。
一個從七品的下級文官，過去對朝廷的惟一貢獻只是檢舉了張居正，今天居然具有這種道德上的權威，敢於直接指斥皇帝，其憑借者安在？萬曆的看法是，鄒元標和其他冷諫者並非對他盡忠，而是出於自私自利，即所謂「訕君賣直」。這些人把正直當作商品，甚至不惜用誹謗訕議人君的方法作本錢，然後招搖販賣他正直的聲望。
這種看法不無事實上的根據。有些文官熟讀詩書，深知百世流芳之說。他們可以找到一個題目，寧可在御前犯不敬之罪，今日受刑，明日名揚史冊。這樣的做法，說明了忠臣烈士的名譽，確乎是一種高貴的商品。否則，何以有許多人願意付出這樣昂貴的代價，放棄經過千辛萬苦掙來的進士出身，繼之以血肉甚至生命去追求？
既有這種人物具有這樣看法，則內閣首輔雖然承認現實，卻又不能放棄理想。
申時行決心做和事佬，他的誠意得到了某些文官的尊重，但並不能為全部人土所諒解。他有時被批評為張居正的循吏，有時則被指責為「首尾兩端」，即遇事左顧右盼，缺乏決心。但是申時行卻並不因這些批評而改變作風。旁人處在他地位上，可能採取比較直截了當的硬性辦法。申時行之「蘊藉」，半由天賦，另一半則因為在前任和後台那裡得到的教訓。張居正死後被參，家產籍沒，子弟流放，如果他仍然按照張的作風辦事，至少也是沒有頭腦。今日他端坐在文淵閣中張居正留下的公案後邊，當然不能忘懷張居正當年的神情氣概。這位炬赫一時的首輔，確乎把他申時行當作門生和屬吏。但也正因他申時行能夠虛心下氣，才有進步成長的機會，而終於成為張居正的繼任人。
他的前任和後台是一個聰明絕頂的人物，能夠記憶千頭萬緒的詳情末節，同時又極能瞭解各種人事的機微。在隆慶皇帝去世的時候，幾乎所有的廷臣都厭惡高拱，而對張居正卻表示好感。甚至他為了獲取首輔的地位，不惜與大伴馮保周旋，並以此得到慈聖太后的垂青種種情節，也得到同撩的諒解。1572年他開始為文淵閣主人，確實是一帆風順。然而在10年之後竟身敗名裂，成為歷史上一大悲劇的主角。申時行對這一悲劇的內容十分瞭然，張居正的根本錯誤在自信過度，不能謙虛謹慎，不肯對事實作必要的讓步。申時行生平不願宣揚別人的缺點，對於提拔自己的人，更不會妄加批判。他只是從這悲劇的內幕中得到了教益。
張居正的10年新政，其重點在改變文官機構的作風。這一文官制度受各種環境之累，做事缺乏條理。張居正力圖振作，要求過於嚴厲，以至抗拒橫生。在他有生之日，他猶可利用權勢壓制他的批評者，可是一旦身放，他的心血事業也隨之付諸流水。
加強行政效率乃是一種手段，張居正的目的，在於國富兵強。理財本來也是他的專長，但就是在此專長之中，伏下了失敗的種子。這其中有很多複雜情況，是為外人所未能深悉的。
這種複雜性首先見於稅收。本朝1100多個縣，表面上看來都是相等的行政單位，但實際每縣稅糧總數不僅不同，而且相去極遠。在多種情形下，總數一經規定，就因襲而不加修改。一個富裕的縣份，其稅糧總數可以是一個窮僻縣的300倍到500倍之間。
當一個縣官詳細察看他的轄區時，他更可以發現很多難於置信的事實。這足以證明我們所稱為制度，往往只是一個理想。比如說，官方所用度量衡和民間所用的就有大小的不同。又比如，很多縣份的耕地幾個世紀都沒有作過系統的丈量，其間有的增加，有的減少，甚至該地區的地形都有了改變，過去所定稅糧數額，可能已與現在實際情形大相逕庭。至於土地的所有權，經過幾易其手的典押，有時也難以認清誰是真正的地主。
