第二天，掃平了城內道路上的障礙物後，獸潮終於圍住了學院，發動了全面的進攻，一時間，好幾處圍牆倒塌，如果不是黃巾力士可以馬上修復的話，情況就遭糕了。
獸潮有數量近百萬，攻勢無窮無盡，到夜晚時，因為地底獸類幾乎全部都有夜視力，人類一方陷入弱勢，很快就十多處地方出現了險情，陳子寧只得祭出日月山河鼎，以內部的先天火元聚靈陣，傾倒出無數火焰，逼退了獸潮，不過陳子寧這段時間儲藏的火元也用盡了，這樣的手段短時間內只能用一次。
隨後的兩天裡，陳子寧將這裡變成了一個試驗場，將晉陞返虛後掌握的各種神通手段盡數施展了一遍，特別是攻擊範圍最廣的乾清五雷正法，一道道厚土神雷從地底冒出，將獸潮炸得片甲不留。
不過，個人的力量終究有限，到第五天上，最後一頭踏雲獸不得不解開了封印，開始渡劫，為所有的人爭取了一天的時間。
到第六天，已經有四萬八千人通過傳送離開了長風學院，再加上傷亡，此時還留在學院裡的人不足四萬，還要五天時間才能夠用，陳子寧實力飛漲後，打開了太虛殿的第四重，裡面收藏的都是靈丹與靈核，在拿出了許多恢復真氣的靈丹後，城衛軍少了打坐的時間，這樣一來，人數雖然少了，防守的力量並未見弱。
撤到後山的第七天，哪怕陳子寧全力維持，圍牆終於岌岌可危，不僅傷亡很大，許多數日激戰，得不到休息，真氣開始枯竭，見到這般情況，眾人準備撤往後山，陳子寧拿出了自己最後的一張底牌——十二面天罡伏魔旗。
在祭出旗門陣後，獸潮措手不及，被陣勢之力困住，眾人成功撤到了學院的後山之上，三十六面完整的天罡伏魔旗門陣，並不比大衍旗門陣和混天火雲陣差，只是限時間的材料，陳子寧只煉製出十二面旗門，組合起來也相當於人級陣法了，優點是可大可小，可攻可守，長風學院的閉關塔本來就是屬於禁地，位於後山的山腰，地勢力易守難攻。
三萬人躲在了旗門陣後面，結合陣勢之力進行反擊，再加上萬劍歸宗陣圖的攻守合一，終於守穩了後山。
第十一天，除了在戰鬥中身亡的人外，兩萬七千多名城衛軍，包括孟雪、俞小玲、陳廣武和陳道洪等人都已經被傳送走，只剩下最後一批總共四十一個人，還在閉關塔外面，倚靠著旗門陣堅守。
四十一人分別是太華宗的葉展鴻、懷靜和司馬修，馴獸師公會的周益清，至尊寶拍賣場的戚鴻寶，仙霞宗的聞勝，逍遙宗的牧天涯，四海樓的余血厲，水雲間的彭華，獅鷲傭兵團的江霖，岳家的岳偉和清陽郡總督何元通。
清華城湮滅之後，根據季氏的意思，將以滸陽城為郡府，不過獸潮在佔據清華城後，有可能再向其它方向擴散，等待這位總督的依舊是一個亂局。
還有就是明月宗的四名長老，長風學院的燕好古、古通輝、宇文祥、天機長老、葉玄和七名武尊級的長老。
陳家則有陳廣鳴、陳子寧、龍兒、寶兒、田蘇、四具銅屍和四具鐵屍，這些人都有武尊級或以上的實力，在萬劍歸宗陣圖和天罡伏魔旗門陣的防護下，各出絕招，擋住了魔道強者和獸潮最後的進攻。
龍兒站在閉關塔的塔頂，全力摧動萬劍歸宗陣圖，與數名魔道強者和數十頭高階靈禽戰在一起，陳子寧與寶兒各守一邊，也驅使著天罡伏魔旗門陣和煉獸典，擊退了一波又一波的獸潮，見上一批被傳送的時間已經過了數十息，傳送陣六百多處陣眼的靈核亮了起來，陳子寧趕緊道：「諸位，請快些進入傳送陣。」
燕好古道：「子寧，這個傳送陣既然不怕落入他們的手中，何不一起走？你們三人斷後，還要衝出他們的包圍圈，太危險了！」
陳子寧笑道：「院長不必擔心，我自有考慮，不會冒險的。」
見陳子寧這般自信，其他人也不再勸說，進入傳送陣後，陳子寧啟動了陣勢，隨著光芒一閃，三十八人消失在面前。
陳子寧之所以與兩個徒弟留下斷後，卻是有諸多的考慮，在傳送時，四十個必須擠在一起，而且為了不干擾陣勢的運轉，要求收斂氣息，等於沒有還手之力，就算陳子寧捨得天罡伏魔旗門陣不要，沒了他的主持，這個旗門陣最多能守住五息左右，而傳送時有可能長達五息以上，一旦魔道中強者闖了進來，他們最後這一批人，可能根本走不了。
雖然這傳送陣落到其他人的手中，沒有其它傳送陣的開放，等於沒用，但布設的方法被魔道的陣道宗師看到了，有可能會破解出來，陳子寧不願冒這個險，便需廢掉這座傳送陣。
至於突圍，陳子寧倒有十足的把握，他晉陞返虛期後，土遁術已經大成，而且對碎光升龍劍訣的掌握已經登堂入室，施展人劍合一後，一遁千里，就算是武聖級的人物，也別想追上，除非是運用解體大法之類極傷元氣的功法。
將最後一批人傳送走了後，陳子寧取出陣眼中還有靈力的靈核，又用雷法將傳送陣炸廢，待龍兒和寶兒進入仙府後，陳子寧收了天罡伏魔旗門陣，同時撒出了數百張爆炎符，在魔道眾人還未弄清是怎麼回事時，腳下一頓，便鑽入土中，向學院外遁去。
沒了其他人的拖累，以陳子寧和天蜈分身的實力足以將此時的清華城鬧個天翻地覆，除了曹品諾、周雲翔和冥獸王等強者之外，其他的人或獸要殺要剮都是一念之間的事，只是陳子寧不願將魔道盟的火力吸引到千島湖去，這才作罷，雖然《誅魔盟約》中規定了在面對魔道勢力時，一方有難，八方支援，但這只是一紙空文，清華城危難的時候，伸出了援手的也只是與長風學院交好的勢力。
清華城一戰後，因為一直有後備力量補充，所以城衛軍的編制始終保持著八萬之數，這些士兵都是百戰餘生下來的老兵，堪稱精銳，抵達千島湖後，除了一千名歸到長風島的名下，作為常駐兵力外，還有兩萬多名臨時徵召的人離開了軍營，其他的人則留了下來，進入玄武軍和七座城鎮的城衛軍。