在整個軍制改革中，貌似陸軍是改革的重點，帝國海軍的改革行動並沒有太大的動作。實際上不然，帝國海軍的改革實際上比陸軍還要徹底，甚至可以說，當時的帝國海軍改革，已經超越了整個時代，具有了非常超前的意識！
帝國海軍是朱祁鈺一造的，可以說這是他留給帝國後人最為豐厚的一筆財富，正因為有了強大的帝國海軍，所以才有了強大的帝國，並且在數百年之內，這支海軍都在捍衛著帝國的利益，成為了帝國最強有力的代表。同時，這也是一支絕對為帝國利益而戰的軍隊，從帝國海軍成立的那一天開始，就已經烙上了忠君愛國的印記，並且在數百年之中，這支軍隊都在為著帝國，為著帝國的皇帝而戰！
不過，就當時的情況而看，帝國海軍在最初的十年中，發展的情況卻並不理想。雖然，從成為一支獨立的軍種，擁有了與帝國陸軍平起平坐的地位之後，帝國海軍已經從一支內河內湖水師變成了一支強大的作戰力量，不過，帝國海軍在短短的十年之中，根本就無法積累起與帝國陸軍抗衡的資本！
在西征結束（針對莫臥兒帝國的戰爭結束）時，帝國海軍的編制規模仍然遠小於陸軍。當時，帝國有三大艦隊（第四支艦隊也已經建造完成，不過卻沒有立即服役），即北洋艦隊，東洋艦隊，以及南洋艦隊。
海軍編制內官兵達到了三十五萬，其中包括了二十萬陸戰隊。擁有戰艦五百三十三艘，運輸船隻一千八百餘艘。另外，還隨時可以徵召帝國境內的三千多艘商船，而帝國上船隊的近二十萬名水手則是海軍天然的預備役部隊。雖然，這已經是當時世界上規模最大的一支海軍了，不過，從總體實力上來講，帝國海軍還遠遠比不上帝國陸軍，甚至在很多地時候，仍然充當著帝國陸軍的配角！
這也是沒有辦法的事情。在之前的數場對外戰爭中，除了平定南洋，以及在西洋針對紅夷的兩場戰爭之外，其它的時候，帝國海軍充當的都只是配角，只是為陸軍服務的，甚至在很的時候，連為陸軍服務的能力都沒有！顯然，正是這種戰場環境，最終決定了海軍的地位，嚴重的影響到了海軍的地位。在當時，帝國國內踴躍參軍的年輕人絕不少，每年都會有很多人無法獲得參軍的機會，可是主動報名參加海軍的人卻寥寥無幾。從此也能看出，帝國百姓對海軍的認識還是不夠的。至少在思想上，帝國還是一個大陸型的國家，而不是一個海洋型，至少是海洋與大陸所並重的國家！
當時，帝國海軍也有著自己的困難，最大的困難就是帝國海軍嚴重缺乏將領，缺乏優秀的軍官。雖然，在開放了海禁，鼓勵商人去海外經商，皇帝還親自擔任了海軍司令，政府對海軍建設的投入也非常巨大，讓帝國的設計師與工程師建造出了世界上最優秀的戰艦，並且擁有世界上素質最好，人數最多的水手，但是帝國海軍卻極為缺乏優秀的軍官與將領。可以說，這是妨礙帝國海軍發展的最大障礙。
當初，朱祁鈺在離開西洋的時候，就曾經叮囑顧成林，要顧成林著重培養海軍中的人才。特別是在袁晨皓回到白古王國去當他的親王之後，帝國海軍由失去了三大支柱中的一個（顧成林，袁晨皓，吳歷宏），這對帝國海軍來說更是一大損失。朱祁鈺在制訂針對海軍的改革計劃的時候，也極為頭痛，如果沒有優秀的將領，沒有大批高素質的軍官，那麼帝國海軍改革就是一場空談。
帝國海軍改革要比帝國陸軍改革晚兩年，不過，在當時，朱祁鈺就已經針對性地制定了一整套的改革計劃。其中，步就是成立帝國海軍學院，一座類似於帝國軍官培訓學院，以及軍事學院，不過卻是以側重海軍軍官培訓的軍事化院校！