有些縣份的稅額很低，粗粗一看，似乎必須提高稅額，至少這樣的縣份再也不應該有稅糧的積欠。但實際情形是，由於原來稅額低，不少農民已升為地主，而這些小地主，多系自耕農或半自耕農，仍去飢餓線不遠，他們的生活與農村富裕的地主和居住在城市的地主當然不可同日而語。這也就是說，低稅的實惠，早已為當地人視作當然，成為生活中不可缺少的因素，欠稅欠糧的事情，不能因全縣稅低而遏止。
有些縣份的稅糧比較高，這就更不可能如數進入倉庫。在一般情況下，收稅達到一定的稅額，例如某縣已徵收了稅額的60％，則再催征其餘的40％極端困難。即使富裕的地主也會倣傚貧窮的自耕農拒不細糧。他們根據多年經驗，知道一個縣官無法長期和成百成千以拖拉方式拒不納糧的戶主抗衡。舊稅未清常常是新稅之累，所以官方只好用種種名義把未收的部分減免，其後果就等於鼓勵拖欠而拒不納稅。縣官對欠稅的戶主沒有別的辦法，只能拘押一些人在官衙前拷打，以為其他欠稅者戒。然而這些欠稅人也另有對付的辦法，他們可以賄賂衙役，僱傭一批乞丐代他們挨打，稱為「請人代杖」。南直隸蘇州府向稱魚米之鄉，就是這樣一個典型的地區。申時行生長於蘇州吳縣，對這些情況已司空見慣。張居正自然也深知此中積弊，所以他給別人的一封信說蘇州以賴糧著名，「其鄉人最無賴」，此地可稱「鬼國」。
百姓繳納稅糧，在規定數字外尚有所謂「常例」，即各地方官按照習慣收入私囊的附加，縣官如此，以下村長里長甲長也無不如此。地方官向上繳納稅金稅糧，總是先扣常例，至於稅額是否如數，則是另一回事。
張居正擔任首輔的時候，他用皇帝的名義責令各府各縣把稅收按照規定全部繳足，這一空前巨大的壓力為全部文官所終身不忘。批評張居正的人說，他對京城和各地庫房中積存的大批現銀視而不見，而還要用這樣的方式去斂財，必然會通致地方官敲扑小民，甚至鞭撻致死。這種批評也許過於誇大，但是張居正的做法和政府一貫所標榜的仁厚精神相背，卻也是事實，同時也和平素利用鄉村看老級外所行「間接管制」的形式不符。這種間接管制雖然行政效率極低，實際上卻為事勢所需，它在成萬成千農民之間解決了官方鞭長莫及的難題。
張居正還有一個錯誤，則是他忽視了文官集團的雙重性格。固然有很多官僚憑借特權，引用私人，扶植地主和高利貸者的利益。但是「四書」所揭案的、為文官集團所標榜的宗旨，也並不全是口頭禪。如導之以誠意，一些有責任感的年輕人如鄒元標輩，又真能不顧一己安危榮辱，為仁民愛物的宗旨拚命。這種自我犧牲的精神，能在存亡於膚發之間擊退北方遊牧民族的內犯，也能在萬苦千辛中修復黃河的決堤。他們經常批評萬曆皇帝，其用心也未必真是「沽名賣直」，而是他們深知自我犧牲，必須得到皇帝的肯定和合作，才能使億萬百姓沾惠受益。他們之所以攻擊張居正，也正因為在他們心目中，張居正的措施放棄了古聖先賢的宗旨，而是急功好利，企圖以世俗的行政效率來代替這種偉大的精神，最終必然窒礙難行，落一個引用私人的下場。
從客觀條件來看，張居正之弓傭私人，是無法避免的。以我國幅員之六，交通通信又極落後，任何有能力的內閣，也不能對各種地方官有周密的瞭解和實際的控制。張居正一心改弦更張，10年『專政」之後，各地稅額並沒有調整；地方政府仍然無法管理農村，官吏薪給之低，依然如故。總之，這種維新不過是局部的整頓，而非體制上的變革。張居正本人認真辦事，一絲不苟，他親自審核政府的賬目，查究邊防人馬的數額，下令逮捕犯法的官吏，甚至設計各種報表的格式，規定報告的限期。他所派遣的總督和任命的尚書個個精明能幹，然而他們的誠信仍有問題。因為撇開他們本身不說，他們屬下的低級機構，依然處於各種各樣不合理條件之下，離開了權術，這些高級官員也無精明能幹之可言，而權術又總是和誠信背道而馳的。
