教廷現在在總部留守的人馬只有兩三千，而波多帝國皇帝一直擔心教廷來一個鳩佔鵲巢，所以在都城一直保留著八支精銳軍團。此時死傷了將近一支軍團，留下兩支軍團守衛皇宮，剩餘的五支軍團全部出動去圍攻教廷總部。
雖然教廷軍隊的個體實力遠比普通部隊要強，但波動帝國留在都城的部隊也都是精銳禁衛軍，人數更是達到了教廷人馬的二十倍。裁判長為了這次暗殺調動了幾乎全部的聖域，只留下一名聖域天使守衛。
結果參加暗殺的聖域除了裁判長全部隕落，裁判長也因強行使用魔法藥劑而戰力幾乎全失。裁判長倒也決絕，他知道波多皇帝必然會派大軍報復，竟在回到教廷總部後直接帶上那些資質上佳的弟子和那名聖域天使放棄教廷宮殿離開，倒留下了大半人手。
這些離開的人都有飛行魔獸，離去的十分迅速，當波多帝國的軍隊包圍了教廷宮殿後，那些留守的教廷人馬和波多禁衛軍發生了激烈的戰鬥，直到第二天凌晨，戰鬥才告結束。
教廷的總部雖然是後修建的，但也具備防禦魔法陣和魔法塔。裁判長和那聖域天使離開後雖然沒有了聖域強者，但卻還有十幾名強者，最終雖然攻陷了教廷的總部，但波多帝國也付出了將近兩支軍團的代價。
波多皇帝也知道裁判長帶著人逃離，他雖然震怒，但裁判長逃離了波多帝國的範圍，他也沒有任何辦法，還需要隨時防備教廷之人再次刺殺。當然，波多皇帝現在還有更頭疼的事情，那就是如何擋住奇克帝國的進攻。
波多帝國終究國力比不上合併了百武帝國的奇克帝國，而且相差還相當遠。這次帝國戰爭，波多帝國也就在最初階段因突然進攻大佔便宜，但現在卻是損兵折將，兵力也就剩餘不足三分之一，這點力量根本不足以擋住奇克帝國的進攻，波多帝國很可能即將面臨滅國。
波多帝國皇帝此時也沒有了其它辦法，現在只能向奇克帝國求和，當然，最終的結果恐怕也很難樂觀，終究是波多帝國突然發動的攻擊，而且戰爭給奇克帝國帶來了巨大的損失。現在唯一期待的就是將這些責任都推到光明教廷身上。
波動帝國殘餘的部隊已經全部撤回了國境，奇克帝國現在剩下的戰爭就是如何剿滅被圍困的教廷部隊。教廷部隊都龜縮在一起，剩下的陣地戰就是正面衝擊，沒有什麼太多的戰術可言。
不過，奇克部隊在林肯的建議下對那些敵人圍而不打，只是原地修建臨時工事防禦，部隊有著防禦工事的掩護，倒是可以將教廷部隊困住。
教廷部隊被連續圍困了一個多月，那些教廷部隊攜帶的物資也就可以滿足一個月左右的需求，被困後，教廷部隊嘗試突圍了三次，卻最終都被擋住。如今，教廷部隊的糧食供給已經不足，也得知教廷和波多帝國翻臉，沒有了外援，不得不依靠自己的力量全力突圍。