成立帝國海軍學院，在當時並沒有引起太多人的重視，不過作為後來帝國中高級軍官兩大院校（後來，帝國軍事學院中分出了帝國陸軍學院，與帝國海軍學院並立）的這所學院，注定了不會默默無聞的。
帝國海軍學院的個任務，就是為帝國海軍培訓優秀的基層軍官。為了表示對帝國海軍的重視，並且喚起國人對海軍與海洋的重視，朱祁鈺親自擔任了任校長，並且每個月都會抽出三天的時間，專門為學院的年輕預備役軍官（這是後來制定的新政策，所有軍事學院的學員都是預備役軍官，由預備役司令部負責管理，最後，連軍事學院都直接劃到了預備役司令部之下）講授海戰的戰術與技巧，並且強化這些學員對海洋利益的重視與認識！
當然，帝國海軍學院招收的批學員都是水手，或者是航海世家的子弟。這些人都是在海洋上生活的，他們對海軍的理解，要比普通的帝國百姓深刻得多。也正是這個原因，這些人後來幾乎都成為了帝國海軍的中堅力量，其中不少人成為了將軍。可以說，在朱祁鈺時代的後幾十年之中，這批學員就是帝國海軍最為主要的力量，是帝國海軍中最強大的所在，也是帝國海軍能夠發展壯大，能夠與帝國陸軍平起平坐的基礎！
成立了帝國海軍學院之後，朱祁鈺為帝國海軍改革制訂好了一套完整的遠景規劃。而直到十多年之後，這一套改革方案才最終完成，並且從此奠定了帝國海軍在處理對外戰爭中的決定性地位，特別是在為帝國開拓海外疆土的行動中，成為了決定性的力量。
在新的體制中，帝國海軍成立了單獨的海軍司令部，這與帝國總參謀部（當時，總參謀部主要負責陸軍作戰任務。直到朱祁鈺時代之後，才成立了單獨的陸軍司令部，總參謀部升級成為了帝國軍隊的總司令部）是並行的機構。而且，帝國海軍司令部只需要向帝國皇帝負責，而且不受到國內部的限制（這也是一個很特殊的地方，當時帝國國防部也主要只是負責陸軍的事情。因為海軍的特殊性，國防部是在數十年之後，才開始管理海軍的。而這期間，國防部甚至分成了陸軍部與海軍部兩大部門）。顯然，從海軍司令部的地位上就能看出來，朱祁鈺對海軍是極為重視的，為了讓海軍得到更多的發展機會，他甚至不惜給予海軍極大的特權！
在帝國海軍司令部之下，有兩套並行的機構。一是五大艦隊司令部（後來新成立了西洋艦隊，以及大西洋艦隊），二是五大戰區司令部。而從性質上講，艦隊司令部是負責作戰任務的，而戰區司令部則類似於國防部性質的文職機構。
五大艦隊司令部分別是北洋艦隊司令部，東洋艦隊司令部，南洋艦隊司令部。西洋艦隊司令部，以及大西洋艦隊司令部，分別下轄各自的艦隊。這其中，北洋艦隊的主要任務就是負責帝國本土周圍的安全，並且管理日本地區的海上事務，負責防範日本構成的海上威脅。東洋艦隊負責東洋（大東洋，即關島以東海域）地區的作戰行動。南洋艦隊負責南洋，以及大南洋（澳洲附近海域）的作戰行動。西洋艦隊負責西洋地區的作戰行動。大西洋艦隊則負責大西洋地區的作戰行動（後來分成南大西洋艦隊與北大西洋艦隊，因此五大艦隊實際上成為了六大艦隊）。
五大戰區司令部與艦隊司令部有著一定的差別。其中，本土戰區司令部主要負責統轄北洋艦隊，負責關島以西，呂宋群島以北，一直到帝國附近的所有海域的管理工作，實際行動中，與北洋艦隊，以及東洋艦隊配合。大東洋戰區司令部則負責關島以東，直到美州大陸整個大東洋海域的管理，主要於東洋艦隊配合。南洋戰區司令部則負責南洋地區的管理，由南洋艦隊負責支援與配合。西洋戰區司令部負責西洋地區的軍事管理，主要由西洋艦隊配合。大西洋戰區司令部則負責大西洋戰區的管理，由大西洋艦隊配合（後來也分成了南大西洋與北大西洋兩大戰區）。