在名義上張居正是皇帝的顧問，並無決策和任免的權力。為了貫徹自己的意圖，他經常以私人函件的形式，授意於他親信的總督巡撫，要他們如此如此地呈奏皇帝，然後他以內閣大學士的身份票擬批准他自己的建議。為了鼓舞親信，他有時還在函件上對他們的陞遷作出暗示。這種做法，實際上是以他自己作中心，另外形成一個特殊的行政機構，以補助正常行政機構之不及。這在旁人看來，就是上下其手；以氣節自負的人，自更不願向他低頭，以免於趨附權勢的譏訕。
張居正的全套措施，徹底暴露了這一大帝國中央集權過度的不良後果。在下層行政單位間許多實際問題尚未解決以前，行政效率的增進，必然是緩慢的、有限度的。強求效率增高，超過這種限度，只會造成行政系統的內部不安，整個文官集團會因壓力過高而分裂；而糾紛一起，實際問題又會升級成為道德問題。
張居正既不能撇開文官集團而自起爐灶，他的所作所為也就無法避免矛盾。舉一個例子說，他個人物質生活的奢華惹人議論至多。數年之前，小皇帝萬曆聽說張先生要改建住宅，增修一座閣樓以便懸掛御筆，於是就親自下令由內庫撥發白銀一千兩以為資助。因為在小皇帝的心目中，他的老師官俸並不豐厚。但是張居正去世之後，萬曆皇帝才聽說北京張宅的增修費用，竟為白銀一萬兩。更令人驚訝的是北京張宅剛剛修造完畢，湖廣的江陵立即出現了一座規模相同的張宅，主其事者是錦衣衛的一個龐姓軍官，建造的費用不消說來自官庫。張居正獲悉此事，自稱於心不安，但並沒有毅然拒絕這些小人的阿泱奉獻。接通而來的就是湖廣的地方官動用公款先後建造三座石坊以頌揚張居正的功業。次之則張居正以整理驛傳作為他自己的一大政績：當時政府設立的各個驛站，照例對來往官員供應車馬食宿，他花費了很大的心血，務使真正有公事的人，才受驛站接待。幾家屬旅行，或以私籍公，需索驛站者，查出後立加嚴懲。但是張家的僕人甚至親友的僕人卻可以任意向地方官需索車馬船隻，並及於扛格行李的伕役。張居正要求其他官員勵行節儉，但是他卻不能以身作則，這當然不能不貽人以口實。上述情形，也許可以推說為下人蒙蔽；然而他在私人函件中屢次提到他親信的文官曾向他贈送貴重的「禮物」，包括現金和田地，這就不僅使他無法自解，也使對他同情的人不能置辯。也許在他看來，他自己的奢華和別人的節儉不過是因地位不同因而各有本分。但是在他的政敵的心目中，這就是言行不一的一大證據；即在一般人看來，這至少也是道德上的疵暇。這些地方也使萬曆喪失對元輔老師的一番尊敬，因為事實具在，不像「謀逆篡位」一套罪狀，雖然嚴重，卻令人難於置信。
張居正的最後幾年裡，對他的批評者非常敏感，而對有名的文士尤甚。這些名士生平只知用華美的文章大言欺人，決不會對他崇實的作風起好感；因之他也就視此種人為寇仇。如果申時行有機會對他前任和後台老闆發牢騷，他一定會指出張居正對待這般人的態度未免過分，而且由此而牽累了自己。因為在這些人眼中，他總是張居正的私人。平心而論，張居正對待一般文人，確乎過於偏激而有失寬厚。這些撰寫文章的專家根據「學而優則仕」的原則，認為他們的詩詞歌賦是贏得厚祿高官的資本。張居正縱使因為他們沒有濟世之才而加以擯斥，也不妨採用比較溫和的方法敬而遠之，不去觸怒他們。例如王世貞，是本朝數一數二的散文大家，又和張居正同年得中進士，按理說應該情誼深厚，然而清形卻不是這樣。