隨著帖木爾帝國各地逐漸被明軍佔領與控制，其餘地方的衛戍部隊不是投降，就是被徹底消滅。戰爭的進度之快，讓朱祁鈺都有點不敢相信，特別是在哈烈城被明軍攻陷之後，帖木爾帝國各地的軍隊幾乎都沒有任何要打敗明軍的想法。在西北軍團與蒙古軍團橫掃了這個從印度河流域到兩河流域，從阿拉伯海到裡海的龐大帝國時，一個新的問題也出現在了朱祁鈺的面前：這麼一個龐大的國家，是吞併，還是扶持新的政權？或者說，怎麼來控制這一塊明軍新佔領的土地！
攻打帖木爾帝國的初衷並不是要佔領這個國家，朱祁鈺甚至沒有想過要吞併這麼一個龐大的國家。從帝國的行政控制能力上來看，隨著蒙古部落向西北方向，也就是烏拉爾山脈方向前進，帝國疆土已經擴大了很多，而中央政府對偏遠地區的管理能力是非常薄弱的，往往只能派遣少數官員前去，要半年，甚至一年的時間，官員才能回京述職一次。顯然，如果帝國的疆土再擴大的話，那麼在行政管理上必然出現很大的問題！
朱祁鈺也沒有考慮行政管理上的麻煩，他考慮問題的方式很直接，那就是帝國有沒有能力控制這片領土，而且有沒有必要控制這片領土。在他所考慮的「能力」中，軍事能力是最重要的。
隨著帝國疆土的擴大，以及在南洋，西洋等地的據點陸續建立了起來，大量的帝國軍隊不得不駐紮到國外去。比如，在日本叛亂之前，部署在日本的地面部隊就超過了十萬人，雖然在叛亂之後。只留下了第五集團軍的一個軍在日本，地面部隊規模縮小到了三萬多人，不過，在朝鮮，濟州島。琉球王國，南洋的眾多土著王國，華僑共和國，還有設在各地的據點，都要留守部隊。到這時，帝國部署在海外地軍隊數量已經達到了二十五萬。這還沒有算上海軍的兵力，如果將在海外作戰，或者部署的三支艦隊，還有數支陸戰隊算上的話。那麼帝國部署在海外的總兵力已經超過了四十五萬！
以當時帝國地國力來說，一支超過兩百萬的軍隊是沒有半點問題的，不過除掉了帝國各地的衛戍部隊之外。中央軍的總兵力。即海軍與陸軍的總兵力最多只能達到一百五十萬，如果超過了這個數字，則軍隊的素質必然下降，而且國力難以承擔。那麼，這一百五十萬部隊是個什麼概念呢？
首先，部署在海外的軍隊數量就達到了四十五萬，在南方平定苗人叛亂的軍隊大概有五萬。在京城輪休地軍隊大概有二十萬，在塞外監督日本勞工築路的軍隊數量將在五萬到十五萬之間。除去這一部分之後。剩下的就是朱祁鈺能夠用來發動對外戰爭地軍隊數量了，有多少？六十五萬到七十五萬之間。
顯然。這樣一支部隊，足以擊敗任何一個敵人，並且控制很大一塊佔領區了，不過，能將其用來佔領帖木爾帝國嗎？朱祁鈺顯然也認識到了這一點，既然攻打帖木爾帝國地最終目的不是為了佔領這個國家，那麼為什麼要佔領這個國家呢？如果要佔領帖木爾帝國的話，就至少要動用二十到三十萬的地面部隊，而且這還無法完全保證各部隊能夠順利的鎮壓各地的抵抗者組織。而剩下的三十多萬軍隊能做什麼？戰勝帖木爾帝國只是西征地開始，如果在這裡就耗費了大量的軍力，那今後地仗怎麼打？
考慮得更深入一點之後，朱祁鈺也發現，如果佔領帖木爾帝國，甚至是吞併了帖木爾帝國之後，那就將面臨一個更嚴峻的挑戰：今後佔領地領土也要併入帝國嗎？顯然，這個問題不難回答，不過結果卻是最糟糕的。
