新的軍隊編制中，莊少游親自出任三軍統帥，並成立了軍政部，樂進這員允文允武的能將出任軍政部部長，軍政部下轄陸軍司、水軍司、參謀司、後勤司，共四個二級單位。
樂進兼任任陸軍司主事、太史慈副之；墨水任水軍司主事；田豐、荀攸、華歆一正兩副參謀司主事；國淵、墨鐵暫代一正一副後勤司主事，一個管糧食，一個管軍備。
其中樂進軍銜中將，分管步兵，麾下將士一萬六千人，編成兩個師，步兵第一師和步兵第二師。第一師主要為洛陽老兵，下轄三個旅，暫編8000人，師都統由樂進兼任；第二師為遼南舊部和在洛陽招募的新兵以及濮陽城喬瑁手下的一千餘人，下轄三個旅，暫編8000人，師都統也由樂進兼任，莊少游的老部將張三任副都統，軍銜上校，目前張三正在遼南駐防。
太史慈軍銜少將，分管騎兵，麾下八千鐵騎，編為三個旅，番號為騎兵第一師，太史慈兼任師都統，莊少游的老部將秦嶺任副都統，軍銜上校。
墨水分管水師，軍銜少將，下轄兩個水師大隊，第一大隊8000人，下轄四個中隊，有五桅戰船四艘，四桅戰船兩艘，三桅戰船一艘，編製基本健全，但戰船不足，墨水兼任第一大隊大隊長。第二大隊主要為大野澤水賊，暫編6000人，下轄三個中隊，四桅戰船六艘，小型戰船八百艘！扈三娘任大隊長，軍銜准將，墨十三任副大隊長，軍銜上校！
墨十三很痛苦，無論在家裡，還是軍隊裡，都被扈三娘領導，看來這輩子是很難翻身了！至於當初叫囂著去倭國嫖一把的事情只能無限期延後。
吸取晉代九品中正制之優點，將官員分為九品，並與軍銜相對應。比如，最低級的准尉品級定為從九品，而上將則定為正二品！軍銜越高，品級跳躍越大。
上將 正二品
中將 正三品
少將 正四品
准將 從四品
上校 正五品
中校 正六品
少校 正七品
大尉 從七品
上尉 正八品
中尉 從八品
少尉 正九品
准尉 從九品
俸祿則與品級掛鉤，也就是軍政俸祿是一個體系，在制定俸祿的時候莊少游的確是煞費思量，太高了不行，太低了也不行，大漢朝廷給公卿的俸祿可是很高的，而且貧富差距巨大，萬石的三公月俸為350斛粟，年俸肯定超過百萬錢！而最低級的佐史月俸8斛粟，年俸不足三萬錢，連養活一家三口都很勉強，特別是糧價暴漲的現在，俸祿基本都是浮雲！
而大漢朝廷採取過一些對策，將俸祿發一半錢，發一半粟，可以有效調節糧價波動帶來的衝擊，但是如今的大漢朝聽連洛陽的公卿的俸祿都難以為繼，地方官員俸祿早就斷了二十年之久！自己動手，豐衣足食！
基於對底層官員的照顧，還有對高級官員的壓制，莊少游絞盡腦汁，才設計出一套勉強能夠平衡各方利益的俸祿體系，這一體系，也是按照品級來定。
正一品 月俸30000錢
從一品 月俸25000錢
正二品 月俸22000錢
從二品 月俸20000錢
正三品 月俸18000錢
從三品 月俸15000錢
正四品 月俸12000錢
從四品 月俸10000錢
正五品 月俸9000錢
從五品 月俸8000錢
正六品 月俸7000錢
從六品 月俸6000錢
正七品 月俸5000錢
從七品 月俸4000錢
正八品 月俸3500錢
從八品 月俸3000錢
正九品 月俸2500錢
從九品 月俸2000錢
最高級的正一品的俸祿是最低級從九品的俸祿的15倍，較之漢制的44倍，可謂是縮小不少！同時，對從七品及以下官員，開放官方糧倉，可以根據家中人口數量，以市價一半的價格限量購買口糧！
遼南地區現在的糧價已經跌到250錢一斛以下，半價才125錢，一個從九品官員的俸祿可以讓一家老小過得十分愜意！就算濮陽城內的糧價較高，達到500錢一斛，那是因為中原地產去缺糧的緣故，從九品的官員也能養活一家老小三代七八口子人吃飯。
軍中的各級將領都有相應的品級，因此按級發放俸祿即可！而且作戰還有各種軍功獎勵！而普通士兵沒有品級，因而餉銀體系單列，根據士兵等級不同，發放的餉銀也是各不相同。
五級兵 月俸2000錢
四級兵 月俸1500錢
三級兵 月俸1000錢
二級兵 月俸600錢
一級兵 月俸300錢
所有士兵初始等級都為一級，也就是大家都處在同一個起跑線上，根據戰功的提升，可以不斷升級，最高五級士兵！而且，五級士兵不是終點，而是新的起點！五級士兵可以獲得去初級軍官學校培訓的資格，順利畢業可以升級准尉！也就是入門級將領。
所以，儘管餉銀比原來足足低了兩倍，但只要升級到三級兵，餉銀就會翻三倍，更重要的是，這些普通的士兵也有了奔頭！五級兵雖然難升，但可以去初級軍官學校培訓，畢業就能變成准尉！