王世貞一心想做尚書，多次主動向張居正表示親近，替他的父母作壽序，又贈送了許多禮物，包括一件極為名貴的古人法書。但是張居正卻無動於衷，反而寫信給王世貞，說什麼「才人見忌，自古已然。吳干越鉤，輕用必折；匣而藏之，其精乃全」。前兩句恭維，其後則把王比作脆弱而不湛使用的武器看待，只能擺在盒子裡讓人讚賞他雕鑄之美，卻不能用以斬將奪旗。王世貞當然不曾忘記這段羞辱，他日後為他的同年作《張公居正傳》時，也就以牙還牙，行間字裡，酸辣兼備；其中提及申時行，也多輕蔑之語。
還有一個文壇健將汪道昆，湊巧也是張居正的同年，他官至兵部侍郎，有一筆由他經手的邊防公款，經監察官查核認為賬目中有不實之處；而汪提供的報銷，卻用華麗動人的散文寫成。張居正對此事極感不滿，他鐵面無私地在一封信上指出「芝蘭當路，不得不鋤」。汪侍郎雖有芝蘭之美，然而卻開放在眾人行經的道路上，管理公路的員工張居正也不得不把這名花異卉一鋤所去。這封信剛剛寫完，汪道昆就被迫退休。
張居正開罪於文人有如上述二例。這也表現他雖為首輔，卻沒有認清文官集團還有另一種雙重性格。在他執政的時代，在名義上說，文官還是人民的公僕，實際上則已包羅了本朝的出色人物，成為權力的源泉，也是這一大帝國的實際主人。張居正按照過去的眼光仍然把文官集團當作行政工具，對其中最率眾望的人物不加尊敬，就使自己陷於孤立的地位。直到危機四伏之際，他才發現了這一點，並且引用怫家經義，作為自己精神上的解脫，說是：「如火火聚，得清涼門。』既能在狂燎烈焰之中有冰凝水靜的感覺，則他雖尚在人間身居首輔，卻已經把自己當作烈士看待了。
申時行沒有做烈土的決心。他坐在前任的書案之後，認為張居正當年如能避免各種錯誤，他就沒有自我犧牲的必要。申時行記得清楚：在萬曆初年大家對張居正還心存欽慕，他們沒有責成這個首輔捨棄舊章，創造一個新的行政系統。他們心目中的大政治家，應當以個人的聲望來調和各種極端。在一般情形之下，他需要用明確而堅定的態度處理公務；但這標準只能維持到一定的限度。事態的發展逾於限度之外，則就要用想道來原諒各人的過失。首輔的最大貢獻，則在於使各種人才都能在政府中發揮長處。大才小才，庸才劣才，全部如是。對他們起感化和領導的作用，即為申時行所稱的「誠意」。
除非把全部文官罷免，而代之以不同的組織和不同的原則，身為首輔的人只能和文官合作，按照他們的共同意志辦事。申時行沒有忽略文官的雙重性格：即雖稱公僕，實系主人；有限則有陰。他必須恰如其分地處理此中矛盾。時勢要求申時行充當和事佬，他就擔任這樣角色，至於別人的評論如「首尾兩端」之類，就只能付諸一笑。
申時行下決心當和事佬，固有以上的理論及經驗作背景，但也與個人利害有關。
他在初任首輔的兩年內，曾一再感到風雨飄搖。當日見被目為張居正的私人，都要費一番心力，為自己洗刷。申時行固然有忠厚長者的聲名，但是他與張的密切關係，也早為人所共知。縱是他是當今皇上老師，亦於事無補。這時候萬曆皇帝年已19歲左右，嘴唇上和頷下已長出了稀疏的短鬚，伊然一個成年人了。他聲稱過去被人愚弄，今後當徹底地獨立自主。皇上要振作，當然是好事；然則他的動機卻出於疑忌。這又增加了左右大臣職務上的危險性。申時行也很清楚地看到，在他前任8個首輔中，只有李春芳和張四維可謂能全始終，其他翟鑾、夏言、嚴嵩、徐階、高拱和張居正6人，或遭軟禁，或受刑事處分，或死後仍被追究。表面看來，所有處分出自皇帝的旨意，其實所有案件，無一不產生於文官集團中的矛盾。首輔或是在政策上遭到多數人的反對，或是個性太強而引起嫉妒和仇視。技術上的爭端，一經發展，就可以升級擴大而成道德問題，勝利者及失敗者也就相應地被認為至善或極惡。