可以看得出來，這五大艦隊與五大戰區實際上是基本上重合的，都有所歸屬的艦隊，以及所管理的地區。而且，從整套機構來說，戰區司令部，其實就已經具備了一定的行政職能，其管理權，在很多時候，其實體現的是帝國中央政府的行政管理，而不是軍事管理。雖然這套管理體系稍微顯得有點複雜，不過對於當時的帝國海軍所擔任的角色來講，這卻是非常有必要的，而且到了數百年之後，戰區體系，以及艦隊體系已經成為了明帝國對海外地區統治的標準方式，並且以此強化了帝國海軍在海外作戰方面的強大優勢！
為了增強帝國海軍的這一優勢，朱祁鈺還在五大艦隊司令部下面，單獨設置了五大陸戰隊司令部蘭從指揮權限上講，陸戰隊司令部是隸屬於艦隊司令部的，一般的情況下，陸戰隊的司令官都將擔任艦隊副司令，並且負責全權指揮遠洋地區的地面作戰行動。而這一配製，也極大地增強了海軍在遠洋地區的作戰能力，並且在很大的程度上擺脫了對陸軍的依賴性。除了大規模的全面戰爭之外，海軍完全可以利用陸戰隊與艦隊應付各種規模的衝突，而讓陸軍沒有插手的機會！
除了陸戰隊司令部之外，在各大艦隊還分別設置了後勤保障司令部，同時在海軍司令部下也設了相應的機構。這也是海軍的另外一大特點。陸軍的後勤保障是集體調配的，往往要集中所有的後勤部隊來保障一個重要方向上的作戰行動。相反，海軍的後勤保障部隊是屬於各個艦隊單獨調配的，並且能夠在該艦隊的方向上為艦隊作戰提供足夠的。當然，也因為各大艦隊所行動的區域離帝國本土的距離，或者是離後勤物資儲備地點的遠近，而配屬了不同數量的運輸船隊。另外，海軍司令部下屬的後勤保障司令部則負責向各大戰區運送作戰物資，以此形成了兩級後勤保障體系，以求盡量減少運輸船隻，盡量合理地使用運輸船隻！
朱祁鈺為了建立起這一整套的海軍體系，花費了巨大的功夫。這也完全體現出了海軍的側重點。與陸軍不同，陸軍往往是以衛戍為主的，特別是在大規模戰爭結束之後，陸軍軍團的衛戍任務是非常重要的。相反，海軍因為其作戰行動的特殊性，所以其衛戍任務並不是最重要的，其根本仍然是作戰行動。也正是如此，所以海軍在整體編製方面都側重於作戰行動，一切都以發揮海軍艦隊，以及陸戰隊的戰鬥力為主！
當然，海軍本身的局限性決定了，即使皇帝為海軍制訂好了這套完善的，在當時甚至可以說是完美的編制體系，不過因為缺乏足夠的優秀人員，所以帝國海軍用了足足十多年的時間，才最終建立起了這套完善的指揮與管理體系。可以說，在當時，帝國海軍缺少的就是人才，只要有足夠的人才，帝國海軍就能在這套完善的指揮與管理體系中發揮出強大的戰鬥力來！
兩年後，個成立的大西洋戰區司令部，以及大西洋艦隊的出現，就編製著帝國海軍開始向著這套指揮體系前進，並且通過逐步的改革開始完善指揮系統。當然，也正是從那個時候開始，帝國海軍成為了一支真正獨立的軍種，並且為帝國的海外殖民，以及開拓海外領地，為帝國建立起全球性的殖民的體系立下了汗馬功勞。也正是如此，在朱祁鈺時代的後期，明帝國才次被稱為了「日不落帝國」，成為了真正意義上的全球性帝國，一個強大到，足以統治全世界，並且戰勝了每一個強大敵人的強大帝國！