這是一個極大的誘惑，特別是在等級制度森嚴的年代，社會上下層之間基本是不流動的，而這一套制度，則給予了普通士兵這份希望，只要你努力，多立戰功，再通過各級培訓，士兵也能成為將軍！
莊少游麾下士兵的家屬全部都在遼南，遼南物價低，小日子過得好著呢！餉銀雖然少了一些，但軍隊的伙食還是不錯的，吃得飽吃得好！只要不像墨十三那樣整天去嫖賭，餉銀完全可以省下來補貼家用。和中原那些依舊掙扎在貧困線上的普通百姓相比，依舊好很多倍！
而且戰功可以用來兌換金錢，或者用來升級，殺死一個敵人並取得其首級，可以直接兌換一萬錢的獎勵，也可以將自身升級為二級兵，如何選擇，全憑個人意願。
軍制改革的命令已經頒布，從反映來看效果還算不錯，基層士兵十分高興，百夫長也很興奮，但是中級將領如千夫長則是有人歡喜有人憂！
因為對普通士兵來說，生活本來就是上戰場砍人，活著，拿餉銀、賞錢，然後吃飯，如此往復熏循環，直至戰死。但是現在一切變得不同了，老子也他媽的能當將軍了！雖然很遙遠，但不是沒有可能！王侯將相寧有種乎？！下次大戰一定要好好砍人！爭取先升一級！
百夫長們之所以不淡定，那是因為大部分人的級別基本不變，只不過換了個名字，然後還多了兩個副手，但多了營級單位，也就是說每五個百夫長就會有一個人陞官！顯然，每個人都希望自己就是那五分之一！
而千夫長們則是不同了，以前也算是軍中一號人物，現在倒好，一改革，千夫長立刻變得不尷不尬起來，旅帥雖好，但競爭激烈，只有威望高，人緣好，能力強的人才能坐上旅帥的寶座，差點的就只能做副帥。但按照慣例，副手基本就是擺設，沒什麼實權！所以，有的千夫長乾脆，一狠心，下去競爭營都尉了！結果引得下面的百夫長們強烈鄙視！
最後，還是樂進和太史慈等人親自出面調停，才勉強安撫住那些千夫長，步兵和騎兵每個師暫時都有三個旅，三正六副，放下八個千夫長自然是綽有餘裕，樂進承諾，很快就要再擴編一個旅，而新的旅帥將從六個副帥中挑選最優秀的來擔任，並且，師部的副都統還暫缺，八人將不分正副，具有同等機會，但僅此一次！
一連折騰了三天，才總算將各軍的人事變動工作基本完成，但這其中也反映出不少的問題，最突出的問題就是各級指揮將領的缺乏，包括師部的參謀。
比如，第一騎兵師只有一個副都統秦嶺，還缺一個，而步兵方面更是人才匱乏，樂進一人兼任兩個師的都統，四個副都統中只有張三一人，還缺三個！
對於這一點，莊少游的辦法是這樣的，提拔一批，招募一批，培養一批！
提拔一批，就是從現有的旅帥和副帥中選出合適的人選，出任副都統，以減輕樂進的工作量；招募一批，就是在濮陽繼續招募高級人才，只要才能合適，立刻可以出任副都統！甚至都統！而衡量是否合適的標準由莊少游親自判斷。
至於培養一批，則是著手建立陸軍學院和水軍學院，地點就選在濮陽和遼南！主要用於培養中下級指揮人員。本來莊少游想在兩個學院前面加上皇家二字，但是想想還是算了，低調！低調！咱現在還是正八經兒的大漢臣子呢！
軍制改革了，內政方面也要相應的調整，所以莊少游還成立了行政部，專門管理除軍政以外的事物，國淵出任行政部部長，品級正三品，與樂進品級相同，目的就是實現軍政與民政的分治，並宣告二者具有同等地位。墨家鉅子墨石出任副部長，品級從三品。
原遼南行政廳下轄各二級單位升格為司，司主事品級為正四品，取消民政司，鍛造廠和造船廠劃給軍政部後勤司，這麼一來國淵、墨鐵、墨水三人身兼數職，工作量繁重，但目前人才匱乏，也只能暫且將就一番，改革後的行政部包括：
農耕司 主事墨土
商貿司 主事周天，副主事榮華
情報司 主事吳良
科技司 主事墨巧（玻璃）
財政司 主事墨眉（大老婆）
鍛造廠和造船廠現階段的主要任務就是供應軍需，因此暫且劃給軍政部，日後再行調整。取消民政司的原因是原先只有遼南一地，而現在控制的地盤多了一些，而且很分散，並且以後會更多，所以民政工作還是下放給地方來處理的合適！
麾下地盤劃分為三個郡，遼南郡、東郡、巨野郡，巨野郡就是原來的大野澤地區，郡設太守一職，品級也是正四品，與各司主事同級。東郡太守依舊是喬瑁，遼南郡太守國淵兼任，反正國淵就是一頭老黃牛，勤勤懇懇的工作，一絲不苟，而且對遼南又極其熟悉，感情深厚。巨野郡的太守由扈三娘暫時兼任，莊少游親自主抓，具體工作由扈三娘執行，實現野人治野！
三大郡下轄的各縣、鎮也進行了相應的調整，遼南郡的各個鎮直接升格為縣，縣令品級正七品！