在1583年的夏天到1585的夏天，申時行似乎感覺到有一個政治上的黑箍套在自己腦袋上，而且一天比一天加緊。反對他的以年輕的京官居多，只是因為他們還沒有完全摸清皇帝對申先生的真實態度，一時不敢造次，但是攻擊已經逐漸展開。他們首先質問：張居正的四個兒子，三個得中進士，其中兩個人翰林院，申時行當日為會試時主試官之一，難道和他沒有關係？這一質問沒有動搖申時行的地位，他們接著又建議，今後大學士的兒子一律不得參加會試，這矛頭顯然是針對申時行的長子申用撤。再接著他們又彈劾吏部尚書楊巍，說他用人辦事都逢迎內閣旨意，言外之意乃是首輔專權跋扈。這兩次攻擊依然無效，但是他們參劾禮部尚書徐學漠卻取得成功，徐被迫去職。參劾者表面上的理由是他在選擇皇帝陵墓的地址時，沒有廣泛地聽取港輿專家的意見，以致沒有選到一個真正的吉穴，但真正原因乃是徐學漠已被視為張居正的私人，而他在最近又把女兒嫁給了申時行的次子申用嘉。
這種攻擊是經過深思熟慮，按照預定步驟進行的。整個方式可以稱為「去皮見骨」。攻擊者常常從一些小事開始，諸如一句經書的解釋，一種諧音的諷刺，一張不署名傳單的內容，一個考題的不當等等，有時也可以在奏章上提出一個冤案，參劾一個不知名小富的家庭瑣事，或者以論水利和研究馬尾巴發難引出本題。利用這些小事可以促使公眾注意，引起文官參加，假以時日，使小事積累而成大事，細微末節的局部問題轉化而成為整個道德問題。在程序上講，發展中的步伐則須前後銜接，第一步沒有收到效果之前決不輕率採取第二步。而且出場交鋒的人物起先總是無名小卒，直到時機成熟才有大將出馬。這種方式，大凡久在政治圈子裡的人物，都已看透，他們可以從青萍之末，預測大風暴的來臨。
而對著這佈置周詳的攻擊，申時行險些垮台；再加以高啟愚一案，他更是被拖到了懸崖邊上。然而出人意料之外的乃是他頂住了這種攻擊。在這危機中搖而不墜，以後重又站穩了腳跟。這是申時行生活史上的一大勝利，使他的政治地位更趨鞏固。
高啟愚出身翰林院，曾任南京和北京的國子監祭酒，相當於國立大學校長。由於申時行的推薦，他以禮都右侍郎的身份充任皇帝的經筵講官。按照過去成例，他之被任為大學士已是指日間事。和申時行一樣，他還很可能為來日之首輔。只是高啟愚命運乖違，正在官運亨通之際，忽然被人檢舉。幾年之前他主持應天府鄉試所出試題「舜亦以命禹」，這時被認為宣揚撣讓，即是恭維張居正有神禹疏鑿之功；在有德者則君臨天下的前提內，這也就是向張勸進。這一攻擊既陰險又毒辣，因為它正中了皇帝心理上的要害。攻擊者預料，高啟愚為申時行提拔，在這嚴重罪狀面前，申必然要出面為高辯護，於是就可以）順水推舟地搞垮申時行。
果然計出如神，案件一發動，申時行出而為高啟愚辯護。攻擊者按照原定部署參劾申時行，又如預料申被參離職家居待勘，二輔許國代理閣務。許國又為申時行辯護，過幾天也被參劾，也同樣在家聽候處理。
只是攻擊者沒有預料的，乃是這一場大風浪，使萬曆皇帝作了長時間上的考慮。他把種種跡象聯繫起來，逐漸明白了這些檢舉參劾的真實用意。何以這群「保皇黨」當初在高啟愚出題勸進的時候一言不發，今日張居正已經倒台則又振振有辭？可見他們也另有其「陰」。他們好幾個組織者都是三輔王錫爵主持會試的門生，如果搞垮申時行和許國，即可以擁護王錫爵擔任首輔。事不湊巧，王錫爵責示了充分的明智和冷靜，他不接受這樣的擁戴，反而向萬曆皇帝上書稱讚首輔申時行「泊然處中，重國體，惜人才」。
