至九月二十日，我國的093、094、095、096、097各型核潛艇全部從港內失蹤消失在大洋。九月二十五日後，各型常規潛艇也都失蹤潛入西太平洋。
國內各地不論軍民用機場，空軍的後勤保障車輛都在川流往來熟悉場地情況。民用機場在入夜後停飛客機，空軍戰機不斷起降，徹夜不停。全國各地戰機的轟鳴聲不斷，空軍已經全面進入一級戰備。讓人詫異的是已經數十年不見的老式J-6型戰機的身影又出現在沿海一帶的民用機場中。
地處我國腹心的四川、重慶、陝西、山西各地大山區，特大型集裝箱車隊隨處可見，好像以傳統農業為主的這些地區，一夜間就進入了工業化。廣東、廣西、雲南地區的大型、特大型集裝箱車隊比平時也增加了許多。在這些集裝箱車隊中，引起美軍高度重視的是一支特大型集裝箱車隊，正從昆明經玉溪，紅河晝夜兼程的向景洪地區行駛。如果這是一支導彈部隊，按集裝箱的體積分析，其導彈的射程將覆蓋中東部分地區，也包括印度洋上的迪戈加西亞、太平洋上的關島、澳大利亞的達爾文，美軍在西太平洋戰爭中最重要的三個軍事基地都將受到嚴重威脅。
中美日三國在戰前的軍事準備達到高潮。為了增強達爾文基地的防衛，美軍從本土緊急空運愛國者3改型遠程區域防空導彈，並在印度洋上增派兩艘提康加德羅級巡洋艦，以艦載標準3海基遠程防空導彈構築兩層導彈防禦網，給達爾文市美軍衛星地面站上了雙保險。
向西太平洋集結的八支航空母艦戰鬥群在行駛途中，美軍太平洋戰區司令部根據最新的兵力集結情況，緊急調整作戰計劃，並將作戰任務分派到各個戰鬥群。各個戰鬥群司令部將有關信息分送每一個戰鬥平台，並組織所轄兵力進行戰鬥合練，以期達到實戰需要。
九月二十五日開始，我國各大學、科研機構、企業的研發中心都放假，開始疏散科技人員和學生。要求他們在十月三日前離開中心城市至少十天以上。高端科技精英政府統一安排到山區小鎮，由各當地政府接待並負責安全保衛。重要科研設備全部斷電，斷水進行防核、防電磁、防微波處理後封存。全國各交通、通訊樞紐、送變電站由預備役部隊和當地民兵進行武裝守衛。
日軍進入一級戰備，海空軍在東海、日本海集結並部署到位。
九月二十七日深夜，台國防部長辦公室總長、政戰主任、情報局長正在開小會。情報局長：「從日本方面得到證實，日軍將不會坐視大陸攻台，他們一定會動用武力，幫助我們把共軍殲滅在渡海過程中。」政戰主任：「政局已到失控的程度。各級政府都不理政務，警察都基本不管事，除了抓一抓公開的暴力犯罪，其它都不管了。國軍現在要戰就必須接管政權，實現全面軍管。這就打開了潘多拉魔盒。你我幾位除了戰死疆場，將沒有其它的選項了。我的意見是：繼續觀察。」總長：「同意繼續觀察。」