任何一個龐大的帝國都不是一日型成的，不說對外，僅明帝國從建立到最後鞏固，都花了幾十年的時間，而且這還是在國內，民族條件單一的情況下。相反，如果是在國外，而新佔領區的民族並不認同被明帝國吞併的這一事實的話，那麼就必然引發這些民族進行抵抗。遠的不說，在日本，就因為這一原因，導致明帝國動用了數十萬軍隊，耗時近兩年，才平定了日本的叛亂。相對而言，日本還只是一塊很小的佔領區，面積不大，人口也不多，這就需要讓明帝國花費巨大的力量來鎮壓，那麼佔領了更多的土地，控制了更多的國家之後，同樣的事情也無法避免，更不可能杜絕，到時候，明帝國要花多少力氣用來鎮壓呢？
當然，還有一個選擇，那就是逐步擴張，而不是一口氣吃得太多，可是，朱祁鈺並沒有這麼多的時間來逐個的達到自己的目的，畢竟人的壽命是有限的。明帝國戰勝日本已經有六年了，而且現在日本的局勢都沒有完全平息下來，那麼，要徹底控制帖木爾帝國這麼大的一塊土地，需要多久？十年，還是二十年？不管是十年，或者是二十年，朱祁鈺都沒有這麼多的時間浪費在這裡。
帖木爾帝國是一個龐大的帝國，而且是一個通過擴張與侵略建立起來的帝國。這個龐大的帝國與明帝國本身有著巨大的差別，特別是在人口結構方面的差別非常大。在明帝國，占主體地位的是漢族，漢族人口佔了明帝國總人口的九成以上，也就是說，明帝國雖然是一個擁有數十個少數民族的多民族國家，不過實際上是一個單一民族國家。相反，帖木爾帝國中，居於統治地位的突厥一蒙古後裔是真正的少數民族，其他民族所佔的比例遠遠大於占統治地位的民族。顯然，這個實際情況也決定了，擊敗了帖木爾帝國，並不等於戰勝或者是吞併了這個龐大的帝國，如果明帝國最終要吞併這塊土地的話，那麼明帝國就會代替突厥蒙古人的位置，並且繼續遭到其他各民族的反抗！
這些問題。讓朱祁鈺都很頭痛，解決的辦法不是沒有，一個很簡單地辦法，就是從國內移民到這邊來，改變這一地區的民族結構。不過，這更不現實。明帝國本身人口規模就偏小，國內很多地方都荒無人煙，而且，就算有多餘的，願意移居到外地的國民，那麼也應該首先佔領南方的澳洲，以及即將發現地美洲大陸，這樣不但能夠更迅速的擴大帝國的領土。而且還能給帝國帶來更多的資源，要遠比移民到一塊已經有了不少原住民的地方划算得多吧！
在經過了深思熟慮之後，朱祁鈺決定不吞併帖木爾帝國。但是要控制這個國家。顯然。要達到這樣的目的，那就只有一個辦法，一個類似與對付日本的辦法。也就在朱祁鈺準備要這麼下手的時候，新的問題產生了，畢竟不是每一個人都與朱祁鈺的想法一樣，也不是每一個帝國的將領與官員都有皇帝那麼長遠的目光！
遠征軍將領中，絕大部分贊同吞併帖木爾帝國。就連那些為皇帝馬首是瞻地年輕將領也都這麼想。在這些將軍看來，動員了這麼多兵力。耗費了這麼大的力量，花費了近十年的時間。最後終於擊敗了帖木爾帝國，將其君主趕到了西北角的偏遠沙漠裡面，那麼為什麼不吞併這塊土地？這可是用帝國官兵的鮮血與生命換來的土地，為什麼到手之後還要放棄呢？顯然，這些將領的想法還是很傳統地，認為到了一塊地方就要佔領這裡，將其劃入帝國的版目範圍之內，這樣，他們的征戰行動才有意義。
也就在這些將領猜測著皇帝的想法，朱祁鈺也正在考慮著應該用什麼辦法來宣佈自己地決定，同時又不引起將領太大反感的時候，一名從國內趕來的官員幫了朱祁鈺的大忙，這就是于謙派來協助皇帝解決佔領區問題的朱文正，當然，他也帶來了于謙的看法！