於是聖意乃決，申時行和許國都被挽留。皇帝特遣的宦官到兩位閣老家裡央請他們出來視事。攻擊者因之不能再加置像。但是為了保持文官間的平衡，也為了繼續鼓勵監察官盡忠報國，對攻擊首輔的人也不便過重處罰。直到數月之後風波平息，萬曆才把其中最激烈的分子各降三級，首先參劾高啟愚的御史，也調到外省；至於高啟愚為生事之端，即便從輕處理，也不能認為全無過失，可以令之置身事外，乃以「出題謬妄」的罪名，被頒奪文官身份和以前恩賜的祖先浩命。
張居正一案的餘波，到此才完全結束。故太師的頭銜既然被俄家產也已沒收，兒子進士翰林的名稱又經一筆勾銷，今後即再暴露他所培植的私人亦不能使皇帝激動，自此朝廷內的文官還要互相攻擊，則必須另找新的題目來做文章，而不能再在張居正的驕奢無道或者窺竊神器上大加發揮了。
等到這一案完全結束之後，申時行才有機會平心靜氣地研究事情的真象。在所有反對他的人中，真正關心張居正的兒子如何進入翰林院以及皇帝陵墓風水好壞的恐怕很少，甚至借這個題目可以擁戴首輔以便自己陞官的也不能太多。應當注意的仍是張居正本身是一個令人感情激動的題目。只要一提起他的名字，就立刻引起很多人氣憤，因此反對者不一定要費很大的氣力，即可以利用各文官間對故太師的反感，排斥他所接近的人，如侍郎表講官高啟愚、利部尚書徐學漠和他申時行自己。
為什麼張居正這樣令人痛恨？原因在於他把所有的文官擺在他個人的嚴格監視之下，並且憑個人的標準加以陞遷或貶黜，因此嚴重地威脅了他們的安全感。這些官員之間關係複雜，各有他們的後合老闆以及提拔的後進。他們又無一不有千絲萬縷的家族與社會關係，因之得罪了一個人，就得罪了一批人；得罪了一批人，也就得罪了全國。這正如他同年王世貞所說，張居正一套偏激的辦、法，是和全國的讀書人作對。
張居正又錯誤地使用了懈復這一動物。監察官是徵集輿論、平衡陰陽、在公益和私利中找到折衷的工具，元鋪張先生卻用它來推動自己的政策。御史和繪事中只檢舉對他不利的人物，不糾察他的行政，這種情況使他們與特務警察無異。因之張居正雖沒有獨裁者的權位，卻有了獨裁者的神通。要不是在他執政之日有這種普遍被壓抑的恐懼和怨恨，以後的反張運動就不會引起這麼多的同情，動員這麼多的力量，產生這麼多的枝節。
1585年，萬曆皇帝決心將張居正一案作為歷史看待。申時行也決心防止這樣的政治波瀾再來掀動本朝的上下機構，他呈請皇帝停止張居正所制定的考成法。為了有效地管制全國各府縣，這一考成法規定各科給事中按年月記載各地方官的政績，其標準為欠稅是否能夠追繳，盜匪是否能夠擒獲。官員前案未結，就不許陞遷離職，甚至有些已經退休或正在養病的官員還要被傳詢答覆問題。現任首輔申時行認為這種方法有欠公允。因為稅收能否如額征足，有其多方面的原因，而不完全決定於縣令府尹的能力和辦事精神；匪盜就擒或漏網，更多出於偶然的機會，如果上官不顧困難，一味逼迫下屬，下屬又逼迫兵丁捕快，就會促成許多嫌疑犯屈打成招，這也不是清明寬厚的本朝所宜有。萬曆聽罷首肯。這樣，張居正時代惟一有組織性的條例也就此撤銷。
為了表示胸襟開闊，申時行對參劾過自己的官員概不追究，甚至還建議其中的幾位官員晉級。另一件出人意外之事則是他替鄒元標說好話。這一位鄰元標，除了上書觸怒聖顏之外，還幫助反對申時行的一派逐走了他的兒女親家徐學漠。萬曆本來想重辦鄒元標，申時行出來討價還價，終於使鄒沒有受到廷杖，僅以除籍了事，而在鄒元標離職以後，申時行還在設法使他能第二次被召復職。
1587年又值京察之年，這是一個極好的機會可以宣揚他作為大政治家的誠意。京察每六年舉行一次，全部京官都將被考核。各地巡撫由於帶有都察院御史的頭銜，所以也同於京官在考核之列。與他前任1581年的原則相反，申時行力主人事上的穩定。隨即消息傳來，政府讓大小官員各安其位。於是眾心欣慰。京察的結果，凡由進士出身的職官只有33人降級或罷免，而且這33人，沒有一個出於吏部、都察院或翰林院這些傳統上最富敏感的機關。這種想道穩定了文官集團的情緒，也穩定了首輔自己的地位，他被眾口交譽為老成持重，有古君子之風。
他和萬曆之間的關係也越來越好，概言之，即已經由協調進而為親密。冊封萬曆的寵妃鄭氏為皇貴妃時，他被委為正使之一。申時行又奉派為總攬大峪山今上陵寢的建築工程，並已到施工之處巡視多次，一次在嚴寒，一次在酷暑。1587年，他報告一切進行都很順利。萬曆龍顏大悅，特賞首輔申先生織有雙喜字的錦緞一匹，讓他製成新衣，以供閱陵時服用。
在皇帝的心目中既已取得了很高的信用，申先生又能以他高超的勸說能力，委婉地請求今上放棄他禁中內操，即在皇城中訓練以宦官編成的軍隊，並同意不再隨便出城巡閱，管束職掌特務的宦官張鯨。這些事情，如果不是申時行採用恰當的方式調停，很可能造成皇帝與百官間的衝突。因為在這些地方文官們有他們堅定強硬的看法，要是他們一定要以道德的名義在御前海諫，言語衝突之餘，萬曆一動反感，很可能導致一意孤行。申閣老防患於未然，確已盡到從中調濟的職責。
反對申時行的則仍稱他為妥協，一味只顧目前適用，放棄原則。申時行當然有他的辦法答辯。他表示，要是不恢復百官間的彼此信賴，怎麼可以使他們大有作為，為皇上推行開明的政治？
管理我們這樣一個大帝國，在許多問題上一定是要生間隙的。張居正以整飭紀律自居，而實際上他是強迫要求各人保證不生牌隙。申時行用恕道待人，又鼓勵城信，就是期望各人自動地各盡其能地補救夠隙。申時行的立論並非沒有理由，但是從他四年內在文淵閣執政的紀錄上看，其成功的希望至為微小。
推廣誠意的方式是經常不斷地舉行禮儀，講解「四書」和其他經史，然而最近以來，申時行已經不能勸說萬曆皇帝出席他應該主持的禮儀，經筵也久被擱置。申先生內心明白，經過張居正事件之後，皇帝對各種告汗、爭論和答辯已經不感興趣，他對一切都取懷疑的態度。因為他從小束髮受教，就聽說「王者無戲言」，天子應對一切事物認真，更要在一句一語之間，相信親信人的話。而現在看來，每個人都是說管說，做管做，兩不相干，這又何怪乎他懷疑一切？他之所謂「訕君賣直」，就表示他已經知道凡事都有其明暗陰陽。他對廷臣要求他為堯舜之君的說法不加反對，因為這是「四書」中的準則，又是祖先的訓示，不容置辯。可是以他的聰明敏感，誰又能夠保證他在內心深處，沒有把這種要求當成臣下為他設置的羈絆？
皇帝放棄誠意，使申時行至為不安。然而他沒有更好的辦法，只好自己堅持信心，靜待時機的好轉。可是無情的時光，究竟還有多少讓申時行來安排和等待呢？1587年，即萬曆十五年的秋天，他作為首輔已四年有半，今後還有四年，他仍為文淵閣的首長。在他不知不覺的用盡了命運為他安排作首輔的全段時間，那麼太傅兼太子太師左柱國中極殿大學士申時行即想在文淵閣再多留一天，也是不能為時勢所容許的了。