「日本的問題基本上已經處理妥當了，上杉謙信將軍的幕府現在雖然還沒有完全控制日本，不過，天皇已經下了最後通牒，要求各地貴族，官員放棄私人武裝，並且交出所有武器，另外，日本中央軍都已經部署到位。上杉將軍的軍事才能是不需要懷疑的，而且現在那些負隅頑抗的貴族都是單獨力量，如果最後必須要通過武力鎮壓的話，問題也不會很嚴重。」朱文正喝了口水，又說道，「於大人這次派我到西北來，就是考慮到陛下可能會遇到麻煩，不知道臣有什麼地方可以效勞的？」
朱祁鈺笑著看了朱文正一眼，然後語重心長地說道：「朱大人，這一路上，你也應該看到了，這次征戰，雖然耗時不多，軍隊的損失也不是很大，不過問題卻很突出，我們在這麼短的時間內就佔領了這麼大一塊地盤，怎麼處理佔領區，這成了讓朕最頭痛的事情。」
朱文正點著頭思考了一下，笑著說道：「陛下的意思是，我們不能吞併帖木爾帝國？」
「朱大人，那你的意思呢？」
朱文正沒有急著開口，思考了好一會，他才說道：「陛下，臣認為，吞併帖木爾帝國有一個好處，這就具能夠擴大帝國的疆土，不過，臣要反問一句，帝國的疆土是越大越好嗎？」
朱祁鈺苦笑了一下。「那麼，朱大人與朕的想法是一樣的了，不過，並不是每一個人都這麼想啊，特別是那些跟隨朕征戰沙場的將領可都不這麼想。」
這下，朱文正明白了過來。「陛下，此事無須擔憂，如果陛下不好處理的話，那麼臣願意代勞。」
朱祁鈺微微皺了下眉毛，沒有急著答應，而是重複了上一個問題。「朱大人，你認為我們應該怎麼處理這塊新佔領的土地呢？」
「辦法無非兩個，一是仿照蒙古部落西遷的辦法，將這一土地吞併，納入帝國版圖，並且在這裡設置政府部門，以及留下軍隊。二是仿照對付日本的辦法，扶持一個新的政權，並且通過這一政權來控制該地區，而我們只是幕後操作，並且從中漁利。」朱文正長吸了口氣，「兩者比較，臣認為後一種辦法更為可靠，這樣不但能夠縮小我們的駐軍數量，而且還能強化對這一地區的統治，更重要的是，這能夠更快的將戰爭勝利的果實轉化為現實中的利益，為帝國帶來好處，而不是使帝國陷入到一個新的泥潭中去！」
朱祁鈺慢慢點了點頭，不過仍然在沉思著，而沒有回答朱文正開始的話。
「陛下，於大人也是這麼想的，而且這次於大人派臣來，就是考慮到陛下不好出面解決這一問題，所以讓臣來代勞！」
朱祁鈺又看了朱文正一眼，這才說道：「朱大人，你一路辛苦，這些事情，我們等幾天再商議，現在你先去休息吧，如果有事，朕會派人來找你的！」
讓朱文正沒有想到的是，也就在他覲見了皇帝的第二天，朱祁鈺下詔，宣佈了對帖木爾帝國的態度，同時這也是一個新的佔領政策。在採用了大部分日本經驗的同時，朱祁鈺在其中新增添了一個辦法，那就是在帖木爾帝國設置總督府。換句話說，就是在扶持帖木爾帝國皇室新成員建立新的中央政權的同時，在這裡設置明帝國的總督府，由總督府統一負責管理明帝國在這一地區的事務，並且維護帝國的利益。名義上，明帝國總督府與帖木爾帝國新政府是兩個同等國家的平行政府機構，不過，總督府在權利上是凌駕於帖木爾帝國政府的，而且明帝國總督在獲得了帝國皇帝的授命之後，可以廢除帖木爾帝國的君主，並且選出新的君主來！顯然，明帝國總督府是最高統治機構，而由明帝國扶持的帖木爾帝國的君主只不過是一個如同日本天皇一般的傀儡罷了。
當朱祁鈺宣佈了這一政策之後，當然有人不滿，不過這是皇帝的決定，而那些帝國將領，特別是新生代的年輕將領的不滿也就僅僅是不滿而已。隨後，朱祁鈺將處理帖木爾帝國善後的事情交給了朱文正處理，自己則開始著手對莫臥兒帝國的戰爭準備工作了。